何立 馮珊珊 陳國安 江妍霞 劉勇
(1景德鎮(zhèn)市第一人民醫(yī)院病理科,江西 景德鎮(zhèn) 333000;南昌大學第一附屬醫(yī)院 2內分泌科;3血液科;4急診科)
長鏈非編碼RNA(LncRNAs)是指轉錄本超過 200 個核苷酸的非編碼RNAs,因為沒有完整的開放閱讀框,所以它本身不具有生物學功能〔1〕。但是越來越多研究表明LncRNA是非常關鍵的一類RNA,在機體正常發(fā)育、疾病形成過程中發(fā)揮重要調控作用〔2〕。研究發(fā)現在腫瘤中,LncRNA主要結合特定RNA結合蛋白(RBP),沉默抑癌基因或激活癌基因〔3,4〕。如LncRNA漿細胞瘤多樣異位基因(PVT)1通過招募組蛋白甲基轉移酶(EZH)2,能調節(jié)甲狀腺刺激激素受體的表達,可以促使甲狀腺癌的癌細胞增殖〔5〕。LncRNA 在體液中的表達具有生物標志物的作用,對惡性腫瘤的治療、進展及惡性程度都有一定的指導作用〔6〕。PCA3目前已經用于臨床前列腺癌診斷,因為其在前列腺癌患者的尿液中異常升高,并且在前列腺癌中特異性表達〔7〕。LncRNA可以穩(wěn)定地存在血漿中,這讓它具有成為生物標志物的可能性,如胃癌患者血漿中,可以檢測到LncRNA H19明顯升高〔8,9〕。臨床上相同惡性腫瘤患者,即使接受了同樣的治療方法,常常也會表現出不一樣的臨床結果,而檢測他們的LncRNA,存在著差異表達,這可能是造成不一樣結果的原因之一〔10,11〕。IRAIN是LncRNAs的一種,研究顯示 IRAIN不僅在多種人類腫瘤組織中異常表達,在惡性腫瘤的診斷、治療及更多的研究中有著重要潛在價值。本文就IRAIN在惡性腫瘤中的研究進展進行綜述。
LncRNA-IRAIN是一種胰島素樣生長因子1受體(IGF-1R)反義非編碼RNA,它最先是由美國一家實驗室發(fā)現的,并將它命名為LncRNA-IRAIN。宿主基因等鄰近蛋白編碼基因的表達通??梢杂煞戳x非編碼RNA調節(jié)和控制〔12〕。IRAIN是轉錄自IGF-1R內含子的啟動子的反義方向的LncRNA,跨越IGF-1R外顯子1和啟動子,起始于IGF-1R內含子1,全長有5 366 bp,主要位于細胞質,與IGF-1R表達相反,IRAIN可以調控靶基因的表達,它可以通過改變細胞染色質的重塑及與別的RNA形成互補的雙鏈等形式來實現,并且可能在許多疾病,包括惡性腫瘤的發(fā)生、發(fā)展中發(fā)揮特殊的作用,不僅如此,在人體的多個正常組織內也有表達,呈現出單等位基因的表達〔13〕。IRAIN表達其母源等位基因是抑制的,全部是來自父源等位基因。印跡丟失是使所有基因變回雙等位基因表達,因為母源染色體上的這個區(qū)域被缺失后,使印跡基因簇喪失了印跡表達狀態(tài)〔13〕。另外,由于基因的DNA分子甲基化是可逆的過程。在傳遞過程中,印跡的“遺傳”與許多遺傳不一樣,它并不遵循孟德爾定律,因為印跡有可能會消失,也有可能會重新出現。也就是說印跡狀態(tài)不相同,無論是同樣時期的不同組織,還是同樣的個體處在不同的時期。印跡缺失過表達常常造成細胞的惡性增殖,誘發(fā)腫瘤的形成,特別是生長因子和細胞周期因子基因,因為這些因子調控著細胞的正常生長和發(fā)育。
