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        基于數(shù)據(jù)挖掘和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討中醫(yī)藥治療骨質(zhì)疏松癥的用藥規(guī)律及機(jī)制Δ

        2023-03-21 09:25:30段小云仲瑞雪吳傳紅四川省骨科醫(yī)院藥學(xué)部成都610041
        關(guān)鍵詞:熟地黃藥理學(xué)靶點(diǎn)

        段小云,仲瑞雪,吳傳紅,季 歐(四川省骨科醫(yī)院藥學(xué)部,成都 610041)

        骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis,OP)屬于骨代謝性疾病,可導(dǎo)致骨量降低及骨組織微結(jié)構(gòu)破壞[1-2]。該病與年齡增長(zhǎng)緊密相關(guān),隨著我國(guó)老齡人口不斷增加,OP已成為我國(guó)面臨的嚴(yán)峻挑戰(zhàn)之一[3]。中醫(yī)學(xué)中并未收載“骨質(zhì)疏松癥”的病名,根據(jù)OP的病理機(jī)制及臨床表現(xiàn),將其歸屬為中醫(yī)“骨痿”范疇[4]。因“腎主身之骨髓”,其病變?cè)诠?,但其本在腎,又因OP多由肝腎虧虛的“虛”所致,目前臨床上中醫(yī)藥治療OP多以補(bǔ)腎壯骨類藥物為主,中醫(yī)藥防治OP具有臨床療效好、不良反應(yīng)小等優(yōu)勢(shì),具有廣泛的應(yīng)用前景[5-6]。本研究對(duì)中國(guó)知網(wǎng)(CNKI)中收錄的中醫(yī)藥治療OP的方劑進(jìn)行檢索及梳理,挖掘中醫(yī)藥用藥規(guī)律,并進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析。

        1 資料與方法

        1.1 處方來源與篩選

        以“中藥”“中醫(yī)”“骨質(zhì)疏松”和“骨痿”等為檢索詞,在CNKI中進(jìn)行檢索,時(shí)間設(shè)定為2015—2022年,參照《中國(guó)人骨質(zhì)疏松癥診斷標(biāo)準(zhǔn)專家共識(shí)(第三稿·2014版)》[7]和《內(nèi)科學(xué)》(第2版)[8]中的診斷標(biāo)準(zhǔn),剔除異名同藥方劑及外用藥方,篩選出藥味、劑量完整的有效處方104張。

        1.2 分析平臺(tái)

        采用“中醫(yī)傳承輔助平臺(tái)(V2.5)”,由中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所研發(fā)。

        1.3 藥物命名

        根據(jù)《中華人民共和國(guó)藥典》(2020年版),對(duì)104張有效處方中藥物名稱進(jìn)行梳理、規(guī)范。如將“破故紙”規(guī)范為“補(bǔ)骨脂”,“仙靈脾”改為“淫羊藿”等,雙人核對(duì)錄入。

        1.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

        運(yùn)用軟件的“數(shù)據(jù)分析”選項(xiàng)下“頻次統(tǒng)計(jì)”“組方規(guī)律”及“新方分析”等不同功能,挖掘處方中的用藥規(guī)律,如使用頻次、關(guān)聯(lián)規(guī)則及新方組合等。

        1.5 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析

        運(yùn)用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)(TCMSP)篩選有效成分及靶點(diǎn),與從GeneCards等數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出OP的靶點(diǎn)相交,獲得治療OP的潛在靶點(diǎn)。將上述靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中,構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò),進(jìn)行基因本體(GO)功能富集分析和京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析。

        2 結(jié)果

        2.1 藥物使用頻次分析

        104張有效處方中共涉及135味中藥,使用總頻次為1 164次,進(jìn)行藥物使用頻次分析。結(jié)果顯示,使用頻次≥30次的藥物有69味,排序居前3位的藥物分別為熟地黃、淫羊藿和當(dāng)歸,見表1。

        表1 104張?zhí)幏街惺褂妙l次≥30次的藥物Tab 1 Drugs with application frequency ≥ 30 times in 104 prescriptions

        2.2 藥物的歸經(jīng)分布

        治療OP常用藥物多歸肝、腎及脾經(jīng),見表2。

        表2 104張?zhí)幏街兴幬餁w經(jīng)分析Tab 2 Analysis of meridian tropism in 104 prescriptions

        2.3 組方規(guī)律

        對(duì)數(shù)據(jù)實(shí)施預(yù)處理后,將支持度設(shè)定為30,置信度個(gè)數(shù)設(shè)定為0.70[9-10],得到常見的藥物組合。其中“熟地黃→淫羊藿”“熟地黃→當(dāng)歸”及“淫羊藿→補(bǔ)骨脂”居前3位,見表3—4。通過網(wǎng)絡(luò)化展示其關(guān)聯(lián)規(guī)律,其中熟地黃、淫羊藿等居于網(wǎng)絡(luò)圖中心位置,與常用藥物組合吻合,見圖1。

