劉艷秋,胡先功,張 衡,郭紅波,賀小偉,3*
(1.西北大學(xué) 信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,陜西 西安 710127;2.西北大學(xué) 西安市影像組學(xué)與智能感知重點實驗室,陜西 西安 710127;3.西北大學(xué) 網(wǎng)絡(luò)和數(shù)據(jù)中心,陜西 西安 710127)
生物發(fā)光成像(Bioluminescence Imaging,BLI)是一種非侵入性、非電離的分子成像技術(shù),能夠在活體中顯示熒光素標(biāo)記的腫瘤細胞。由于腫瘤細胞具有較高的敏感性和特異性,BLI在小動物的預(yù)臨床研究中發(fā)揮著越來越重要的作用[1-3]。與BLI相比,生物發(fā)光斷層成像(Bioluminescence Tomography,BLT)是采用生物發(fā)光源三維重建,能更準(zhǔn)確地定位和量化腫瘤信息[4],已廣泛應(yīng)用于預(yù)臨床研究。然而在實際生物應(yīng)用中,由于光子在生物組織中的復(fù)雜傳播和探測到的表面光子的限制,BLT的病態(tài)性限制了其光源重建精度[5-6]。
在生物發(fā)光成像中,光從生物體內(nèi)部光源發(fā)出,通過復(fù)雜生物組織結(jié)構(gòu)到達生物體表面。描述光在生物體內(nèi)的傳輸過程的一個標(biāo)準(zhǔn)模型為輻射傳輸方程(Radiative Transfer Equation,RTE)[7]。然而,在實際的生物發(fā)光成像中,RTE的計算成本很高[8]。最典型的方法是使用RTE的擴散近似方程(Diffusion approximation Equation,DE)作為前向模型。DE基本上是RTE的一階球諧波近似的特例,是描述光在組織中傳播速度最快的模型,但其精度有限,特別是在低散射區(qū)域、高吸收區(qū)域和邊界處[9]。為了克服DE模型的局限性,需要對RTE進行高階近似。相比于其它的高階近似模型(如SN、PN模型),簡化球諧近似(Simplified spherical harmonic approximation,SPN)的計算負載更低,三階簡化球諧近似(3rd Simplified spherical harmonic approximation equation,SP3)已被廣泛應(yīng)用于生物發(fā)光成像[10-12]。但由于SP3也是對RTE的近似,模型誤差仍然存在,而且高階近似需要求解的未知量是DE的幾倍,帶來了更高的計算負載。混合SP3和DE光傳輸模型(Hybrid Simplified spherical harmonics with Diffusion Equation,HSDE)的提出,一定程度上平衡了光傳輸精度和速度[13-14],然而簡化模型對于RTE的近似誤差仍然存在,SP3模型導(dǎo)致的計算負載也不能完全得到緩解。
另外,由于將成像物體表面檢測到的二維發(fā)光能量轉(zhuǎn)化為物體內(nèi)重建的三維生物發(fā)光源的BLT逆問題是一個數(shù)學(xué)不適定問題[4]。因此,需要融合足夠的先驗知識來保證解的唯一性和穩(wěn)定性??尚杏虿呗院投喙庾V方法分別通過減少未知變量和增加已知數(shù)據(jù)量減少光源重建的病態(tài)性,是BLT重建中常用的兩種策略[15]。此外,基于壓縮感知(Compressed Sensing,CS)理論的各種稀疏算法,如采用稀疏正則化項[16-17](如L0和L1),使用貪婪策略[18]或采用稀疏貝葉斯方法[5,19]等算法,用來減少噪聲對重建結(jié)果的影響,使光學(xué)分子斷層成像的重建精度不斷提高。
