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        基于ISSR分子標(biāo)記的紫云英種質(zhì)資源遺傳多樣性及結(jié)構(gòu)分析

        2023-02-10 03:12:06史鵬飛劉春增李本銀鄭春風(fēng)張成蘭何春梅施海帆呂玉虎常單娜曹衛(wèi)東
        草地學(xué)報(bào) 2023年1期
        關(guān)鍵詞:紫云英條帶資源庫(kù)

        張 夢(mèng),史鵬飛,劉春增,李本銀,丁 麗,張 琳,鄭春風(fēng),張成蘭, 何春梅,施海帆,呂玉虎,常單娜,曹衛(wèi)東*

        (1.河南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物營(yíng)養(yǎng)與資源環(huán)境研究所,河南 鄭州 450002;2.信陽(yáng)市農(nóng)業(yè)科學(xué)院,河南 信陽(yáng) 464000;3.河南省作物分子育種研究院,河南 鄭州 450002;4.福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院土壤肥料研究所,福建 福州 350013;5.南京農(nóng)業(yè)大學(xué)草業(yè)學(xué)院,江蘇 南京 210095;6.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)資源與農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究所,北京 100081)

        紫云英(AstragalussinicusL.)是我國(guó)南方稻田重要的冬季綠肥,在培肥地力、降低化肥依賴、提升稻米產(chǎn)量和品質(zhì)中發(fā)揮重要作用[1-2]。我國(guó)是紫云英的起源地,種質(zhì)資源豐富,據(jù)推測(cè)紫云英起源中心在我國(guó)秦嶺以南的中部山間河谷地帶,并向東、向南擴(kuò)展[3]。上世紀(jì)90年代以前,紫云英是我國(guó)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)主要有機(jī)肥源之一,種植分布廣泛,形成了眾多地方品種[4-5]。90年代以后,由于種植結(jié)構(gòu)調(diào)整以及化學(xué)肥料的普及使用,紫云英種植應(yīng)用范圍急劇縮小,紫云英研究和選育工作停滯[2]。近年來(lái),隨著國(guó)家發(fā)展戰(zhàn)略和社會(huì)大眾對(duì)生態(tài)環(huán)境的重視,紫云英的產(chǎn)業(yè)化推廣與應(yīng)用獲得了恢復(fù)性發(fā)展。但由于種質(zhì)利用和研究中斷多年,原有品種退化、損失、混雜嚴(yán)重,現(xiàn)有紫云英地方品種和種質(zhì)資源遺傳關(guān)系不明確,制約了對(duì)紫云英新品種的科學(xué)選育和管理認(rèn)證[6]。

        分子標(biāo)記在作物遺傳育種領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用,對(duì)于揭示供試材料遺傳特征具有重要意義。陳堅(jiān)等[7]利用簡(jiǎn)單重復(fù)序列(Simple sequence repeat,SSR)標(biāo)記分析了9個(gè)紫云英品種遺傳多樣性,發(fā)現(xiàn)供試品種可聚為2個(gè)類群,且表現(xiàn)出一定的區(qū)域分布特征。與其他分子標(biāo)記相比,簡(jiǎn)單序列重復(fù)區(qū)間擴(kuò)增多態(tài)性分子(Inter-simple sequence repeat,ISSR)標(biāo)記具有穩(wěn)定、多態(tài)性高、簡(jiǎn)便及易操作等優(yōu)點(diǎn),被視為理想的遺傳標(biāo)記方法,已在多種動(dòng)植物的親緣關(guān)系[8]、種質(zhì)鑒定[9]、遺傳完整性[10]等研究方面得到應(yīng)用。孫清信等針對(duì)紫云英優(yōu)化了ISSR-PCR反應(yīng)體系[11],張慧等[12]利用ISSR標(biāo)記研究了 22個(gè)紫云英品種遺傳多態(tài)性,發(fā)現(xiàn)供試品種平均多態(tài)率為59.2%,品種間的相似性系數(shù)界于0.63~0.95,22個(gè)紫云英品種可分為 4類。然而,由于長(zhǎng)期缺乏有效管理和保護(hù),加之研究中斷造成部分品種和種質(zhì)資源來(lái)源不明,育種資源遺傳特征研究的不足制約了以紫云英為代表綠肥種業(yè)的進(jìn)一步發(fā)展。

