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        羊肉中貉源成分Real-time PCR檢測方法的建立

        2023-02-13 04:23:48湯思凝梅汝蕃郝立武張書宏王秋悅鄭百芹
        安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年1期
        關(guān)鍵詞:羊肉基因組特異性

        張 誼,湯思凝,梅汝蕃,郝立武,張書宏,王秋悅,鄭百芹*

        (1.唐山市食品藥品綜合檢驗檢測中心,河北唐山 063000;2.河北科技師范學(xué)院動物科技學(xué)院,河北秦皇島 066000)

        我國是羊肉產(chǎn)量大國,羊肉消費呈逐年增長的趨勢,但摻假問題一直是影響羊肉消費的關(guān)鍵問題,尤其是動物源性食品摻假是最常見也是最難鑒別的嚴重問題[1-2]。我國毛皮經(jīng)濟動物貉子養(yǎng)殖量大,每年會產(chǎn)出大量的貉子廢棄肉,貉子胴體有可能成為羊肉摻假中一類。截至目前,已經(jīng)開發(fā)了許多肉類摻假檢測的檢測技術(shù),包括Real-time PCR(qPCR)檢測技術(shù)、近紅外特征光譜技術(shù)、高光譜法、分光光度法和酶聯(lián)免疫分析法等[3-12]。這些檢測方法中,Real-time PCR特異性更強、靈敏度更高、成本更低,該方法在肉類摻假方面的應(yīng)用已日趨成熟[13-18]。該研究利用Real-time PCR,建立一種對貉肉源成分的快速檢測方法,以期對羊肉及其肉制品中貉肉源的摻假進行定性及定量的檢測,為量化羊肉成分研究提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料豬肉、牛肉、雞肉、鴨肉購自秦皇島某大型超市;羊肉、貉肉、狐貍?cè)?、貂肉由河北省預(yù)防獸醫(yī)重點實驗室提供;吸附柱法動物組織基因組DNA提取試劑盒、磁珠法動物組織基因組DNA提取試劑盒購自北京天根科技有限公司;瓊脂糖、DL2000 DNA Marker、2×ESTaqMasterMix(Dye)均購自北京索萊寶科技有限公司。

        1.2 儀器與設(shè)備NanoDrop 2000核酸蛋白定量儀(美國Thermo Scientific公司);DYY-6D型電泳儀(北京市六一儀器廠);高速離心機 FC5515R(上海京工實業(yè)有限公司);臺式高速離心機 TGL-16G(上海安亭科學(xué)儀器廠);Mx3000P Agilent(美國安捷倫Stratagene公司)。

        1.3 試驗方法

        1.3.1樣品的制備。分別取豬、牛、羊、雞、鴨、狐貍、貉、貂8種動物的鮮肉組織樣本各1 g,放在高壓滅菌處理過的研缽中進行液氮研磨,研成肉末后轉(zhuǎn)移至凍存管中,于-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.3.2基因組DNA的提取。分別稱取100 mg 8種動物組織肉末,按組織基因組DNA提取試劑盒操作說明提取DNA,-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.3.3DNA濃度純度檢測。用NanoDrop 2000核酸蛋白定量儀測定核酸濃度與純度,記錄A260/A280及A260/A230值;并將DNA進行2%瓊脂糖凝膠電泳,以檢測其完整性。

        1.3.4PCR引物設(shè)計。參考相關(guān)文獻[19-23],根據(jù)貉子線粒體cytB基因序列,并使用NCBI Blast、MEGA 7等軟件將貉源cytB基因與豬、牛、羊、雞、鴨、狐貍、貂物種序列進行比對,篩選不同種物種間差異序列,設(shè)計特異性引物。選擇較為保守的基因16S rDNA為內(nèi)參基因,設(shè)計通用引物。引物序列如表1所示。

        1.3.5實時熒光 PCR反應(yīng)條件的建立與優(yōu)化。實時熒光PCR反應(yīng)體系(20 μL):上游引物(10 μmol/L)0.4 μL,下游引物(10 μmol/L)0.4 μL,2×Perfect StartTMGreen qPCR SuperMix 10.0 μL,Nuclease-free Water 8.2 μL,模板DNA 1.0 μL。預(yù)試驗中在46~54 ℃設(shè)置了梯度PCR,最后確定了50 ℃為退火溫度,其擴增效果最佳。PCR反應(yīng)條件:94 ℃預(yù)變性30 s,94 ℃變性5 s,50 ℃退火15 s,72 ℃延伸10 s,共40個循環(huán)。

