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        基于高通量測序?qū)^經(jīng)后骨質(zhì)疏松癥腎陰虛證中基因差異表達的研究

        2022-11-01 03:09:08方莉萍姜丹生林樹梁吳俊琪王金華浮苗
        浙江中醫(yī)藥大學學報 2022年10期
        關(guān)鍵詞:差異信號研究

        方莉萍 姜丹生 林樹梁 吳俊琪 王金華 浮苗

        金華市中心醫(yī)院 浙江,金華 321000

        絕經(jīng)后骨質(zhì)疏松癥(postmenopausal osteoporosis,PMOP)是一種多因素的慢性疾病,主要病因是女性絕經(jīng)后卵巢功能低下,導致雌激素不足,骨量丟失過快、骨脆性明顯升高,其最嚴重的并發(fā)癥即骨質(zhì)疏松性骨折,是全球關(guān)注的一個健康問題[1]。臨床腎虛常見腎陰虛和腎陽虛,PMOP以腎陰虛證為主[2]。“證”是機體在各種致病因素影響下所發(fā)生的綜合表現(xiàn),包括整體體質(zhì)反應特點及整體與外在環(huán)境之間、臟腑經(jīng)絡(luò)之間、細胞之間、細胞與體液之間的相互關(guān)系[3-4]。研究發(fā)現(xiàn),細胞之間的通訊是通過被膜包裹的小囊泡顆粒(稱為外泌體)介導的,它能夠與循環(huán)途徑中周圍細胞的細胞膜發(fā)生融合,釋放其所含的蛋白質(zhì)、DNA和RNA等,進而激活靶細胞內(nèi)的信號通路[5]。骨髓中的間充質(zhì)干細胞(bone mesenchymal stem cells,BMSCs)是骨再生的種子細胞,對維持正常骨代謝功能起到重要作用。BMSCs來源的外泌體在多種生理條件下更穩(wěn)定,無免疫原性,因此更適合于多種疾病的治療[6]。

        BMSCs外泌體的特性使得它成為目前的研究熱點,但其在PMOP腎虛癥中的研究甚少。本研究在證候理論指導下,結(jié)合基于整體思維的系統(tǒng)生物學方法,探索PMOP腎陰虛證BMSCs外泌體差異基因表達變化,從分子水平尋找臨床防治PMOP腎陰虛證的關(guān)鍵基因及基因調(diào)控途徑,為PMOP腎陰虛證的機制研究提供新的見解。

        1 材料和方法

        1.1 研究對象 以金華市中心醫(yī)院關(guān)節(jié)外科2019年7月至2021年6月收治的股骨頭壞死或股骨頸骨折患者為對象。在人工股骨頭置換及全髖關(guān)節(jié)置換手術(shù)過程中,從股骨骨髓腔中抽取骨髓和血液,分離培養(yǎng)BMSCs。檢測肝腎功能、血尿常規(guī)、心電圖和B超等,以雙能X線骨密度儀檢測正位腰椎L1-4和左側(cè)股骨上端骨密度,聯(lián)合中醫(yī)辨證,共選擇40例患者,其中20例被診斷為PMOP腎陰虛證,20例為骨量正常對照組。納入標準:(1)骨質(zhì)疏松診斷參照世界衛(wèi)生組織PMOP的診斷標準[7],中醫(yī)證候診斷標準參照文獻[8];(2)無服用可能影響骨骼或鈣磷代謝的藥物史;(3)無影響骨代謝的全身性疾病;(4)無血液系統(tǒng)疾病及骨腫瘤等疾病;(5)所有參與研究的患者均知情同意,并簽署知情同意書。排除標準:(1)不符合骨質(zhì)疏松癥診斷及中醫(yī)腎陰虛證辨證標準者;(2)因類風濕性關(guān)節(jié)炎、糖尿病、甲狀腺功能亢進等繼發(fā)骨質(zhì)疏松癥者;(3)合并心腦血管嚴重疾病,合并肝、腎功能檢查異常者;(4)最近1個月用過中藥治療骨質(zhì)疏松癥者,或近3個月內(nèi)行激素替代治療或使用降鈣素者,或近6個月內(nèi)有連續(xù)15 d以雙膦酸鹽等防治骨質(zhì)疏松癥者。本研究已獲得金華市中心醫(yī)院倫理委員會的倫理批準(2020-255-001)。