        綠肥是基于綠肥作物通過(guò)固定光合產(chǎn)物和環(huán)境養(yǎng)分并在一定時(shí)期翻壓還田形成的有機(jī)肥源,它的生產(chǎn)需要配合不同的生產(chǎn)制度和種植模式,在空間和時(shí)間“夾縫”中實(shí)現(xiàn)資源高效利用。因此,綠肥的產(chǎn)業(yè)化發(fā)展需要不斷強(qiáng)化種質(zhì)資源創(chuàng)新與利用、培育優(yōu)質(zhì)綠肥新品種,以適應(yīng)生產(chǎn)方式、種植制度和應(yīng)用模式的多樣化需求,從根本上擺脫“依靠財(cái)政投入才能推廣應(yīng)用的傳統(tǒng)有機(jī)肥料”之尷尬局面。因此,本文以綠肥作物紫云英為研究對(duì)象,利用國(guó)家綠肥種質(zhì)資源庫(kù)及各地不同時(shí)期的紫云英種質(zhì)資源,通過(guò)分子標(biāo)記分析供試資源的遺傳多樣性,明確不同紫云英種質(zhì)資源的遺傳關(guān)系及其遺傳結(jié)構(gòu),評(píng)價(jià)育種材料在省份間交流和利用情況,以期為紫云英現(xiàn)有種質(zhì)資源的充分利用、新品種選育以及現(xiàn)有品種的有效鑒別提供依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 供試材料

        參試紫云英種質(zhì)資源共77份(表1),其中53份資源由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)農(nóng)業(yè)資源與農(nóng)業(yè)區(qū)劃研究所(編號(hào)1~14,17和42~77)和福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院土壤肥料研究所(編號(hào)15~16)提供;22份資源(編號(hào)18~39)為研究團(tuán)隊(duì)近5年在豫南地區(qū)收集獲得;2份資源(編號(hào)40~41)為豫南地區(qū)主推紫云英品種。研究中根據(jù)來(lái)源地的不同將供試資源進(jìn)行分類編號(hào)。

        表1 77份紫云英種質(zhì)資源

        1.2 DNA提取

        采用苗盤培養(yǎng)的方式,于苗期4片真葉完全展開時(shí),對(duì)供試的77份資源進(jìn)行采樣。鑒于異花授粉植物群體內(nèi)遺傳多樣性豐富,個(gè)體間可能存在較大差異,參考陳堅(jiān)等[13]研究結(jié)果及供試資源數(shù)量,本研究采用多單株分別提取混合測(cè)定的取樣策略:每份資源分別選擇生長(zhǎng)正常的紫云英幼苗25個(gè)單株,采集頂部真葉粉碎混勻后采用磁珠試劑盒(北京博友順生物技術(shù)有限公司)分別提取紫云英葉片DNA,以1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)質(zhì)量,并用Nanodrop分光光度計(jì)測(cè)定DNA濃度和質(zhì)量。將檢測(cè)合格的DNA樣品稀釋至40 μg·L-1,最后把同一資源的25份DNA稀釋液等體積混合,置于—20℃下保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.3 引物篩選及PCR擴(kuò)增

