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        長鏈非編碼RNA SPINT1-AS1抑制三陰性乳腺癌細胞增殖和促進凋亡的研究

        2022-11-10 05:43:18劉春汕杜坤朋王栢耀劉威田允鴻
        實用醫(yī)學(xué)雜志 2022年18期
        關(guān)鍵詞:細胞株靶點質(zhì)粒

        劉春汕 杜坤朋 王栢耀 劉威 田允鴻

        廣州醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院放療科(廣州 510095)

        2020年世界衛(wèi)生組織國際癌癥研究機構(gòu)發(fā)布的數(shù)據(jù)顯示,乳腺癌已成為全球發(fā)病率最高的癌癥[1]。根據(jù)表達受體分類,乳腺癌分為Luminal A型、Luminal B 型、表皮生長因子受體-2(epidermal growth factor receptor 2,Her-2)過表達型以及TNBC 4 種類型[2-3]。在乳腺癌分型中,TNBC 是最為兇險的一種類型,其發(fā)病率大約占乳腺癌的15%~20%,生長迅速,惡性程度高。且因為TNBC 不表達雌激素受體、孕激素受體以及Her-2,因此缺乏經(jīng)典的治療靶點,目前尚無較好的針對性治療方案[4-5],所以探索新的治療靶點對TNBC 是至關(guān)重要的。

        lncRNA 是存在于真核生物中的一類由大于200 個核苷酸組成,以不編碼蛋白為特征的RNA 分子,其具有腫瘤類型特異性[6-7]。研究表明lncRNA參與調(diào)節(jié)生物體內(nèi)多種生物學(xué)過程,與人類疾病發(fā)生發(fā)展息息相關(guān)[8-9]。隨著研究的深入,越來越多的證據(jù)表明多種lncRNA 可能成為TNBC 發(fā)生發(fā)展過程中關(guān)鍵的治療靶點與預(yù)后生物標記物[10-12]。SPINT1-AS1 又名絲氨酸肽酶抑制劑Kunitz 1 型反義RNA 1,是位于15q15.1 染色體上,長度為632nt的lncRNA。目前對其研究較少,僅在宮頸癌、結(jié)直腸癌中報道SPINT1-AS1 高表達與不良預(yù)后有關(guān)[13-14]。但在食管鱗癌、腎母細胞癌中SPINT1-AS1 高表達與良好預(yù)后有關(guān)[15-16]。并且僅有1 篇文章報道SPINT1-AS1 在乳腺癌中促進其增殖轉(zhuǎn)移[17],該文章并沒有對乳腺癌特定分子亞型進行闡述。TNBC 作為預(yù)后最差的乳腺癌亞型仍缺乏有效的治療靶點,因此本研究擬探索lncRNA 是否可以作為TNBC 的治療靶點。鑒于本課題組在前期的TNBC 細胞測序數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)SPINT1-AS1 在經(jīng)典的抑癌分子miR-200c 過表達組的水平顯著高于空載對照組,由此筆者猜測SPINT1-AS1 可能也具有抑癌作用。因此,本研究擬在TNBC 中探索SPINT1-AS1 的功能作用。

        1 材料與方法

        1.1 細胞培養(yǎng)MCF-10A、MDA-MB-231、BT549和MDA-MB-468 細胞均購自中國科學(xué)院細胞庫,MCF-10A 使用MCF-10A 完全培養(yǎng)基(賽庫生物公司)培養(yǎng),其余細胞株使用含有10%FBS 的1640(Gibco 公司)培養(yǎng),均在37 ℃含5%CO2的恒溫培養(yǎng)箱內(nèi)生長。

        1.2 qRT-PCR 實驗使用Trizol 裂解,氯仿提取,氯丙醇沉淀,含DEPC 水的75%酒精洗滌總RNA,將RNA 逆轉(zhuǎn)錄為cDNA,進行PCR 擴增。最后使用2-ΔΔCt法計算SPINT1-AS1 的表達量。

        1.3 熒光原位雜交實驗將MDA-MB-231與BT549細胞接種至放有細胞爬片的24 孔板中,待細胞長至80%進行實驗。按照熒光原位雜交試劑盒(吉瑪公司)說明書進行,PBS 清洗,4%多聚甲醛固定后PBS 清洗。0.1%Triton X-100 打孔,PBS 清洗。SPINT1-AS1 探針加入雜交緩沖液中,混勻,73 ℃變性5 min,變性結(jié)束37 ℃孵育細胞過夜。12 h 后PBS清洗,使用DAPI染細胞核,室溫15 min后清洗。最后用抗熒光淬滅劑封片,共聚焦顯微鏡拍攝。