        1.2 主要試劑和儀器 外泌體RNA分離試劑盒購于加拿大Norgen 有限公司(批號:25700);TUREscript 1st Stand cDNA SYNTHESIS Kit 逆轉(zhuǎn)錄試劑盒、SYBR green qPCR mix試劑盒均購于成都丹鳳科技有限公司(批號:K1622、K0521)。NanoDrop ND-2000紫外分光光度儀為美國Thermo Scientific有限公司產(chǎn)品;Agilent Bioanalyzer 2100 生物分析儀購于美國Agilent Technologies有限公司。

        1.3 BMSCs分離培養(yǎng)及其外泌體提取鑒定 采用全骨髓培養(yǎng)法體外分離培養(yǎng)BMSCs,并鑒定其成脂和成骨分化能力,以流式細胞術(shù)檢測BMSCs細胞表型。取PMOP組及骨量正常對照組BMSCs第三代細胞培養(yǎng)上清液30 mL,以試劑盒提取外泌體。為了驗證外泌體提取的效果,通過免疫印跡法鑒定其標記蛋白CD9、CD63和CD81,并用透射電鏡分析外泌體的超微結(jié)構(gòu),具體方法結(jié)果參考本課題組前期研究[9]。

        1.4 外泌體RNA提取及基因芯片mRNA表達譜 隨機從兩組各取3例患者的BMSCs外泌體,分別命名為PMOP 1~3和C1~3,使用外泌體RNA分離試劑盒提取BMSCs外泌體總RNA,利用NanoDrop ND-2000紫外分光光度儀定量并經(jīng)Agilent Bioanalyzer 2100生物分析儀檢測RNA完整性,送至杭州聯(lián)川生物技術(shù)股份有限公司進行高通量測序分析。

        1.5 mRNA功能組分析 對標準化后的數(shù)據(jù)進行后續(xù)分析,利用P值和倍數(shù)變化值進行差異基因篩選,篩選標準為:P≤0.05,且上調(diào)或者下調(diào)倍數(shù)變化值≥1.5。差異表達mRNA的聚類分析中選取P值最小的top 200繪制聚類圖。以log2(倍數(shù)變化值)為橫坐標,-log10(P值)為縱坐標,對差異表達分析中所有的基因繪制火山圖。通過基因本體分析(gene ontology,GO)和京都基因與基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,預測差異表達mRNA的生物學功能。

        1.6 定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,RT-qPCR)驗證分析 為驗證基因芯片結(jié)果的可靠性,提取20例PMOP腎陰虛證組和20例骨量正常對照組患者的BMSCs外泌體RNA,對部分差異表達的mRNA進行RT-qPCR驗證。按照說明書使用逆轉(zhuǎn)錄試劑盒將RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA,隨后采用SYBR green qPCR mix試劑盒進行RT-qPCR,以甘油醛-3-磷酸脫氫酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)為內(nèi)參基因。mRNA的相對表達量采用2-ΔΔCT方法計算,引物由杭州聯(lián)川生物技術(shù)股份有限公司設(shè)計,序列見表1。

        表1 引物序列Tab.1 Primer sequences

        2 結(jié)果

        2.1 受試者一般資料分析 本研究共納入絕經(jīng)后女性40例,其中PMOP腎陰虛組20例,骨量正常對照組20例。見表2。隨機從兩組各取3例患者,分別命名為PMOP 1~3和C1~3,進行高通量測序分析。見表3。

        表2 受試者一般資料比較Tab.2 Comparison of subjects' general data()

        表2 受試者一般資料比較Tab.2 Comparison of subjects' general data()

        注:BMI:體質(zhì)量指數(shù);TC:總膽固醇;TG:甘油三酯;HDL-C:高密度脂蛋白膽固醇;LDL-C:低密度脂蛋白膽固醇。Note: BMI: body mass index;TC: total cholesterol;TG: triglyceride;HDL-C: high density lipoprotein cholesterol;LDL-C: low density lipoprotein cholesterol.