        表3 104張?zhí)幏街械乃幬锝M合Tab 3 Medicine flavor combination in 104 prescriptions

        表4 104張?zhí)幏街兴幬锝M合關(guān)聯(lián)規(guī)則(置信度≥0.70)Tab 4 Medicine flavor combination association rule in 104 prescriptions (confidence≥0.70)

        圖1 關(guān)聯(lián)規(guī)則網(wǎng)絡(luò)化展示(支持度≥28.85% ,置信度≥0.70)Fig 1 Network display of association rules (support ≥28.85%, confidence ≥0.70)

        2.4 常用組合分析

        設(shè)相關(guān)度=7,懲罰度=2,基于復(fù)雜系統(tǒng)熵的聚類分析[9-10],得到藥物的常用組合,見表5。

        表5 基于復(fù)雜系統(tǒng)熵聚類分析的常用組合Tab 5 Complex systems common combinations based on entropy cluster

        2.5 新方分析

        通過核心藥物組合,進(jìn)行新方藥物組合分析,選擇“聚類”項(xiàng)下提取新方組合,共推薦18個(gè)可供選擇的新方藥物組合,進(jìn)一步選擇“聚類”選項(xiàng),篩選后得到推薦的9個(gè)新方,見表6—7;并得出新方組合的網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)圖,見圖2。

        圖2 中醫(yī)治療OP的新方組合Fig 2 New prescription combination of traditional Chinese medicine in the treatment of OP

        表6 新方聚類的核心組合分布Tab 6 Core combination distribution of new square clustering

        表7 基于熵層次聚類的潛在新方組合Tab 7 Potential new party combination based on entropy hierarchical clustering

        2.6 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)機(jī)制研究

        2.6.1 藥物活性成分及作用靶點(diǎn)的篩選:通過TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)檢索熟地黃、淫羊藿、當(dāng)歸、牛膝及黃芪的化合物成分(設(shè)置OB≥30%,DL≥0.18)及靶點(diǎn)預(yù)測(cè),再經(jīng)Uniprot數(shù)據(jù)校正,去掉非人類靶點(diǎn)。經(jīng)匯總刪重后,獲得熟地黃2個(gè)化合物成分,30個(gè)靶點(diǎn);獲得淫羊藿23個(gè)化合物成分,208個(gè)靶點(diǎn);獲得當(dāng)歸2個(gè)化合物成分,51個(gè)靶點(diǎn);獲得牛膝20個(gè)化合物成分,199個(gè)靶點(diǎn);獲得黃芪20個(gè)化合物成分,194個(gè)靶點(diǎn)。

        2.6.2 藥物-疾病共同靶點(diǎn)交集:以“OP”為關(guān)鍵詞,在人類基因綜合分析數(shù)據(jù)庫(kù)(GeneCards)、美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心數(shù)據(jù)庫(kù)(NCBI)及人類孟德爾遺傳綜合數(shù)據(jù)庫(kù)(OMIM)進(jìn)行人類基因檢索,刪重后得到OP相關(guān)基因共2 374個(gè)。將藥物與疾病靶點(diǎn)輸入Venny 2.1軟件,得到109個(gè)共有靶點(diǎn),見圖3。

        圖3 藥物-疾病交集靶點(diǎn)韋恩圖Fig 3 Wayne diagram of drug-disease intersection target

        2.6.3 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建:將109個(gè)共有靶點(diǎn)輸入STRING數(shù)據(jù)庫(kù),設(shè)為“Homo sapiens”,得到109個(gè)節(jié)點(diǎn),1 592條邊,平均度值為29.2,繪制PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見圖4。通過Network Analyzer工具按度值排序,共篩選出49個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn),繪制前20靶點(diǎn)條形圖,見圖5。

        圖4 關(guān)鍵靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)Fig 4 PPI network of key targets

        圖5 關(guān)鍵靶點(diǎn)信息條形圖Fig 5 Information bar diagram of key targets

        2.6.4 成分-疾病靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建:通過Cytoscape 3.8.0軟件構(gòu)建成分-疾病-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖,見圖6。

        六邊形代表中藥;棱形代表活性成分;長(zhǎng)方形代表疾??;圓形代表疾病靶點(diǎn)hexagons represent traditional Chinese medicine;prisms represent active ingredients;rectangles represent diseases;circles represent disease targets圖6 成分-疾病-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)Fig 6 Component-disease target network

        2.6.5 GO功能富集分析:引用STRING數(shù)據(jù)庫(kù),以P<0.05進(jìn)行篩選,得到1 939條生物過程(BP)、118項(xiàng)分子功能(MF)和42項(xiàng)細(xì)胞組成(CC),見圖7。

        圖7 關(guān)鍵靶點(diǎn)基因生物功能注釋信息柱狀圖Fig 7 Biological function annotation information of key targets

        2.6.6 KEGG通路富集分析:引用STRING數(shù)據(jù)庫(kù),以P<0.05進(jìn)行篩選,得到159條信號(hào)通路,見圖8。

        圖8 關(guān)鍵靶點(diǎn)KEGG通路富集分析Fig 8 KEGG pathway enrichment analysis of key targets

