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        環(huán)狀RNA m6A 甲基化修飾在口腔疾病中的研究進展

        2023-01-21 06:23:19楊靖雯周海文
        口腔疾病防治 2023年2期
        關鍵詞:研究

        楊靖雯, 周海文

        上海交通大學醫(yī)學院附屬第九人民醫(yī)院口腔黏膜病科,上海交通大學口腔醫(yī)學院,國家口腔醫(yī)學中心,國家口腔疾病臨床醫(yī)學研究中心,上海市口腔醫(yī)學重點實驗室,上海市口腔醫(yī)學研究所,上海(200011)

        環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)是一種新型非編碼RNA,1976 年circRNA 在植物病毒中被首次發(fā)現,描述為“共價閉合的單鏈環(huán)狀RNA 分子”,起初被認為是RNA 異常剪接的副產物[1]。隨著RNA測序技術和生物信息學的發(fā)展,研究發(fā)現circRNA在生物的發(fā)生發(fā)展過程中發(fā)揮了重要作用:miRNA 海綿功能、調節(jié)可變剪接以及調節(jié)基因表達[2]?,F已發(fā)現circRNA 在癌癥的發(fā)生、發(fā)展和耐藥性中起著至關重要的作用,且circRNA 在外泌體和人體體液中含量豐富,可通過細胞間通訊對腫瘤微環(huán)境產生影響[3]。circRNA 主要由外顯子環(huán)化形成,廣泛穩(wěn)定存在于生物體內,在基因表達調控中發(fā)揮重要作用,可作為疾病的生物標志物,在臨床診斷和治療方面有廣闊的應用前景。N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)修飾是發(fā)生在堿基腺嘌呤(A)第六位N 原子上的甲基化,主要發(fā)生在RRACH 序列中的A 上。近年研究發(fā)現,m6A 甲基化修飾circRNA 在人胚胎干細胞中顯示出特異性甲基化模式,m6A 修飾可促進circRNA 降解、核輸出,并對circRNA 翻譯有調控作用[4]。本文就circRNA m6A 甲基化修飾在機體生理過程、惡性腫瘤及口腔疾病中的研究現狀作一綜述。

        1 m6A 修飾概述

        m6A 甲基化修飾是一個動態(tài)且可逆的過程,這種修飾由3 種調節(jié)蛋白控制,分別是甲基轉移酶、去甲基化酶和閱讀蛋白。①甲基轉移酶促使RNA m6A 甲基化,甲基轉移酶樣蛋白3/14(methyltransferase-like 3/14,METTL3/14)可形成復合物使RNA m6A 甲 基 化,Wilmstunwell binding 蛋 白 輔 助METTL3/14 定位并維持體內m6A 甲基轉移酶的催化活性[5],此外,RNA 結合基序蛋白15/15B(RNAbindingmotifprotein 15/15B,RBM15/15B)和類病毒m6A 甲基轉移酶(vir-like m6A methyltransferase associated,VIRMA)在調節(jié)METTL3 和METTL14 活動中發(fā)揮重要作用[6];②去甲基化酶執(zhí)行RNA 去甲基化功能,肥胖相關蛋白(fat mass and obesity-associated protein,FTO)和alkB 同 源 物5(demethylated by human AlkB homolog H5,ALKBH5)一起維持轉錄組中m6A 水平的平衡[7-8];③閱讀蛋白可識別m6A 位點并結合甲基化RNA,其中最突出的是含有YTH 結構域的RNA 結合蛋白,在細胞質中特異性識別m6A 修飾的mRNA,能與m6A RRACH 片段重疊以介導RNA 特異性結合[9],此外,閱讀蛋白還包括異質核核糖核蛋白(eterogeneous nuclear ribonucleoproteins,HNRNP)家族(HNRNPC/HNRNPG/HNRNPL/HNRNPA2B1)[10]、胰島素樣生長因子2 結合蛋白家族(insulin-like growth factor 2 mRNA-binding proteins,IGF2BP1/2/3)及PRRC2A。

        2 m6A 修飾對circRNA 的調控作用

        2.1 m6A 修飾調節(jié)circRNA 翻譯

        Yang 等[11]發(fā)現m6A 基序通過募集YTH m6A RNA 結合蛋白1(YTH m6A RNA binding protein 1,YTHDF1)和翻譯起始因子eIF4G2/eIF3A 啟動并誘導circRNA 翻譯,且數百種的內源性circRNA 具有翻譯潛力。近期研究表明,m6A 修飾可通過YTHDF3 和eIF4G2 的識別調節(jié)circRNA 翻譯[12]。

        2.2 m6A 修飾促進circRNA 的核輸出

        Chen 等[13]首次發(fā)現m6A 修飾會促進circRNA的核輸出:YTHDC1 可與源自NOP2/Sun 結構域家族成員2(NOP2/Sun domain family member 2,NSUN2)的circNSUN2 結合,促進circNSUN2 以m6A 依賴性方式從細胞核輸出到細胞質。此外有研究發(fā)現,Hel25E 的同源蛋白UAP56 和URH49 可介導不同長度的circRNA 的出核,然而兩者對circRNA 長度測量的詳細機制仍不清楚[14]。