        1.4 包裝shSPINT1-AS1 病毒shSPINT1-AS1#1與shSPINT1-AS1#2 質(zhì)粒由擎科生物公司合成。病毒包裝質(zhì)粒以及包膜蛋白質(zhì)粒由中山大學(xué)附屬第一醫(yī)院生命科學(xué)實驗室惠贈。將293T 細胞加入預(yù)先用多聚賴氨酸包被的10 cm 皿中。待細胞長至80%使用PEI 試劑轉(zhuǎn)染,按照包裝質(zhì)粒:包膜蛋白質(zhì)粒:目的基因=4∶3∶1 的比例把3 者混合。取500 μL opti-MEM 稀釋混合質(zhì)粒。將500 μL opti-MEM 稀釋60 μg 的PEI。隨后把PEI 稀釋液加入混合質(zhì)粒稀釋液中,混勻靜置15 min。隨后將混合液緩緩加入293T 細胞。18 h 使用完全培養(yǎng)基取代含混合物的培養(yǎng)基,48 h 收集病毒液。收集的病毒液過濾之后可用于轉(zhuǎn)染細胞。

        1.5 慢病毒轉(zhuǎn)染細胞實驗過表達SPINT1-AS1病毒由上海和元公司合成,shSPINT1-AS1#1 與shSPINT1-AS1#2 病毒自行包裝。MDA-MB-231 細胞鋪至24 孔板中,待細胞長至50%時開始轉(zhuǎn)染。分別使用500 μL opti-MEM 稀釋10 μL 對照組以及實驗組病毒液,將含1 μL/mL polybrene 的opti-MEM分別添加500 μL 至已混有病毒的對照與實驗管中,混勻靜置20 min。靜置結(jié)束將混合液置換原來的培養(yǎng)基。24 h 時使用完全培養(yǎng)基替換混合液,隨后使用嘌呤與G418 篩選得到穩(wěn)定過表達與干擾SPINT1-AS1 的細胞株。

        1.6 平板克隆形成實驗將穩(wěn)轉(zhuǎn)株消化成單細胞懸液,接種于6 孔板中。細胞接種后使用完全培養(yǎng)基培養(yǎng)2 周左右終止培養(yǎng)。棄培養(yǎng)基后PBS 清洗,甲醇固定15 min后PBS清洗,結(jié)晶紫染色30 min,棄結(jié)晶紫,流水沖洗染料。最后用照相機拍攝圖片。使用image J計數(shù),GraphPad prim7.0繪制計量圖。

        1.7 CCK-8 檢測增殖活性按日本同仁公司的CCK-8 試劑盒說明書進行實驗,消化細胞接種于96孔板。分別在6、24、48、72、96 h時加入CCK-8 溶液,孵育1.5 h 后在酶標儀上450 nm 處檢測OD值。最后用GraphPad Prism 7.0 繪制折線圖。

        1.8 Annexin V-APC/7-AAD流式細胞術(shù)測凋亡按照聯(lián)科生物凋亡試劑盒對細胞進行染色、孵育、過濾細胞團塊處理,隨后使用流式細胞儀檢測。最后使用Flow jo 軟件分析流式凋亡數(shù)據(jù),Graph-Pad prim7.0 繪制凋亡計量圖。

        1.9 統(tǒng)計學(xué)方法使用GraphPad Prism 7.0 軟件分析數(shù)據(jù)。計數(shù)數(shù)據(jù)以()表示,組間比較采用單因素方差分析;配對樣本比較采用t檢驗。P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 SPINT1-AS1 在正常乳腺上皮細胞及3 種TNBC 細胞中的表達為了研究SPINT1-AS1 在乳腺癌中的作用,本實驗首先比較其在正常乳腺上皮細胞以及TNBC 細胞中的表達情況。結(jié)果顯示,與正常乳腺上皮細胞MCF-10A 相比,在TNBC 細胞系MDA-MB-231、BT549 和MDA-MB-468 的SPINT1-AS1 的表達量均明顯降低(MDA-MB-468:t= 134.90,MDA-MB-231:t= 2 171.00,BT549:t=18 938.00,P<0.000 1,圖1)。結(jié)果提示,SPINT1-AS1 可能在抑制TNBC 發(fā)生發(fā)展中起著重要作用。

        圖1 qRT-PCR 檢測SPINT1-AS1 在細胞株間的表達Fig.1 qRT-PCR detects the expression of SPINT1-AS1 in various cell lines

        2.2 SPINT1-AS1 在TNBC 細胞株的定位既往研究顯示,lncRNA 的功能與其表達位置存在相關(guān)性。為了研究lncRNA 的可能機制,本課題首先檢測了SPINT1-AS1 的細胞定位。見圖2,使用共聚焦顯微鏡探索SPINT1-AS1 在MDA-MB-231 以及BT549 細胞中的定位,發(fā)現(xiàn)SPINT1-AS1 主要表達于細胞質(zhì)。說明SPINT1-AS1 作為一個lncRNA,主要是以轉(zhuǎn)錄后調(diào)控方式作用于細胞,具體調(diào)控機制有待進一步研究。

