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        基于網(wǎng)絡藥理學和分子對接法的四物湯治療腎性貧血的分子機制研究

        2022-12-16 11:17:02何爽王喜紅陳夢琳張興華唐閣
        世界最新醫(yī)學信息文摘 2022年77期
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫

        何爽,王喜紅,陳夢琳,張興華,唐閣*

        (1.天津中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院腎病科,天津 300193;2.國家中醫(yī)針灸臨床醫(yī)學研究中心,天津 300193)

        0 引言

        腎性貧血是由促紅細胞生成素缺乏所導致的正色素正細胞性貧血,是慢性腎臟?。╟hronic kidney disease,CKD)的常見并發(fā)癥[1],也是CKD患者合并心血管并發(fā)癥的獨立危險因素[2]。當腎小球濾過率降至60m L/(min·1.73m2)以下時,疾病進展速度加快,并且腎小球濾過率越低,病情越嚴重。該病多發(fā)生于CKD4-5期患者,其中CKD4期患者的發(fā)病率約為50%,終末期腎臟病患者的發(fā)病率更是高達90%以上。糾正貧血可在一定程度上降低CKD患者死亡率、住院率,同時提高患者的生活質(zhì)量[3]。

        近年來,隨著腎性貧血中醫(yī)病因病機的研究不斷深入,中醫(yī)藥治療腎性貧血取得了較大進展。中藥復方在治療腎性貧血方面具有多靶點、整體調(diào)治、安全性高的顯著優(yōu)勢。四物湯作為補血調(diào)血的基礎(chǔ)方,已被廣泛應用于各種類型的貧血[4-6]。本研究基于網(wǎng)絡藥理學分析四物湯(組成分別為當歸、川芎、白芍、熟地黃)的有效活性成分及作用靶點,探究其治療腎性貧血的潛在作用機制,以期為后續(xù)的臨床及實驗研究提供一定的理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 四物湯相關(guān)靶點的收集

        通過中醫(yī)藥系統(tǒng)藥理學平臺TCMSP(old.tcmsp-e.com/tcmsp.p hp)分別檢索當歸、川芎、白芍、熟地黃四味中藥,以口服利用度(OB)≥30%,且類藥性(DL)≥0.18為標準,對有效活性成分及其對應靶點蛋白進行篩選,篩選后根據(jù)已發(fā)表的文獻補充未檢測到的靶點。完成上述步驟后在Unip rot數(shù)據(jù)庫(https://w w w.uniprot.org/)進行蛋白和基因的標準化轉(zhuǎn)換。

        1.2 四物湯治療腎性貧血相關(guān)靶點的篩選

        通過人類基因數(shù)據(jù)庫G e n e C a r d s(http s://w w w.genecard s.org)和人類基因和遺傳疾病數(shù)據(jù)庫OMIM(http s://w w w.omim.org),以“Renal anemia”為關(guān)鍵詞進行檢索,同時利用DrugBank數(shù)據(jù)庫(https://go.d rugbank.com)對疾病基因進行補充,去除重復項得到最終的腎性貧血相關(guān)基因,并與藥物成分的相應靶點取交集,所得到的交集基因即是四物湯治療腎性貧血的潛在作用靶點。

        1.3 四物湯成分—腎性貧血靶點的PPI網(wǎng)絡構(gòu)建

        將得到的交集基因通過S t r i n g數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org)進行生物信息分析。利用Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建藥物有效成分—疾病—靶點的蛋白互作(PPI)的可視化網(wǎng)絡。

        1.4 四物湯成分—腎性貧血靶點功能與通路的富集分析

        將四物湯治療腎性貧血的靶點導入Metascape數(shù)據(jù)庫(https://metascape.org)進行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,借助微生信(w w w.bioinformatics.com.cn)對其結(jié)果進行可視化處理,分析四物湯治療腎性貧血的潛在機制。

        1.5 分子對接驗證

        根據(jù)Degr ee值篩選出排名前3的核心靶點與頻次最高的3個關(guān)鍵成分,分別在PDB數(shù)據(jù)庫(http://w w w.p d b.org/)下載蛋白的3D結(jié)構(gòu)、Pubchem數(shù)據(jù)庫(http s://p ubchem.ncbi.nlm.nih.gov)下載有效成分的2D結(jié)構(gòu),利用Auto Dock和Pymol軟件對四物湯中的主要成分和核心靶點進行分子對接,對其結(jié)合活性進行分子驗證。一般結(jié)合能越小,分子對接結(jié)果越好,當結(jié)合能≤-5 k J/mol,提示核心靶點與有效成分間的結(jié)合活性較好[7]。

