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        GEO基因芯片結合網(wǎng)絡藥理學和分子對接技術探討人參-茯苓-白術配伍治療鼻咽癌作用機制及驗證

        2023-02-07 09:31:32王斐朱鎮(zhèn)華
        中國中醫(yī)藥信息雜志 2023年1期

        王斐,朱鎮(zhèn)華

        1.湖南中醫(yī)藥大學,湖南 長沙 410208;2.湖南中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院,湖南 長沙410007

        鼻咽癌是一種頭頸部惡性腫瘤,具有病情隱匿的特點,70%的患者確診時已為晚期[1-2]。目前針對鼻咽癌的治療方案主要為放療與化療聯(lián)合應用[3],但多存在遠處轉移及復發(fā)問題[4-6]。放化療常見唾液腺損傷、放射性皮膚損傷、耳鼻損傷等不良反應[7]。尋找優(yōu)于現(xiàn)階段治療的方案,提高鼻咽癌治療的安全性及有效性是臨床亟待解決的問題。

        中醫(yī)耳鼻咽喉科臨床常見慢性疾病皆可追溯到脾虛的病機基礎。其病機大體為肺脾氣虛,無力托邪,外邪入里而為病。參苓白術散是中醫(yī)耳鼻咽喉科常用方劑,為健脾祛濕的代表方之一,藥理學研究表明其具有良好的免疫調節(jié)效應及抗炎作用[8-10]。近年來,課題組在臨床中發(fā)現(xiàn)參苓白術散對鼻咽癌防治具有較好效果,但其具體分子機制尚不明確。目前,參苓白術散防治鼻咽癌的相關研究較少。本研究利用GEO基因芯片結合網(wǎng)絡藥理學及分子對接技術對參苓白術散君藥人參-茯苓-白術配伍防治鼻咽癌的分子機制進行探討,并通過CCK-8法及Western blot實驗進行驗證,以此推測參苓白術散在鼻咽癌防治過程中的作用,為后續(xù)研究奠定基礎。

        1 材料與方法

        1.1 鼻咽癌靶點獲取

        以“Nasopharyngeal carcinoma”為關鍵詞,檢索GEO數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),獲得正常人群與鼻咽癌患者的高通量測序數(shù)據(jù)集。通過R語言軟件進行分析篩選,以|logFC|>1且Padj<0.05為條件篩選差異表達基因,繪制火山圖和熱圖。

        1.2 人參-茯苓-白術配伍化學成分篩選

        利用TCMSP 數(shù)據(jù)庫(http://tcmspw.com/tcmsp.php)分別檢索人參、茯苓、白術的化學成分,以毒藥物動力學(ADME)[11]標準口服利用度(OB)≥30%和類藥性(DL)≥0.18為條件,對3種中藥的化學成分進行篩選,得到人參-茯苓-白術配伍有效成分。

        1.3 有效成分靶點獲取

        使用TCMSP檢索人參-茯苓-白術有效成分相關靶點基因,并通過UniProt 數(shù)據(jù)庫(http://www.uniprot.org/)對靶點名稱進行標準化處理。

        1.4 化合物-交集靶點網(wǎng)絡及蛋白相互作用網(wǎng)絡構建

        利用Perl語言軟件獲得人參-茯苓-白術有效成分靶點基因與鼻咽癌差異表達基因的交集靶點,導入Cytoscape3.8.2軟件構建化合物-交集靶點網(wǎng)絡。并將其導入STRING11.0(https://string-db.org),得到蛋白相互作用網(wǎng)絡,以大于中位值為標準篩選核心作用靶點。

        1.5 GO及KEGG通路富集分析

        運用R 語言軟件ggplot2、clusterProfiler、enrichplot、org.Hs.eg.db 包對交集靶點進行GO 和KEGG通路富集分析,得到人參-茯苓-白術配伍作用于鼻咽癌的主要通路,并對結果進行可視化處理。

        1.6 交集靶點-KEGG關系網(wǎng)絡構建

        將人參-茯苓-白術配伍作用于鼻咽癌的主要通路與對應交集靶點文件導入Cytoscape3.8.2軟件構建交集靶點-KEGG關系網(wǎng)絡并進行分析。

        1.7 分子對接驗證

        通過UniProt 數(shù)據(jù)庫搜索鼻咽癌靶點蛋白,在RCSB PDB數(shù)據(jù)庫下載蛋白質晶體結構,在PubChem資源庫下載中藥有效成分2D結構,利用Chem3D軟件進行能量最小化處理,使用Sybyl軟件進行分子對接。