        圖2 SPINT1-AS1 在MDA-MB-231 與BT549 細胞株的定位Fig.2 The localization of SPINT1-AS1 in MDA-MB-231 and BT549 cell lines

        2.3 SPINT1-AS1 對TNBC 細胞增殖活性的影響為了研究SPINT1-AS1 對乳腺癌細胞株的影響,本實驗首先檢測SPINT1-AS1 不同表達水平細胞株之間的增殖能力差異。在MDA-MB-231 與BT549 細胞中過表達SPINT1-AS1,能顯著降低細胞克隆形成能力(MDA-MB-231:t= 64.00,BT549:t= 10.74,P<0.01,圖3A)。在MDA-MB-231 細胞敲減SPINT1-AS1 后,與對照組相比,實驗組的克隆形成能力明顯增強(shSPINT1-AS1#1:t= 11.43,shSPINT1-AS1#2:t= 10.01,P<0.01,圖3B)。進一步使用CCK-8 檢測SPINT1-AS1 對TNBC 增殖活性的影響。在MDA-MB-231 與BT549 細胞過表達SPINT1-AS1,能顯著降低細胞增殖能力(MDA-MB-231:96 h,t= 3.63,BT549:96 h,t= 4.30,P<0.05,圖3C)。在MDA-MB-231 細胞干擾SPINT1-AS1 后,與對照組相比,增殖能力明顯增強(shSPINT1-AS1#1:t= 3.28,shSPINT1-AS1#2:t= 4.29,P<0.05,圖3D)??傊?,上述結(jié)果提示SPINT1-AS1 抑制TNBC細胞增殖。

        圖3 過表達與敲低SPINT1-AS1 對TNBC 細胞株增殖的影響Fig.3 Effects of overexpression and knock-down of SPINT1-AS1 on the proliferation of TNBC cell lines

        2.4 SPINT1-AS1 對TNBC 細胞凋亡的影響使用流式細胞儀檢測細胞凋亡,當(dāng)在TNBC 細胞系中過表達SPINT1-AS1 時,實驗組細胞的總凋亡率(早期凋亡率+晚期凋亡率)高于對照組,在BT549細胞中表現(xiàn)尤為明顯(MDA-MB-231:t= 5.24,BT549:t= 10.19,P<0.05,圖4A)。然而,當(dāng)敲低SPINT1-AS1 時,實驗組的總凋亡率低于對照組(shSPINT1-AS1#1:t= 6.28,shSPINT1-AS1#2:t=9.70,P<0.05,圖4B)。上述結(jié)果提示SPINT1-AS1能促進TNBC 凋亡。

        圖4 過表達與敲低SPINT1-AS1 對TNBC 細胞株凋亡的影響Fig.4 Effects of overexpression and knock-down of SPINT1-AS1 on the apoptosis of TNBC cell lines

        3 討論

        乳腺癌是全球女性最常見的癌癥、也是導(dǎo)致死亡的重要原因之一[18-19]。與非TNBC 相比,TNBC具有高度異質(zhì)性和更強侵襲性,因為其不表達雌激素受體、孕激素受體、Her-2 等標志物,所以目前缺乏靶向治療TNBC 的方法[20]。因此,探究針對TNBC 的新治療靶點尤為重要。既往研究顯示,lncRNA 可以參與調(diào)控TNBC 細胞增殖、凋亡、轉(zhuǎn)移等病理生理過程[21]。因此lncRNA 成為治療TNBC的潛在靶標。本實驗研究了lncRNA SPINT1-AS1在TNBC 中的作用,結(jié)果顯示SPINT1-AS1 能抑制TNBC 細胞增殖以及促進其凋亡。