        參考孫清信等[11]和張慧等[12]的方法,以‘浙紫71-107’‘寧綠1號(hào)’‘閩紫3號(hào)’‘XYXH17-4’為模板,依據(jù)最優(yōu)ISSR-PCR體系中的擴(kuò)增條件,通過(guò)初步篩選及溫度梯度復(fù)篩,從56條ISSR引物(北京六合華大基因科技有限公司)中篩選條帶多態(tài)性高、重復(fù)性好、條帶清晰的引物14條,對(duì)供試紫云英種質(zhì)資源進(jìn)行ISSR分析。其中,PCR擴(kuò)增體系總體積為25 μL,DNA模板40 ng,10×Bufer 2.5 μL,primer 0.3 μmol·L-1,dNTP mixture 0.25 μmol·L-1,MgCl21.5 mmol·L-1,TaqDNA聚合酶1.25U(TaKaRa,寶生物工程(大連)有限公司);PCR擴(kuò)增程序?yàn)?4℃預(yù)變性5 min,然后進(jìn)行35個(gè)循環(huán):94℃變性45 s,56~52℃復(fù)性45 s,72℃延伸1.5 min;循環(huán)結(jié)束后72℃延伸10 min,4℃保存。PCR結(jié)束后,將PCR產(chǎn)物在2.0%的瓊脂糖凝膠檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物(電壓120 V,電泳50 min,電泳緩沖液濃度TAE),Marker為2 000 bp。電泳后凝膠成像儀(K8300北京科創(chuàng)銳新生物科技有限公司)進(jìn)行成像拍照并保存DNA檢測(cè)結(jié)果。

        1.4 數(shù)據(jù)分析

        PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳在凝膠的某個(gè)相同遷移率位置上有DNA條帶記為1,無(wú)DNA條帶記為0。使用Gel-pro analyzer軟件估算出每個(gè)引物多態(tài)性條帶,形成ISSR的表型數(shù)據(jù)矩陣,進(jìn)行有關(guān)分析。

        1.4.1個(gè)體間遺傳特征分析 使用NTSYS軟件計(jì)算相似系數(shù)(DICE系數(shù)),對(duì)77份紫云英地方種質(zhì)資源進(jìn)行UPGMA聚類分析。參考宋海斌等[14]和王琰琰等[15]方法,構(gòu)建不同種質(zhì)資源的指紋圖譜:將14條引物依次編碼為A~N,條帶由小到大進(jìn)行數(shù)字編號(hào)。根據(jù)擴(kuò)增情況,每個(gè)紫云英種質(zhì)資源形成了由字母和阿拉伯?dāng)?shù)字組成的帶型信息碼,如A1A5B2,表示該材料在引物A的第1和第5位點(diǎn)擴(kuò)增出條帶,在引物B第2位點(diǎn)擴(kuò)增出條帶。使用Excel中COUNTIF函數(shù),逐次迭代比對(duì)信息碼的條帶信息,獲得各引物可單獨(dú)鑒別供試紫云英資源的數(shù)量和種類信息,并據(jù)此優(yōu)化組合并縮減引物數(shù)量,獲得核心引物(用最少的引物組合區(qū)分供試材料)。利用SPSS 22中神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模塊的多層感知器進(jìn)行特征選擇,依據(jù)特征重要性逐次迭代核心引物位點(diǎn)信息,篩選能夠區(qū)分供試資源的最小特征位點(diǎn)集合,最終構(gòu)建出基于供試紫云英種質(zhì)資源的指紋圖譜編碼。

        1.4.2群體間遺傳特征分析 采用GenAlEx 6.503加載宏[16]對(duì)不同省份(地區(qū))的種質(zhì)資源ISSR分子標(biāo)記進(jìn)行主坐標(biāo)分析(PCoA),POPGENE 1.32軟件[17]對(duì)不同來(lái)源地供試材料進(jìn)行群體遺傳相似性分析。由于本研究不同省份(地區(qū))種質(zhì)資源數(shù)量差異較大,因此基于主坐標(biāo)分析和群體遺傳相似性特征,將江蘇-上海-安徽資源合并為蘇滬皖資源庫(kù)(SHW)、湖南-江西-廣西-四川資源合并為湘贛桂川資源庫(kù)(XGGC),對(duì)河南資源庫(kù)(HE,24份資源)、福建資源庫(kù)(FJ,13份資源)、浙江資源庫(kù)(ZJ,11份資源)以及蘇滬皖資源庫(kù)(SHW,8份資源)、湘贛桂川資源庫(kù)(XGGC,20份資源)進(jìn)行分子遺傳變異方差分析(AMOVA)。日本兵庫(kù)種(AB-01)由于無(wú)法推測(cè)傳播途徑,未納入本分析。