近年來發(fā)現,染色質內的空間結構改變,是一種新的調控基因的表觀遺傳學機制。調控基因的表達或遺傳印跡現象是因為長距離染色質內環(huán)機構形成導致基因的啟動子與遠距離調控序列結合形成環(huán)狀結構〔13〕。已有研究表明這個長距離染色質內環(huán)是由IGF-1R啟動子和下游距離150 kb的增強子之間形成的,有研究〔13〕應用RNA導向染色質構象捕獲法(R-3c)進一步明確了IRAIN與IGF-1R兩者之間結合的具體序列,這就表明IRAIN直接參與了IGF-1R染色質啟動子和遠處增強子之間的內環(huán)結構的形成,IRAIN可以直接結合IGF-1R的啟動子及增強子,沉默IRAIN的表達,從而使IGF-1R染色質內增強子與啟動子之間的長距離內環(huán)機構丟失。非編碼RNA調控基因轉錄的常見機制包括有:基因“競爭表達”和基因“轉錄干擾”等,例如:X染色體的不確定性失活和人胰島素樣生長因子2受體(Igf2r)/Airn單等位基因表達〔14,15〕,不論是印跡失活,還是X染色體的不確定性失活,都與非編碼RNAXist有關。沉默X染色單體是因為Xist非編碼RNA通過“染色質掩蓋”機制干擾基因轉錄實現的。有研究表明〔13〕IRAIN是受位于IGF-1R內含子1內的啟動子調控并且反義轉錄的LncRNA,IRAIN的干擾基因轉錄有可能也是通過“染色質掩蓋”實現的,IRAIN競爭表達從而抑制宿主IGF-1R的表達,是通過直接與IGF-1R啟動子競爭性反義轉錄完成的。IRAIN作為啟動子相關的反義LncRNA,調控腫瘤的各項病理過程,包括發(fā)生、發(fā)展與轉移等,是通過表觀遺傳學及染色體構想改變調控IGF-1R在腫瘤中的表達差異實現的,而這些機制的闡明也為許多腫瘤的研究提供了有價值的新思路。
3.1LncRNA-IRAIN與乳腺癌 乳腺癌是一個高發(fā)的惡性腫瘤,在我國女性當中每年發(fā)病率排名全球第二,約17萬,約占全球女性乳腺癌總發(fā)病例數的12.5%〔16〕。盡管發(fā)病率近年開始降低,但對乳腺癌發(fā)生機制的探索和揭示仍是刻不容緩。有研究表示〔17〕,IRAIN可能是一個抑癌基因,因為IRAIN在乳腺癌組織中比IGF-1R的表達水平低,并且在侵襲性最強的雌激素受體(ER),孕激素受體(PR),人表皮生長因子(HER)2均是陰性的乳腺癌患者組織中,IRAIN表達水平是所有其他表達水平中最低,這可能是由于IGF-1R基因被這種“競爭性的轉錄抑制”所激活,最終導致細胞不受控制地生長、擴增、侵襲和轉移,提示IRAIN在乳腺癌的多個病理過程中起著關鍵的作用,或許是扮演了抑癌基因的角色。Kang等〔18〕的數據表明,乳腺癌的生長和轉移與IRAIN表達有一定關系,在乳腺原位癌中表達高,在非原位癌中表達低或不表達,包括有轉移或擴散者,并且與IGF-1R mRNA表達呈相反趨勢。
3.2LncRNA-IRAIN與多發(fā)性骨髓瘤(MM) MM是一種好發(fā)于老年人的惡性疾病,起源于骨髓中的漿細胞。當前針對MM尚無根治辦法,盡管一些新藥顯著改善MM患者預后生存及生活質量,但是疾病的復發(fā)及有些患者耐藥性的產生,仍然是臨床醫(yī)師面臨的重要難題,因此,迫切需要從基因層面來了解MM的發(fā)生和發(fā)展,為新的治療方案提供理論基礎。有研究〔19〕表明通過實時熒光定量聚合酶鏈反應(qRT-PCR)、蛋白質印跡法(Western blot)、熒光素酶報告實驗發(fā)現,lncRNA IRAIN作為 miR-125b 的 ceRNA,吸附并降低 MM 細胞內 miR-125b 表達水平,最終對其下游抑癌基因PHLPP2產生正性調控作用而發(fā)揮抗MM效應。
