陳瑛瑤,儲(chǔ)香玲,俞 昕,蘇春霞
同濟(jì)大學(xué)附屬上海市肺科醫(yī)院腫瘤科,上海 200433
免疫檢查點(diǎn)抑制劑(immune checkpoint inhibitor,ICI)旨在激活腫瘤免疫循環(huán),通過阻斷腫瘤免疫逃逸,利用自身免疫細(xì)胞,特別是T細(xì)胞來消滅腫瘤細(xì)胞[1]。以程序性死亡[蛋白]-1(programmed death-1,PD-1)或程序性死亡[蛋白]配體-1(programmed death ligand-1,PD-L1)抑制劑、細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞相關(guān)抗原4(cytotoxic T lymphocyte associated antigen-4,CTLA-4)抑制劑為代表的ICI已被廣泛應(yīng)用于臨床,顯著延長了腫瘤患者的生存時(shí)間[2-3]。以晚期黑色素瘤為例,使用帕博利珠單抗治療的患者5年生存率已提升至38.7%[4-6]。然而,并非所有患者都能從免疫治療中獲益,在大多數(shù)晚期實(shí)體瘤患者中,ICI單藥治療的有效率約為23%[6]。此外,初次免疫治療有效的患者也可能在后續(xù)治療中產(chǎn)生耐藥性[7-8]。因此,建立有效的免疫治療效果相關(guān)預(yù)測(cè)模型十分重要。
目前,已獲美國食品藥品管理局(Food and Drug Administration,F(xiàn)DA)批準(zhǔn)的免疫治療生物標(biāo)志物包括PD-L1、腫瘤突變負(fù)荷(tumor mutation burden,TMB)及微衛(wèi)星不穩(wěn)定性/錯(cuò)配修復(fù)缺陷(microsatellite instability/mismatch repair deficiency,MSI/dMMR)[9]。研究較多的生物標(biāo)志物還包括特定的基因突變、腫瘤浸潤免疫細(xì)胞、循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)及腸道微生物群等[10-12]。然而,標(biāo)志物的預(yù)測(cè)效能往往會(huì)受到腫瘤類型、樣本量及檢測(cè)方法等因素的影響[13-14]。為提高生物標(biāo)志物的有效性和普適性,有必要探索出更加客觀、可行的療效預(yù)測(cè)工具。
預(yù)測(cè)模型是通過統(tǒng)計(jì)學(xué)方法對(duì)不同途徑獲取的不同類型數(shù)據(jù)進(jìn)行整合,并從中計(jì)算出個(gè)別患者發(fā)生特定臨床事件的概率,進(jìn)而對(duì)患者治療獲益進(jìn)行評(píng)估的一種量化工具[15]。預(yù)測(cè)模型建立的主要步驟包括數(shù)據(jù)收集、變量篩選、模型構(gòu)建、驗(yàn)證及評(píng)估[16]。目前在腫瘤領(lǐng)域,預(yù)測(cè)模型已嘗試應(yīng)用于多種臨床場景,并取得了較大進(jìn)展。例如,利用遺傳學(xué)特征、人口學(xué)特征、肺功能檢查結(jié)果等數(shù)據(jù)建立肺癌患病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型,該類模型能夠優(yōu)化肺癌篩查策略,從而實(shí)現(xiàn)癌癥的早篩、早診[17]。同樣,根據(jù)相關(guān)實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)數(shù)據(jù)等建立的晚期肝癌患者生存預(yù)測(cè)模型能夠精準(zhǔn)地預(yù)測(cè)肝癌患者的短期死亡風(fēng)險(xiǎn),進(jìn)而輔助醫(yī)師調(diào)整患者的后續(xù)治療方案[18]。近年來,隨著個(gè)體多變量預(yù)后預(yù)測(cè)模型透明化報(bào)道聲明[15]的發(fā)布,預(yù)后預(yù)測(cè)模型的建立逐漸公開化、系統(tǒng)化,形成了一套完整的模型評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)。本文通過匯總基于不同數(shù)據(jù)源和不同方法所建立的免疫治療效果相關(guān)預(yù)測(cè)模型(表1),并對(duì)現(xiàn)有的預(yù)測(cè)模型進(jìn)行梳理和評(píng)價(jià),以期為免疫治療獲益人群篩選途徑的探索提供新思路。
表1 ICI療效相關(guān)預(yù)測(cè)模型匯總Tab.1 Summary of ICI efficacy-related prediction models
表1(續(xù))
