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        光譜法和分子對接研究高兒茶酚與牛血清白蛋白的相互作用

        2023-01-12 05:54:46呂艷芳張紫卿梁倩倩李營劉欣欣李學鵬
        中國食品學報 2022年12期
        關鍵詞:殘基復合物常數(shù)

        呂艷芳,張紫卿,梁倩倩,李營,劉欣欣,李學鵬*

        (1 渤海大學食品科學與工程學院 遼寧錦州121013 2 上海交通大學農(nóng)業(yè)與生物學院 上海 200240)

        高兒茶酚(Homocatechol),又稱3,4-二羥基甲苯,化學式為C7H8O2,是一種芳香族衍生物,槲皮素代謝的產(chǎn)物,可通過還原木質(zhì)素衍生的香草醛,然后脫甲基來制備[1-2],結(jié)構(gòu)見圖1。其用途大致可分為3 類:第1 類,可作為中間體制造蘋果型香料、農(nóng)藥、染料等[3];第2 類,可用于殺菌防腐[3];第3 類,可用于醫(yī)藥領域制備具有醫(yī)藥活性的化合物,并且該物質(zhì)在抗氧化方面有良好的應用[4-5]。Applová 等[6]在研究中發(fā)現(xiàn)高兒茶酚能有效抑制血小板聚集,甚至比臨床上使用的抗血小板藥物阿司匹林療效更好。Hsiao 等[7]通過小鼠實驗發(fā)現(xiàn)高兒茶酚能夠縮短熱陣痛時間,刺激多種神經(jīng)營養(yǎng)素,促進皮膚神經(jīng)再生。Fukuhara 等[8]通過給大鼠側(cè)腦室靜脈注射高兒茶酚,發(fā)現(xiàn)能夠預防大鼠的慢性疼痛并產(chǎn)生抗抑郁作用。劉春麗等[9]和肖卓炳等[10]通過研究荔枝果肉和獼猴桃變軟與其多酚氧化酶的關系時,發(fā)現(xiàn)在多種底物中,高兒茶酚與其多酚氧化酶能較好地結(jié)合。

        圖1 高兒茶酚的3D(a)和2D(b)結(jié)構(gòu)圖Fig.1 3D(a)and 2D(b)structures of homocatechol

        蛋白質(zhì)是生物體最重要的大分子之一,是一切生命活動的物質(zhì)基礎。若小分子參與生物代謝或者可以改變生物大分子的某種理化性質(zhì),則研究二者間的相互作用,揭示其作用機理很有意義。牛血清白蛋白(BSA)分子質(zhì)量為66.4 ku,是一種球狀心形蛋白[11-12]。因其與人血清白蛋白是同源蛋白[13-14],故可廣泛用于蛋白質(zhì)與小分子互作的研究。姚惠芳等[15]、孫艷輝等[16]運用光譜法研究篤斯越橘花青素和綠原酸與BSA 的互作,結(jié)果發(fā)現(xiàn),篤斯越橘花青素主要依靠靜電作用力,綠原酸主要依靠疏水作用力與BSA 發(fā)生作用,其猝滅類型均為靜態(tài)猝滅。

        本文從熱力學角度研究高兒茶酚與BSA 的結(jié)合作用。研究二者結(jié)合后BSA 的三維結(jié)構(gòu)和微觀形態(tài)的變化。利用分子對接技術分析二者的結(jié)合位點,旨在為高兒茶酚的應用提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        BSA(≥98%),北京中生瑞泰科技有限公司;高兒茶酚(≥99%),上海阿拉丁生化科技股份有限公司;磷酸氫二鈉、磷酸二氫鉀(分析純),上海國藥集團化學試劑有限公司。

        1.2 儀器與設備

        紫外-可見分光光度計(UV2550),日本島津;熒光分光光度計(970CRT),上海棱光公司;冷場發(fā)射掃描電鏡(S-4800),日本日立公司;電熱恒溫水浴鍋(DK8D),上海一恒科技有限公司。