        2 結(jié)果

        2.1 四物湯的化學活性成分與腎性貧血的相關(guān)靶點

        通過對當歸、川芎、白芍、熟地黃的有效成分進行檢索,共獲得18個有效成分,分別為β-谷甾醇、豆甾醇、Mand enol、楊梅酮、黑麥草堿、川芎萘呋內(nèi)酯、谷甾醇、甲酰胺、芍藥黃酮、(3S,5R,8R,9R,10S,14S)-3,17-d ihyd roxy-4,4,8,10,14-p entamethyl-2,3,5,6,7,9-hexahy d r o-1H-cy clop enta[a]p henanthrene-15,16-d ione、芍藥苷、丁子香萜、山柰酚、(+)-catechin。共獲得245個靶點,合并后4刪除重復值共得到靶點105個。通過Gene Card s、OMIM和Drugbank數(shù)據(jù)庫以“Renal anemia”為關(guān)鍵詞進行檢索,經(jīng)過合并及刪除重復靶點后共獲得1834個腎形貧血相關(guān)靶點。

        表1 四物湯中主要活性成分

        2.2 四物湯成分—腎性貧血相關(guān)靶點PPI網(wǎng)絡

        將篩選出的105個藥物成分靶點與1834個疾病靶點取交集,獲得36個共同靶點,韋恩圖顯示結(jié)果如下,見圖1。將共同靶點輸入至string平臺,得到四物湯治療腎性貧血靶點的PPI網(wǎng)絡。通過Cytoscap e 3.7.2軟件將結(jié)果根據(jù)Degree值調(diào)節(jié)進行進一步處理,得到一個具有36個節(jié)點,298條邊的可視化網(wǎng)絡,見圖2。

        圖1 四物湯成分與腎性貧血相關(guān)靶點韋恩圖

        圖2 四物湯與腎性貧血的可視化PPI網(wǎng)絡

        2.3 靶點功能與通路的富集分析

        將四物湯治療腎性貧血的靶點導入Metascap e數(shù)據(jù)庫,進行GO功能富集分析,共獲得的生物過程(Biological Process,BP)有712條,細胞組成(Cell Composition,CC)有24條,分子功能(Molecular Function,MF)有58條,按校正P值分別取BP、CC、MF排名的前10條,共計30條,主要與對細菌來源的分子的反應、對脂多糖的反應、對無機物的反應等生物功能有關(guān),見圖3。對四物湯治療腎性貧血的靶點進行KEGG通路富集分析,共獲得126條通路,按校正P值排名取前30條通路在微生信進行可視化,其中點越大表示富集基因數(shù)越多,顏色越紅表示四物湯對腎性貧血的干預越密切,由圖可知,其機制主要與脂質(zhì)和動脈粥樣硬化、AGE-RAGE等通路有關(guān),繪圖后顯示如下,見圖4。

        圖3 GO功能富集分析

        圖4 KEGG通路富集分析

        2.4 分子對接驗證

        利用AutoDock和Pymol軟件對排名前3的活性成分β-谷甾醇、豆甾醇、山柰酚和排名前三的核心靶點IL-6、AKT1、TNF,分別進行分子對接。具體對接結(jié)果如下,見表2,由表2可知四物湯有效成分β-谷甾醇、豆甾醇、山柰酚和核心靶點IL-6、AKT1、TNF的結(jié)合能均≤-5 k J/mol,表明本研究中有效成分與核心靶點對接活性較好,可能是四物湯治療腎性貧血的主要有效活性成分;其中豆甾醇與AKT1結(jié)合力最強,其次是豆甾醇與IL-6、豆甾醇與TNF,分子對接結(jié)果見圖5。

        表2 核心靶點與活性成分對接結(jié)果—最低結(jié)合能(kJ·mol-1)

        AKT1與豆甾醇對接情況

        IL-6與豆甾醇對接情況

        TNF與豆甾醇對接情況圖5分子對接結(jié)果

        3 討論

        腎性貧血是CKD中后期較為常見的并發(fā)癥,亦是導致CKD患者心血管風險的獨立危險因素。目前臨床上主要使用促紅細胞生成素(erythrop oietin,EPO)或EPO類似物,但可能誘發(fā)心血管事件、高鉀血癥和感染等并發(fā)癥,并增加死亡風險[8]。中藥在改善腎性貧血的臨床癥狀方面有極大潛力。賈梅等[9]在實驗中證實四物湯可改善小鼠的外周血象、免疫器官指數(shù)及紅細胞膜能量代謝酶活力,起到較好補血的作用。在腎性貧血的臨床研究中,梁同衍等[10]證實四物湯不僅可升高維持性血液透析患者的血紅蛋白水平,亦可降低C反應蛋白、IL-6水平,即改善患者的微炎癥狀態(tài),從而間接發(fā)揮改善腎性貧血的作用。