隨著測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展與普及,腫瘤研究進(jìn)入了多維度、多組學(xué)的大數(shù)據(jù)時(shí)代。一方面,腫瘤基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)等數(shù)據(jù)能夠讓研究者在分子層面對(duì)腫瘤的發(fā)生、發(fā)展機(jī)制及治療模式進(jìn)行探索[45-46];另一方面,癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表達(dá)匯編(Gene Expression Omnibus,GEO)等公共數(shù)據(jù)庫的建立,進(jìn)一步開拓了研究人員獲取有效數(shù)據(jù)的途徑?;谀[瘤多組學(xué)數(shù)據(jù),我們可以采用統(tǒng)計(jì)學(xué)算法篩選出有意義的自變量并建立臨床預(yù)測(cè)統(tǒng)計(jì)學(xué)模型。此外,機(jī)器學(xué)習(xí)算法的引入能夠幫助我們實(shí)現(xiàn)大數(shù)據(jù)的高效處理。以深度學(xué)習(xí)為例,利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)輸出計(jì)算機(jī)體層成像(computed tomography,CT)圖像或組織病理學(xué)圖像的特征,結(jié)合影像組學(xué)分類器,可以建立基于醫(yī)學(xué)圖像的腫瘤免疫治療效果預(yù)測(cè)模型[47](圖1)。
圖1 ICI療效預(yù)預(yù)測(cè)統(tǒng)計(jì)學(xué)模型概況Fig.1 Overview of statistical models for predicting the efficacy of ICI
研究[48]顯示,癌癥患者原發(fā)性耐藥的發(fā)生率為7%~ 27%,繼發(fā)性耐藥的發(fā)生率高達(dá)20%~ 44%。其中遺傳信息變異可能會(huì)導(dǎo)致腫瘤抗原免疫原性不足、T細(xì)胞耗竭、腫瘤微環(huán)境抑制等,進(jìn)而導(dǎo)致耐藥[49]。因此從不同的數(shù)據(jù)維度挖掘患者的遺傳信息,是建立療效預(yù)測(cè)模型的思路之一。
1.1.1 基于基因組學(xué)及轉(zhuǎn)錄組學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)
Bai等[19]提取316例接受免疫治療的非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的DNA測(cè)序數(shù)據(jù),篩選并建立一個(gè)由8種基因(TP53、KRAS、STK11、EGFR、PTPRD、KMT2C、SMAD4和HGF)組成的基因突變標(biāo)記(genomic mutation signature,GMS)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型,并根據(jù)GMS評(píng)分將患者分為高GMS(評(píng) 分>0.565)組和低GMS(評(píng)分≤0.565)組。結(jié)果顯示,與低GMS組患者相比,高GMS組患者有更長的無進(jìn)展生存期(progression-free survival,PFS)[6.63個(gè)月vs2.50個(gè)月,風(fēng)險(xiǎn)比(hazard ratio,HR)=0.41,P<0.000 1]及總生存期(overall survival,OS)(未達(dá)到vs13.00個(gè)月,HR=0.53,P=0.027 5),這一發(fā)現(xiàn)在內(nèi)部驗(yàn)證隊(duì)列及外部驗(yàn)證隊(duì)列中均得到證實(shí),作者進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),GMS評(píng)分與PD-L1檢測(cè)聯(lián)合能進(jìn)一步提高對(duì)PD-1抑制劑療效的預(yù)測(cè)能力,有較大的潛力成為臨床實(shí)用的輔助預(yù)測(cè)工具。
為了更全面地評(píng)估腫瘤基因組學(xué)特征,Chowell等[20]在研究中納入16種不同癌癥類型的患者(n=1 479),包括NSCLC、黑色素瘤、肝細(xì)胞癌、乳腺癌等,整合了TMB、MSI、拷貝數(shù)變異分?jǐn)?shù)(fraction of copy number alteration,F(xiàn)CNA)等多種基因組學(xué)數(shù)據(jù),并結(jié)合臨床特征及人口統(tǒng)計(jì)學(xué)數(shù)據(jù),建立了免疫治療臨床反應(yīng)預(yù)測(cè)模型[曲線下面積(area under curve,AUC)>0.80]。該模型在不同癌癥類型中均表現(xiàn)良好,有較高的普適性。