在我們之前的研究中,分析了RTE的擴散近似產(chǎn)生的光傳輸誤差、數(shù)據(jù)采集過程中成像系統(tǒng)存在的噪聲以及逆問題固有的病態(tài)性對BLT光源重建精度的影響,提出了光譜差分策略,減弱DE光傳輸模型和成像系統(tǒng)的系統(tǒng)誤差,并緩解重建問題的病態(tài)性[20]。在此基礎(chǔ)上,本文將光譜差分策略分別應(yīng)用到DE和SP3光傳輸模型,首先對這兩種RTE近似產(chǎn)生的誤差進行分析,對比光譜差分策略對兩種光傳輸誤差的衰減作用,進而將光譜差分策略分別應(yīng)用到DE和SP3光傳輸模型進行光源重建,旨在有效提高光源重建的準(zhǔn)確性和效率。
穩(wěn)態(tài)的RTE為:
(1)DE光傳輸模型誤差
穩(wěn)態(tài)擴散方程表示為:
通過有限元近似表示為:
A(DE)為DE近似構(gòu)造的系統(tǒng)矩陣,S為光源能量密度,Φm為表面節(jié)點上的光通量。
DE是RTE的一階球諧展開近似,在我們之前的研究中,分析了該近似過程對給定波長λ對應(yīng)的系統(tǒng)矩陣A(DE)λ產(chǎn)生的誤差[20],現(xiàn)將其簡單表示為:
其中:受波長λ影響的量用Xλ表示,其它與波長無關(guān)的量用Y表示。
對于兩個波長λj和λk對應(yīng)的誤差做差:
(2)SP3光傳輸模型誤差
高階簡化球諧近似方程可以表示為:
其中:μa,n=μa+μs(1-gn),g為各向異性參數(shù),n為階數(shù);φ為勒讓德多項式。N=3時,SP3模型的方程為:
φi是輻射度的勒讓德矩φi的線性組合。通過有限元近似表示為:
其中,A(SP3)為SP3近似構(gòu)造的系統(tǒng)矩陣,類似于DE近似。SP3近似對給定波長λ對應(yīng)的系統(tǒng)矩陣A(SP3)λ產(chǎn)生的誤差可以表示為:
其中:受波長λ影響的量用Xλ表示,其它與波長無關(guān)的量用Y表示。
對于兩個波長λj和λk之間的差值:
表明對于DE和SP3光傳輸模型,由于波長接近的光在通過相同光學(xué)路徑時遇到相近的系統(tǒng)響應(yīng),對相近波長的測量數(shù)據(jù)做差可以一定程度上消除光傳輸模型產(chǎn)生的誤差。
由于成像問題的非唯一性以及光源重建的病態(tài)性,已證實多光譜方法可以緩解其病態(tài)性[21,22]。假設(shè)測量數(shù)據(jù) 包含3組波長,對于DE和SP3光傳輸模型,將各自系統(tǒng)矩陣組合:
其中:Aλi是給定波長λi對應(yīng)的系統(tǒng)矩陣,Φmλi是 相同波長的表面光能量,Amulti和Φmmulti是組合的系統(tǒng)矩陣和表面光能量。
在多光譜方法的基礎(chǔ)上,光譜差分策略利用每個測量波長之間的數(shù)據(jù)差,將式(13)和(14)變換為:
其中,Adiffe和Φmdiffe分別為差分的系統(tǒng)矩陣和差分的表面光能量。
由于光源在生物體中通常是稀疏分布的,且表面測量數(shù)據(jù)嚴重不足,基于壓縮感知理論,采用Lp正則化方法將式(16)的重建模型轉(zhuǎn)化為以下最小化問題:
采用數(shù)值仿真實驗驗證光譜差分對于DE和SP3光傳輸模型誤差的緩解作用,以及光譜差分策略在BLT光源重建中的性能。前向仿真實驗和光源重建實驗均采用常用的數(shù)字鼠模型,只研究數(shù)字鼠的軀干部分,高度為35 mm,包括肌肉、心臟、胃、肝臟、腎臟和肺六個主要組織,如圖1(a)所示。在肝臟中設(shè)置一個半徑為1 mm的球形光源,其中心點坐標(biāo)為(18 mm,8 mm,14.8 mm),位置如圖1(b)。在前向仿真實驗中,三維數(shù)字鼠軀干離散網(wǎng)格如圖1(c)所示,包含20 263個節(jié)點。光源重建實驗網(wǎng)格如圖1(d)所示,包含10 139個節(jié)點。本文選用BLT中常用波段范圍的三個波長630 nm、650 nm和670 nm進行實驗,由文獻[25]中總結(jié)的公式,計算得到各生物組織在各個波長下對應(yīng)的光學(xué)參數(shù)如表1所示。
