王 艷,張志忠,徐前明
(1.合肥野生動物園 230031;2.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院 230036 )
白鶴是瀕危滅絕的動物之一,因其對環(huán)境適應(yīng)能力較差,不能適應(yīng)于人類經(jīng)濟(jì)活動導(dǎo)致的生存條件劇烈變化。因此, 野外白鶴數(shù)量正在急劇減少。根據(jù)國際鶴類研究中心發(fā)布的數(shù)據(jù),60年代初期有幾千只白鶴,而到了1978年全世界只剩下兩百多只。國際生物學(xué)界認(rèn)為白鶴瀕臨滅絕, 將白鶴收錄在《紅皮書》中作為警示。
球蟲病﹑血液原蟲病是導(dǎo)致白鶴大批死亡的主要疾病。我國禽類感染球蟲較為常見,野生禽類也較為普遍,但白鶴發(fā)生該病較為少,白鶴球蟲在國內(nèi)外報道資料不為常見,累積資料較少,尚無詳盡統(tǒng)計資料給予描述ITS基因在球蟲蟲種鑒定上的應(yīng)用。本次對所分離的白鶴球蟲進(jìn)行鑒定,以便為白鶴球蟲分類奠定基礎(chǔ)。
采集糞便樣品來自合肥野生動物園救助野生白鶴。
提供自安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院寄生蟲實驗室的大腸桿菌DH5α;從TaKaRa公司購買的pMD-19T載體。
PCR儀(Applied Biosystems公司);DYY-6C型電泳儀(北京市六一儀器廠);全自動凝膠成像分析儀(上海培清科技公司,型號JS680D);DHP恒溫培養(yǎng)箱(上海實驗儀器廠有限公司,型號XMT-A7000);冷凍高速離心機(jī)(賽默飛世爾科技)。
瓊脂糖,SDS和Tris堿(均購自北京鼎國生物技術(shù)有限公司);Blood DNA kit(上海索萊寶生物科技有限公司);膠回收試劑盒(QIAGEN公司);營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基(購自上海瑞楚生物科技有限公司);普通肉湯(上海喬羽生物科技有限公司);實驗室提供的鮮血營養(yǎng)瓊脂平板。PCR擴(kuò)增所用試劑:TaqDNA聚合酶﹑PCR緩沖液﹑MgCl2﹑dNTPs﹑DNA Maker DL2000﹑蛋白酶K均為TaKaRa公司產(chǎn)品。姬姆薩染料(購自Sigma公司)。
2.1.1 球蟲卵囊分離與純化
從合肥市野生動物園收集白鶴糞便,按照張龍樂等【2】報道的方法,采用飽和食鹽水漂浮法進(jìn)行球蟲卵囊分離與純化。
2.1.2 DNA提取
第一,將上述收集的1×105個球蟲卵囊用玻璃珠打碎,加入300μL細(xì)胞裂解液和20μL蛋白酶K作用4h,再向每管再加入酚和氯仿各200μL,小心顛倒混勻幾下。13000 rpm 離心13 min。轉(zhuǎn)移上清至新管。
第二,加入600μL氯仿:異戊醇(24:1),震蕩10s,14000rpm離心3min。
第三,取上清液至新管,再向該EP管中加入2倍體積即200μL的無水乙醇。
第四,在-20℃的冰箱中冷凍保存30min。13000rpm 離心13min。丟棄上清。
第五,加入500μL的75%乙醇注入EP管中,輕輕地轉(zhuǎn)上幾下,清洗下EP管,然后去掉液體。
第六,干燥箱內(nèi)干燥20min。
第七,加入30μL的TE緩沖液,來回吹打幾次即可,所提取的基因組用于PCR反應(yīng)。
2.1.3 引物的設(shè)計
根據(jù)GenBank.U88565用Primer5.0設(shè)計一對引物,預(yù)計擴(kuò)增的片段為539bp,引物由華大基因生物技術(shù)有限公司合成。
2.1.4 PCR擴(kuò)增目的基因
取根據(jù)模板的編號進(jìn)行相應(yīng)編號的EP管按照下面的體系加樣:
mix(Taq酶和dNTP) 12.5μl上下游引物 各1μl DNA模板 1μl dd水 9.5μl Total 25μl
PCR反應(yīng)參數(shù)如下:預(yù)變性:94℃ 5min;變性:94℃45s;退火:56℃ 30s;復(fù)性:72℃ 30s;進(jìn)行35個循環(huán),完成后在72℃ 延長10min,于4℃下保存。
2.1.5 瓊脂糖電泳檢測PCR擴(kuò)增產(chǎn)物
將PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳(100V,40min)后,全自動凝膠成像儀分析并拍照。
按照回收試劑盒回收PCR產(chǎn)物。
2.3.1連接PCR產(chǎn)物與T載體
連接體系如下:
PMD-19T 1μl SolutionⅠDNA回收片段ddH2O5μl 3μl 1μl總體積 10μl
短暫離心后于4℃下保存過夜。
2.3.2 轉(zhuǎn)化
方法步驟如下:
第一,10μL連接產(chǎn)物與100μL感受態(tài)細(xì)胞混勻后,冰上作用30min。第二,然后42℃作用90s。第三,加入1μLLB培養(yǎng)基,180r /min振蕩培養(yǎng)1h。第四,12000 r/min離心20s,去掉800μL,剩余的用涂棒均勻涂布在Amp平板上,放置10min后,倒置恒溫培養(yǎng)16h。
2.3.3陽性菌的克隆鑒定
用滅菌的槍頭從平板上挑取4個單菌落,置入滅菌的LB培養(yǎng)基中培養(yǎng)(含50μg/ ml Amp)至飽和。然后采用菌落PCR方法對其鑒定。
2.3.4基因的測序與比對
將經(jīng)PCR鑒定為陽性的克隆送至上海生物工程公司進(jìn)行測序鑒定,測定的序列經(jīng)NCBI中Blast工具進(jìn)行序列比對,同時采用DNAstar軟件對其抗原性進(jìn)行分析。
圖1 白鶴球蟲卵囊形態(tài)特征(400×)
將所得球蟲進(jìn)行孢子化試驗(置入2.5%重鉻酸鉀溶液,28℃),發(fā)現(xiàn)該球蟲最早孢子化時間約為23h。對其卵囊形態(tài)觀察,其大小約為16-18μm×8-12μm,孢子化后4個孢子囊,每個孢子囊中含有2個子孢子。在外形上,一端窄,一端稍頓,無極孔和極冒等結(jié)構(gòu)。初步判定屬于艾美耳球蟲屬。
用自行設(shè)計并由華大基因生物技術(shù)有限公司合成的一對引物,分別擴(kuò)增該糞便基因組DNA,得到PCR產(chǎn)物,將產(chǎn)物用1%瓊脂糖凝膠電泳后,參照2000 DNA Marker 標(biāo)記,在500~750 bp間出現(xiàn)一條DNA特異性條帶,與預(yù)期在539bp相符,沒有非特異性條帶出現(xiàn),擴(kuò)增成功,瓊脂糖凝膠電泳圖:
圖2 PCR擴(kuò)增結(jié)果
CGGcCAGTGcCAaGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACGATTTTGGTCAGGAAGTTACTTAAATAGAGCCCTCTAAAGGATGCAAAACTCGTAACACGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTCACACTTGTTCGAAATGATAATGGAATGGATCTTCCTTATCGATTTCGGATGATTTCCCACCGCATTGTATCAATCATTGAATCCGTGGCGTCTGCATGCATGGATTGGTGGCCGGCCCATCCGTGCATACCAATGGGATCATATGGATATTCACCCCACAAAGGTTTCTCTTTTTTATTTAAAGCTTAACTACTACTGCATATATACGGCGATTTGCGCAAAATGAGGAGCCGCATGCGGGTCGGCATGCAGCCCCGGGCAGTGGGGCATTGCACGGCGGCGAGGATGTGACCTTGTGTCACTTCGCTCCCCGGGCAAACATCGTTATGAAATCGCGATCTATATACCCACGGGTATTATGTTGTATGTTATTTTAAAAACTTTTTACAATGGATGTCTTGGCTCGTGCAT
所得基因經(jīng)華大生物公司測序,所得序列長度為539bp,其中G+C含量為48.2%,A+T含量為51.8%。
將測序結(jié)果與GenBank中其他分離株基因序列進(jìn)行了序列比對,結(jié)果發(fā)現(xiàn),該分離株的基因與其他毒株的核苷酸同源性均在96%以上,由繪制的進(jìn)化樹分析可知,該分離株與艾美球蟲屬(A株)(登錄號為MF356556.1)親緣關(guān)系最近,與其他分離株的核苷酸同源性為77%~96%.