        SPINT1-AS1 是一種lncRNA。目前研究發(fā)現(xiàn)SPINT1-AS1 在不同癌癥發(fā)揮不同的功能,研究證明[13]SPINT1-AS1 抑制miR-214 進而激活Wnt/β-連環(huán)蛋白信號從而驅(qū)動宮頸癌細胞增殖、遷移和侵襲,驗證SPINT1-AS1 水平升高與宮頸癌患者預(yù)后不良有關(guān)。LI 等[14]在結(jié)直腸癌中發(fā)現(xiàn)SPINT1-AS1在癌組織的表達明顯高于癌旁組織,且發(fā)現(xiàn)高SPNT1-AS1 表達患者更易發(fā)生遠處轉(zhuǎn)移以及無復(fù)發(fā)生存期顯著縮短。然而,在食管鱗癌中SPINT1-AS1 的表達與癌旁組織相比明顯下調(diào),并且通過生存曲線分析發(fā)現(xiàn)SPINT1-AS1 表達高的患者總體生存期更長[15]。同樣在一項透明細胞腎母細胞癌的研究中作者從數(shù)據(jù)庫篩選出9 個差異表達lncRNA,SPINT1-AS1 就是其中之一,通過LASSO運算、COX 回歸與生存分析得出SPINT1-AS1 表達高的患者預(yù)后更好的結(jié)論[16]。因此,在食管鱗癌、腎母細胞癌中高表達的SPINT1-AS1 與預(yù)后良好有關(guān)。不僅如此,高水平的SPINT1-AS1 可能使胃癌細胞NCL-N87 與乳腺癌細胞MCF-7 對拉帕替尼治療更敏感[22]。上述截然不同的研究結(jié)果證明SPINT1-AS1 所發(fā)揮功能是具有癌癥特異性的。在乳腺癌中,雖然ZHOU 等[17]已發(fā)表的研究中表明SPINT1-AS1 具有促進乳腺癌細胞增殖、遷移的作用。但本實驗通過qRT-PCR 檢測發(fā)現(xiàn)在乳腺正常細胞中SPINT1-AS1 的表達水平高于TNBC 細胞;進一步通過轉(zhuǎn)染病毒建立過表達與敲低SPINT1-AS1 穩(wěn)轉(zhuǎn)株,當(dāng)SPINT1-AS1 水平增加時,TNBC 細胞增殖能力顯著下降,凋亡顯著增加。當(dāng)敲低SPINT1-AS1 時作用相反??傊?,本研究通過一系列實驗發(fā)現(xiàn)SPINT1-AS1 可以顯著抑制TNBC 細胞的增殖并促進其凋亡。雖然本研究的結(jié)論與周等人的部分研究結(jié)論相反,但這可能與兩個研究采用不同的SPINT1-AS1 轉(zhuǎn)錄本有關(guān)。本研究是針對SPINT1-AS1 的第2 個轉(zhuǎn)錄本NR_146467.1 進行研究,而周的研究并未明確指出使用具體的轉(zhuǎn)錄本,這證明SPINT1-AS1 不僅具有腫瘤特異性,而且還可能具有轉(zhuǎn)錄本特異性。作為調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄的lncRNA,SPINT1-AS1 可能通過不同的下游靶點來發(fā)揮不同的生物學(xué)效應(yīng)。因此,SPINT1-AS1 在TNBC 的發(fā)生發(fā)展中的作用仍需要全方位、多維度、多組學(xué)的探索。已有許多研究報道[12]lncRNA在TNBC 的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要作用,例如lncRNA MIR503HG 抑制TNBC 細胞增殖以及促進其凋亡,作者從全方位、多維度,多組學(xué)驗證了MIR503HG通過miR-224-5p/HOXA9 軸抑制細胞增殖并促進TNBC 細胞凋亡。與本研究相同的是作者同樣使用CCK-8、克隆形成、流式細胞術(shù)檢測細胞增殖與凋亡,但作者不局限于此,不僅驗證了MIR503HG在體內(nèi)同樣發(fā)揮抑癌功能,而且進一步通過生信分析、雙熒光素酶報告基因?qū)嶒灥忍剿髁薼ncRNA的下游機制,這是本實驗所缺少的,有待本課題組進一步完善。總之,本研究結(jié)果證明了SPINT1-AS1 能夠抑制TNBC 細胞的增殖并促進其凋亡。并且本研究確認了SPINT1-AS1 主要表達于TNBC細胞的細胞質(zhì),極大可能是通過轉(zhuǎn)錄后途徑參與細胞發(fā)生發(fā)展。

        綜上所述,本實驗證實了SPINT1-AS1 抑制TNBC 細胞增殖以及促進其凋亡。當(dāng)然,本研究還存在一些不足。首先本研究缺乏體內(nèi)實驗來驗證SPINT1-AS1 對腫瘤生長、凋亡的作用,其次我們對SPINT1-AS1 在TNBC 細胞的抑癌作用的具體作用機制仍未闡明,我們初步的機制研究結(jié)果提示,SPINT1-AS1 主要定位于細胞質(zhì),極大可能是通過轉(zhuǎn)錄后途徑參與細胞發(fā)生發(fā)展。盡管仍需要通過測序或生信分析等方法進一步完善對SPINT1-AS1下游機制的探索,但是這樣的結(jié)果已經(jīng)給出了重要的提示,SPINT1-AS1 可能成為治療TNBC 的一個新靶點,這為臨床治療TNBC 提供新方向。因此在今后的研究中,將繼續(xù)深入探索SPINT1-AS1 在TNBC 的作用機制。

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