除探討腫瘤的基因組學(xué)特點(diǎn)外,對(duì)其基因表達(dá)特征進(jìn)行分析也是很多研究的聚焦點(diǎn)。Dai等[21]、Gu等[22]和Yi等[23]均利用TCGA數(shù)據(jù)庫,提取腫瘤免疫相關(guān)基因表達(dá)特征,據(jù)此構(gòu)建免疫治療效果預(yù)測(cè)模型。Hong等[24]鑒定了腫瘤缺氧相關(guān)基因,建立了一個(gè)基于4種基因(TKTL1、JMJD6、IRS2、ANXA2)的風(fēng)險(xiǎn)分層系統(tǒng),可以通過評(píng)估腫瘤的缺氧微環(huán)境來預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)移性尿路上皮癌患者的治療反應(yīng)(AUC=0.71)。另有研究[25]篩選出6種細(xì)胞焦亡相關(guān)基因并建立風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分系統(tǒng),證實(shí)不同風(fēng)險(xiǎn)人群的腫瘤免疫細(xì)胞浸潤有較大差異,高風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的患者對(duì)ICI有較好的應(yīng)答(AUC=0.728)。基于mRNA表達(dá),而非基因突變或表觀遺傳修飾來預(yù)測(cè)療效不需要對(duì)患者進(jìn)行全基因組測(cè)序,臨床可行性高。但上述模型的數(shù)據(jù)維度都較為單一,且對(duì)于所篩選出來的基因如何影響ICI療效的理論機(jī)制有待進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。
Zhang等[26]對(duì)肺腺癌患者中來自B7-CD28和腫瘤壞死因子(tumor necrosis factor,TNF)家族的共刺激分子進(jìn)行研究,初步構(gòu)建了一個(gè)基于5種基因(CD40LG、TNFRSF6B、TNFSF13、TNFRSF13C和TNFRSF19)的共刺激分子表達(dá)簽名(costimulatory molecule-based signature,CMS),用以建立風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分系統(tǒng),結(jié)果表明,高風(fēng)險(xiǎn)組的OS顯著低于低風(fēng)險(xiǎn)組(HR=2.043 5,P<0.000 1)。該研究率先對(duì)肺腺癌患者進(jìn)行最全面的共刺激分子圖譜分析,有助于進(jìn)一步優(yōu)化癌癥的免疫治療策略。
近年來,單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)不斷普及,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(single cell RNA-sequence,scRNAseq)可以鑒別不同的細(xì)胞類型與其表達(dá)的基因,從單細(xì)胞層面更加精確地揭示腫瘤內(nèi)與腫瘤間的異質(zhì)性。Xiang等[27]收集胃癌患者腫瘤組織樣本的scRNA-seq數(shù)據(jù),根據(jù)胃癌細(xì)胞分化軌跡分析確定了3種不同分化狀態(tài)的細(xì)胞亞群,其中亞群Ⅰ/Ⅱ與代謝紊亂有關(guān),亞群Ⅱ與缺氧耐受有關(guān),亞群Ⅲ與免疫相關(guān)通路有關(guān)。由此構(gòu)建了基于胃癌細(xì)胞分化相關(guān)基因(gastric cancer differentiation-related gene,GDRG)的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型來預(yù)測(cè)患者接受免疫治療后的生存情況。此外,作者結(jié)合風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分、年齡、TNM分期和N分期這四種預(yù)后因素構(gòu)建列線圖預(yù)后模型,為預(yù)測(cè)患者的OS提供了一種可視化的方法。