        1.8 體外實驗驗證

        1.8.1 細胞株

        人鼻咽癌細胞5-8F(低分化,北納創(chuàng)聯(lián)生物技術研究院),經(jīng)本實驗室傳代培養(yǎng)。

        1.8.2 試劑與儀器

        PLAU,武漢三鷹公司,批號17968-1-AP;環(huán)加氧酶2(COX2),美國CST公司,批號12282T;c-JUN,CST公司,批號9165T;β-谷甾醇、蘇齊內酯、豆甾醇、花生四烯酸,上海源葉生物科技有限公司,批號分別為B21972-20mg、B51017-5mg、B20314-20mg、B20540-20mg。NU-5810E型CO2培養(yǎng)箱,美國Forma公司;JY-600HE電泳儀、JY-ZY5電泳槽、JY-SCZ2+轉印槽,北京君意東方電泳設備有限公司;Microfuge 20R 高速冷凍離心機,德國Eppendorf 公司;MS105 DU電子天平,瑞士Mettler-Toledo公司;BWS-27恒溫水浴箱,美國Pharmacia公司;AE2000倒置顯微鏡,日本Olympus公司;ELX800酶標儀,美國Bio-Tek公司;DW-HL388超低溫冰箱,美國Fisher公司;SJ-CJ-2FD單面凈化工作臺,蘇州凈化設備有限公司;select渦旋振蕩器,美國SBP公司。

        1.8.3 CCK-8法檢測細胞增殖

        取對數(shù)生長期的5-8F人鼻咽癌細胞,種入96孔板(每100 μL培養(yǎng)液中5×103個細胞),待細胞貼壁,每孔分別加入不同濃度的200 μL含藥培養(yǎng)液,實驗組分別使用5、10、20、40、80 μmol/L花生四烯酸、蘇齊內酯、豆甾醇及β-谷甾醇。設定空白孔(只加細胞培養(yǎng)液、不加5-8F細胞)用于吸光度(A值)校正。待藥物作用24、36、48 h后,將現(xiàn)配的CCK-8溶液100 μL分別加入包括空白孔的所有孔內,繼續(xù)培養(yǎng)2 h。實驗重復3次。于酶標儀波長450 nm處檢測A值,計算細胞相對增殖率[(實驗組A值-空白組A值)÷(對照組A值-空白組A值)×100%]。

        1.8.4 Western blot檢測蛋白表達

        取對數(shù)生長期5-8F人鼻咽癌細胞,接種至培養(yǎng)皿,待細胞貼壁,設置溶劑對照組,并加入不同濃度含藥培養(yǎng)基(20、40 μmol/L花生四烯酸、蘇齊內酯、豆甾醇及β-谷甾醇)藥物干預36 h后,提取總蛋白,參考胡晶等[12]方法進行蛋白定量、電泳、轉膜、掃膜,并分析信號值,分別監(jiān)測分子對接所對應的靶點蛋白(PTGS2、PLAU、JUN)。實驗重復3次。

        1.8.5 統(tǒng)計學方法

        采用SPSS22.0統(tǒng)計軟件進行分析。計量資料數(shù)據(jù)均服從正態(tài)分布,以表示,多組間比較和單因素設計采用單因素方差分析,多重比較采用LSD法。P<0.05表示差異有統(tǒng)計學意義。

        2 結果

        2.1 鼻咽癌差異表達基因

        通過檢索GEO數(shù)據(jù)庫,確定GPL6480數(shù)據(jù)集,該芯片數(shù)據(jù)集收集了18個正常人群鼻咽組織和18個原發(fā)鼻咽癌原發(fā)組織的基因表達譜。使用R語言軟件下載并分析原始數(shù)據(jù),以Padj<0.05且|logFC|>1為條件進行差異分析后獲得2 078個鼻咽癌差異表達基因,其中包含1 214個下調基因和864個上調基因,利用R語言繪制火山圖,見圖1。選取20個上調基因及20個下調基因繪制熱圖,見圖2。

        圖1 鼻咽癌GPL6480數(shù)據(jù)集差異表達基因火山圖

        圖2 鼻咽癌GPL6480數(shù)據(jù)集差異表達基因FC分析熱圖

        2.2 人參-茯苓-白術有效成分

        利用TCMSP平臺檢索人參、茯苓、白術的主要化學成分,以OB≥30%和DL≥0.18為條件篩選出有效化學成分共44種,其中人參22種、白術7種、茯苓15種,見表1。