        1.3 試驗方法

        1.3.1 紫外光譜法測定高兒茶酚與BSA 的相互作用 在7 支試管中分別加入2.5 mg/mL,BSA 溶液0.5 mL,接著加入2×103μmol/L 高兒茶酚溶液(0,0.05,0.10,0.15,0.20,0.25,0.30 mL),最后用PBS 緩沖液(pH 7.4)定容5 mL,使BSA 終質(zhì)量濃度為0.25 mg/mL,高兒茶酚的終濃度分別為0,20,40,60,80,100 μmol/L 和120 μmol/L?;靹蚝?于298 K 下靜置10 min。紫外光譜掃描范圍200~600 nm。

        1.3.2 熒光光譜法測定高兒茶酚與BSA 的相互作用 取24 支試管,分為3 組,每組8 支。按1.3.1節(jié)的方法配制溶液,使BSA 終質(zhì)量濃度為0.25 mg/mL,高兒茶酚的終濃度分別為0,20,40,60,80,100,120 μmol/L 和140 μmol/L。將混合后的3組樣品分別置298,310 K 和320 K 恒溫水浴中10 min。熒光檢測條件:激發(fā)波長281 nm,掃描范圍280~450 nm,狹縫寬度均為5 nm。

        1.3.3 熒光猝滅與熱力學計算公式 在1.3.2 節(jié)基礎上,通過Stern-Volmer 方程(1)對熒光數(shù)據(jù)進行計算,分析其猝滅類型[17]。通過公式(2)計算其結(jié)合常數(shù)Ka和結(jié)合位點數(shù)n[18]。根據(jù)方程(3)、(4)計算高兒茶酚與BSA 互作的熱力學參數(shù)[19]。

        式中:F0和F——加入高兒茶酚前、后BSA的熒光強度;Ksv——動態(tài)猝滅常數(shù);Kq——猝滅速率常數(shù);τ0——猝滅劑不存在時生物大分子的平均壽命(10-8s);Ka1和Ka2——分別為T1、T2溫度下的結(jié)合常數(shù);R——氣體常數(shù)(8.314×10-3kJ/mol)[20]。

        1.3.4 同步熒光法測定高兒茶酚與BSA 的相互作用 方法同1.3.1 節(jié)。熒光光譜掃描條件:激發(fā)波長281 nm,掃描范圍200~400 nm,Δλ 分別為15 nm 和60 nm,狹縫寬度均為1 nm。

        1.3.5 高兒茶酚對BSA 形態(tài)的影響 在3 支試管中分別加入0.25 mg/mL BSA 溶液0.5 mL,接著加 入2×102μmol/L 高兒茶酚溶液(0,0.05,0.10 mL),用去離子水定容5 mL,使BSA 終質(zhì)量濃度為0.025 mg/mL,高兒茶酚的終濃度分別為0,2,4 μmol/L?;旌先芤河?98 K 下靜置10 min,在培養(yǎng)皿中放入導電硅片,吸取10 μL 樣品溶液平鋪在硅片上,放入35 ℃烘箱中直至樣品完全干燥。將樣品粘貼在樣品臺上,噴金后掃描電鏡觀察。

        1.3.6 分子對接研究高兒茶酚與BSA 的結(jié)合 BSA的晶體結(jié)構(gòu)(ID:4F5S)從PDB 數(shù)據(jù)庫中獲得,利用PyMol 軟件對晶體結(jié)構(gòu)進行前處理。配體高兒茶酚的2D 結(jié)構(gòu)由Chem Draw 軟件繪制,通過Chem3D 軟件對其優(yōu)化,將能量優(yōu)化后的配體保存為PDB 格式文件,然后利用Auto Dock-vina 軟件進行分子對接,最后用Discovery Studio(簡稱DS)、PyMol 軟件作圖,查看對接結(jié)果。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 高兒茶酚與BSA 相互作用的紫外吸收光譜分析

        從圖2a 可以看出高兒茶酚的最大吸收波長(λmax)在279 nm 處,隨著高兒茶酚濃度的增加,它的吸光值由0.032 增至0.357,而其吸收波長沒有發(fā)生改變。從圖2b 可以看出,當不添加高兒茶酚時,BSA 在277 nm 處有一個由BSA 的色氨酸(Trp)與酪氨酸(Tyr)殘基的芳雜環(huán)π-π*躍遷引起的吸收峰[21]。加入高兒茶酚后,當其濃度為20~80 μmol/L 時,BSA 的吸光值由0.125 增至0.333,且波長從277 nm 紅移至279 nm,說明高兒茶酚與BSA 形成了復合物,在這個過程中BSA 結(jié)構(gòu)內(nèi)部的Trp 與Tyr 殘基暴露在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)表面,使BSA 的疏水性增強,空間構(gòu)象發(fā)生改變[22-23]。當高兒茶酚濃度超過80 μmol/L 時,BSA 的吸光值增加,其波長仍保持不變,說明二者結(jié)合較好,復合物的結(jié)構(gòu)趨于穩(wěn)定,二者之間發(fā)生相互作用[24]。