在一項(xiàng)針對(duì)NSCLC的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜研究中,Leader等[28]聚焦腫瘤免疫微環(huán)境特征,探討免疫細(xì)胞表型的變化,該研究使用scRNAseq、轉(zhuǎn)錄組與細(xì)胞表位測(cè)序、T細(xì)胞受體測(cè)序分析了35例早期NSCLC病變中的361 929個(gè)細(xì)胞,構(gòu)建了迄今為止最大的早期肺癌免疫反應(yīng)scRNA圖譜。研究發(fā)現(xiàn),激活型T細(xì)胞、免疫球蛋白G(immunoglobulin G,IgG)+漿細(xì)胞及MoMΦ-Ⅱ細(xì)胞等與肺癌的發(fā)生有很高的相關(guān)性,作者將其稱為肺癌激活模塊(lung cancer activation module,LCAM),并建立了LCAM評(píng)分模型。根據(jù)該評(píng)分模型將患者分層,高LCAM評(píng)分(LCAM前25%)的患者能從免疫治療中獲得更長的PFS(7.3個(gè)月vs2.7個(gè)月,HR=0.58),提示LCAM可能是反映患者免疫激活特征的一個(gè)可靠指標(biāo)。
1.1.2 基于表觀遺傳學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)
除分析腫瘤基因組及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)外,表觀遺傳學(xué)調(diào)控也在腫瘤免疫反應(yīng)過程中發(fā)揮重要作用。表觀遺傳是指基于非基因序列改變所致基因表達(dá)水平的變化,包括DNA甲基化、組蛋白修飾、染色體重塑和非編碼RNA調(diào)控等[50]。表觀遺傳學(xué)調(diào)控在腫瘤免疫反應(yīng)過程中發(fā)揮著重要作用。Lu等[29]從TCGA數(shù)據(jù)庫中獲取子宮內(nèi)膜癌患者的TMB及miRNA表達(dá)相關(guān)數(shù)據(jù),將患者分為高TMB組和低TMB組,并篩選出兩組間差異表達(dá)的miRNA,構(gòu)建基于miRNA的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型。該評(píng)分能夠精確地反映患者的TMB水平,并預(yù)測(cè)其對(duì)ICI的治療反應(yīng)(AUC=0.911)。此模型在TMB的基礎(chǔ)上篩選表觀遺傳學(xué)變量,有很高的預(yù)測(cè)精準(zhǔn)度,但缺乏對(duì)這些免疫相關(guān)的miRNA如何調(diào)控腫瘤免疫活性的進(jìn)一步研究。
腫瘤免疫微環(huán)境中免疫細(xì)胞的表達(dá)調(diào)控,特別是長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)介導(dǎo)的免疫細(xì)胞浸潤,也影響著免疫治療患者的預(yù)后。LncRNA已被證明可通過多種途徑調(diào)節(jié)細(xì)胞自噬,從而影響腫瘤的發(fā)生、發(fā)展。近10年來,已有研究[51]將自噬相關(guān)lncRNA作為免疫治療生物標(biāo)志物進(jìn)行了深入探索,并證明其與癌細(xì)胞的生長、生存、染色質(zhì)修飾、基因組印跡等重要生物學(xué)行為密切相關(guān)。Gao等[30]從TCGA數(shù)據(jù)庫中提取375個(gè)胃癌組織和32個(gè)正常組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)并進(jìn)行分析,確定了與自噬相關(guān)的lncRNA,并結(jié)合臨床數(shù)據(jù),進(jìn)一步篩選出具有預(yù)后價(jià)值的lncRNA,構(gòu)建lncRNA風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分預(yù)后預(yù)測(cè)模型(AUC=0.713)。風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與免疫治療患者的OS率呈負(fù)相關(guān),與高風(fēng)險(xiǎn)患者相比,低風(fēng)險(xiǎn)患者的M0巨噬細(xì)胞、活化CD4+T細(xì)胞、肥大細(xì)胞等浸潤均增加。該模型預(yù)測(cè)能力良好,但仍需要在樣本量更大的外部隊(duì)列中進(jìn)行臨床驗(yàn)證。
1.1.3 基于外周血樣本相關(guān)數(shù)據(jù)