        表1 特異性引物和通用引物序列Table 1 Specific primer and universal primer

        1.3.6特異性引物和通用性引物檢測。將提取8個物種基因組DNA進行稀釋,濃度均為50 ng/μL,分別使用特異性引物cytB及通用引物16S rDNA進行qPCR擴增,ddH2O為陰性對照。根據(jù)所得曲線圖及Ct值分析cytB引物的特異性和16S引物通用性。

        1.3.7引物靈敏度檢測。將初始濃度為50 ng/μL的貉DNA樣本進行5倍梯度稀釋,使其終濃度分別為50.0 ng/μL、10.0 ng/μL、2.0 ng/μL、400.0 pg/μL、80.0 pg/μL、16.0 pg/μL、3.2 pg/μL,分別以其為模板進行qPCR擴增,ddH2O為陰性對照。根據(jù)曲線圖及Ct值分析特異性cytB引物所能擴增的最低檢測濃度。

        1.3.9標準曲線準確性驗證。以總質(zhì)量為100 mg,貉肉含量分別為5%、15%、45%、65%和95%的貉羊混合肉進行DNA提取后,統(tǒng)一稀釋為50.0 ng/μL,進行qPCR擴增。將ΔCt值帶入已建立的定量標準曲線,計算羊肉質(zhì)量百分比及其回收率,16S rDNA作為內(nèi)參,每個樣品做3個重復(fù),檢驗標準曲線的準確性。

        1.3.10檢測方法的穩(wěn)定性評估。取終濃度分別為400.0、80.0、3.2 pg/μL的貉DNA樣本,以其為模板進行qPCR擴增,分別進行組內(nèi)及組間重復(fù)性試驗。每個濃度重復(fù)檢測3次,記錄各濃度在檢測體系的Ct值,并計算其變異系數(shù),以評估檢測方法的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 DNA濃度和純度測定不同肉類DNA濃度和純度測定結(jié)果見表2。按核酸提取要求,無蛋白質(zhì)污染的核酸溶液A260/A280>1.8,無碳水化合物污染的核酸溶液A260/A230>2.0。測定結(jié)果(表2)顯示,提取的各類肉DNA純度和濃度均達到要求,模板DNA質(zhì)量較好,無蛋白及雜質(zhì)污染,可用于后續(xù)qPCR檢測。

        表2 DNA濃度和純度測定結(jié)果Table 2 Determination results of DNA concentration and purity

        不同肉類基因組DNA電泳檢測結(jié)果如圖1所示。電泳條帶清晰、完整,說明提取的基因組DNA可用于后續(xù)qPCR檢測。

        注:M為mark。圖1 各種肉類基因組DNA提取結(jié)果電泳圖Fig.1 Electrophoretogram of genomic DNA extraction results of various meats

        2.2 引物cytB特異性及16S通用性檢測結(jié)果以cytB作為特異性引物,分別以豬、牛、羊、雞、鴨、貉、狐貍和貂基因組DNA為模板進行qPCR擴增。如圖2所示,8種畜禽肉中,只有貉肉DNA在第17個循環(huán)處開始進入指數(shù)擴增期,而其余6種在第27個循環(huán)處才開始進入指數(shù)擴增期,可以很好地與其他幾個常見物種區(qū)分,表明cytB引物特異性較強,符合試驗要求。

        圖2 特異引物cytB對不同肉類DNA的擴增曲線Fig.2 Amplification curves of specific primer cytB on different meat DNA

        內(nèi)參引物16S對8種畜禽肉均有較好的擴增效率,且內(nèi)參基因16S rDNA 檢測的Ct值均集中在狹窄范圍內(nèi),較為穩(wěn)定(圖3),表明其具有通用性。

        圖3 內(nèi)參引物16S對不同物種肉DNA的擴增曲線Fig.3 Amplification curve of meat DNA of different species by internal reference primer 16S

        圖4分別為特異性引物和通用引物的擴增熔解曲線,特異性引物擴增熔解曲線峰值溫度為85.65 ℃,通用引物峰值溫度為84.25 ℃,2個熔解曲線均為規(guī)則特異性單峰,無雜峰,說明試驗所用2個引物均無二聚體產(chǎn)生且特異性較強,符合檢測要求。

        2.3 引物靈敏度檢測以不同濃度貉基因組DNA為模板進行qPCR檢測判斷其最低檢測限,結(jié)果如圖5所示。當(dāng)模板濃度為0.64 pg/μL時,cytB引物擴增曲線與陰性對照無酶水?dāng)U增曲線不能明確區(qū)分;而當(dāng)模板濃度為3.2 pg/μL時,特異引物指數(shù)擴增曲線可與其他濃度曲線準確明顯區(qū)分,因此該引物的最低檢測限為3.2 pg/μL。