        2.2 高兒茶酚與BSA 相互作用的熱力學分析

        2.2.1 高兒茶酚與BSA 相互作用的熒光光譜分析 通常蛋白質(zhì)的熒光是由色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)和苯丙氨酸殘基(Phe)引起的[25]。由圖3 可知,當BSA 質(zhì)量濃度為0.25 mg/mL 時,3 種溫度下,不添加高兒茶酚的BSA 分別在347,349 nm和345 nm 處有一個強熒光發(fā)射峰。添加高兒茶酚后,3 個溫度下BSA 的熒光強度隨高兒茶酚濃度的增加均呈下降趨勢。當溫度為298 K 和310 K時,最大發(fā)射波長出現(xiàn)藍移的現(xiàn)象;溫度為320 K時,最大發(fā)射波長先紅移后藍移,這說明高兒茶酚與BSA 發(fā)生了相互作用[26],且BSA 的峰形和強度沒有發(fā)生明顯變化,表明高兒茶酚的加入沒有破壞發(fā)色團[27],僅使蛋白質(zhì)周圍的微環(huán)境發(fā)生改變,內(nèi)源熒光發(fā)生猝滅,蛋白質(zhì)的疏水性增強。

        圖3 298(a)、310(b)和320 K(c)時不同濃度的高兒茶酚與BSA 相互作用的熒光光譜Fig.3 Fluorescence spectra of the interaction between BSA and homocatechol of different concentrations at 298(a),310 K(b)and 320 K(c)

        2.2.2 高兒茶酚對BSA 的猝滅類型的判定 動態(tài)猝滅的猝滅常數(shù)(Ksv)隨著溫度的上升而增大,靜態(tài)猝滅反之[28-30]。3 個溫度下,[Q]與F0/F 擬合出來的曲線線性關系良好(圖4)。由表1 可知,隨著溫度的升高,Ksv由4.80×103L/mol 增至1.663×104L/mol,推測高兒茶酚對BSA 的熒光猝滅過程是動態(tài)猝滅;又因其Kq值由0.480×1012L/(mol·s)增至1.663×1012L/(mol·s),大于各類猝滅劑對生物大分子的最大碰撞猝滅速率常數(shù)閾值(2.0×1010L/(mol·s))[31]。這表明二者在結(jié)合的過程中也存在靜態(tài)猝滅。

        表1 不同溫度條件下高兒茶酚與BSA相互作用的猝滅常數(shù)Table 1 Sterne-Volmer quenching constants of the interaction between homocatechol and BSA at different temperatures

        圖4 298,310 K 和320 K 時高兒茶酚和BSA相互作用的Stern-Volmer 擬合圖Fig.4 Sterne-Volmer plot of the interaction between homocatechol and BSA at 298,310 K and 320 K

        2.2.3 高兒茶酚與BSA 作用的結(jié)合位點與結(jié)合常數(shù) 在2.2.2 節(jié)分析中發(fā)現(xiàn),二者結(jié)合過程中存在靜態(tài)猝滅。根據(jù)公式(2),以lg[(F0-F)/F]為縱坐標,lg[Q]為橫坐標繪制雙對數(shù)圖(圖5),對它們的結(jié)合方式進行分析。由表2 可知,隨著溫度的升高,高兒茶酚與BSA 之間的Ka值不斷增大,尤其是當溫度為320 K 時,Ka達到1.535×106L/mol,遠大于5.908×102L/mol,說明高兒茶酚能與BSA 形成復合物,且溫度升高顯著提高了復合物的穩(wěn)定性,進一步證明高兒茶酚對BSA 的猝滅以動態(tài)猝滅為主[32-33]。在298,310 K 和320 K 時,結(jié)合位點數(shù)分別為0.763,1.197 和1.518 接近于1,說明二者之間至少存在1 個結(jié)合位點。從數(shù)值上看,結(jié)合位點數(shù)有增大的趨勢,均未超過2,推測隨著溫度的升高,二者的結(jié)合位點可能會超過一個[34]。綜上所述,高兒茶酚對BSA 的猝滅可能是以動態(tài)猝滅為主,也有靜態(tài)猝滅的過程。