腫瘤患者的外周血中可能存在ctDNA、循環(huán)腫瘤細(xì)胞(circulating tumor cell,CTC)、腫瘤標(biāo)志性蛋白等物質(zhì),這些指標(biāo)能夠反映腫瘤的發(fā)生、發(fā)展?fàn)顟B(tài)[52]。目前,利用外周血樣本進(jìn)行預(yù)后預(yù)測(cè)的方法也已逐漸成熟。Nabet等[31]根據(jù)接受免疫治療的NSCLC患者(n=273)的PD-L1表達(dá)水平、循環(huán)CD8+T細(xì)胞及血液TMB開發(fā)并驗(yàn)證了免疫治療效果動(dòng)態(tài)評(píng)估模型(durable immunotherapy response estimation by immune profiling and ctDNA-pre-treatment,DIREct-Pre),高DIREct-Pre評(píng)分的患者較低評(píng)分患者有更長的PFS(HR=2.66,P=0.012)。此外,作者引入早期治療時(shí)的ctDNA水平,并在DIREct-Pre的基礎(chǔ)上對(duì)模型進(jìn)行了改進(jìn),構(gòu)建了基于治療前及早期治療時(shí)的ctDNA水平和外周血CD8+T細(xì)胞水平的評(píng)估模型(durable immunotherapy response estimation by immune profiling and ctDNA-on-treatment,DIREct-On),并證明了DIREct-On明顯優(yōu)于單獨(dú)應(yīng)用量化ctDNA進(jìn)行預(yù)測(cè)[凈重新分類指數(shù)(net reclassification index,NRI)=-1.13,P<0.01]。
在另一項(xiàng)基于外周血樣本的研究[32]中,作者收集多種癌癥類型患者(n=120)基線及第1次治療評(píng)估前的外周血樣本,提取外周血單個(gè)核細(xì)胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)進(jìn)行流式細(xì)胞免疫表型分析,建立了外周血免疫細(xì)胞標(biāo)簽(peripheral blood immune cells-based signature,BICS)。采用surv-cutpoint函數(shù)將患者進(jìn)行分組,高BICS組患者對(duì)ICI治療反應(yīng)較差,OS更短(HR=4.21,P<0.001)。此外,作者還構(gòu)建了基于外周血免疫細(xì)胞標(biāo)志物的機(jī)器學(xué)習(xí)SVM-RFE分類器模型來預(yù)測(cè)患者的臨床獲益,該模型的預(yù)測(cè)效能在各個(gè)癌癥類型中表現(xiàn)穩(wěn)定。
上述兩個(gè)模型避免了對(duì)腫瘤組織取樣的有創(chuàng)操作,易于實(shí)現(xiàn)動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè),后續(xù)應(yīng)進(jìn)一步在樣本量更大的隊(duì)列中進(jìn)行廣泛性驗(yàn)證。同時(shí)可以考慮納入更多可從外周血中獲取的與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展有關(guān)的信息進(jìn)行研究,如可溶性血漿蛋白、CTC、細(xì)胞因子等。
1.1.4 多組學(xué)聯(lián)用
以上研究中大多為單組學(xué)模型,無論是基因組還是轉(zhuǎn)錄組等都從分子層面深入挖掘了腫瘤免疫治療中的基礎(chǔ)生物學(xué)過程,具有重要臨床意義。但任一單組學(xué)所能納入的信息量有限,相較之下,多組學(xué)聯(lián)合具有全面性、多維性、系統(tǒng)性等優(yōu)勢(shì)。Newell等[33]檢測(cè)了77例接受抗PD-1治療的晚期皮膚黑色素瘤患者腫瘤組織的全基因組、轉(zhuǎn)錄組、甲基化數(shù)據(jù)和免疫細(xì)胞浸潤情況,通過回歸算法逐步篩選變量,最終構(gòu)建了基于γ干擾素(interferon-γ,IFNγ)和TMB的免疫治療效果預(yù)測(cè)評(píng)分模型(AUC=0.84)。根據(jù)評(píng)分可將患者分為高應(yīng)答者(評(píng)分>0.5)和低應(yīng)答者(評(píng)分<0.5),這兩組患者的PFS(P<0.000 1)及OS(P=0.001 8)差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。該模型能以較高的精度預(yù)測(cè)免疫治療效果(靈敏度為89%),但特異度欠佳,僅為53%,這可能與不同個(gè)體的耐藥機(jī)制存在異質(zhì)性有關(guān)。
影像組學(xué)是一種具備非侵入性、可重復(fù)性和高性價(jià)比的從醫(yī)學(xué)圖像中提取分子信息的方法。近年來,有研究[47]探索CT或18F-FDG正電子發(fā)射計(jì)算機(jī)體層成像(positron emission tomography and computed tomography,PET/CT)影像組學(xué)特征的臨床用途,并將這些影像組學(xué)特征與腫瘤免疫治療的應(yīng)答情況結(jié)合分析,發(fā)掘具有免疫治療效果預(yù)測(cè)價(jià)值的信息。