        2.4 標準曲線建立不同比例貉羊混合肉樣實時熒光定量結(jié)果如表3所示。每個樣品做3個重復(fù)。以貉子肉質(zhì)量百分比的log10值為橫坐標、ΔCt為縱坐標繪制標準曲線(圖6),得出回歸方程為Y=-4.212X-0.636 4(R2=0.988 9),且擴增效率(E)為97.86%,符合《實時熒光定量國際化標準-MIQE指南》中E<105%的標準,表明建立的標準曲線具有良好的線性關(guān)系,滿足實時熒光定量國際化標準的要求。

        圖4 特異性引物(a)和通用引物(b)擴增熔解曲線Fig.4 Melting curve of amplification with specific primers (a) and universal primers(b)

        圖5 引物cytB對不同濃度DNA的擴增曲線Fig.5 Amplification curves of primer cytB on DNA gradients of different concentrations

        2.5 標準曲線準確性驗證分別以質(zhì)量比為5%、15%、45%、65%、95%的貉羊混合肉樣為模板,進行qPCR檢測,Ct值結(jié)果如表4所示。將ΔCt值代入標準曲線Y=-4.212X-0.636 4,計算出貉肉的含量及其回收率,由表4可知其回收率為97.71%~104.36%。試驗結(jié)果符合要求,具有實踐意義。

        2.6 檢測方法的穩(wěn)定性評估為了檢測該方法穩(wěn)定性,該研究分別做了組內(nèi)及組間重復(fù)各3組,每組3個重復(fù)。重復(fù)性檢測結(jié)果見表5,組內(nèi)變異系數(shù)為0.13%~0.59%,組間變異系數(shù)為0.04%~1.08%,表明檢測方法具有較好的穩(wěn)定性。

        表3 不同質(zhì)量百分比貉肉Ct以及ΔCt值檢測結(jié)果Table 3 Test results of raccoon dog meat mass percentage Ct and ΔCt values

        3 討論與結(jié)論

        肉類摻假中最常見的手段是使用廢棄肉或低品質(zhì)的肉類替代高品質(zhì)昂貴的肉類,我國貉養(yǎng)殖量巨大,每年都會產(chǎn)生大量的貉廢棄肉,這些肉往往容易被摻入到價格更高的羊肉中去,因此對羊肉中摻入貉源成分的檢測方法的開發(fā)尤為重要。該試驗為檢測羊肉中貉源成分的含量,建立Real-time PCR的方法,以cytB基因為特異性檢測引物,構(gòu)建了標準定量曲線,檢測結(jié)果表明在模擬摻假肉中樣品回收率為97.71%~104.36%,最低檢測限達3.2 pg/μL。董洋洋[24]通過實時熒光PCR法對牛肉中的鴨肉和豬肉成分進行了鑒定,其檢測限分別達0.20 和0.02 ng。姜潔等[25]對羊肉中豬源成分和雞源成分進行定量檢測,結(jié)果顯示其質(zhì)量檢測百分比的絕對誤差可以控制在7%以內(nèi)。薛晨玉等[26]對羊肉中雞源成分的量化檢測發(fā)現(xiàn),檢測百分比與理論百分比間的絕對誤差在5%以內(nèi)。該研究所建立的方法抗干擾能力較強,可有效地檢測出羊肉中的貉源成分,量化研究結(jié)果準確。

        圖6 混合貉肉含量ΔCt標準曲線Fig.6 Mixed raccoon dog meat content ΔCt standard curve

        由于羊肉制品在加工過程中其DNA質(zhì)量會受到不同程度的損耗,因此選擇一種高質(zhì)量的核酸DNA提取方法至關(guān)重要。在試驗過程中分別采用常見組織DNA提取方法,包括試劑盒吸附柱法、試劑盒磁珠法、SDS法、氯仿-醋酸鈉法、苯酚-氯仿抽提法。通過對提取DNA的完整性、濃度、純度、試驗耗時、耗材等方面比較得出,試劑盒法更適合用于常見動物源性肌肉DNA的提取。相比較試劑盒吸附柱法和試劑盒磁珠法,前者提取的核酸濃度高,糖類雜質(zhì)少,DNA提取率更高。

        表4 模擬混合肉樣Ct值檢測結(jié)果Table 4 Ct value of simulated mixed meat sample

        表5 組內(nèi)和組間重復(fù)性試驗結(jié)果Table 5 Repetitive experimental results within and between groups

        該研究拓展了羊肉中動物源性成分檢測的應(yīng)用,實現(xiàn)了在基因水平對貉肉成分的量化判定,為羊肉摻假工作的檢驗奠定了基礎(chǔ)。今后將進一步研究羊肉摻假中多種肉源成分鑒定的方法,為羊肉制品摻假的檢測提供更為簡單、快捷、準確的技術(shù)手段和執(zhí)法依據(jù),以滿足市場需求。

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