        圖5 298,310 K 和320 K 時高兒茶酚與BSA相互作用的雙對數(shù)圖Fig.5 Double logarithmic plot of the interaction between homocatechol and BSA at 298,310 K and 320 K

        表2 298,310 K 和320 K 高兒茶酚和BSA相互作用的結(jié)合常數(shù)與結(jié)合位點數(shù)Table 2 Binding constants and number of binding sites of interaction between homocatechol and BSA at 298,310 K and 320 K

        2.2.4 高兒茶酚與BSA 的熱力學參數(shù)和作用力類型 由表3 可知,3 個溫度下的吉布斯自由能(ΔG)均為負數(shù),表明高兒茶酚與BSA 之間的結(jié)合反應是自發(fā)進行的;熵變(ΔS)和焓變值(ΔH)分別為1 002.567 J/(mol·K)和282.779 kJ/mol,均大于0,說明二者在結(jié)合過程中熵增明顯,屬于吸熱反應,且溫度升高有助于增加復合物的穩(wěn)定性,疏水作用力是該反應的主要驅(qū)動力[35-37]。這與楊榮榮等[38]研究的槲皮素與BSA 結(jié)合的作用力類型,俞波等[39]研究酒石酸美托洛爾與BSA 的相互作用力類型相同。

        表3 高兒茶酚和BSA 相互作用的熱力學參數(shù)Table 3 Thermodynamic parameters of the interaction between homocatechol and BSA

        2.3 高兒茶酚與BSA 相互作用的同步熒光光譜分析

        同步熒光光譜中Δλ 為15 nm 和60 nm 時,分別反映蛋白質(zhì)中酪氨酸(Tyr)和色氨酸(Trp)殘基的光譜特征,它們的最大熒光發(fā)射波長與周圍環(huán)境的極性有關[40]。從圖6a、6b 可以看出,當不加入高兒茶酚時,BSA 的Tyr 和Trp 殘基的最大發(fā)射波長分別在303 nm 和346 nm 處;隨著加入的高兒茶酚濃度的增大,Tyr 與Trp 殘基的熒光峰分別紅移了1 nm 和3 nm;Tyr 殘基的熒光強度出現(xiàn)先增加后下降的趨勢;Trp 殘基的熒光強度則呈現(xiàn)出下降趨勢,其峰形均無明顯變化,這表明高兒茶酚的加入不僅引起Tyr 與Trp 殘基周圍的微環(huán)境發(fā)生改變,還會降低其疏水性,使肽鍵的伸展程度有所增加。由2.2.3 節(jié)可知,高兒茶酚與BSA 之間至少存在一個結(jié)合位點,從Tyr 與Trp 殘基熒光峰的紅移程度來看,推測出高兒茶酚結(jié)合在BSA 的Trp 殘基附近。

        圖6 高兒茶酚與BSA 相互作用的同步熒光光譜:Δλ=15 nm(a);Δλ=60 nm(b)Fig.6 Synchronous fluorescence spectra of the interaction between homocatechol and BSA:Δλ=15 nm(a)and Δλ=60 nm(b)

        2.4 BSA 與高兒茶酚相互作用前、后微觀形態(tài)變化

        從圖7a 可以看出不添加高兒茶酚時,BSA 呈近似正方體,分布均勻,存在蛋白顆粒聚集現(xiàn)象。圖7b(2 μmol/L)與圖7a 比較,添加高兒茶酚后,BSA 的聚集現(xiàn)象減少了,說明高兒茶酚的加入,促進了BSA 在溶液中的溶解,因此圖7b 中蛋白質(zhì)顆粒比較分散。當高兒茶酚濃度繼續(xù)增加時,蛋白質(zhì)顆粒開始聚集,如圖7c(4 μmol/L)所示。從這個結(jié)果推測,高兒茶酚濃度在一定范圍,可能會促進蛋白質(zhì)的溶解;當高兒茶酚濃度高于2 μmol/L 時,使蛋白質(zhì)發(fā)生聚集。