3.3LncRNA-IRAIN與喉癌 喉癌是五官科常見的惡性腫瘤之一,主要治療方式是手術治療、放療和化療〔20〕。但是對于癌癥中晚期的患者而言,治療效果差、手術范圍廣、帶來的損傷大。因此,迫切需要更好的治療方案。研究證實〔21〕IRAIN的表達與喉惡性腫瘤的生長和轉移有關,且它的轉錄等位基因存在基因印跡缺失。IRAIN的表達與喉癌有著一定的關系,尤其是與它的生長和轉移,在預后較好的原位癌上IRAIN的表達較高,而在惡性程度高浸潤性癌(包括轉移)中,IRAIN的表達很低甚至不表達,并且與IGF-1R mRNA表達呈相反的趨勢。這就表明IGF-1R可能作為抑癌基因,負向調控IFGIR在腫瘤中的差異性表達,從而影響腫瘤生長和轉移,成為喉癌靶向治療中的一位新成員。
3.4LncRNA-IRAIN與白血病 白血病是一類起源于造血系、目前病因尚不完全清楚的惡性腫瘤性疾病,不同患者的細胞和分子遺傳學水平具有較大的異質性,這可能關系到患者病情的輕重程度,因而染色體異常及基因突變是白血病患者較為關鍵的預后指標,近些年來,越來越多與白血病發(fā)病機制和進展情況有顯著相關性的多種LncRNA被發(fā)現。在細胞系與IGF-1R相比,IRAIN相對較低的表達,有研究表明〔13〕,在高危急性髓系白血病患者中瘤細胞無限制的生長、增殖,是由于IRAIN表達下降,釋放了這種“競爭性抑制”,從而激活了IGF-1R基因,并與腫瘤惡性度高也有一定關系,這一點與IRAIN可能競爭性表達而抑制IGF-1R一致,說明IRAIN可能在這一過程中發(fā)揮著抑制作用,由此可以推測,IRAIN在本病中可能起著抑癌基因的作用。但在對照組中似乎不能完全用抑癌基因的作用來解釋,因為IRAIN的表達處于低危患者和高?;颊咧g,所以,是否還存在其他機制或因素,還需要更深入的研究。Sun等〔22〕發(fā)現,IRAIN在急性髓系白血病中的表達與危險度呈負相關,在高危組中甚至不表達,同時IGF-1R在高危組中也呈現出高表達的趨勢。IGF-1R與IGF1 和IGF2相結合,對細胞的增殖、生長及凋亡有促進作用,它是通過磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信號通路實現的。由此猜測,IRAIN發(fā)揮抗腫瘤的作用是通過抑制IGF-1R的表達來實現的。通過孫京男〔13〕等的研究發(fā)現,有的急性髓系白血病患者IRAIN表達量增高,因為這些患者使用了去甲基化藥物治療,提示IRAIN可能成為白血病預后判斷和臨床治療療效的指標。
3.5LncRNA-IRAIN與肝癌 肝癌是一種高死亡率的惡性腫瘤,它的死亡率位居全世界范圍內的癌癥死亡率第3位,如果能早期發(fā)現,治療效果較好,但臨床上早期癥狀不明顯,往往發(fā)現時已是晚期,此時治療效果較差。因此,對肝癌發(fā)生發(fā)展及轉移相關的分子生物學研究,探討其新的治療方案迫在眉睫。在肝癌組織中〔23〕,也發(fā)現了IRAIN表達規(guī)律,它的表達與肝癌的惡性程度有關。IRAIN可抑制腫瘤細胞增殖、誘導腫瘤細胞分化、抑制肝癌的發(fā)生發(fā)展,可能與肝癌侵襲、轉移及預后有關,由此,IRAIN將有可能為肝癌的治療提供新的方案,為診斷提供參考指標。