        1.4.3省份材料遺傳結(jié)構(gòu)分析 不同于野外自然材料,供試綠肥種質(zhì)資源在不同地區(qū)的數(shù)量確定,包括野生材料和人工雜交選擇的育種材料。同時(shí),由于材料來(lái)源較為復(fù)雜,野生材料不能明確是否為人工選育材料散落后的自然變異,部分育種材料亦不能考證親本來(lái)源(與90年代后相關(guān)研究中斷有關(guān))。因此,鑒于供試材料涵蓋了全國(guó)主要的紫云英生產(chǎn)省份以及主要栽培種,參考分子生態(tài)學(xué)方法利用Structure軟件[18-19],對(duì)群體進(jìn)行K=1~10的貝葉斯聚類,計(jì)算群體和個(gè)體Q矩陣,利用Structure Harvester[19]計(jì)算lnP(K)和ΔK,利用CLUMPP軟件[20]對(duì)重復(fù)抽樣數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,Distruct軟件[21]對(duì)群體結(jié)構(gòu)分析并進(jìn)行數(shù)據(jù)可視化,以評(píng)價(jià)不同省份對(duì)紫云英種質(zhì)資源的利用程度,推測(cè)我國(guó)主要紫云英栽培省份種質(zhì)資源特征。標(biāo)準(zhǔn)地圖由自然資源部地圖技術(shù)審查中心標(biāo)準(zhǔn)地圖服務(wù)網(wǎng)(http://bzdt.ch.mnr.gov.cn/)獲得。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 ISSR擴(kuò)增結(jié)果及多態(tài)性

        提取基因組總DNA的OD260/OD280在1.573~1.789之間,DNA濃度均大于40 μg·L-1,定量稀釋混合后滿足ISSR標(biāo)記分析。篩選出14條擴(kuò)增條帶清晰、條帶數(shù)較多、多態(tài)性良好的ISSR引物(圖1)。在77個(gè)樣品中共擴(kuò)增出了150條清晰條帶,137條為多態(tài)位點(diǎn),平均多態(tài)性比率89.34%(表2)。各引物擴(kuò)增的條帶在4~16條之間,平均每條引物擴(kuò)增的條帶數(shù)為10.7條。觀測(cè)等位基因數(shù)1.50~2.00,有效等位基因數(shù)1.13~1.70,基因多樣性指數(shù)0.10~0.40,信息指數(shù)0.18~0.59,均以P809引物最高(表2)。引物分析顯示,ISSR標(biāo)記在77份供試紫云英種質(zhì)資源中具有豐富的多態(tài)性,具備反映供試資源遺傳特征的作用。

