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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討中藥鴉膽子治療非小細(xì)胞肺癌的作用機(jī)制

        2023-01-12 12:49:58桑舒柳丁蓉珍姜靖潔龔亞斌
        Classical Chinese Medicine Research 2022年4期
        關(guān)鍵詞:鴉膽子網(wǎng)絡(luò)圖靶點(diǎn)

        桑舒柳,丁蓉珍,姜靖潔,龔亞斌*

        1 上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬岳陽(yáng)中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院腫瘤科,上海,200437。

        肺癌是全球癌癥死亡的主要原因,占所有癌癥死亡的18.4%[1]。肺癌分為非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)和小細(xì)胞肺癌(SCLC),其中約85%為非小細(xì)胞肺癌[2]。隨著醫(yī)學(xué)的發(fā)展,中醫(yī)藥可以改善腫瘤分子靶向藥物耐藥、改善多藥耐藥、逆轉(zhuǎn)化療耐藥、協(xié)同增效及放療增敏,同時(shí)減輕放、化療副作用[3]。中醫(yī)藥在治療惡性腫瘤的應(yīng)用范圍越來(lái)越廣,通過(guò)增效減毒提高患者的生存期和生活質(zhì)量。

        中藥鴉膽子(Brucea javanica)為苦木科植物鴉膽子的干燥成熟果實(shí),具有清熱解毒、截瘧、止痢的功效;外用可治療腐蝕贅疣[4]。鴉膽子的臨床應(yīng)用大多是煉成鴉膽子油后被制備成乳劑或者軟膠囊,輔助治療各種癌癥[5],聯(lián)合放、化療提高其抗癌療效和安全性,緩解腫瘤惡病質(zhì)[6-10]。大量研究表明鴉膽子能通過(guò)觸發(fā)活性氧(ROS)的生成、細(xì)胞色素C 的釋放、線粒體凋亡通路的激活以及一系列與癌癥相關(guān)的信號(hào)通路和蛋白的調(diào)控來(lái)抑制腫瘤細(xì)胞增殖凋亡[11,12],但其治療非小細(xì)胞肺癌的具體活性成分和機(jī)制尚不明確。

        網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)能通過(guò)可視化數(shù)據(jù)采集分析預(yù)測(cè)藥物治療疾病的靶點(diǎn)和機(jī)制。因此,本文通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對(duì)鴉膽子治療非小細(xì)胞肺癌的主要活性成分和作用相關(guān)通路和靶點(diǎn)進(jìn)行探討,以期為臨床治療疾病提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 化合物有效成分及潛在靶點(diǎn)的收集

        以“鴉膽子”為檢索詞,在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)(TCMSP)數(shù)據(jù)庫(kù)(http: //tcmspw.com/tcmsp.php)中檢索其包含的化學(xué)成分,滿足生物利用度(OB)≥ 30%,類(lèi)藥性(DL)≥0.18 的化合物被選擇。查閱文獻(xiàn)補(bǔ)充 TCMSP 中未預(yù)測(cè)到的有效化合物成分,在化源網(wǎng)搜CAS 號(hào)隨后在Pubchem 提取化學(xué)成分相對(duì)應(yīng)的SMILE 號(hào),在Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫(kù)中找出SMILE 號(hào)對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)。

        1.2 治療靶點(diǎn)的篩選

        設(shè)置關(guān)鍵詞為“non-small cell lung cancer”,檢索Genecard (www.genecards.org) 和DisGeNET(www.disgenet.org)數(shù)據(jù)庫(kù),選擇“Homo sapiens”,檢索出NSCLC 靶點(diǎn)。取鴉膽子活性成分靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)的并集作為“鴉膽子”治療NSCLC 的潛在靶點(diǎn),繪制韋恩圖。

        1.3 構(gòu)建鴉膽子活性成分-作用靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖

        將上面篩選出的靶點(diǎn)導(dǎo)入Cytoscape Version 3.7.2 軟件,構(gòu)建鴉膽子活性成分-非小細(xì)胞肺癌靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò),并進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)分析,根據(jù)節(jié)點(diǎn)的度值篩選出其治療NSCLC 的核心化合物。

        1.4 構(gòu)建蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)

        將 1.2 篩選出的靶點(diǎn)輸入STRING(https://string-db.org) 平臺(tái),選擇“Homo sapiens”,置信度設(shè)為 0.7,獲得蛋白互作關(guān)系。然后導(dǎo)入Cytoscape-3.7.2 中,生成PPI 網(wǎng)絡(luò)圖,以節(jié)點(diǎn)度值超過(guò)其中位數(shù)值、BetweennessCentrality 大于中位數(shù)值為標(biāo)準(zhǔn)篩選出重要靶點(diǎn)。

        1.5 GO 與 KEGG 富集分析

        將上述1.4 的重要靶點(diǎn)導(dǎo)入Metascape(http://metascape.org/)平臺(tái)分析,選擇“Homo sapiens”,進(jìn)行GO 和 KEGG 通路富集分析。