        2.3 m6A 修 飾 促 進circRNA 降 解

        由于封閉的環(huán)狀結構,circRNA 不易被水解,往往比其親本線性RNA 更穩(wěn)定。m6A 甲基化修飾的circRNA 依賴熱反應蛋白-12(heat-responsive protein 12,HRSP12)與YTHDF2 結合,通過核糖核酸內切酶切割選擇性降解circRNA[15]。

        3 circRNA m6A 甲基化修飾在機體生理過程中的作用

        3.1 免疫系統(tǒng)

        研究表明m6A 甲基化修飾可調控免疫反應,circRNA 為封閉的環(huán)狀結構,能逃離末端監(jiān)控系統(tǒng)。研究發(fā)現,機體通過YTHDF2 識別m6A 以辨認“自身”circRNA,抑制RIG-I 激活從而抑制先天免 疫[16]。 此 外,源 自NDUFB2 的circNDUFB2(hsa_circ_0007518)可觸發(fā)非小細胞肺癌細胞的免疫防御反應,通過RIG-I 識別以激活RIG-I-MAVS信號級聯(lián),將免疫細胞募集到腫瘤微環(huán)境中[17]。

        3.2 生殖系統(tǒng)

        在雌性生殖系統(tǒng)中,METTL14 介導的m6A 甲基化修飾改變了circGFRα1 向細胞質的輸出,circ-GFRα1 通過充當競爭性內源性RNA 促進雌性生殖系干細胞自我更新,吸附miR-449,增強GFRα1表達和激活膠質細胞衍生神經營養(yǎng)因子信號通路[18]。另有研究發(fā)現,在雄性生殖細胞中,ALKBH5 和METTL3 通過調節(jié)m6A 水平影響circRNA生物合成,circRNA 在減數分裂晚期和早期單倍體雄性生殖細胞中積累并發(fā)揮作用,持續(xù)供應對晚期精子發(fā)生和正常精子功能至關重要的蛋白質[19]。

        3.3 肌細胞

        隨著成肌細胞發(fā)育分化,eIF4G2 和m6A 閱讀蛋白YTHDF3 的mRNA 相對表達水平增加,m6A 可驅動circRNA 翻譯,并預測骨骼肌C2C12 成肌細胞分化過程中差異表達的circRNA 的功能和編碼潛力[20]。在高糖處理的血管平滑肌細胞中發(fā)現circYTHDC2 的穩(wěn)定受YTHDC2 介導的m6A 修飾正向調節(jié),而circYTHDC2上調可由血管平滑肌細胞中的高葡萄糖刺激誘導,敲除circYTHDC2 可抑制血管平滑肌細胞的增殖和侵襲并阻止細胞周期進程[21]。

        4 circRNA m6A 甲基化修飾在惡性腫瘤中的作用

        此前,m6A 甲基化修飾的研究僅局限于mRNA水平,直至2017 年Yang 等[11]報道了由m6A 甲基化驅動的廣泛翻譯,首次探索了m6A 修飾對circRNA的調控作用,為circRNA 水平的m6A 修飾研究開啟了新篇章。該研究發(fā)現circRNA 含有大量共有m6A 基序,且在翻譯起始因子eIF4G2 和m6A 閱讀蛋白YTHDF3 介導單個m6A 位點驅動翻譯起始,并被甲基轉移酶METTL3/14 增強,被去甲基酶FTO 抑制。研究發(fā)現circRNA m6A 修飾在結直腸癌[22]和肝癌[23]發(fā)生發(fā)展中也具有重要調控作用,m6A 修飾誘導circ1662 剪接與表達可加速YES 關聯(lián)蛋白1 重組蛋白核轉運,從而促進結直腸癌細胞侵襲和遷移;hsa_circ_0007456 通過與hsa-miR-139-5p 結合促進YTHDF1 表達,從而促進HCC 細胞增殖。值得注意的是,Chen 等[13]在結直腸癌肝轉移中發(fā)現了m6A 甲基化可促進circRNA 的核輸出,circNSUN2 通過YTHDC1 與IGF2BP2 從細胞核輸出到細胞質,增強下游靶基因HMGA2 的mRNA 穩(wěn)定性,促進結直腸癌細胞侵襲性,此研究結果為結直腸癌提供了一個潛在的治療靶點circNSUN2。近年來研究發(fā)現circRNA m6A 修飾還在宮頸癌、乳腺癌、肺癌、膀胱癌、下咽鱗癌、肺動脈高壓和胃癌等惡性腫瘤的發(fā)生和進展中發(fā)揮重要調控作用[24]。

