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        基于16S rDNA 測序研究新西蘭兔腹腔鏡探查術(shù)后腹腔微生物群落多態(tài)性改變

        2022-12-06 02:37:32張平平吳文斌海軍軍醫(yī)大學(xué)藥學(xué)系藥理學(xué)教研室上海00433寧夏醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院銀川750000
        藥學(xué)實踐雜志 2022年6期
        關(guān)鍵詞:腹腔鏡手術(shù)模型

        張平平,吳文斌,曹 奇,曲 卓,王 培 (. 海軍軍醫(yī)大學(xué)藥學(xué)系藥理學(xué)教研室, 上海 00433;. 寧夏醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院,銀川750000)

        隨著腹腔鏡技術(shù)在普外科、婦科、泌尿外科等領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用,在一些外科疾病如膽囊結(jié)石,闌尾炎,子宮肌瘤的治療上,腹腔鏡手術(shù)正在逐漸取代傳統(tǒng)開腹手術(shù)。較傳統(tǒng)手術(shù)而言,腹腔鏡手術(shù)具有較高診斷準(zhǔn)確率和治療能力[1],且具有手術(shù)出血量少、腸蠕動恢復(fù)早、術(shù)后疼痛輕、術(shù)后恢復(fù)快、下床活動時間早、住院時間短、手術(shù)口美觀、術(shù)后并發(fā)癥降低等優(yōu)勢[1-2]。然而,無論是傳統(tǒng)手術(shù)和腹腔鏡手術(shù),術(shù)后感染依然是影響患者預(yù)后的重要并發(fā)癥。對于腹腔鏡手術(shù)如何直接改變腹腔微生物群落種類及數(shù)量,目前還沒有相關(guān)報道。

        通過DNA 測序?qū)ξ⑸锓N群進(jìn)行鑒定(菌種鑒定)是比傳統(tǒng)生化鑒定更為先進(jìn)、更為準(zhǔn)確的鑒定方法。16S rDNA 是編碼原核生物(主要為細(xì)菌)核糖體小亞基rRNA(16S rDNA)的DNA 序列,長度約為1 540~bp,存在于所有細(xì)菌染色體基因組中。16S rDNA 分子大小適中,突變率小,目前是細(xì)菌系統(tǒng)分類學(xué)研究中最常用的基準(zhǔn)序列。16S rDNA 測序不依賴菌種本身的性質(zhì),使得它對所有菌種均可使用。通過對16S rDNA 的測序,可以快速、直觀地明確細(xì)菌群落多樣性的變化。

        本研究通過制作新西蘭兔腹腔鏡探查術(shù)模型,對術(shù)后動物腹腔積液進(jìn)行細(xì)菌16S rDNA 測序,對比分析腹腔積液中的微生物多態(tài)性,探索腹腔鏡術(shù)后的微生物變化情況,可為腹腔鏡手術(shù)的術(shù)后感染提供有效防治依據(jù)。

        1 材料與儀器

        1.1 動物

        雄性2 月齡新西蘭兔6 只(上海甲干生物科技有限公司),體重約為2 kg,分別設(shè)置模型組(n= 3)和對照組(n= 3)。

        1.2 儀器

        ABI GeneAmp? 9 700 型PCR 儀;NanoDrop2000型分光光度計;CQZ2000720 型便攜一體式電子腹腔鏡,腹腔鏡鏡頭型號為J1000B 型、J1030B 型(上海卓外醫(yī)療電子科技有限公司);手提式高壓蒸汽滅菌器DSX-24L-I(上海申安醫(yī)療器械廠)。

        1.3 藥物與器材

        2%戊巴比妥鈉溶液(0.4 g 戊巴比妥鈉粉末溶于20 ml 0.9%氯化鈉注射液);碘伏溶液;液氮;0.9%氯化鈉注射液;手術(shù)器械(打孔器、手術(shù)刀、組織剪、血管鉗、鑷子、布巾鉗、圓針三角針、手術(shù)單)。

        2 方法

        2.1 動物分組

        隨機將6 只新西蘭兔分成兩組,分別設(shè)置模型組(n= 3)和對照組(n= 3),模型組麻醉后給予腹腔鏡探查術(shù),術(shù)后關(guān)閉腹腔;對照組麻醉后開腹,然后關(guān)閉腹腔。

        2.2 制作模型

        對模型組新西蘭兔稱重,耳緣靜脈注射2%戊巴比妥鈉(劑量1 ml/kg),麻醉成功后(呼吸平穩(wěn),角膜反射消失,身體肌肉松軟),脫毛備皮,固定,生理鹽水清洗皮膚,碘伏溶液消毒皮膚3 次(范圍為傷口周圍15 cm)。鋪手術(shù)巾,鋪巾鉗固定。沿腹正中線上切開皮膚,向下分離肌肉筋膜,切開腹膜,腹腔鏡打孔器深入腹腔,插入腹腔鏡套筒。將腹腔鏡沿腹膜伸進(jìn)去,到達(dá)肝臟表面,探查肝臟及膽囊約2 min。取出腹腔鏡及套筒,消毒手術(shù)區(qū)域,關(guān)閉腹腔,縫合手術(shù)切口,敷料固定。對對照組進(jìn)行相同操作,但不進(jìn)行腹腔鏡探查術(shù)。待新西蘭兔麻醉蘇醒后,送回動物飼養(yǎng)中心飼養(yǎng)。