        表2 ISSR引物信息及擴(kuò)增結(jié)果

        2.2 不同紫云英種質(zhì)資源的個(gè)體遺傳關(guān)系

        77份紫云英種質(zhì)資源的遺傳相似性系數(shù)(Genetic similarity,GS)介于 0.567 7~0.868 6之間(圖2)。其中,安徽‘當(dāng)涂種’(AH-01)與‘弋江籽’(AH-02)之間遺傳相似性系數(shù)最大(GS=0.868 6),說(shuō)明兩個(gè)資源親緣關(guān)系最近;湖南‘澧縣種’(HU-10)與河南‘DSQS17-4’(HE-14)之間相似系數(shù)最小(GS=0.567 7),說(shuō)明兩個(gè)資源親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。根據(jù)遺傳相似性系數(shù)矩陣,對(duì)77份供試材料進(jìn)行聚類分析,得到樹狀聚類圖(圖2)。在遺傳相似系數(shù)為0.720 0時(shí),77份資源可分為6個(gè)聚類:聚類Ⅰ包括日本‘兵庫(kù)種’、廣西‘萍寧3號(hào)’、四川‘川西種’以及全部供試江西資源和6份湖南資源;聚類Ⅱ包括全部供試安徽資源和17個(gè)河南資源;聚類Ⅲ包括12個(gè)福建資源、6個(gè)湖南資源、5個(gè)河南資源以及全部供試江蘇、上海、浙江的資源;聚類Ⅳ為福建‘閩紫3號(hào)’;聚類Ⅴ為河南‘DSQS17-4’;聚類Ⅵ為河南‘DSHS17-6’,供試資源在聚類中的分布呈現(xiàn)出明顯的區(qū)域聚集特征。

        圖2 基于ISSR的77份紫云英種質(zhì)資源的聚類圖

        2.3 地區(qū)間種質(zhì)資源的群體遺傳分化

        各地區(qū)紫云英種質(zhì)群體間的遺傳距離(Genetic distance,GD)存在差異(表3),地區(qū)間資源的平均遺傳距離呈現(xiàn)出:國(guó)外>廣西>四川>安徽>上海>江蘇>河南>江西>福建>湖南。國(guó)外資源與湖南、江西、福建資源的遺傳距離相對(duì)較小(GD<0.30),與安徽、四川資源的遺傳距離相對(duì)較大(GD > 0.37)。各省份資源中,存在福建-浙江、福建-湖南、福建-河南、湖南-江西等4個(gè)遺傳較為相似(GD< 0.05)的群體。主坐標(biāo)分析進(jìn)一步呈現(xiàn)出不同地區(qū)資源的相似性(圖3)??傮w上,福建紫云英資源位于軸坐標(biāo)中心位置,河南、安徽、江蘇、上海紫云英資源位于橫軸負(fù)值區(qū)域,江西、湖南、四川以及國(guó)外資源位于橫軸正值縱軸負(fù)值區(qū)域,浙江資源則位于橫軸縱軸正值區(qū)域(圖3,不同地區(qū)個(gè)別資源存在一定的離散),說(shuō)明不同地區(qū)紫云英資源具有一定分化,而福建紫云英資源可能與其他省份存在遺傳交流。由于不同省份(地區(qū))種質(zhì)資源數(shù)量差異較大,廣西、四川、上海、安徽資源較少,因此基于主坐標(biāo)分析和群體遺傳相似性特征,將江蘇-上海-安徽資源歸為蘇滬皖資源庫(kù)(SHW)、湖南-江西-廣西-四川資源歸為湘贛桂川資源庫(kù)(XGGC)。對(duì)河南資源庫(kù)(HE,24份資源)、福建資源庫(kù)(FJ,13份資源)、浙江資源庫(kù)(ZJ,11份資源)以及上述兩個(gè)資源庫(kù)(SHW,8份資源;XGGC,20份資源)進(jìn)行分子遺傳變異方差分析(AMOVA),進(jìn)一步驗(yàn)證區(qū)域資源的遺傳分化情況。結(jié)果顯示,群體分化系數(shù)為0.136 3,達(dá)到極顯著水平(P< 0.001),其中種群間變異占比13.9%,種群內(nèi)變異占比86.1%(表4),說(shuō)明5個(gè)供試群體存在顯著的遺傳分化。

        表3 不同地區(qū)紫云英種質(zhì)資源群體的遺傳距離

        表4 紫云英種質(zhì)資源群體的分子遺傳變異方差分析

        圖3 不同地區(qū)紫云英種質(zhì)資源的主坐標(biāo)分析

        2.4 不同地區(qū)種質(zhì)資源的群體遺傳結(jié)構(gòu)

