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        動(dòng)物源性大腸桿菌的耐藥性和氨基糖苷類耐藥基因的檢測(cè)

        2023-03-03 04:38:26許倩倩楊躍飛王彥紅
        中國(guó)獸醫(yī)雜志 2023年2期
        關(guān)鍵詞:耐藥

        周 佳,許倩倩,楊躍飛,王彥紅,3

        (1. 揚(yáng)州大學(xué)獸醫(yī)學(xué)院,江蘇 揚(yáng)州 225009 ; 2. 揚(yáng)州大學(xué) 江蘇高校動(dòng)物重要疫病與人獸共患病防控協(xié)同創(chuàng)新中心,江蘇 揚(yáng)州 225009 ; 3. 江蘇省人獸共患病學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,江蘇 揚(yáng)州 225009)

        大腸埃希菌(Escherichiacoli,E.coli)俗稱大腸桿菌,是一種常見的致病菌。由于抗菌藥的頻繁使用,導(dǎo)致動(dòng)物養(yǎng)殖環(huán)境中致病性大腸桿菌耐藥菌株大量產(chǎn)生。這些耐藥菌通過多種途徑進(jìn)行傳播,或?qū)⑵淠退幓蛲ㄟ^畜禽產(chǎn)品直接傳遞給人類致病菌,引起交叉耐藥,對(duì)人類健康構(gòu)成了嚴(yán)重的威脅[1]。

        氨基糖苷類抗菌藥屬于廣譜抗菌藥,具有高效、藥物動(dòng)力學(xué)優(yōu)良和與其他抗菌藥物有協(xié)同作用等特點(diǎn),是治療大腸桿菌感染的常用藥物。氨基糖苷類抗菌藥可作用于原核細(xì)胞核糖體30S亞單位中16S rRNA的A位,使細(xì)菌在合成蛋白的過程中發(fā)生錯(cuò)誤翻譯,錯(cuò)誤的蛋白質(zhì)插入細(xì)胞膜造成其斷裂從而使細(xì)胞內(nèi)重要物質(zhì)外漏,細(xì)胞迅速死亡[2]。但因?yàn)榘被擒疹愃幬镌谂R床治療中的過度使用和不合理使用,對(duì)其耐藥的臨床分離株越來越多。細(xì)菌對(duì)氨基糖苷類藥物的耐藥機(jī)制主要有3種:改變細(xì)胞膜通透性、激活外排泵系統(tǒng),使抗菌藥物在細(xì)菌胞體內(nèi)積聚量減少;產(chǎn)生氨基糖苷類藥物修飾酶,滅活藥物;核糖體結(jié)合位點(diǎn)的改變,包括A位點(diǎn)的突變和16S rRNA甲基化酶對(duì)靶位點(diǎn)的修飾作用[3]。本試驗(yàn)選取大腸桿菌aac(3)-II、arm(A)和aac(6′)-Ib三種耐藥基因進(jìn)行檢測(cè)分析,以期為大腸桿菌耐藥性的研究提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 病料來源 采集2018年1—3月?lián)P州大學(xué)動(dòng)物醫(yī)院畜禽門診和寵物門診的送檢病例,共收集115例病例的病料,送檢病例包括雞29例,鵝32例,犬25例,貓15例,豬10例,兔1例,鴿3例。畜禽門診病例取病死動(dòng)物(如雞、鵝和豬)的肝和脾等組織作為病料,寵物門診病例取送檢樣品(如子宮蓄膿或有尿道炎癥的樣品)的犬貓尿樣作為病料。

        1.2 主要試劑與儀器 生化鑒定管、麥康凱瓊脂培養(yǎng)基、營(yíng)養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基和藥敏試紙片,均購(gòu)自杭州微生物試劑有限公司;PCR試劑盒,購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司;TaKaRa LATaq酶、dNTP Mixture、10×LA PCR BufferⅡ (Mg2+plus)、100 bp DNA Ladder、Super GelRed 10 000×in Water、10× Ladder Buffer,均購(gòu)自生工生物工程(上海)股份有限公司。超凈工作臺(tái)(型號(hào)為SW-CJ-IL),購(gòu)自蘇州凈化工作臺(tái)設(shè)備有限公司;恒溫培養(yǎng)箱(型號(hào)為GNP9080),購(gòu)自上海精宏試驗(yàn)設(shè)備有限公司;DNA擴(kuò)增儀(型號(hào)為4484073),購(gòu)自北京智杰方遠(yuǎn)科技有限公司;凝膠電泳儀(型號(hào)為DYCP-31DN),購(gòu)自北京六一生物科技有限公司。