        表3 測序組患者一般資料比較Tab.3 Comparison of general data in sequencing group

        2.2 兩組患者BMSCs外泌體中mRNA的差異分析 比較兩組患者BMSCs外泌體中mRNA表達譜,將差異表達的標準化數(shù)據(jù)制作成熱圖。見圖1a。如果兩組中mRNA水平至少相差1.5倍,則認為其表達存在差異(P≤0.05)。兩組BMSCs外泌體鑒定出174個差異表達的mRNA,其中92個上調(diào),82個下調(diào)。見圖1b?;蛐酒Y選的前10個顯著上調(diào)和前10個顯著下調(diào)的mRNA見表4。在mRNA失調(diào)的轉(zhuǎn)錄物中,甲狀腺轉(zhuǎn)錄因子1(thyroid transcription factor 1,TTF1)上調(diào)最多,log2(倍數(shù)變化值)為2.22,而γ-氨基丁酸受體相關(guān)蛋白1(γ-aminobutyric acid receptor associated protein like 1,GABARAPL1)的下調(diào)程度最大,log2(倍數(shù)變化值)為-2.18。

        表4 基因芯片結(jié)果中上調(diào)和下調(diào)前10位mRNATab.4 Top 10 mRNA up-regulated and down-regulated in microarray results

        圖1 兩組患者BMSCs外泌體中mRNA表達譜Fig.1 mRNA expression profiles in exosomes of BMSC in two groups

        2.3 RT-qPCR驗證差異表達mRNA 為驗證基因芯片測序結(jié)果,選取10個mRNA(P≤0.05,倍數(shù)變化值≥2)進行RT-qPCR驗證。10個mRNA中4個上調(diào)(ATM、MAX、THBS3和WWTR1),6個下調(diào)(COL8A1、GABARAPL1、HLA-DQA1、HSPA1L、PPP2R2D和PTHLH)。為了確定這些mRNA在BMSCs外泌體中的表達水平,對20例PMOP腎陰虛證組和20例骨量正常對照組進行驗證。10個mRNA的表達譜與基因芯片檢測結(jié)果均一致。見圖2。兩組間ATM、COL8A1、GABARAPL1、HLA-DQA1、HSPA1L、MAX、PPP2R2D、PTHLH和WWTR1的表達水平差異有統(tǒng)計學意義(P<0.001)。

        圖2 兩組患者mRNA的RT-qPCR驗證Fig.2 RT-qPCR verification of mRNA in two groups

        2.4 差異表達mRNA功能分析 對差異表達mRNA的進行GO功能分析和KEGG通路富集分析。GO功能分析結(jié)果顯示,分子功能主要集中在DNA、RNA和蛋白質(zhì)的結(jié)合;生物功能主要集中在細胞和蛋白質(zhì)運輸、骨成熟參與、骨小梁形成、鈣離子結(jié)合方面;細胞功能主要集中在細胞核、細胞膜和線粒體中。見圖3a。KEGG富集結(jié)果顯示,差異mRNA在參與成骨分化的信號通路如絲裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、自噬調(diào)節(jié)、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B,PI3K-AKT)、鈣離子信號通路、雌激素信號通路和叉頭框轉(zhuǎn)錄因子O(forkhead box transcription factor O,F(xiàn)oxO)亞族信號通路富集。見圖3b。

        圖3 功能富集分析Fig.3 Functional enrichment analysis

        3 討論

        PMOP是一種多因素慢性疾病,隨著老年人口的增加,骨質(zhì)疏松癥的發(fā)病率呈上升趨勢,PMOP成為了一個全球關(guān)注的健康問題[10]。由于缺乏有效的治療方法,探索PMOP的發(fā)病機制和尋找新的治療策略一直是PMOP研究的重要目標?!罢闩芍嗅t(yī)”骨傷學家肖魯偉發(fā)現(xiàn)中醫(yī)理論中的“髓”的概念與現(xiàn)代醫(yī)學的干細胞及其組織微環(huán)境在生物學上存在著高度相似性,將干細胞及其微環(huán)境功能紊亂引起骨與關(guān)節(jié)病損的骨傷疾病定義為“髓系骨病”,特別是對股骨頭壞死、骨質(zhì)疏松癥、骨性關(guān)節(jié)炎,提出了髓系骨病的“腎虛髓萎”的病因病機學說[11]。本研究選擇了PMOP腎陰虛證組與骨量正常對照組的BMSCs,然后對其微環(huán)境外泌體內(nèi)的差異表達基因進行分析,通過基因芯片獲得了174個差異表達基因,其中92個上調(diào),82個下調(diào);RT-qPCR鑒定出的9個關(guān)鍵mRNA(ATM、COL8A1、GABARAPL1、HLA-DQA1、HSPA1L、MAX、PPP2R2D、PTHLH和WWTR1)與基因芯片數(shù)據(jù)一致,且在兩組間差異有統(tǒng)計學意義。