        圖7 高兒茶酚與BSA 相互作用的掃描電鏡圖(×20.0 K)Fig.7 Scanning electronic microscopy images of interaction between homocatechol and BSA(×20.0 K)

        2.5 高兒茶酚與BSA 相互作用的分子對接分析

        分子對接結(jié)果表明,結(jié)合能量越低,大分子與小分子之間結(jié)合越緊密[41]。根據(jù)表4 可知,第3 種模型的結(jié)合能為-5.0 kcal/mol,有4 個疏水鍵和2個氫鍵,表明高兒茶酚與BSA 能夠緊密結(jié)合。王曉霞等[42]研究了鹽酸四環(huán)素與BSA 相互作用,其結(jié)合位點在亞結(jié)構(gòu)域IIA(siteⅠ)。另外,小分子與BSA 的結(jié)合位點通常存在于亞結(jié)構(gòu)域ⅡA 和ⅢA的子域中,即位點siteⅠ與siteⅡ[43]。由圖8a 可知,高兒茶酚結(jié)合在BSA 亞結(jié)構(gòu)域IIA 的疏水腔中(位點siteⅠ);從圖8b、8c 可以看出,高兒茶酚與BSA 結(jié)合后,形成的化學鍵主要是疏水鍵,這一結(jié)論與熱力學實驗結(jié)論一致。高兒茶酚通過疏水相互作用與BSA中的Ala209、Ala212、Leu346 和Leu480 結(jié)合,鍵長分別為4.20,5.28,4.27 ? 和5.32 ?。從圖8c 還可看出,高兒茶酚與BSA 結(jié)合的過程中還形成兩個常規(guī)氫鍵(O···H-X),一個是Lys350 的羧基氧與高兒茶酚羥基的氫形成的,鍵長為4.41 ?;另一個是與Glu353 羧基氧形成的,鍵長為5.06 ?,這些氫鍵在維持蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中起重要的作用。以范德華力結(jié)合作用的氨基酸殘基有Val481、Leu330、Ala349、Arg208、Leu326,雖然范德華力是一種較弱的作用力,但是對維持復合物空間結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性起到支持作用。高兒茶酚被氨基酸殘基形成的疏水口袋包圍著,結(jié)合在Trp213 附近(圖8c),通過疏水作用力與BSA 相互結(jié)合形成復合物,進一步說明高兒茶酚能夠猝滅BSA 的內(nèi)源熒光,該結(jié)果與熒光光譜試驗結(jié)論相同。

        表4 高兒茶酚和BSA 相互作用主要對接結(jié)果Table 4 Main docking results of interaction between homocatechol and BSA

        圖8 高兒茶酚與BSA 相互作用的分子對接圖Fig.8 Molecular docking diagram of interaction between homocatechol and BSA

        3 結(jié)論

        本研究發(fā)現(xiàn),高兒茶酚對BSA 的猝滅過程是以動態(tài)猝滅為主,也存在靜態(tài)猝滅。根據(jù)熱力學參數(shù)計算得出,ΔS、ΔH 為正值,ΔG 為負值,推測高兒茶酚與BSA 形成的復合物主要以疏水作用力來維持穩(wěn)定,二者結(jié)合過程是自發(fā)進行的。結(jié)合位點數(shù)n 接近于1,且隨著溫度的升高不斷增大,這說明高兒茶酚在BSA 上至少存在一個結(jié)合位點。2 μmol/L 的高兒茶酚能夠促進蛋白的溶解,而當高兒茶酚濃度高于2 μmol/L 時,部分蛋白又重新發(fā)生聚集。從分子對接結(jié)果看,高兒茶酚在BSA的疏水性口袋結(jié)構(gòu)內(nèi)部存在一個結(jié)合位(siteⅠ),距離Trp213 很近。結(jié)合光譜試驗結(jié)果,加入高兒茶酚改變了BSA 的Tyr 和Trp 殘基周圍的微環(huán)境,最終猝滅Tyr 和Trp 殘基的內(nèi)源熒光。

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