He等[34]共收集了327例NSCLC患者的CT影像數(shù)據(jù)和TMB數(shù)據(jù),通過深度學(xué)習(xí),挖掘出1 020個(gè)影像組學(xué)特征來區(qū)分高TMB和低TMB患者,并利用這些特征建立TMB放射性生物標(biāo)志物(TMB radiomic biomarker,TMBRB),進(jìn)而實(shí)現(xiàn)間接預(yù)測(cè)療效。TMBRB可以通過無創(chuàng)方法獲取,并有效地、低成本地將晚期NSCLC患者分組,低風(fēng)險(xiǎn)組較高風(fēng)險(xiǎn)組有更長的OS(301 dvs533 d,HR=0.54,P=0.030)。與此類似,Mu等[35]收集了來自3個(gè)機(jī)構(gòu)的697例NSCLC患者的18F-FDG PET/CT圖像和臨床數(shù)據(jù),建立了PD-L1深度學(xué)習(xí)評(píng)分(deep learning score,DLS)來間接預(yù)測(cè)療效,結(jié)果表明,PD-L1 DLS在PD-L1陽性和陰性患者之間的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(AUC≥0.82,P<0.05),且在預(yù)測(cè)PFS和OS方面,DLS與免疫組織化學(xué)(immunohistochemistry,IHC)測(cè)量的PD-L1水平?jīng)]有明顯差異,表明PD-L1 DLS或可替代IHC來準(zhǔn)確預(yù)測(cè)患者的免疫治療臨床獲益。TMBRB和PD-L1 DLS雖然是間接預(yù)測(cè)指標(biāo),但兩者都展現(xiàn)出良好的預(yù)測(cè)能力及臨床可行性。而腫瘤影像組學(xué)特征是否與免疫治療效果直接相關(guān)仍有待進(jìn)一步探索。
通過獲取NSCLC患者免疫治療前的肺部CT影像,利用機(jī)器學(xué)習(xí)對(duì)病灶的大量影像組學(xué)特征進(jìn)行提取計(jì)算,可以構(gòu)建預(yù)測(cè)模型,將患者進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)分類[36-39,42]。其中,Trebeschi等[36]發(fā)現(xiàn)具有不均勻密度模式和緊密邊界的異質(zhì)形態(tài)輪廓的病灶可能對(duì)免疫治療的反應(yīng)更佳,Nardone等[42]研究發(fā)現(xiàn),病灶緊密度較低、紋理熵值高的患者往往預(yù)后更差,這些影像組學(xué)特征可能與腫瘤中央缺氧、壞死及高侵襲性有關(guān)。Yang等[40]在CT影像特征的基礎(chǔ)上結(jié)合了臨床病理學(xué)變量,建立了列線圖模型,更利于臨床決策。
然而針對(duì)此類模型,Dercle等[41]提出,只利用基線的影像組學(xué)數(shù)據(jù)并不能準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)患者預(yù)后,腫瘤大小的變化是反映癌癥治療效果的早期評(píng)估基礎(chǔ)。因此,對(duì)比兩次CT中患者病灶的變化能夠?yàn)槟P偷慕⑻峁┬滤悸?。該作者在研究中收集?75例晚期黑色素瘤患者的臨床數(shù)據(jù),并獲取患者治療前及治療早期中的固定時(shí)間點(diǎn)的CT影像,利用機(jī)器學(xué)習(xí)隨機(jī)森林算法評(píng)估免疫治療患者的OS,最終篩選出4個(gè)影像組學(xué)變量:腫瘤的體積生長變化、腫瘤體積、腫瘤空間異質(zhì)性的定量表征變化、腫瘤邊緣表型的定量表征變化。由此確定了一組放射學(xué)特征,可以在治療早期評(píng)估不可切除的黑色素瘤患者的OS。該模型經(jīng)驗(yàn)證表現(xiàn)良好(AUC=0.92),證明了基線和首次隨訪時(shí)從常規(guī)CT圖像中識(shí)別出的放射學(xué)特征可用于臨床,為接受免疫單藥治療的黑色素瘤患者提供準(zhǔn)確的預(yù)后預(yù)測(cè)。盡管本研究僅聚焦于晚期黑色素瘤患者,文中指出的4個(gè)預(yù)測(cè)特征中有3個(gè)已于另一項(xiàng)針對(duì)結(jié)直腸癌患者的研究[53]中得到驗(yàn)證,后續(xù)或可探索出具有普遍性的免疫治療預(yù)后相關(guān)影像組學(xué)特征。
人工智能技術(shù)除應(yīng)用于腫瘤放射學(xué)外,也可用于分析腫瘤組織的病理學(xué)圖像。Hinata等[43]構(gòu)建了基于胃癌組織病理學(xué)圖像的深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)模型(AUC=0.947),用以篩選出對(duì)免疫治療敏感的人群。對(duì)于難以從放射學(xué)影像中獲取較多有效信息的癌癥類型,尤其是一些空腔臟器腫瘤,該方法更為經(jīng)濟(jì)且耗時(shí)較短,有助于對(duì)免疫治療患者進(jìn)行有效分層。