        2.6.7 成分-疾病-通路-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建:將成分-疾病-通路-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)文件導(dǎo)入Cytoscape 3.8.0軟件,繪制通路網(wǎng)絡(luò)圖,見圖9。

        六邊形代表中藥;棱形代表化合物;長(zhǎng)方形代表疾病;圓形代表疾病靶點(diǎn);三角形代表信號(hào)通路hexagons represent traditional Chinese medicine;prisms represent compounds;rectangles represent diseases;circles represent disease targets;triangles represent signaling pathways圖9 成分-疾病-通路-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)Fig 9 Component-disease-pathway-target network

        3 討論

        3.1 藥物使用頻次分析

        本研究納入近年來中醫(yī)藥治療OP的方劑104張,包括135味中藥,其中使用頻次≥30次的中藥有14味。中醫(yī)治療OP以補(bǔ)益肝腎為主,居前3位的藥味為熟地黃(66次)、淫羊藿(65次)及當(dāng)歸(52次),“熟地黃→淫羊藿”組合出現(xiàn)頻次最高,熟地黃擅補(bǔ)腎陰,淫羊藿擅補(bǔ)腎陽(yáng),二藥配伍,增強(qiáng)了補(bǔ)腎壯骨的功效。而“山藥→熟地黃”組合的關(guān)聯(lián)性最高。山藥具有補(bǔ)脾養(yǎng)胃、補(bǔ)腎澀精的功效,與熟地黃配伍應(yīng)用,又具有收斂的作用,可滋陰益精,大補(bǔ)元?dú)?。采用層次聚類分析,共得?個(gè)新方劑。

        3.2 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析

        運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,通過TCMSP、UniProt和GeneCards等數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)合Cytoscape軟件研究核心藥對(duì)治療OP的內(nèi)在機(jī)制。核心藥對(duì)與疾病的前10位共同靶點(diǎn)分別為白介素6(IL-6)、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶(Akt1)、白介素1β(IL-1β)、宿主的原癌基因(JUN)、環(huán)氧合酶2(PTGS2)、半胱氨酸肽酶3(CASP3)、基質(zhì)金屬蛋白酶9(MMP9)、雌激素受體1(ESR1)、原癌基因(FOS)和纖維連接蛋白1(FN1)。IL-6是促進(jìn)破骨細(xì)胞增殖分化的重要因子[11]。淫羊藿苷通過降低骨質(zhì)疏松模型小鼠骨組織中IL-6的表達(dá),抑制骨質(zhì)吸收,產(chǎn)生抗OP的作用[12-13]。Akt1屬于絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族,激活A(yù)kt1可發(fā)揮多種生物效應(yīng),包括細(xì)胞增殖、代謝及血管生成等[14];同時(shí),可調(diào)控成骨分化和破骨分化[15]。網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治龅玫胶诵乃帉?duì)治療OP的主要活性成分為槲皮素、山柰酚、木犀草素和漢黃芪素等。槲皮素屬于黃酮類化合物,能促進(jìn)成骨細(xì)胞分化,抑制破骨細(xì)胞生成[16],提高大鼠骨密度[17]。山柰酚屬于黃酮醇,能抑制破骨細(xì)胞的骨吸收和促進(jìn)成骨細(xì)胞的分化[18-19]。木犀草素能抑制氧化應(yīng)激,促進(jìn)細(xì)胞增殖及成骨細(xì)胞的分化[20];同時(shí),通過減少破骨細(xì)胞分化和降低骨吸收功能來預(yù)防絕經(jīng)后骨質(zhì)疏松癥[21]。GO及KEGG富集結(jié)果顯示,“熟地黃-當(dāng)歸-牛膝-黃芪-淫羊藿”核心藥對(duì)治療OP的生物過程有氧化應(yīng)激的反應(yīng)、細(xì)胞對(duì)化學(xué)應(yīng)激的反應(yīng)及對(duì)營(yíng)養(yǎng)水平的反應(yīng),分子功能涉及DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、RNA聚合酶Ⅱ特異性DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合及信號(hào)受體激活劑活性等;涉及的主要信號(hào)通路包括晚期糖基化終末產(chǎn)物(AGE)-AGE受體(RAGE)、脂質(zhì)動(dòng)脈粥樣化、IL-17信號(hào)通路及腫瘤壞死因子(TNF)信號(hào)通路等。

        綜上所述,槲皮素、木犀草素和山柰酚等為治療OP的重要有效成分,可通過作用于IL-6、Akt1和IL-1β等關(guān)鍵靶點(diǎn),參與AGE-RAGE、脂質(zhì)動(dòng)脈粥樣化、IL-17信號(hào)通路及TNF信號(hào)通路等達(dá)到治療OP的作用。本研究運(yùn)用數(shù)據(jù)挖掘及網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法為臨床治療OP提供了可借鑒的中藥配伍,為下一步的實(shí)驗(yàn)研究奠定了理論基礎(chǔ)。

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