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        基于CiteSpace的深靜脈血栓信號通路可視化分析

        2023-01-12 13:01:36王洪杰王穎蕊劉國妍
        血管與腔內血管外科雜志 2022年11期
        關鍵詞:發(fā)文內皮細胞英文

        王洪杰,劉 政,王穎蕊,劉國妍

        1山東中醫(yī)藥大學第一臨床醫(yī)學院,山東 濟南 250014

        2山東中醫(yī)藥大學附屬醫(yī)院周圍血管病科,山東 濟南 250014

        深靜脈血栓(deep vein thrombosis,DVT)是血液在深靜脈內非正常凝結引起的靜脈回流障礙性疾病[1],急性期血栓易脫落可引起肺栓塞(pulmonary thromboembolism,PE),導致患者死亡[2],DVT患者中PE發(fā)病率約為40%[3],后期易引發(fā)深靜脈血栓后遺癥(post-thrombotic syndrome,PTS)[4],PTS發(fā)病率高達10%~20%[5]。DVT和PE均屬于靜脈血栓栓塞癥(venous thromboembolism,VTE),是住院患者常見的并發(fā)癥和死亡原因[6],VTE防治在國際醫(yī)學界中越來越受到關注[7]。目前,DVT的發(fā)病機制尚未完全明確,其信號通路的研究已成為熱點。本文通過CiteSpace軟件對中國知網數據庫、維普中文科技期刊數據庫、萬方數據庫和Web of Science數據庫發(fā)表的關于DVT信號通路的文獻進行可視化分析,總結其研究熱點和趨勢,以期為后續(xù)相關研究提供參考,現報道如下。

        1 資料與方法

        1.1 數據收集

        系統(tǒng)檢索中國知網數據庫、維普中文科技期刊數據庫、萬方數據庫、Web of Science數據庫,檢索時間為2001—2021年。中文檢索式:“深靜脈血栓形成”或“DVT”或“深靜脈血栓”+“信號通路”或“信號傳導”或“信號轉導”。英文檢索式:“Deep venous thrombosis”或“Deep vein thrombosis”或“DVT”+“signal transduction”或“signal pathway”或“mechanism”或“signaling pathway”。共檢索得到453篇中文文獻,剔除重復文獻、會議摘要、新聞、稿約等117篇,最終納入符合標準的文獻336篇;共檢索得到1324篇英文文獻,將文獻類型設定為原創(chuàng)論著和綜述,語種為英語,最終納入符合標準的英文文獻1310篇。

        1.2 研究方法

        以“Refworks”格式導出符合標準中文文獻題錄,以Web of Science中“其他”格式導出英文文獻題錄,以“download_**.txt”命名后導入CiteSpace進行格式轉化、分析。軟件時間參數設置為2001—2021年,時間切片為1年;根據不同節(jié)點選取合適閾值,為了使圖譜更加清晰,使用Pathfinder、Pruning sliced networks、Pruning the merged network圖譜修剪算法進行修剪。

        2 結果

        2.1 發(fā)文趨勢

        中文文獻發(fā)文量分為以下階段:2001—2005年,屬于該研究起步階段,文獻報道較少;2006—2011年,年發(fā)文量逐年遞增;2012—2021年,年發(fā)文量整體呈波動性增長,2020年發(fā)文量已超30篇,整體來看后續(xù)仍可能呈增長趨勢。英文文獻發(fā)文量高于中文文獻發(fā)文量,始終處于波動性增長,2020年發(fā)文量已超過百篇。發(fā)文量說明,國內外對于DVT信號通路的研究仍處于發(fā)展階段,且后續(xù)研究不斷增加。(圖1)