通過開展對(duì)腫瘤免疫微環(huán)境及免疫藥物與其相互作用機(jī)制的研究,現(xiàn)已積累了大量相關(guān)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。使用系統(tǒng)和定量的方法,結(jié)合分子動(dòng)力學(xué)、藥代動(dòng)力學(xué)、信號(hào)動(dòng)力學(xué)、微環(huán)境適應(yīng)機(jī)制等原理進(jìn)行數(shù)學(xué)建模變得越來越重要,利用數(shù)理機(jī)制模型模擬腫瘤內(nèi)生態(tài)環(huán)境及免疫藥物在體內(nèi)的生物學(xué)過程,可以幫助人們深入了解腫瘤的耐藥機(jī)制,預(yù)測(cè)藥物療效[54]。
Butner等[44]通過數(shù)學(xué)方法還原了ICI干預(yù)下腫瘤負(fù)荷隨時(shí)間變化的反饋過程,明確了這些生物過程之間的數(shù)學(xué)關(guān)系,建立了數(shù)學(xué)模型。作者從兩次CT影像中獲得腫瘤的生長速率,基于該數(shù)據(jù),利用模型來量化腫瘤細(xì)胞殺傷率、抗腫瘤免疫狀態(tài)、患者治療后的腫瘤增長率,從而計(jì)算出腫瘤的總體負(fù)荷,最終據(jù)此來預(yù)測(cè)接受免疫治療的轉(zhuǎn)移性肝細(xì)胞癌及肺癌患者的結(jié)果。該模型能夠較為準(zhǔn)確地描述患者對(duì)ICI的不同反應(yīng)模式,并識(shí)別出假性進(jìn)展者。雖然利用腫瘤體積變化來預(yù)測(cè)療效已有先例,但該研究首次從數(shù)學(xué)關(guān)系上描述了免疫治療的多種生物學(xué)機(jī)制,并將其應(yīng)用于前瞻性免疫治療臨床試驗(yàn)。
雖然利用數(shù)學(xué)方法建立療效預(yù)測(cè)數(shù)理機(jī)制模型已經(jīng)有了一定嘗試,但此類模型缺乏臨床驗(yàn)證,且鑒于人們對(duì)腫瘤免疫循環(huán)等生物學(xué)過程的機(jī)制研究仍然不夠透徹,很多參數(shù)仍然未知,目前難以還原復(fù)雜的免疫系統(tǒng)全貌。
為確保預(yù)測(cè)模型能夠有效、精準(zhǔn),模型的建立應(yīng)嚴(yán)格遵循數(shù)據(jù)收集與處理、變量篩選及模型構(gòu)建、驗(yàn)證評(píng)估的流程。在此流程中,Poldrack等[55]提出用以建模的樣本不應(yīng)少于幾百個(gè),應(yīng)嚴(yán)格對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行交叉驗(yàn)證,樣本內(nèi)模型擬合指數(shù)往往會(huì)夸大模型的預(yù)測(cè)能力,不應(yīng)僅以此作為判斷模型精準(zhǔn)度的證據(jù)等觀點(diǎn)。而本文所探討的模型中,大部分的建模樣本量都難以達(dá)到一定量級(jí),而小樣本數(shù)據(jù)往往去噪程度不足,易導(dǎo)致模型過擬合,泛化性不夠,這是這類預(yù)測(cè)模型的普遍局限之處。常見的解決方法包括擴(kuò)大研究規(guī)模、增大樣本量和引入正則化算法等。
其次,利用回歸算法建模,并最終形成風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分系統(tǒng)是療效預(yù)測(cè)模型常見的展現(xiàn)形式。此形式簡單易理解,但需要對(duì)連續(xù)變量進(jìn)行分類處理,會(huì)損失一定的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度[56]。研究者應(yīng)嘗試并開發(fā)多元化的模型展現(xiàn)形式,包括列線圖、圖形評(píng)分表等。不同形式之間相互補(bǔ)充,能夠更直觀、有效地將預(yù)測(cè)模型與患者的臨床決策相結(jié)合,提升預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度。
關(guān)于模型的驗(yàn)證,受數(shù)據(jù)量大小及方法的限制,部分研究缺乏內(nèi)部交叉驗(yàn)證或未在外部獨(dú)立數(shù)據(jù)集上進(jìn)行驗(yàn)證。且不同的模型均在不同的人群中使用不同的測(cè)試集進(jìn)行驗(yàn)證,缺乏模型之間的橫向比較。為改善這一結(jié)果,需要在同一數(shù)據(jù)集上對(duì)多個(gè)模型進(jìn)行測(cè)試,同時(shí)對(duì)比靈敏度、特異度和模型準(zhǔn)確度等[16]。未來需要多中心、大規(guī)模的前瞻性研究來評(píng)估免疫治療效果相關(guān)預(yù)測(cè)模型的有效性及實(shí)用性。