        表1 人參-茯苓-白術有效成分信息

        2.3 化合物-交集靶點網(wǎng)絡

        應用Perl語言分析獲得鼻咽癌差異表達基因與人參-茯苓-白術對應靶點基因的交集靶點共21個,與交集靶點相互作用的有效化合物共23個。以交集靶點與有效化合物數(shù)據(jù)構建化合物-交集靶點網(wǎng)絡,見圖3。該網(wǎng)絡共有44個節(jié)點和50條邊。人參、茯苓、白術中多個有效化合物可對應相同的靶點,而不同靶點也可對應同一有效化合物,表明人參-茯苓-白術配伍多成分、多靶點作用于鼻咽癌的特點。

        圖3 人參-茯苓-白術治療鼻咽癌化合物-交集靶點網(wǎng)絡

        2.4 交集靶點蛋白相互作用分析

        將21個交集靶點導入STRING平臺,設置置信度>0.150,剔除沒有相互關系的靶點,得到圖4A。設置置信度>0.400,提取圖4A 中關聯(lián)更緊密的網(wǎng)絡,得到圖4B。將數(shù)據(jù)導入Cytoscape3.8.2,利用cytoNCA插件及R語言,以大于中位值為條件篩選核心基因,得到圖4C,提取核心基因,生成網(wǎng)絡,見圖4D。分析得到JUN、IL1B、PLAU、STAT1、PTGS2 共5 個核心靶點,可認為這些靶點在網(wǎng)絡中起重要作用。

        圖4 人參-茯苓-白術治療鼻咽癌交集靶點蛋白相互作用網(wǎng)絡分析

        2.5 GO及KEGG通路富集分析

        對交集靶點進行GO和KEGG通路富集分析。以Padj<0.05為標準分別確定前15個生物過程(BP)、分子功能(CC)、細胞成分(MF)的GO條目,見圖5。可以看出,相關性最大的生物過程有活性氧生物合成過程、一氧化氮生物合成過程、一氧化氮代謝過程、活性氮類代謝過程等,分子功能有類固醇結合、絲氨酸型內肽酶活性、絲氨酸型肽酶活性、絲氨酸水解酶活性等,細胞成分有細胞器外膜等。交集靶點KEGG通路富集分析見圖6,主要涉及腫瘤、代謝、免疫、炎癥等方面信號轉導。

        圖5 人參-茯苓-白術治療鼻咽癌交集靶點GO功能富集分析

        圖6 人參-茯苓-白術治療鼻咽癌交集靶點KEGG通路富集分析

        2.6 交集靶點-KEGG關系網(wǎng)絡

        將人參-茯苓-白術配伍治療鼻咽癌涉及的主要通路與對應交集靶點導入Cytoscape3.8.2軟件構建交集靶點-KEGG關系網(wǎng)絡(見圖7)。該網(wǎng)絡有41個節(jié)點(21個交集靶點節(jié)點和20個通路節(jié)點)和77條邊??梢钥闯觯琁L1B、JUN 基因及Leishmaniasis 信號通路(hsa05140)、Rheumatoid arthritis 信號通路(hsa05323)、IL-17信號通路(hsa04657)、Fluid shear stress and atherosclerosis信號通路(hsa05418)在該網(wǎng)絡中起到核心調控作用。

        圖7 人參-茯苓-白術治療鼻咽癌交集靶點-KEGG關系網(wǎng)絡

        2.7 分子對接

        將鼻咽癌靶點蛋白導入Sybyl軟件,加氫并修復側鏈后基于Ligand(配體)模式(未發(fā)現(xiàn)配體的使用automatic 模式)產生活性口袋,以SFXC 格式保存,其他參數(shù)均設為默認值。將已進行能量優(yōu)化的人參-茯苓-白術有效化合物導入軟件,依次與相應的靶點蛋白進行對接,對接結果根據(jù)Total-Score 進行評價,以Total-Score>5為閾值,該值越大,表明配合作用越好。對接結果見表2,對接模式見圖8。

        表2 人參-茯苓-白術有效成分與靶點蛋白分子對接結果

        圖8 人參-茯苓-白術有效成分與靶點蛋白分子對接模式

        2.8 體外實驗結果

        2.8.1 CCK-8法檢測細胞增殖

        藥物干預24、36、48 h,與對照組比較,不同濃度花生四烯酸、蘇齊內酯、豆甾醇、β-谷甾醇均可抑制鼻咽癌5-8F細胞增殖(P<0.05,P<0.01),見圖9。