        圖1 2001—2021年發(fā)文量折線圖

        2.2 作者合作網絡分析

        可視化分析中文文獻作者合作網絡,獲得384個節(jié)點,458條連線,研究形成幾個穩(wěn)定的團隊,但分析作者合作網絡發(fā)現中心性均較低,提示各位作者間、各團隊間的合作度不高(圖2)??梢暬治鲇⑽奈墨I作者合作網絡,獲得626個節(jié)點,632條連線,有4位高產作者,發(fā)文量均在10篇及以上,其中,Peter K Henke發(fā)文量最多,為19篇(圖3)。

        圖2 2001—2021年中文文獻作者合作網絡圖

        圖3 2001—2021年英文文獻作者合作網絡圖

        2.3 機構合作網絡分析

        336篇中文文獻包括129所機構,發(fā)文量3篇及以上的機構有7所,其中昆明醫(yī)科大學發(fā)文量居首位,為13篇,其對術后DVT研究較多,主要探究關于DVT發(fā)病和預防的信號通路,其他各機構合作的中心性較低,說明機構間的合作較少(表1)。1310篇英文文獻包括524所機構,發(fā)文量10篇及上的機構有11所,其中,Univ Michigan發(fā)文量最高,為53篇,發(fā)文量5~9篇的有25所機構,英文文獻發(fā)文機構數量明顯高于中文文獻,但中心性仍較低,各機構間的合作同樣較少(表2)。

        表1 2001—2021年中文文獻發(fā)文量≥3篇的機構

        表2 2001—2021年英文文獻發(fā)文量≥10篇的機構

        2.4 關鍵詞共現分析

        關鍵詞是文獻的內容和主旨的概括,可以預測該領域的研究熱點,其中,中文文獻得到312個關鍵詞,出現頻次≥6的關鍵詞有14個(表3);英文文獻得到556個關鍵詞,出現頻次≥60的關鍵詞有16個(表4)。對中文文獻進行關鍵詞共現分析,得到312個節(jié)點,537條連線(圖4),發(fā)現中文文獻涉及內容較為全面,包括DVT發(fā)病中炎癥信號通路、內皮損傷信號通路、細胞凋亡、DVT并發(fā)癥、抗凝治療、動物實驗及中醫(yī)藥治療等。對英文文獻進行關鍵詞共現分析,得到556個節(jié)點,4070條連線(圖5),中心性代表的是網絡節(jié)點在網絡中位置的重要性,英文關鍵詞中心性較高的依次為deep vein thrombosis(0.22)、thromboembolism(0.12)、molecular weight heparin(0.11),且中心性均大于0.1,說明DVT治療中低分子肝素作用通路研究是DVT信號通路研究的重要內容。

        圖4 2001—2021年中文文獻關鍵詞共現網絡圖

        圖5 2001—2021年英文文獻關鍵詞共現網絡圖

        表3 2001—2021年中文文獻頻次≥6的關鍵詞

        表4 2001—2021年英文文獻頻次≥60的關鍵詞

        2.5 關鍵詞突現分析

        關鍵詞是文章的核心概括,關鍵詞突現指關鍵詞在短時間內使用的頻次顯著增加,表明某一時間段內的研究重點及熱點,可判斷該研究的發(fā)展趨勢。中文文獻關鍵詞突現由最初的人工血管、抗凝治療、肝素治療,逐漸向炎癥反應、內皮細胞、中醫(yī)藥、實驗研究、危險因素轉變,表明研究逐步從臨床治療向發(fā)病機制、信號通路轉變。英文文獻關鍵詞突現強度較中文更高,轉變過程同樣是由臨床治療向機制探索,2015—2021年主要突現的關鍵詞有mice、innate immunity、oxidative stress、activation、微小RNA(microRNA,miRNA)等,這些關鍵詞可能代表DVT信號通路研究的熱點和趨勢。(圖6、圖7)