        基于功能注釋分析,本研究發(fā)現(xiàn)MAPK和自噬調(diào)節(jié)是PMOP腎陰虛證組中差異表達基因顯著富集的通路。有研究報道,MAPK信號通路在調(diào)節(jié)成骨分化中起著至關(guān)重要的作用[12]。MAPK信號通路是缺氧觸發(fā)的核心調(diào)控通路,缺氧影響MSCs的細胞周期、增殖、凋亡、遷移和分化[13]。通過對HSPA1L進行調(diào)節(jié),可保護MSCs免受凋亡衰老的影響[14]。最近研究表明,自噬與骨代謝疾病的發(fā)病機制具有相關(guān)性,包括骨硬化癥、Paget骨病和PMOP[15-17]。自噬可以抵抗衰老過程中的氧化應激反應,在PMOP 中起著重要作用[18]。GABARAPL1是一個與自噬相關(guān)的重要基因[19],本研究提示其在PMOP腎陰虛證組下調(diào)最明顯。有研究證實,GABARAPL1存在于分泌型外泌體的外膜上,使用抗體封閉GABARAPL1 可導致外泌體的功能抑制,這使GABARAPL1可能成為疾病治療的一個新靶點[20]。因此,筆者推測GABARAPL可能成為PMOP腎陰虛證的一個非常有意義的治療靶點。

        有學者利用藥理學方法來預測傳統(tǒng)中藥四物湯的活性化合物和潛在靶標,發(fā)現(xiàn)參與的信號通路有PI3K-AKT信號通路、MAPK信號通路和FoxO信號通路,四物湯可以通過干預與骨質(zhì)疏松癥發(fā)展有關(guān)的生物學過程和信號傳導通路起到治療骨質(zhì)疏松癥的效果[21]。PI3K-AKT信號通路可促進成骨細胞增殖、分化和成骨,從而抑制骨質(zhì)疏松癥[22]。本研究結(jié)果提示,PPP2R2D、THBS3和CDC37參與PI3K-AKT信號通路,這些基因可能與PMOP腎陰虛證發(fā)生相關(guān)。本研究還發(fā)現(xiàn),ATM基因參與FoxO信號通路,它是細胞氧化防御的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子,也是一種參與DNA損傷反應的應激酶,是保持基因組完整性和干細胞更新所必需的,在調(diào)節(jié)成骨細胞特異性轉(zhuǎn)錄因子osterix的表達中起積極作用,正向調(diào)節(jié)成骨細胞分化和骨形成[23-24]。COL8A1是膠原蛋白,在骨質(zhì)流失和骨質(zhì)疏松癥的發(fā)病機制中起著核心作用[25]。研究發(fā)現(xiàn),軟骨內(nèi)骨化途徑中的關(guān)鍵基因PTHLH,與漢族女性PMOP有關(guān)[26]。

        總之,本研究利用基因芯片篩選出PMOP腎陰虛證患者BMSCs外泌體相關(guān)的mRNA及其參與的信號通路,這些差異表達的mRNA是否可以成為PMOP腎陰虛證特異的mRNA,需要進一步驗證。本研究仍有不足之處,收集的病例均為股骨頭壞死或股骨頸骨折患者,可能造成選擇性偏倚,亟待在后期研究中改進。然而,本研究可能是較早應用高通量測序技術(shù)篩選PMOP腎陰虛證BMSCs外泌體相關(guān)mRNA的研究,篩選出的9個關(guān)鍵mRNA可能作為PMOP腎陰虛證患者的特異性診斷及預后靶點,為中醫(yī)“證”實質(zhì)的研究提供了新的突破口。

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