        1.3 細(xì)菌分離和鑒定 將采集來的病料劃線于麥康凱平板,37 ℃培養(yǎng)18 h;挑取典型菌落在麥康凱平板上分區(qū)劃線,37 ℃培養(yǎng)18 h,再挑取單個(gè)菌落經(jīng)革蘭染色,顯微鏡觀察其形態(tài)。將純化后的細(xì)菌接種到各生化發(fā)酵管中培養(yǎng)并進(jìn)行靛基質(zhì)試驗(yàn)、甲基紅試驗(yàn)、V-P試驗(yàn)和枸櫞酸鹽利用試驗(yàn)(即IMViC試驗(yàn))。

        1.4 藥敏試驗(yàn) 藥敏試驗(yàn)判斷標(biāo)準(zhǔn)采用美國(guó)臨床實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì)(Clinical and Laboratory Standard Institute,CLSI)2013年推薦的抗菌藥物敏感試驗(yàn)紙片法[4]。檢測(cè)分離菌對(duì)β-內(nèi)酰胺藥物、氨基糖苷類藥物、氟喹諾酮類藥物、磺胺類藥物共7大類18種藥物的耐藥情況。采用WHONET 5.6軟件對(duì)藥敏試驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行分析。

        1.5 耐藥基因檢測(cè) 參照參考文獻(xiàn)[5-7]設(shè)計(jì)aac(3)-II、arm(A)和aac(6′)-Ib基因的引物,引物由生工生物工程 (上海) 股份有限公司合成。分離菌株按照煮沸裂解法提取DNA,以DNA作為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR反應(yīng)體系:10× Buffer 2 μL,dNTP 0.4 μL,上、下游引物各0.2 μL,Taq酶0.2 μL,滅菌雙蒸水補(bǔ)充至20 μL。PCR擴(kuò)增程序:95 ℃預(yù)變性4 min[aac(3)-II和aac(6′)-Ib]或5 min[arm(A)];94 ℃變性45 s[aac(3)-II和aac(6′)-Ib]或1 min[arm(A)],52 ℃[aac(3)-II]或53 ℃[aac(6′)-Ib和arm(A)]退火 45 s,72 ℃延伸50 s[aac(3)-II和aac(6′)-Ib]或1 min[arm(A)],共30個(gè)循環(huán);最后72 ℃再延伸8 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)2%瓊脂糖凝膠電泳觀察結(jié)果。其中aac(6′)-Ib檢測(cè)陽(yáng)性產(chǎn)物送至南京金斯瑞生物科技有限公司進(jìn)行測(cè)序,測(cè)序結(jié)果上傳至GenBank進(jìn)行比對(duì),分析其是否發(fā)生變異。

        2 結(jié)果

        2.1 細(xì)菌分離和鑒定 采集樣品經(jīng)麥康凱平板劃線培養(yǎng)后,培養(yǎng)基上有圓形、表面光滑的粉紅色菌落生長(zhǎng)。革蘭染色后鏡檢可觀察到革蘭陰性桿菌。分離菌株IMViC試驗(yàn)結(jié)果為“+、+、-、-”,與大腸桿菌生化特性一致。從115例病例的病料中共分離出65株大腸桿菌,包括鵝源19株,雞源18株,犬源11株,豬源10株,貓?jiān)?株,鴿源2株,兔源1株。

        2.2 藥敏試驗(yàn) 65株大腸桿菌分離菌株的耐藥情況見表1,分離菌株對(duì)鏈霉素、復(fù)方新諾明、阿莫西林、慶大霉素、環(huán)丙沙星、諾氟沙星、氟苯尼考和多西環(huán)素耐藥率均高于50.00%,耐藥率最高的為鏈霉素(75.38%),其次為復(fù)方新諾明(69.23%),最低為頭孢哌酮舒巴坦(0%)。不同動(dòng)物對(duì)藥物的耐藥程度略不同,氨基糖苷類阿米卡星、慶大霉素、卡那霉素、新霉素、鏈霉素和妥布霉素的耐藥率在鵝源大腸桿菌上分別是11.11%(2/18)、17.14%(6/35)、14.29%(4/28)、22.22%(6/27)、28.57%(14/49)和25.00%(7/28);雞源大腸桿菌上分別為50.00%(9/18)、37.14%(13/35)、35.71%(10/28)、48.15%(13/27)、32.65%(16/49)和32.14%(9/28);在犬源大腸桿菌上分別是22.22%(4/18)、20.00%(7/35)、17.86%(5/28)、11.11%(3/27)、12.25%(6/49)和17.86%(5/28);在豬源大腸桿菌上分別是11.11%(2/18)、20.00%(7/35)、21.43%(6/28)、14.81%(4/27)、18.37%(9/49)和14.29%(4/28);在貓?jiān)创竽c桿菌上分別是5.56%(1/18)、2.86%(1/35)、3.57%(1/28)、0、4.08%(2/49)和3.57%(1/28);在鴿源大腸桿菌中分別是0、2.86%(1/35)、7.14%(2/28)、3.70%(1/27)、4.08%(2/49)和7.14%(2/28);兔源大腸桿菌對(duì)氨基糖苷類藥物敏感。