        5 circRNA m6A 甲基化修飾在口腔領域的研究現狀

        目前,circRNA 水平的m6A 甲基化修飾在口腔方向的文獻極少,研究僅限于在成釉細胞瘤和口腔種植骨吸收方向初步研究。Niu 等[25]首次提供了人類成釉細胞瘤的m6A 修飾表達譜全景觀,認為m6A 修飾影響長鏈非編碼RNA 和circRNA 的加工,并鑒定了具有高甲基化或低甲基化m6A 修飾的差異表達的mRNA,這可能有助于觀察m6A 介導的基因表達調控機制。在口腔種植方向,RNA 甲基化酶METTL3 作用于成骨細胞外泌體中circ_0008542 的m6A 功 能 位 點,促 進circ_0008542 與miRNA-185-5p 的競爭結合,導致靶基因RANK(receptor activator of NF-kB)的增加和破骨細胞骨吸收的啟動;而RNA 去甲基化酶ALKBH5 抑制circ_0008542 與miRNA-185-5p 的結合,從而糾正骨吸收過程,提示可使用釋放ALKBH5 的外泌體增強即刻種植體的抵抗力[26]。

        此外,口腔扁平苔蘚組織異常表達的circRNAs表達譜已構建,表明circRNA 在OLP 的發(fā)病機制中發(fā)揮了重要作用[27]。Xu 等[28]發(fā)現circRNA 在口腔潛在惡性疾病——口腔白斑(oral leukoplakia,OLK)中發(fā)揮重要作用,構建了OLK circRNA 表達譜并對OLK 中的差異circRNA 進行了全面的生物信息學分析,源于人白細胞抗原-C(human leukocyte antigen-C,HLA-C)的circHLA-C 是一種很有前景的診斷生物標志物,具有作為OLK 治療性遺傳靶點的潛力;Hsa_circ_0060927 可作為潛在的關鍵ceRNA,通過上調三結構域蛋白14(tripartite motifcontaining 14,TRIM14)海綿下游miR-195-5p 并促進OLK 癌變,Hsa_circ_0060927 有望成為通過hsa_circ_0060927/miR-195-5p/TRIM14 軸預防和治療OLK 致癌的分子標志物[29]。但circRNA 水平的m6A 甲基化修飾在口腔惡性及潛在惡性疾病方向的研究仍較少。

        m6A 修飾與OSCC 的發(fā)生發(fā)展密切相關,其中研究最多的是m6A 甲基轉移酶METTL3 與METTL14 在OSCC 中的作用,但關于circRNA 的m6A 修飾在OSCC 及口腔潛在惡性疾病中的研究未見報道,因此筆者僅從m6A 相關酶在OSCC 中的研究闡述m6A 甲基化修飾在OSCC 中的研究現狀。①METTL3 是調節(jié)OSCC 腫瘤發(fā)生的關鍵因素,通過YTHDF1 介導的m6A 修飾增強c-Myc 穩(wěn)定性,促進OSCC 發(fā) 生[30];METTL3 介 導 的m6A 修 飾 促 進BMI1 mRNA 翻譯并增強OSCC 的增殖和轉移[31];METTL3 還可通過m6A 介導閱讀蛋白IGF2BP2 結合 增 強SLC7A11 的mRNA 穩(wěn) 定 性,促 進OSCC 進展[32];此外,當OSCC 細胞自噬被激活時,METTL14的表達上調,METTL14 的高表達可有效降低OSCC的增殖、遷移和侵襲[33]。②m6A 去甲基化酶FTO可靶向作用于OSCC 中的eIF4G1 轉錄本并調節(jié)細胞自噬和腫瘤發(fā)生;在雷帕霉素誘導的OSCC 自噬細胞中發(fā)現,敲低FTO 表達后導致eIF4G1 下調,同時促進自噬并抑制腫瘤發(fā)生[34];FTO 在有咀嚼檳榔習慣的OSCC 患者黏膜組織和慢性檳榔堿處理的OSCC 細胞系中上調,且FTO 在OSCC 細胞中受到FOXA2 轉錄因子負調控,表明FTO 在檳榔堿誘導的OSCC 進展中發(fā)揮致癌作用[35];③m6A 閱讀蛋白HNRNPL 可調節(jié)OSCC 組織中SRSF3 的表達和SRSF3 外顯子的可變剪接[36],研究表明HNRNPC 可促進OSCC 的癌變,可能成為OSCC 新的生物標志物和治療靶點[37];沉默HNRNPA2B1 可通過上皮-間充質轉化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)抑制OSCC 的增殖、遷移和侵襲,HNRNPA2B1 可能具有通過LINE-1/TGF-β1/Smad2/Slug 信號通路靶向EMT 促進OSCC 癌變的潛力[38]。

        6 小 結

        綜上所述,circRNA m6A 修飾在多種良惡性疾病中發(fā)揮重要臨床價值,但在口腔領域僅處于初步探索階段。circRNA m6A 修飾在口腔惡性疾病和潛在惡性疾病中的作用有廣闊的研究前景,深入探索circRNA m6A 修飾在口腔疾病中的調控機制,為口腔惡性疾病及口腔潛在惡性疾病的診斷與治療提供參考。

        【Author contributions】Yang JW wrote the article. Zhou HW revised the article. All authors read and approved the final manuscript as submitted.

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