在前向仿真實驗中,以蒙特卡羅方法(Monte Carlo extreme,MC)[26]獲得的表面光能量作為對比標(biāo)準(zhǔn)。以平均誤差(Average error)和余弦相似度(Cosine similarity)作為定量評價指標(biāo),分析DE和SP3引起的光傳輸模型誤差。
測量的表面光能量差值的計算方法如下:
計算630 nm、650 nm和670 nm波長下,分別通過MC和DE(SP3)獲得的表面光能量的差異,以及MC和DE(SP3)獲得的不同波長的表面光能量任意兩組波長組合,差分之后的能量誤差。進而采用平均誤差定量評價上述能量誤差:
其中:EEnengydifferencei代表第i個表面節(jié)點對應(yīng)的能量誤差,N為表面節(jié)點總數(shù)目。
圖1 數(shù)值仿真實驗設(shè)置Fig.1 Numerical simulation experiment settings
表1 不同波長下數(shù)字鼠組織的光學(xué)參數(shù)Tab.1 Optical parameters of the mouse tissues at different wavelengths.
同時采用余弦相似度評估表面光能量的差異以及差分數(shù)據(jù)的差異:
其中:Ai、Bi分別表示被比較的向量A、B的分量。其值越接近1,表明兩個向量越接近。
在光源重建實驗中,采用常用的定量分析指標(biāo):定 位 誤 差(Location Error,ILE)、Dice系 數(shù)(IDice)和對比噪聲比(Contrast-to-Noise Ratio,ICNR),定量分析各方法的目標(biāo)定位、形狀恢復(fù)和圖像對比度性能。這些指標(biāo)的計算方法如下:
其中:ILE表示重建光源與真實光源之間的位置偏差,(x,y,z)和(x0,y0,z0)分別為重建能量加權(quán)中心點的坐標(biāo)和真實光源中心的坐標(biāo)。
Dice系數(shù)用來評價形狀恢復(fù),其中,X、Y分別為重建光源區(qū)域和實際光源區(qū)域。
對比噪聲比用來評價圖像對比度,其中:下標(biāo)ROI和BCK分別表示被成像物體的目標(biāo)區(qū)域和背景區(qū)域,μ、ω、σ分別表示平均強度值、加權(quán)因子和方差。
為了分析比較DE和SP3模型在光傳輸過程中產(chǎn)生的誤差,進行了前向仿真實驗,進而驗證光譜差分對于光傳輸誤差消除的有效性。
首先,采用MC方法獲得數(shù)字鼠模型對應(yīng)630 nm、650 nm和670 nm波長的表面光能量,為了便于展示光能量的細節(jié),將其投影到X-Z平面,如圖2(a)所示。相應(yīng)的,分別采用DE和SP3模型獲得數(shù)字鼠模型在各波長的表面光能量,分別如圖2(b)、(c)所示。對于各個光傳輸模型獲得的表面光能量,都表現(xiàn)為波長越長,對應(yīng)的表面光能量越強。這是因為在較長波長下,組織散射效應(yīng)減弱,光穿透能力增強。對比圖2(a)、(b)和(c),直觀上,DE模型在630 nm獲得的表面光能量和MC與SP3差異較明顯,而在650 nm和670 nm對應(yīng)的表面光能量較為接近。
圖2 MC、DE和SP3模型獲得的表面光能量在X-Z平面投影Fig.2 X-Z plane projection of surface luminescence fluxes obtained by the MC,DE and SP3,respectively.