        不同地區(qū)紫云英種質(zhì)資源的群體遺傳結(jié)構(gòu)存在差異(圖4)。當(dāng)假設(shè)供試種質(zhì)資源存在2個(gè)亞群體(K=2)時(shí),10個(gè)地區(qū)中,河南、安徽、江蘇、上海遺傳結(jié)構(gòu)相似,四川、廣西、湖南、江西、浙江資源的遺傳結(jié)構(gòu)相似,福建則為亞群體混合型;當(dāng)假設(shè)存在3個(gè)亞群體(K=3)時(shí),河南、安徽遺傳結(jié)構(gòu)相似,江蘇、上海相似,四川、廣西、湖南、江西相似,浙江則自為一體,福建仍呈現(xiàn)亞群體混合型?;跀?shù)據(jù)對(duì)數(shù)概率變化率(ΔK)推測(cè)最佳亞群體數(shù),當(dāng)K=2時(shí),ΔK=36.59,而K≥3時(shí),ΔK<2.8,說(shuō)明10個(gè)省份(群體)的供試種質(zhì)資源最佳亞群體數(shù)應(yīng)為2個(gè)。關(guān)聯(lián)地理位置及推測(cè)的起源中心,供試紫云英呈現(xiàn)明顯的傳播特征,即以河南-安徽-江蘇-上海-福建為一線(北方資源庫(kù)),以四川-廣西-湖南-江西-福建為一線(西部和南方資源庫(kù)),紫云英群體遺傳結(jié)構(gòu)逐漸變化。需要說(shuō)明的是,群體遺傳結(jié)構(gòu)分析與個(gè)體聚類結(jié)果存在差別(圖2和圖4),主要原因是兩者分析方法和研究對(duì)象不同所致。

        圖4 不同省份紫云英資源的遺傳結(jié)構(gòu)

        2.5 引物鑒別分析及指紋圖譜構(gòu)建

        利用循環(huán)迭代的方法分析了14個(gè)引物對(duì)77份紫云英種質(zhì)資源的鑒別能力,發(fā)現(xiàn)不同ISSR引物擴(kuò)增條帶信息鑒別供試資源的能力存在差異,表現(xiàn)為P809=P825>P886>P821>P810>P836>P868>P843>P811>P844>P846>P859>P857=P889,其中P809和P825均可單獨(dú)鑒別67份資源,而P857和P889無(wú)法單獨(dú)鑒別供試資源(如圖5)。基于引物的鑒別能力,通過(guò)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行特征提取,篩選出P809和P886為核心引物,同時(shí)為盡可能降低指紋位數(shù),通過(guò)迭代法篩選特征位點(diǎn),構(gòu)建出以P809第3,8,9,10,12,15擴(kuò)增位點(diǎn)以及P886第1,3,5,9,10,11擴(kuò)增位點(diǎn)為特征的指紋圖譜(表5)。