由圖3可知,采用Mage軟件分析,運(yùn)用最大簡約法計算白鶴球蟲(Grane eimeria)ITS-1與所報道的E. gruis在遺傳距離上最為接近,而與其他球蟲不在同一分支上,且離隱孢子蟲(Cryptosporidium parvum)遺傳距離差距最大。
圖3 所得基因遺傳進(jìn)化樹分析結(jié)果
4.1 白鶴球蟲種類鑒定
根據(jù)臨床資料及實驗室檢驗結(jié)果, 本園白鶴發(fā)生的疫病主要為球蟲感染所致。根據(jù)形態(tài)學(xué)鑒定,采用孢子化時間測定,卵囊指數(shù)和卵囊大小,外形特征和內(nèi)部結(jié)構(gòu)。所測的指數(shù)與雞球蟲均不完全相同,與孔雀球蟲也不一致。與萬雪﹑劉冰許等報道丹頂鶴球蟲種類也不一致,他們發(fā)現(xiàn)丹頂鶴球蟲大小為卵囊大小約為18μm ×16μm,這種球蟲寬度明顯大于本次發(fā)現(xiàn)的球蟲寬度,其外形是寬橢圓形,而本次發(fā)現(xiàn)白鶴球蟲是長橢圓形[3,4]。采用分子生物學(xué)鑒定方法,根據(jù)ITS-1基因?qū)ζ浞N類鑒定,這種方法以備廣泛采用和實踐,如辛玲等人采用該方法鑒定雞球蟲種類[5]。ITS-1基因在不同種球蟲是存在差異性的,是作為種類鑒定的理想靶分子基因,不同物種ITS基因差異是較大的,這樣可以較好地區(qū)別出不同種類球蟲。本次擴(kuò)增出ITS-1基因在同源性上,與已知柔嫩艾美耳球蟲﹑火雞球蟲等差異性較大,同源性最高為96%(但只是擴(kuò)增539bp中的部分序列),部分同源性更低,只有77%,初步說明本次白鶴球蟲與已報道球蟲ITS-1基因序列并不是同一序列,差異較大,可推測為它不同于其他球蟲。在對作遺傳進(jìn)化樹分析,發(fā)現(xiàn)其與所報道的Eimeria gruis在遺傳距離上最為接近,而與其他球蟲不在同一分支上,且離隱孢子蟲(Cryptosporidium parvum)遺傳距離差距最大。
4.2 球蟲病的發(fā)生與環(huán)境衛(wèi)生﹑飼養(yǎng)密度﹑氣候﹑飼養(yǎng)管理﹑鶴鳥日齡大小等因素呈密切相關(guān)的。所以球蟲病防治必須搞好場地環(huán)境衛(wèi)生, 搞好舍內(nèi)衛(wèi)生制度, 做好消毒措施, 并保持籠舍干燥清潔, 保持飲水和食物的干凈清潔。營養(yǎng)條件是控制球蟲病另外重要手段,應(yīng)供給鶴群充足營養(yǎng)的飼料, 補(bǔ)充足夠維生素A和C,發(fā)病時減少飼料中的鈣含量等,對于球蟲病控制也是十分必要的。一旦發(fā)生球蟲病,除了藥物,應(yīng)給予魚肝油配合治療,提高療效。