        表1 65株大腸桿菌分離菌株的耐藥性分析

        2.3 耐藥基因檢測(cè) 對(duì)65株大腸桿菌分離株進(jìn)行aac(3)-II、arm(A)和aac(6′)-Ib耐藥基因檢測(cè),部分菌株分別擴(kuò)增出了412、482和315 bp目的條帶。統(tǒng)計(jì)結(jié)果見表2,14株分離菌株僅aac(3)-II基因呈陽(yáng)性(21.54%,14/65),其中3株為鵝源,5株為雞源,2株為犬源,4株為豬源;1株分離菌株僅攜帶aac(6′)-Ib-cr5基因(1.54%,1/65),為貓?jiān)矗?株分離菌株同時(shí)攜帶aac(3)-II和aac(6′)-Ib-cr5基因(6.15%,4/65),其中2株為鵝源,2株為豬源;1株分離菌株同時(shí)攜帶aac(3)-II、aac(6′)-Ib-cr5和arm(A)基因,為鵝源;而鴿源和兔源均沒有攜帶檢測(cè)的3種基因。

        表2 65株大腸桿菌分離株耐藥基因的PCR檢測(cè)

        2.4 多重耐藥分析 65株動(dòng)物源大腸桿菌分離菌株中51株對(duì)3類及以上的藥物表現(xiàn)耐藥,呈多重耐藥,其中雞源占比最多,為27.69%,其次為鵝源(21.54%)(表3)。

        表3 65株大腸桿菌分離株的多重耐藥比率

        3 討論

        本試驗(yàn)從115例臨床送檢病例中共分離出65株大腸桿菌,鵝源、雞源、鴿源分離率都超過了50%;藥敏試驗(yàn)結(jié)果顯示,氨基糖苷類抗菌藥中鏈霉素耐藥率最高,為75.38%;阿米卡星最低,為27.69%;然而,雞源大腸桿菌對(duì)其中幾種氨基糖苷類抗菌藥耐藥率較高,分別為阿米卡星50.00%(9/18)、慶大霉素37.14%(13/35)、卡那霉素35.71%(10/28)、新霉素48.15%(13/27),此氨基糖苷類抗菌藥耐藥性比展天松等[8]、朱永江等[9]的研究結(jié)果略有上升。本試驗(yàn)?zāi)退幓驒z測(cè)結(jié)果與他人研究結(jié)果[8,9]相似,aac(3)-II是江蘇地區(qū)氨基糖苷類主要流行基因,aac(3)-II能修飾慶大霉素和妥布霉素,aac(3)-II與慶大霉素的符合率為54.29%,與妥布霉素的符合率為67.86%,二者存在差異表明雖然多種氨基糖苷類藥物可以被一種鈍化酶修飾,然而酶對(duì)底物有嚴(yán)格的選擇性,這會(huì)造成其反應(yīng)的速度不一致,最終使得其耐藥性發(fā)生了較大的差異[8]。aac(6′)-Ib在遼寧和廣西等地區(qū)豬源大腸桿菌中攜帶率較高[10,11]。aac(6′)-Ib能修飾阿米卡星、妥布霉素和卡那霉素,氨基糖苷乙酰轉(zhuǎn)移酶的變異基因aac(6′)-Ib-cr能使氨基糖苷類藥物和氟喹諾酮類藥物同時(shí)失活。該基因編碼的滅活酶可使環(huán)丙沙星和諾氟沙星中的氨基氮發(fā)生乙?;?從而使其抗菌活性下降[5]。較多研究表明,大腸桿菌中aac(6′)-Ib出現(xiàn)變異可增加對(duì)環(huán)丙沙星的耐藥[5,10,12]。本試驗(yàn)中6株攜帶aac(6′)-Ib-cr基因的分離菌株對(duì)環(huán)丙沙星和諾氟沙星耐藥均為100%。本試驗(yàn)65株大腸桿菌分離菌株中共有51株呈多重耐藥,其中雞源多重耐藥的情況最普遍,可能與雞在飼養(yǎng)過程中抗菌藥物的用量大、種類多和頻率高有關(guān),導(dǎo)致雞源的耐藥水平偏高。分析大腸桿菌對(duì)氨基糖苷類藥物的耐藥性并檢測(cè)其耐藥基因,有利于預(yù)測(cè)大腸桿菌潛在的耐藥問題,從而對(duì)指導(dǎo)臨床合理用藥具有十分重要的意義。

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