        圖5 ISSR引物鑒別特征圖譜

        3 討論

        3.1 紫云英種質(zhì)資源的遺傳多樣性與指紋圖譜構(gòu)建

        本研究對(duì)11個(gè)地區(qū)收集的77份紫云英地方種質(zhì)資源開展ISSR分子標(biāo)記分析,14條引物共擴(kuò)增出150個(gè)條帶,137條為多態(tài)性條帶,各引物的基因多樣性和信息指數(shù)為0.10~0.40和0.18~0.59。陳堅(jiān)等[7]對(duì)9個(gè)紫云英品種遺傳多樣性分析發(fā)現(xiàn),供試資源遺傳多樣性指數(shù)為0.13~0.38,多態(tài)信息指數(shù)為 0.22~0.56,與本研究結(jié)果相似。此外,本研究供試種質(zhì)資源之間遺傳相似性系數(shù)為0.567 7~0.868 6,相似性最高的安徽‘當(dāng)涂種’(AH-01)與‘弋江籽’(AH-02)之間亦檢測(cè)出23個(gè)差異位點(diǎn),占總多態(tài)性位點(diǎn)的16.8%,說(shuō)明77份紫云英地方資源不存在異名同種現(xiàn)象,具備遺傳特異性。目前,不同紫云英的分子標(biāo)記鑒別方法并未形成,如何高效便捷鑒定不同紫云英資源,成為綠肥行業(yè)發(fā)展面臨的重要問(wèn)題。本研究中發(fā)現(xiàn)不同ISSR引物對(duì)77份紫云英資源的分子標(biāo)記特征存在差異,雖然14個(gè)引物的多態(tài)性條帶比率為50%~100%,但引物對(duì)不同資源的區(qū)分能力卻存在差別,表現(xiàn)為P809=P825>P886>P821>P810>P836>P868>P843>P811>P844>P846>P859>P857=P889,其中P809和P825單獨(dú)可區(qū)分67份資源,而P857和P889無(wú)法單獨(dú)鑒別供試資源。因此,基于資源的遺傳特異性以及ISSR不同引物對(duì)資源的區(qū)分鑒別能力,構(gòu)建了以P809和P886條帶為核心的紫云英ISSR標(biāo)記指紋圖譜。宋海斌等[11]和王琰琰等[15]利用SSR標(biāo)記分別對(duì)102份甜瓜(CucumismeloL.)品種和220份雪茄煙(NicotianatabacumL.)種質(zhì)資源進(jìn)行了指紋圖譜分析,提取核心引物18對(duì)和14對(duì)用作指紋分析,與本研究方法相似,但引物數(shù)量較多,原因可能是其供試資源數(shù)量高于本研究、使用的分子標(biāo)記亦不同。指紋圖譜應(yīng)用具有一定局限性,如P809和P886分別可擴(kuò)增16和14個(gè)條帶,理論上最高可鑒別230=1 073 741 824份資源,77份資源鑒別僅需要7個(gè)有效條帶(27=128>77),而實(shí)際情況卻是14個(gè)供試引物均無(wú)法單獨(dú)鑒別77份資源,說(shuō)明引物的每個(gè)條帶并非皆為區(qū)分種質(zhì)資源的有效條帶。因此,若紫云英種質(zhì)資源數(shù)量增大,核心引物或者特征位點(diǎn)數(shù)量也將增多。目前,我國(guó)紫云英種質(zhì)資源主要保存在中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院、福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院、江西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院和湖南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院,有效種質(zhì)資源的具體數(shù)量并未明確,對(duì)紫云英指紋圖譜的開發(fā)和應(yīng)用仍有待深入研究。