為了定量分析DE和SP3模型的光傳輸誤差,采用公式(18)計算各特定光譜MC和DE(SP3)獲得的表面光能量的誤差,再利用公式(19)計算平均誤差。進而應(yīng)用光譜差分,任意兩組波長組合,利用式(18)計算各組測量波長之間的能量差異,獲得對應(yīng)的差分后的能量誤差,再利用式(19)計算出平均誤差。DE和SP3模型以及光譜差分后DE和SP3對應(yīng)的平均誤差值如圖3所示,對于DE模型,630 nm對應(yīng)的能量平均誤差較大,650 nm、670 nm對應(yīng)的能量誤差相應(yīng)減小。SP3模型在各波長對應(yīng)的能量平均誤差和DE模型呈現(xiàn)相同的變化趨勢,且各能量平均誤差值都相對DE模型減小,表明SP3模型比DE模型具有更高的傳輸精度。分別對DE模型和SP3模型獲得的表面光能量進行光譜差分,能量平均誤差相對減小,尤其對于630 nm對應(yīng)的能量平均誤差改善較為明顯,而且應(yīng)用光譜差分策略后SP3模型比DE模型獲得了更小的能量平均誤差。
圖3 MC和DE(SP3)獲得的表面光能量的平均誤差,以及MC和DE(SP3)獲得的表面光能量通過光譜差分后的平均誤差Fig.3 Average errors of surface light energy obtained by MC and DE(SP3)and the average errors after applying the spectral differential
為了進一步驗證前向仿真實驗的結(jié)果,由公式(20)計算了MC和DE(SP3)在同一波長下獲得的表面光能量的余弦相似度,如圖4所示,余弦相似度越接近1,表明能量值越接近。由圖4可以看出,SP3模型的余弦相似度大于DE模型。進而通過MC與DE(SP3)獲得的各波長的能量差計算余弦相似度,從圖4可以看出,光譜差分后DE和SP3對應(yīng)的余弦相似度顯著增加。計算各個特定光譜和光譜差分對應(yīng)的余弦相似度的平均值和方差,DE和SP3模型對應(yīng)的三組波長余弦相似度的平均值和方差分別為0.985 8±0.006 0和0.988 1±0.003 0,任意兩組波長組合光譜差分后DE和SP3模型對應(yīng)的余弦相似度的平均值和方差分別為0.989 3±6.127 6e-04和0.990 8±1.042 7e-04。表明光譜差分能夠有效減小DE模型的傳輸誤差,使其接近SP3模型的傳輸精度,并且對SP3模型應(yīng)用光譜差分能夠獲得更高的傳輸精度。
圖4 MC和DE(SP3)獲得的表面光能量的余弦相似度,以及通過MC與DE(SP3)獲得的各波長的能量差計算的余弦相似度Fig.4 Cosine similarity of surface light energy obtained by MC and DE(SP3)and the cosine similarity calculated by the difference of energy between each measured wavelength obtained by MC and DE(SP3)
進而對各方法的運算效率進行論證,在獲得各波長DE和SP3模型對應(yīng)的表面光能量的同時記錄下了其所耗時間,DE模型在630 nm、650 nm和670 nm波長下耗時分別為:212.90 s、208.41 s和211.73 s,而SP3模型在三個波長耗時分別為:992.55 s、990.35s和994.26 s,DE模型耗時遠低于SP3。對三組波長對應(yīng)的表面光能量進行光譜差分,DE模型的光能量差分總耗時為0.031 s,SP3模型的光能量差分總耗時為0.030 s。即采用DE模型獲得三組波長的光能量并進行光譜差分,總耗時仍低于SP3模型獲得一組波長光能量的耗時。
為了驗證光譜差分策略在光源重建中的可行性與適用性,進行逆向光源重建實驗。采用MC方法模擬 的630 nm、650 nm和670 nm波長的表面光能量作為測量的表面數(shù)據(jù)。分別對DE和SP3模型獲得的三組波長對應(yīng)的系統(tǒng)矩陣進行光譜差分,獲得式(16)的表達,采用ISTA方法重建,并將MC獲得的630 nm波長的表面光能量分別采用DE和SP3模型進行光源重建作為對比。