3.6LncRNA-IRAIN與非小細胞肺癌 肺癌是呼吸系統(tǒng)常見的惡性腫瘤,其類型較多,而非小細胞肺癌(NSCLC)占比例最大,為80%~85%。盡管治療方法不斷進步,但NSCLC患者的5年生存率仍處于較低水平,低于20%,目前一種新的治療NSCLC的方案是分子靶向治療。有研究〔24〕發(fā)現IRAIN在NSCLC的腫瘤組織中相對癌旁組織呈現高表達,發(fā)揮促癌基因的作用,與白血病和乳腺癌中的表達相反。這種現象可能與IRAIN組織特異性表達相關〔25,26〕。近年來越來越多的文獻報道了IGF-1R與肺癌的關系:IGF-1R信號通路的激活與進展期NSCLC的第三代表皮生長因子受體酪氨酸激酶抑制劑(EGFR)-TKIs的抗藥性有關,微小RNA(Mir)-223可通過調節(jié)IGF-1R/PI3K/AKT通路參與非小細胞肺癌的EGFR-TKIs的獲得性耐藥〔27〕。Mir-7可通過抑制EGFR和IGF-1R來增強吉非替尼(一種選擇性EGFR酪氨酸激酶抑制劑)對NSCLC的治療作用〔28〕。有數據表明〔24〕通過內源敲低及外源過表達方法觀察IRAIN在體內外對NSCLC細胞生物學行為的影響。研究結果表明,敲低IRAIN表達后對癌細胞的凋亡能力沒有任何影響,但是細胞周期分析實驗顯示IRAIN能使NSCLC細胞的增殖能力顯著降低。由此可知IRAIN也很有可能參與了NSCLC的發(fā)生發(fā)展,甚至可能與NSCLC的EGFR-TKIs耐藥有關。
3.7LncRNA-IRAIN與胰腺癌 胰腺癌是最具侵略性的惡性腫瘤之一,并且在常見癌癥死亡原因中排第4位,2015年美國死亡人數約為40 560人〔29〕。生存率雖然能穩(wěn)步上升,但對胰腺癌的治療進展緩慢,其5年生存率目前仍然很低,只有約7%〔29〕。由于早期轉移、晚期診斷,目前治療的效率有限〔30,31〕。因此,明確腫瘤的分子進展機制,可能意義重大。實驗表明,IRAIN可以直接與EZH2和組蛋白賴氨酸特異性去甲基化酶(LSD)1復合物相互作用,抑制胰腺癌的人kruppel樣因子(KLF)2和P15,在胰腺癌中,KLF2和P15的功能作用已經被闡明〔32〕。許多發(fā)現表明KLF2和P15可以作為腫瘤抑制因子〔33,34〕,研究也表明,IRAIN與KLF2和P15在胰腺癌的腫瘤組織中呈負相關性。這些數據表明,IRAIN可能在EZH2和LSD1介導的腫瘤抑制因子中發(fā)揮至關重要的作用〔35〕。
綜上,IRAIN是轉錄自IGF-1R內含子啟動子的反義方向的LncRNA,總長5 366 bp,起于IGF-1R內含子1中,跨越IGF-1R外顯子1和啟動子,基本位于細胞質,與IGF-1R編碼方向相反。IRAIN在多個正常組織內呈印記表達,在喉癌和乳腺癌等多個惡性腫瘤中低表達或不表達,且與腫瘤的生長和轉移有關。在白血病患者中,IRAIN的表達與腫瘤的惡性程度有關,其表達與危險程度呈負相關性,高危組甚至不表達,而且與IGF-1R mRNA表達相反的趨勢。