        圖9 人參-茯苓-白術有效成分對5-8F細胞增殖的抑制作用

        2.8.2 Western blot檢測蛋白表達

        根據(jù)分子對接結果,花生四烯酸與PTGS2、蘇齊內酯與PTGS2、豆甾醇與PLAU、β-谷甾醇與JUN配合效果好。Western blot結果顯示,與對照組比較,花生四烯酸組和蘇齊內酯組PTGS2表達降低(P<0.05,P<0.01),豆甾醇組PLAU表達降低(P<0.01),β-谷甾醇組c-JUN表達降低(P<0.01)。見圖10。

        圖10 人參-茯苓-白術治療鼻咽癌有效化合物對靶點蛋白表達的影響

        3 討論

        鼻咽癌屬中醫(yī)學“上石疽”“失榮”“真頭痛”等范疇,現(xiàn)代亦稱為“頏顙巖”,多為正氣虧虛,氣虛染毒所致。脾為氣血生化之源,脾氣健則氣血生化有源,正氣足則外毒無以入侵。參苓白術散以人參、茯苓、白術為君藥,方中人參大補脾胃之氣,并鼓動全身正氣,白術、茯苓健脾滲濕,脾氣健而氣血生化有源。

        本研究利用GEO數(shù)據(jù)庫得到2 078個鼻咽癌差異表達基因。利用TCMSP數(shù)據(jù)庫獲得人參-茯苓-白術44種有效化學成分,二者交集靶點21個,包括PTGS2等5 個核心靶點。對核心靶點進行蛋白相互作用分析、GO和KEGG通路富集分析,發(fā)現(xiàn)主要通過活性氧及一氧化氮生物合成過程、類固醇結合等生物過程,及代謝、炎癥等通路發(fā)揮作用。

        研究發(fā)現(xiàn),花生四烯酸可通過抑制代謝產物的生成途徑抑制促炎癥因子的表達,起到保護血管內皮和抗炎的作用[13];另外,花生四烯酸及其代謝產物在腫瘤細胞增殖和轉移、凋亡、血管新生和炎癥反應及其治療和預后方面具有重要作用[14]。體外實驗表明,豆甾醇能抑制肝癌、胃癌、皮膚癌等多種腫瘤細胞生長,其機制主要涉及上調凋亡基因表達,誘導細胞周期阻滯、破壞腫瘤血管的生成等[15]。β-谷甾醇能通過多種細胞信號途徑抑制多種癌癥如乳腺癌、前列腺癌、結腸癌、肺癌、胃癌等的發(fā)生與發(fā)展[16]。

        PTGS2是合成前列腺素的關鍵酶,即COX-2,可將花生四烯酸轉化為PGH2進而導致炎癥[17]。COX-2高表達可見于許多腫瘤,能誘導致癌物的活化,促進腫瘤血管生成、腫瘤浸潤和轉移,影響細胞周期變化,促進細胞增殖,抑制凋亡,并可能降低腫瘤細胞對放療及化療的敏感性[18-23]。朱德為等[24]對79例鼻咽癌患者的鼻咽組織進行免疫組化檢測,發(fā)現(xiàn)COX-2總陽性率達63.3%。朱洪海等[25]研究104例鼻咽癌患者,發(fā)現(xiàn)COX-2在有淋巴結轉移的患者比例更高,提示COX-2可能與鼻咽癌的復發(fā)及遠處轉移相關。

        綜上所述,人參-茯苓-白術治療鼻咽癌可從多成分、多靶點、多通路對疾病發(fā)展進行調控。本研究以參苓白術散的臨床功效為基礎,選取其君藥進行分析?;谏鲜鼋Y果,后續(xù)可從以下幾方面進行探索:圍繞參苓白術散復方開展“病-證-方”關聯(lián)網(wǎng)絡研究,在臨床實踐基礎上構建“鼻咽癌-脾虛濕盛證-參苓白術散”模型,開展更廣泛的臨床及基礎研究,為鼻咽癌的臨床治療提供新思路;對參苓白術散的核心成分如花生四烯酸、豆甾醇和β-谷甾醇等展開更多基礎研究,如拆方驗證、血清藥理學和動物細胞模型驗證等;進一步探索PTGS2與鼻咽癌的相關性。本研究尚存在一定局限性:研究局限于參苓白術散君藥,未納入其他藥物;中藥復方成分復雜,活性成分之間的相互作用、各靶點的調控強度等因素未能納入計算。

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