        本研究通過網(wǎng)絡藥理學篩選得到四物湯18種有效活性成分,其中β-谷甾醇、豆甾醇、山柰酚可能是發(fā)揮防治腎性貧血作用的關(guān)鍵成分。CKD患者中后期常伴有不同程度的貧血,炎癥反應是CKD患者貧血加重的獨立危險因素[2],而β-谷甾醇、豆甾醇、山柰酚均具有抗炎作用[11-13]。炎癥反應時鐵代謝紊亂,巨噬細胞內(nèi)鐵滯留,最終導致紅細胞半衰期減少,EPO功能和紅細胞祖細胞分化受抑制[14]。豆甾醇可通過降低炎癥因子IL-1β和TNF-α水平,升高抗炎因子IL-10水平,以達到抗炎,減輕貧血的作用[12]。山柰酚可通過增加巨噬細胞數(shù)量,抑制脂多糖(LPS)誘導的TNF-α和IL-1的表達,抑制TNF-α介導NF-κB p65向細胞核的易位,起到抗炎作用,進而減輕貧血的作用[15]。β-谷甾醇在抗氧化方面的治療具有較大潛力,可顯著降低谷胱甘肽過氧化物酶和Mn超氧化物歧化酶活性,減緩紅細胞老化,從而起到減輕貧血的作用[16,17]。上述關(guān)鍵成分均可通過抑制炎癥反應,發(fā)揮減輕貧血的作用。另有研究顯示,β-谷甾醇是一種植物固醇,可通過抑制促炎細胞因子、TNF-α的分泌,同時激活抗炎細胞因子,進而發(fā)揮抑制EPO細胞凋亡,減輕腎性貧血發(fā)生的作用[16,18]。

        從靶點角度考慮,IL-6、AKT1、TNF在PPI網(wǎng)絡中處于核心位置,可能是四物湯治療腎性貧血的核心作用靶點。四物湯中大多數(shù)活性成分作用于靶點IL-6。該成分可通過誘導肝素導致紅細胞生成中的鐵供應減少,促進腎性貧血的發(fā)展[19]。一項實驗研究得出IL-6導致貧血的機制或與肝素的激活、腎纖維化的加重、EPO軸的改變和紅細胞破壞的激活有關(guān),并提出有必要對IL-6進一步研究[20]。TNF是機體的另一重要炎性因子,當其升高時亦可加重炎癥反應,進而促進貧血的發(fā)生、發(fā)展[21]。CKD患者長期處于微炎癥狀態(tài),分析可知,此狀態(tài)是貧血加重的原因之一。AKT是PI3K/AKT/m TOR信號通路的樞紐,此通路廣泛參與干細胞的代謝、生長、增殖和存活,與造血干細胞密切相關(guān)[22,23]。分子對接結(jié)果表明主要活性成分與關(guān)鍵靶點結(jié)合較強,親和力較好,進一步驗證了此次研究的可靠性。

        通過對GO功能富集分析和KEGG通路富集分析的結(jié)果可知,GO功能富集結(jié)果顯示四物湯治療腎性貧血的機制主要與刺激反應、氧化應激等生物過程有關(guān)。KEGG通路富集結(jié)果顯示四物湯治療腎性貧血的機制主要與調(diào)控脂質(zhì)和動脈粥樣硬化、AGE-RAGE等信號通路有關(guān)。脂質(zhì)和動脈粥樣硬化通路是慢性腎衰竭合并心血管風險的主要因素,心血管疾病可加快CKD進展,進而加重貧血,即脂質(zhì)和動脈粥樣硬化通路可間接導致貧血的發(fā)生[24]。AGERAGE信號通路可通過誘導腎小球硬化和間質(zhì)纖維化來加快CKD進展,進而增加貧血的發(fā)生率[25]。此外,炎癥是腎性貧血發(fā)生、發(fā)展的重要原因,AGE-RAGE信號通路與炎癥密切相關(guān),四物湯中的有效成分可通過調(diào)控此通路激活的炎癥通道,抑制炎癥反應,達到改善貧血的作用[26]。因此,推測四物湯通過調(diào)控脂質(zhì)和動脈粥樣硬化、AGE-RAGE等信號通路,作用于IL-6、AKT1、TNF等核心靶點而發(fā)揮治療腎性貧血的作用。

        綜上,研究結(jié)果表明四物湯治療腎性貧血具有多成分、多靶點、多通路的特點。本研究基于網(wǎng)絡藥理學的方法,從分子水平初步探討四物湯治療腎性貧血的主要有效活性成分、關(guān)鍵靶點及信號通路,初步闡述四物湯治療腎性貧血的作用機制,為臨床治療腎性貧血提供理論依據(jù),也為中藥復方治療腎性貧血提供新的方法和思路。本研究還存在一定的局限性,研究結(jié)果僅僅基于生物信息學與數(shù)據(jù)計算的結(jié)果,初步解釋四物湯治療腎形貧血的機制,并未進行相關(guān)的動物、細胞實驗;其次,數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)尚不完善、更新周期較長。為了進一步驗證此結(jié)果,還需要大量的基礎(chǔ)研究。

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