        1.6 篩選鴉膽子作用于NSCLC 的核心靶點(diǎn)

        將1.4 篩選出的重要靶點(diǎn)導(dǎo)入GEPIA,http://gepia.cancer-pku.cn/detail.php)數(shù)據(jù)庫(kù),選擇“總體生存”和“中位數(shù)”作為篩選條件。P< 0.05 和P(HR) < 0.05 作為L(zhǎng)UAD 數(shù)據(jù)集的顯著性閾值來(lái)篩選鴉膽子作用于NSCLC 的核心靶點(diǎn)。

        1.7 化合物-靶點(diǎn)-通路圖

        通過(guò)R 語(yǔ)言畫(huà)出鴉膽子化合物-靶點(diǎn)-通路關(guān)系圖。

        2 結(jié)果

        2.1 鴉膽子活性成分篩選和疾病靶點(diǎn)篩選

        通過(guò)已有文獻(xiàn)報(bào)道及TCMSP 以“OB≥30%、DL≥0.18”篩選出鴉膽子活性化合物共16 種。刪除化合物對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)重復(fù)值后進(jìn)行合并,共獲得靶點(diǎn)230個(gè)。通過(guò)GenCards 等數(shù)據(jù)庫(kù)收集到NSCLC 相關(guān)靶點(diǎn)共3813個(gè),將鴉膽子和疾病靶點(diǎn)進(jìn)行映射取交集共得到152個(gè)交叉靶點(diǎn),即鴉膽子治療NSCLC 靶點(diǎn),見(jiàn)圖1。

        圖1 鴉膽子和肺癌交集靶點(diǎn)的韋恩圖

        2.2 構(gòu)建與分析鴉膽子活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)

        如圖2,成功構(gòu)建了鴉膽子活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)。其中,自由度排名前十的鴉膽子活性成分見(jiàn)表1。

        表1 鴉膽子主要活性成分

        圖2 鴉膽子活性成分-疾病靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖

        2.3 PPI 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析

        將鴉膽子治療NSCLC 的152個(gè)潛在靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING 平臺(tái),根據(jù)置信度>0.7 進(jìn)行篩選,隨后導(dǎo)入Cytoscape-3.7.2 將結(jié)果可視化。以BetweennessCentrality >中位數(shù)值(0.00264092),degree >中位數(shù)值(5)為參數(shù)篩選出重要靶點(diǎn)共50個(gè),具體見(jiàn)圖3。

        圖3 鴉膽子PPI 網(wǎng)絡(luò)圖

        2.4 GO 與KEGG 信號(hào)通路分析

        對(duì)鴉膽子的50個(gè)重要靶點(diǎn)進(jìn)行GO 和 KEGG 富集分析,其中生物過(guò)程主要包括蛋白質(zhì)磷酸化、調(diào)控細(xì)胞周期等,細(xì)胞成分主要包括周期蛋白依賴的蛋白激酶、轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體等,分子功能主要包括蛋白絲氨酸激酶活性等。KEGG 分析顯示鴉膽子治療NSCLC 涉及多種信號(hào)通路,主要包括:VEGF 和PI3KAkt 信號(hào)通路等,見(jiàn)圖4。

        圖4 鴉膽子富集分析網(wǎng)絡(luò)圖

        2.5 鴉膽子成分-NSCLC 治療靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建

        利用Cytoscape 建立鴉膽子治療NSCLC 的活性成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)。此網(wǎng)絡(luò)由73個(gè)節(jié)點(diǎn)和364條邊組成(圖5)。

        圖5 鴉膽子治療NSCLC 成分-靶點(diǎn)-通路圖

        2.6 鴉膽子核心靶點(diǎn)分析

        在GEPIA 數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索39個(gè)重要靶點(diǎn),通過(guò)總體生存率篩選出了14個(gè)核心靶點(diǎn)(表2)。然后,我們繪制了鴉膽子治療非小細(xì)胞肺癌化合物-靶標(biāo)-通路的關(guān)系圖(圖6)。

        表2 鴉膽子核心靶點(diǎn)分析

        接上 表2 鴉膽子核心靶點(diǎn)分析

        接上 表2 鴉膽子核心靶點(diǎn)分析

        圖6 鴉膽子治療NSCLC 成分-核心靶點(diǎn)-通路分析圖

        2.7 鴉膽子治療NSCLC 成分-核心靶點(diǎn)-通路分析

        我們繪制出鴉膽子治療NSCLC 成分-核心靶點(diǎn)-通路圖,即鴉膽子8 種化合物通過(guò)11個(gè)核心靶點(diǎn)作用于前20個(gè)通路上(通路上沒(méi)有富集的靶點(diǎn)被剔除)。