除改善模型的建立及評(píng)估方法外,我們也應(yīng)著重關(guān)注相關(guān)領(lǐng)域最新的研究進(jìn)展,對(duì)現(xiàn)有模型的參數(shù)進(jìn)行動(dòng)態(tài)調(diào)整,利用新的標(biāo)志物來增益模型。同時(shí),在單一組學(xué)模型的研究基礎(chǔ)上,應(yīng)嘗試進(jìn)行多組學(xué)聯(lián)用,擴(kuò)大數(shù)據(jù)的廣度和維度,更系統(tǒng)地評(píng)估腫瘤微環(huán)境。
對(duì)于影像組學(xué)預(yù)測(cè)模型,目前此類研究的流程并不規(guī)范,不同中心收集的影像組學(xué)數(shù)據(jù)質(zhì)量參差不齊,部分影像組學(xué)質(zhì)量評(píng)分(radiomics quality score,RQS)較低,且此類研究難以建立影像組學(xué)生物標(biāo)志物和生物學(xué)證據(jù)之間的因果關(guān)系,其內(nèi)在機(jī)制仍需進(jìn)一步探索。
在實(shí)際的臨床工作中,腫瘤基因檢測(cè)費(fèi)用較高,分析技術(shù)有一定門檻,模型的預(yù)測(cè)效能難以平衡其成本支出,因此很難取代目前臨床常用的PD-L1檢測(cè)。利用常規(guī)實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)數(shù)據(jù),如血生化、血常規(guī),以及CT、磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)等低成本檢測(cè)手段來開發(fā)模型有更高的臨床可行性。對(duì)于基于影像組學(xué)數(shù)據(jù)的模型,雖然影像組學(xué)數(shù)據(jù)獲取成本低,但后續(xù)利用人工智能輔助預(yù)測(cè)的過程中均需要專業(yè)醫(yī)師手動(dòng)分割病灶,分割過程會(huì)消耗大量的人力和時(shí)間,限制了模型的臨床應(yīng)用。目前,用于病灶自動(dòng)檢測(cè)和分割的深度學(xué)習(xí)技術(shù)正在開發(fā)中,這或許能夠進(jìn)一步優(yōu)化該類模型,實(shí)現(xiàn)臨床應(yīng)用。值得關(guān)注的是,盡管利用人工智能進(jìn)行療效預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確度已十分可觀,但是人工智能算法的不可解釋性導(dǎo)致人們無法明晰其工作原理,這一直是限制人工智能在醫(yī)療領(lǐng)域?qū)嶋H應(yīng)用的一大因素。因此如何規(guī)范計(jì)算機(jī)輔助的決策模式值得臨床醫(yī)學(xué)、倫理學(xué)等多學(xué)科共同探討。
基于腫瘤組織標(biāo)本的測(cè)序,雖然精確度、標(biāo)準(zhǔn)化程度高,可獲取的信息豐富,但其樣本獲取難度及操作風(fēng)險(xiǎn)較大,難以在各級(jí)醫(yī)院中普遍開展。近年來,更為微創(chuàng)的液態(tài)活檢備受關(guān)注。液態(tài)活檢是基于體液樣本的非侵入性的檢測(cè)方法,在腫瘤免疫治療領(lǐng)域中以外周血為基礎(chǔ)的液態(tài)活檢樣本最為常見。通過患者的血液樣本獲取游離的CTC、ctDNA、外泌體等,可以對(duì)腫瘤的演變進(jìn)行動(dòng)態(tài)評(píng)估[57-58]。但液態(tài)活檢也面臨檢測(cè)流程復(fù)雜、假陰性率高等問題,未來深入挖掘基于外周血樣本的數(shù)據(jù),并結(jié)合相關(guān)指標(biāo)建立預(yù)測(cè)模型值得繼續(xù)探索。
在大數(shù)據(jù)時(shí)代,建立臨床診療的全程化預(yù)測(cè)系統(tǒng)已經(jīng)成為趨勢(shì),對(duì)于腫瘤免疫治療我們同樣可以進(jìn)行嘗試。隨著免疫治療的廣泛應(yīng)用,腫瘤患者的生存率得到了提升,但有70%~ 91%的患者會(huì)發(fā)生免疫相關(guān)不良事件(immune-related adverse event,irAE),可累及全身多種器官和組織,包括皮膚、甲狀腺、肝、肺等[59]。此外,免疫治療過程中出現(xiàn)耐藥、超進(jìn)展、假性進(jìn)展等情況均會(huì)影響腫瘤患者的臨床獲益。因此,今后的研究可以考慮在療效預(yù)測(cè)模型中增加包括irAE在內(nèi)的多種結(jié)局事件作為探索指標(biāo),以形成抗腫瘤免疫治療的全程化精準(zhǔn)預(yù)測(cè)整合平臺(tái)。
利益沖突聲明:所有作者均聲明不存在利益沖突。