        2.3 組織取材

        腹腔鏡術(shù)后模型制備一周后,動物取材。新西蘭兔稱重,備皮,分別對模型組動物和對照組動物固定、消毒、鋪巾,沿腹正中線行5 cm 切口,打開腹膜腔,用無菌注射器深入到腹腔后部最低處,吸取約1.5 ml 腹腔液體,放入相應(yīng)編號的EP 管中(并備份),液氮冷藏,隨后進(jìn)行16S rDNA 測序。

        2.4 細(xì)菌16S rDNA 測序

        根據(jù) E.Z.N.A.? soil DNA kit (美國Omega Bio-tek公司)進(jìn)行腹腔液體微生物群落的DNA 抽提,使用338F(5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′)和806R (5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′)對16S rDNA 基因V3-V4 可變區(qū)進(jìn)行 PCR 擴增。在Miseq PE300/NovaSeq PE250 平臺(美國Illumina公司)進(jìn)行測序(上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司)。使用Fastp 軟件對原始測序序列進(jìn)行質(zhì)控,使用Flash 軟件進(jìn)行拼接后,在美吉生物的I-Sanger平臺上進(jìn)行生物信息學(xué)分析。

        3 結(jié)果

        3.1 模型組相比于對照組微生物群落種類增加

        以最小二乘法對樣本做判別分析(PLS-DA),尋找物種豐度矩陣和樣品分布/分組信息的最大協(xié)方差,在門水平和種水平上,模型組樣本與對照組樣本組內(nèi)聚合良好、組間區(qū)分明顯(圖1A、圖1B)。結(jié)果顯示為兩組樣本細(xì)菌的種類均一度良好。對兩組樣本數(shù)據(jù)做Venn 圖分析,顯示兩者共有的OTU數(shù)目為957,模型組OTU 數(shù)目為2 206,對照組OTU 數(shù)目為592。模型組腹水OTU 含量高于對照組,表明模型組細(xì)菌種類較對照組明顯升高(圖1C)。

        圖1 模型組與對照組樣本聚合度與OTU 含量

        3.2 新西蘭兔腹腔鏡手術(shù)后細(xì)菌種類和數(shù)量均增加

        對樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行α 多樣性分析,菌落豐富度Sobs 及Ace 值越高提示微生物群落豐度越高,結(jié)果顯示模型組比對照組微生物群落豐度更高(圖2A、圖2B)。在微生物群落多樣性分析中,Shannon 指數(shù)提示,數(shù)值越高多樣性越大;Simpson指數(shù)提示,數(shù)據(jù)越小多樣性越大。得出模型組在微生物群落豐度和多樣性方面均高于對照組(圖2C、圖2D)。從Alpha 多樣性指數(shù)表中可得出同樣的結(jié)論(表1)。

        圖2 兩組樣本微生物種類及數(shù)量變化情況

        表1 Alpha 多樣性指數(shù)表

        通過對樣本的OTU 分類學(xué)分析,對樣本測序結(jié)果中的菌種、菌屬等進(jìn)行聚類,通過對97%相似水平的OTU 代表序列進(jìn)行分類學(xué)分析,在豐度-均勻度曲線中,水平方向是物種豐度,曲線在橫軸上的寬度越大,提示豐度越高。曲線的形狀反映了物種的均勻度,曲線越平緩,物種越豐富。模型組相對于對照組曲線寬度更寬,更平緩。提示模型組細(xì)菌種類數(shù)量以及含量高于對照組(圖2E)。

        3.3 模型組的雜菌數(shù)量及其他菌群高于對照組

        對樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行微生物組成成分分析,在對照組中其他菌群數(shù)量占整體菌群數(shù)量的35.08%(圖3A),而模型組其他菌群數(shù)量占整體菌群數(shù)量的65.04%(圖3B),說明經(jīng)過腹腔鏡手術(shù)后,不明原因的其他菌群數(shù)量升高。模型組較對照組菌群占比升高的菌群有出血敗血性巴斯德菌、草酸桿菌科、普雷沃菌、瘤胃球菌、正皮氏羅爾斯頓菌等。由此得出結(jié)論:腹腔鏡手術(shù)后雜菌的數(shù)量顯著增加,且以出血敗血性巴斯德菌、草酸桿菌科、普雷沃菌、瘤胃球菌、 正皮氏羅爾斯頓菌等升高為主。