        3 討論

        本研究通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法分析了鴉膽子治療NSCLC 的作用機(jī)制。通過(guò)活性成分-疾病靶點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)分析顯示鴉膽子共有16 種化合物。根據(jù)鴉膽子治療NSCLC 成分-靶點(diǎn)-通路圖,鴉膽子同一化合物能調(diào)控不同靶點(diǎn),而同一靶點(diǎn)又能調(diào)控不同通路,其中木犀草素、鴉膽亭和鴉膽醇共同靶向CDK1 和PTGS2,主要作用于VEGF 信號(hào)通路,從而抑制肺癌血管生成。

        木犀草素是一種多酚類(lèi)植物黃酮類(lèi)化合物,研究表明木犀草素具有良好的抗腫瘤活性[13,14],通過(guò)多種機(jī)制抑制癌細(xì)胞的生長(zhǎng),如刺激腫瘤細(xì)胞凋亡、抑制細(xì)胞復(fù)制、腫瘤生長(zhǎng)、提高耐藥性、防止癌細(xì)胞侵入和轉(zhuǎn)移[15]。研究表明木犀草素能顯著抑制kras 突變型肺癌的增殖,并下調(diào)IFN-γ誘導(dǎo)的PD-L1 表達(dá),從而提高kras 突變肺癌的抗腫瘤免疫能力[16]。Zhang M 等[17]通過(guò)體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)木犀草素能通過(guò)下調(diào)LIMK1 抑制肺癌細(xì)胞增殖。Wu B 等[18]發(fā)現(xiàn)木犀草素單獨(dú)或聯(lián)合腫瘤壞死因子相關(guān)凋亡誘導(dǎo)配體(TRAIL)均可降低A549 細(xì)胞和H1975 細(xì)胞的活力,增加細(xì)胞凋亡。鴉膽亭 (bruceantin,BCT)是鴉膽子中的主要有效成分,1973年首次被發(fā)現(xiàn)可以從鴉膽子中分離,并具有抗白血病[19]和抗腫瘤作用[20]。研究發(fā)現(xiàn)[21]鴉膽亭能上調(diào)miR-29a-3p 抑制NSCLC H1299 細(xì)胞的增殖、遷移與侵襲。查閱文獻(xiàn)發(fā)現(xiàn)有關(guān)鴉膽亭治療NSCLC 的研究比較鮮見(jiàn),其作用于NSCLC 的機(jī)制值得進(jìn)一步深入探討。有研究表明鴉膽醇是一種新型的STAT3 抑制劑,在結(jié)腸癌體外和體內(nèi)實(shí)驗(yàn)中能抗腫瘤[22]。

        細(xì)胞周期依賴性激酶1(Cyclin-dependent kinases 1,CDK1)參與細(xì)胞周期、有絲分裂等過(guò)程[23]。研究發(fā)現(xiàn)CDK1 是肺腺癌潛在預(yù)后分子標(biāo)志物[24],而miR-496 能降低CDK1 的表達(dá)使肺癌A549 細(xì)胞凋亡[25],同時(shí)Chk1 抑制劑在體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)中對(duì)小細(xì)胞肺癌具有抗腫瘤作用,并能延緩其耐藥[26]。環(huán)氧合酶-2(COX-2)是一種誘導(dǎo)型酶,由PTGS2 基因編碼,被認(rèn)為是“快速反應(yīng)基因”[27]。研究發(fā)現(xiàn)COX-2 在肺腺癌中高表達(dá)[28],而COX-2 抑制劑能抑制肺癌細(xì)胞增殖,促肺癌細(xì)胞凋亡[29]。

        GO 富集分析顯示,鴉膽子的作用靶點(diǎn)與蛋白質(zhì)磷酸化、調(diào)控細(xì)胞周期等生物過(guò)程,蛋白絲氨酸激酶活性等分子功能及周期蛋白依賴的蛋白激酶、轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體等細(xì)胞成分有關(guān)。KEGG 結(jié)果顯示,鴉膽子治療 NSCLC 涉及多種信號(hào)通路。其中,在癌癥發(fā)生發(fā)展進(jìn)程中,VEGF 在腫瘤血管生成和血管生成依賴性轉(zhuǎn)移中起著關(guān)鍵作用[30]。研究發(fā)現(xiàn)癌細(xì)胞分泌VEGF 的方式為自分泌和旁分泌,激活癌細(xì)胞中的VEGF/VEGFR 信號(hào)通路達(dá)到促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)的目的[31]。此外,VEGF 在肺腺癌患者中高表達(dá),表明其預(yù)后較差[32],在臨床上,抗血管生成藥物能抑制NSCLC,聯(lián)合化療、靶向或免疫治療等可發(fā)揮協(xié)同作用[33]。

        本研究通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué),篩選出鴉膽子中的主要活性成分,構(gòu)建了活性成分-疾病靶點(diǎn)之間的網(wǎng)絡(luò)圖,并得出了鴉膽子治療 NSCLC 潛在的作用靶點(diǎn)及相關(guān)通路,為進(jìn)一步的試驗(yàn)驗(yàn)證和臨床治療方面提供了理論基礎(chǔ)。然而本研究的數(shù)據(jù)主要從各個(gè)平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取,具有一定的片面性和局限性,故具體結(jié)果仍需進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

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