        圖6 2001—2021年中文文獻前20名關鍵詞突現分析圖

        圖7 2001—2021年英文文獻前20名關鍵詞突現分析圖

        2.6 關鍵詞聚類分析

        在關鍵詞共現網絡的基礎上,對中英文文獻關鍵詞生成聚類知識圖譜。中文文獻關鍵詞聚類知識圖譜中#0、#2、#3、#4、#5、#7、#8、#9、#11、#12、#14、#16、#17、#20為 信 號 通 路 研 究,#1、#6、#10、#13、#15、#18、#19為治療、并發(fā)癥、中醫(yī)藥的研究。英文文獻關鍵詞聚類圖譜中前5位分別為obesity(#0)、pulmonary embolism(#1)、moleculai weight heparin(#2)、miRNA(#3)、histone(#4),涉及發(fā)病因素、并發(fā)癥、治療以及miRNA、組蛋白分析。(圖8、圖9)

        圖8 2001—2021年中文文獻關鍵詞聚類分析圖

        圖9 2001—2021年英文文獻關鍵詞聚類分析圖

        3 討論

        3.1 研究現狀

        本研究基于CiteSpace軟件,對納入的中文文獻的336篇、英文文獻1310篇進行了可視化分析,深入挖掘與整理可視化圖譜節(jié)點背后的信息,直觀地展示出近年來中、英文文獻發(fā)文趨勢、作者合作網絡、關鍵詞共現、突現特征,提示目前DVT信號通路的主要研究內容、研究熱點及研究方向,以期為后續(xù)研究提供科研思路和方向。

        本研究的中英文文獻發(fā)文量總體上均呈波動性增長,提示DVT信號通路的研究受到持續(xù)的關注。核心作者有趙學凌、莫建文、宋恩、黃河、張玥、王兵等,不同作者間形成較為穩(wěn)定的合作團隊,其中,趙學凌團隊主要研究氧化應激反應對DVT發(fā)病機制的影響[8],發(fā)現沉默信息調節(jié)因子1(silent information regulator 1,SIRT1)對氧化應激有抑制作用,通過實驗證實SIRT1對抑制靜脈血栓的形成有意義;血紅素加氧酶-1(heme oxygenase-1,HO-1)[9]和炎癥因子激活核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信號通路[10]對內皮細胞具有調節(jié)作用,進而探討DVT發(fā)病的信號通路。莫建文團隊通過研究Toll樣受體(Toll-like receptor,TLR)參與細胞的炎癥反應,明確了Toll樣受體2與核因子-κB(TLR2-NF-κB)信號通路與血栓性疾病的相關性[11],白細胞介素(interleukin,IL)-6通過3種信號通路促進血栓形成[12]。英文文獻核心作者有Peter K Henke、Thomas W Wakefield等,且形成不同團隊,發(fā)現炎癥因子在DVT中起到關鍵性作用[13],P-選擇素(P-selectin)是SIRT1信號通路的下游靶點基因,可促進單核巨噬細胞活化,激活機體中的凝血系統(tǒng),導致DVT[14]。通過中英文文獻作者合作網絡分析發(fā)現,研究團隊和研究機構彼此間缺乏合作,受研究內容或研究時間等因素的影響,各位研究者逐漸形成不同研究團隊,但各團隊間仍缺乏交流。

        本研究關鍵詞分析顯示,國內外研究的側重方向不同,中文文獻側重于炎癥小體信號通路[15]、NF-κB通路[16]、Toll樣受體[17]、內皮細胞的損傷等方面對DVT信號通路的研究,英文文獻集中在自身免疫[18]、氧化應激反應、血小板活化[19]、細胞凋亡[20]、miRNA與DVT相關性研究等方面。