        圖3 微生物菌群組成成分比較

        3.4 新西蘭兔腹腔鏡手術(shù)后巴斯德菌明顯增加。

        微生物組在目、科、屬、種水平上進(jìn)行物種差異性分析。在目水平上,得出以下微生物群落升高:巴斯德菌目、馬賽菌目、沙壤土桿菌目、莫拉菌目、奈瑟菌目、山羊海藻百伯史坦菌目、冢村氏菌目; 在科水平上,發(fā)現(xiàn)以下微生物群落升高:巴斯德菌科、奈瑟菌科、紫杉霉菌科、熱苜蓿菌科、冢村氏菌科、膜桿菌科、虎蛆科、Akk 菌科 、韋榮氏球菌科;在屬水平上,發(fā)現(xiàn)以下微生物群落升高:巴斯德菌屬、馬賽菌屬、莫拉菌屬、奈瑟菌屬、山羊海藻百伯史坦菌屬、冢村氏菌屬;在種水平上,發(fā)現(xiàn)以下微生物群落升高: 巴斯德菌、類芽孢桿菌、奈瑟菌、拉姆利桿菌、馬賽菌、赤蘚科菌、冢村氏菌、馬賽菌、鏈球菌屬。通過分析,發(fā)現(xiàn)在目、科、屬、種上模型組均有增長且增長較為明顯的菌種為巴斯德菌(圖4A~圖4D)。

        圖4 模型組高于對照組微生物群落的情況

        4 討論

        隨著腹腔鏡手術(shù)大量應(yīng)用于臨床,相比于傳統(tǒng)手術(shù)而言,術(shù)后感染雖有所下降[3],但由于植入材料的應(yīng)用,腹腔術(shù)后感染發(fā)生率依然很高。有研究表明,在腹腔鏡術(shù)后患者的術(shù)后感染中革蘭陰性菌占半數(shù)以上,以大腸埃希菌、銅綠假單胞菌、鮑氏不動桿菌、肺炎克雷伯桿菌、嗜血菌屬為主;革蘭陽性菌以溶血葡萄球菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、糞腸球菌為主;真菌以念球菌屬、光滑假絲酵母菌、白假絲酵母菌為主[3-5]。在這些術(shù)后感染的病人中,感染的部位主要集中在肺部、腹部和尿道[5],從而引起相應(yīng)術(shù)后并發(fā)癥。

        本研究通過對新西蘭兔進(jìn)行腹腔鏡探查手術(shù),發(fā)現(xiàn)模型組與對照組在樣本菌群的聚合度良好,并且在模型組中,菌群的多樣性和豐度比對照組高。在進(jìn)行兩組樣本微生物群落對比分析中發(fā)現(xiàn),在屬水平上模型組的其他菌群占比由35%上升至65%。表明菌群群落數(shù)量在腹腔鏡手術(shù)術(shù)后顯著升高,且以草酸桿菌科、有益桿菌、巴斯德菌、瘤胃球菌、黃桿菌升高為主,其中巴斯德菌、瘤胃球菌、正皮氏羅爾斯頓菌、黃桿菌導(dǎo)致人感染疾病。研究發(fā)現(xiàn),巴斯德菌是一種來源于動物的革蘭陰性球菌,可引起蜂窩織炎、腹膜炎、菌血癥、心內(nèi)膜炎、腦膜炎和化膿性關(guān)節(jié)炎等疾病[6],嚴(yán)重者病死率可達(dá)到31%[7]。瘤胃球菌是一種革蘭陽性厭氧菌,是人類正常腸道菌群的一員[8],可以導(dǎo)致炎癥性腸病[9]。正皮氏羅爾斯頓菌是革蘭陰性桿菌,容易侵襲免疫功能低下的患者,可導(dǎo)致嚴(yán)重的菌血癥和腎盂腎炎[10]。有研究表明,在195 名呼吸功能衰竭患者中有黃桿菌定植,但均未出現(xiàn)相應(yīng)的并發(fā)癥。微生物菌群物種差異性分析發(fā)現(xiàn),在科、目、種、屬水平上,模型組較對照組在巴斯德菌、奈瑟菌、冢村氏菌、熱苜蓿菌、葉綠體、噬纖維菌等均有不同程度上升,而其中巴斯德菌、奈瑟菌、冢村氏菌可導(dǎo)致人類發(fā)病。據(jù)相關(guān)研究顯示。冢村氏菌是一種革蘭陽性、專性需氧、弱抗酸細(xì)菌,可導(dǎo)致人體肺部感染[11]。奈瑟菌可導(dǎo)致人體感染尿道炎、腦膜炎[12]。

        本研究發(fā)現(xiàn)巴斯德菌、瘤胃球菌、正皮氏羅爾斯頓菌、黃桿菌、奈瑟菌、冢村氏菌在模型組呈現(xiàn)顯著上升趨勢,這些菌種可引起腹腔、尿道、肺部感染,出現(xiàn)嚴(yán)重的腹膜炎、腸梗阻,尿道炎以及腦膜炎,甚至導(dǎo)致病人死亡,對腹腔鏡腹腔感染控制有一定的指導(dǎo)意義。由于本次為動物實驗,可能存在手術(shù)室條件有限,手術(shù)者操作不規(guī)范等將細(xì)菌帶入腹腔情況,能否在臨床病人身上得出同樣的結(jié)論,還需要做進(jìn)一步的研究。

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