        3.2 不同地區(qū)紫云英種質(zhì)資源的遺傳關(guān)系、利用情況及演化推斷

        本研究中,77份供試資源可分為6個(gè)聚類,聚類組成分布呈現(xiàn)出明顯的區(qū)域聚集特征,同一地區(qū)種質(zhì)資源傾向于聚集一個(gè)聚類(圖2和圖3),說(shuō)明紫云英在傳播過(guò)程中表現(xiàn)出明顯的分化和地理分割性,這種特征與劉碩等[22]對(duì)中亞及我國(guó)普通杏(PrunusarmeniacaL.)和西伯利亞杏(PrunussibiricaL.)野生居群,張旭等[23]對(duì)內(nèi)蒙古、寧夏、甘肅16個(gè)不同居群紅砂(ReaumuriasoogoricaM.)的研究結(jié)果類似,卻與鄧亞博等[24]對(duì)河南省內(nèi)狗牙根(CynodondactylonP.)以及錢茱希等[25]對(duì)洞庭湖地區(qū)南荻(TriarrhenalutarioripariaL.)種質(zhì)資源研究結(jié)論(地理距離與種群的遺傳變異分布無(wú)顯著相關(guān)性)不同,推測(cè)研究的空間尺度可能影響上述結(jié)論的產(chǎn)生。另一方面,自然地理?xiàng)l件、氣候因子、人為因素都是影響物種遺傳分化的重要因素[26-27]。前人專著《中國(guó)綠肥》記錄了秦嶺、大別山各山區(qū)濕潤(rùn)地帶有野生種分布的現(xiàn)象[4];《中國(guó)紫云英》則根據(jù)我國(guó)紫云英農(nóng)家品種大多數(shù)冬性都較強(qiáng)、有一定的耐寒性及適應(yīng)于較高的海拔等特性推測(cè),它的起源地可能在秦嶺以南的中國(guó)中部山間河谷地帶,然后向南向東擴(kuò)展[3]。本研究基于ISSR分子標(biāo)記進(jìn)行種群遺傳結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),不同地區(qū)紫云英種質(zhì)資源的遺傳結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)明顯的地域特征,即以河南-安徽-江蘇-上海-福建為一線,供試群體遺傳結(jié)構(gòu)類似,可稱為北方資源;以四川-廣西-湖南-江西-福建為一線,資源的遺傳結(jié)構(gòu)類似,可稱為西南方資源。若參照前人所推測(cè)的起源中心,即秦嶺以南的中國(guó)中部山間河谷地帶為紫云英的起源中心(圖5),則上述群體遺傳結(jié)構(gòu)特征印證了前人關(guān)于紫云英起源與擴(kuò)展的推斷。對(duì)于福建為何呈現(xiàn)出亞群體混合型特征,可能的原因有兩個(gè):一是地理位置和地形原因造成福建成為紫云英傳播鏈末端;二是福建紫云英相關(guān)研究(尤其是雜交育種)開展較早、較為系統(tǒng)收集了我國(guó)其他省份的種質(zhì)資源,開展了廣泛的雜交育種工作及其相關(guān)研究[3,7-9]。然而,本研究的結(jié)論建立在14條ISSR引物對(duì)77份(國(guó)內(nèi)76份)不同地區(qū)紫云英的150個(gè)擴(kuò)增位點(diǎn)信息的基礎(chǔ)上,供試資源具有一定代表性,但缺少野生資源及相關(guān)育種材料親本的重要信息,人為因素(如耕作制度變化、骨干親本選擇)或自然氣候(如歷史氣溫、降水變化等)如何影響紫云英傳播和分化并未明確,不同紫云英種質(zhì)資源形成的分子生態(tài)學(xué)原理以及各省對(duì)于紫云英種質(zhì)資源在育種中的應(yīng)用仍有待深入研究。針對(duì)綠肥產(chǎn)業(yè)發(fā)展,未來(lái)應(yīng)加強(qiáng)起源地科考、人工誘變研究,不斷收集和創(chuàng)制種質(zhì)資源,配合加代擴(kuò)繁、快速育種等技術(shù),大量培育適應(yīng)不同生產(chǎn)需要的綠肥新品種,形成推動(dòng)綠肥產(chǎn)業(yè)發(fā)展的“源動(dòng)力”,更好服務(wù)種植業(yè)的綠色低碳發(fā)展。

        4 結(jié)論

        77份供試紫云英種質(zhì)資源遺傳相似性系數(shù)為0.567 7~0.868 6,既具有豐富的遺傳多樣性,又表現(xiàn)出明顯的分化和地理分割特征。根據(jù)引物條帶多態(tài)性及其鑒別能力,構(gòu)建了以P809第3,8,9,10,12,15擴(kuò)增位點(diǎn)和P886第1,3,5,9,10,11擴(kuò)增位點(diǎn)為特征的指紋圖譜。以資源所在地區(qū)為居群進(jìn)行群體遺傳變異和結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),群體分化系數(shù)為0.139 3,達(dá)到極顯著水平(P< 0.001),其中河南-安徽-江蘇-上海資源可劃為北方資源群,四川-廣西-湖南-江西資源為西南方資源群,遺傳結(jié)構(gòu)特征在福建發(fā)生融合。

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