圖5 光源重建實驗結(jié)果Fig.5 Experimental results of source reconstruction
DE和SP3模型在630 nm對應(yīng)的重建結(jié)果分別如圖5(a)和(b)所示,采用光譜差分策略的DE(DE-spectral differential)、SP3方 法(SP3-spectral differential)對應(yīng)的重建結(jié)果分別如圖5(c)和(d)所示。三維視圖中的紅色球體表示真實光源的實際位置,綠色不規(guī)則形狀為重建光源。相應(yīng)的矢狀面、冠狀面和橫切面根據(jù)真實光源的中心位置來確定,截面圖中的紅色圓圈代表真實光源的位置。圖5(a)、(b)中重建光源距離真實光源有一定的偏離,且由于重建光源位置比真實光源偏上,在Z=14.8 mm橫切面圖中觀測不到重建光源信息。圖5(c)、(d)中DE-spectral differential和SP3-spectral differential方法都能夠較為準(zhǔn)確地定位真實光源,然而,相比于DE-spectral differential方法,SP3-spectral differential方法 的重建 光源與真實光源重疊更好。
表2中的評價指標(biāo)定量分析驗證了圖5中的結(jié)論,DE和SP3模型在630 nm對應(yīng)的重建結(jié)果LE均大于1 mm,且Dice較小。這和前向仿真實驗中,在630 nm波長DE和SP3模型獲得的表面光能量和MC的誤差較明顯的結(jié)論一致。DEspectral differential方法獲得的LE小于1 mm,且Dice和CNR值相對增大,提高了光源重建的準(zhǔn)確性。而SP3-spectral differential方法重建光源的LE最?。?.724 mm),Dice和CNR值最大,在目標(biāo)定位、形狀恢復(fù)和圖像對比度等方面有更好的效果。這是由于光譜差分策略在光源重建過程中,有效減少了DE和SP3模型的光傳輸誤差,提高了模型精度,并且緩解了BLT逆問題的病態(tài)性,使光源重建的位置誤差小于1 mm,獲得了更準(zhǔn)確的重建精度。
表2 光源重建實驗的定量結(jié)果Tab.2 Quantitative results in source reconstruction experiment
此 外,DE模型 獲 得630 nm、650 nm和670 nm波長對應(yīng)的系統(tǒng)矩陣耗時分別為33.61 s、33.66 s和34.81 s,SP3模型獲得三組波長對應(yīng)的系統(tǒng)矩陣耗時分別為:1 530.68 s、1 520.63 s和1 522.52 s,DE模型構(gòu)建系統(tǒng)矩陣耗時遠低于SP3。對三組波長對應(yīng)的系統(tǒng)矩陣以及表面光能量進行光譜差分,獲得式(16)中差分的系統(tǒng)矩陣和差分的表面光能量,DE模型差分總耗時為0.401 s,SP3模型差分總耗時為0.414 s。即采用DE模型獲得三組波長的系統(tǒng)矩陣,并對系統(tǒng)矩陣和表面光能量進行光譜差分,總耗時仍低于SP3模型獲得一組波長數(shù)據(jù)的耗時。
在BLT研究中,高階光傳輸模型可提高光在生物組織中的傳輸精度,多光譜方法可降低逆問題病態(tài)性,從不同角度提升光源信息的重建精度。在此基礎(chǔ)上,本文對DE和SP3光傳輸模型獲得的表面光能量進行光譜差分,對比了光譜差分策略對兩種光傳輸誤差的衰減作用,前向仿真實驗結(jié)果表明光譜差分策略能有效地減少DE和SP3的模型誤差,對DE模型采用光譜差分,能夠獲得接近SP3模型的傳輸精度,并且降低高階近似對運算時間和存儲空間的高要求。進而將光譜差分策略分別應(yīng)用到DE和SP3光傳輸模型進行光源重建,實驗結(jié)果表明光譜差分策略在提高兩種光傳輸模型精度的同時,緩解了BLT中逆問題的病態(tài)性,使光源重建在目標(biāo)定位、形狀恢復(fù)和圖像對比度等方面具有更準(zhǔn)確的效果。其中DE模型結(jié)合光譜差分策略,在重建精度和速率上達到了較好的平衡。