        3.2 研究熱點及趨勢

        DVT的形成受多種因素影響,機制復雜,包括基因突變、炎性反應、凝血/抗凝血失衡、血小板異常聚集、血液高凝狀態(tài)、血管內皮功能異常等諸多方面。其中,炎癥又被視為血小板活化和聚集的關鍵[21],炎癥與血栓形成關系密切,存在炎癥-凝血網絡調節(jié)關系,炎癥反應可以促進血液進入高凝狀態(tài),誘發(fā)血栓形成,血栓形成又會加重炎癥反應。腫瘤壞死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、IL-1β、IL-6、IL-7、IL-18等炎癥細胞因子會加劇組織損傷,誘導血栓形成。IL-7通過細胞外調節(jié)蛋白激酶(extracellular regulated protein kinase,ERK)2和p53信號通路誘導線粒體通透性轉換孔(mitochondrial permeablity transition pore,MPTP)開放,促進DVT形成[22];IL-6共有3條信號通路參與DVT表達,包括Janus激酶(Janus kinase,JAK)信號轉導及轉錄激活因子(signal transduction and activator of transcription,STAT)、大鼠肉瘤癌基因(rat sarcoma oncogene,RAS)/有絲分裂原活化蛋白(mitogen-activated protein,MAP)、磷脂酰肌醇-3-羥激酶(phosphatidylinositol 3-hydroxy kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,PKB,又稱AKT)/NF-κB;IL-1β、IL-18通過激活NF-κB信號通路,改變內皮細胞生長狀態(tài)、凋亡形式,參與DVT的發(fā)生與發(fā)展[23]。血管內皮細胞受損活化內皮細胞,釋放P-選擇素和血管性血友病因子(von Willebrand factor,vWF),通過調節(jié)白細胞聚集和黏附,形成中性粒細胞胞外誘捕網(neutrophil extracellular trap,NET),進一步活化血小板的凝聚及凝血酶,導致血栓形成[24]。SIRT1通過抑制促分裂原活化的蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、炎癥反應通路NF-κB、激活抗凋亡通路PI3K/AKT/糖原合成激酶3β(glycogen synthase-3β,GSK3β)修復氧化應激誘導內皮細胞損傷、凋亡[25],干預血栓形成。研究發(fā)現,miRNA對DVT具有調控作用[26],miRNA對內皮細胞的分化、遷移、增殖起到重要作用,對DVT的發(fā)生有抑制作用[27],如miRNA-5189-3p通過激活Notch信號通路促進靜脈內皮細胞增殖分化,抑制凋亡,從而抑制DVT;miRNA-150可以調控血管內皮細胞中的NF-κB信號通路[28]抑制DVT;miRNA-181b、NF-κB、細胞間黏附分子-1(vascular cell adhesion molecule-1,VCAM-1)、E選擇素等對內皮細胞功能有調節(jié)作用,miRNA-181b下調NF-κB信號通路的激活[29],進而抑制NF-κB下游VCAM-1、E選擇素等黏附分子的表達;miRNA-126通過PI3K/AKT信號通路抑制DVT形成[30];miRNA-221影響MEK/ERK信號通路,抑制內皮祖細胞(endothelial progenitor cell,EPC)的增殖[31-32],抑制DVT發(fā)生。自身免疫也是DVT信號通路研究的熱點,抗凝血酶Ⅲ(anti-thrombin Ⅲ,AT-Ⅲ)的缺乏與DVT呈負相關[33],遺傳性血小板增多癥(凝血因子V萊頓突變、凝血酶原激酶突變、蛋白C缺乏、蛋白S缺乏和抗凝血酶缺陷)與成年人動脈缺血性卒中的風險關系密切,與DVT的發(fā)病也密切相關。相較于蛋白C和蛋白S缺乏存在的風險,由遺傳性AT缺乏引起的血栓形成傾向具有更嚴重的后果。AT缺乏患者的VTE風險較健康者增加數十倍,其中,DVT最為常見[34]。

        綜上所述,本研究基于文獻計量學方法,應用CiteSpace可視化展現和分析中英文文獻的作者、機構、關鍵詞,對DVT信號通路研究的研究情況深入挖掘,將DVT信號通路的重點研究方向、主題、研究熱點等信息展現出來,并進一步預測目前國內外熱點研究內容為炎癥反應、NF-κB信號通路、內皮細胞損傷、氧化應激反應、miRNA、自身免疫等,為進一步挖掘該領域的研究內容奠定基礎,也為后續(xù)研究提供參考。

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