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        DNA歷險(xiǎn)記
        ——氧化損傷篇

        2022-10-20 02:33:48關(guān)喆宋紅杰劉睿
        大學(xué)化學(xué) 2022年9期
        關(guān)鍵詞:生物檢測(cè)

        關(guān)喆,宋紅杰,劉睿

        四川大學(xué)化學(xué)學(xué)院,成都 610064

        DNA是由脫氧核糖核苷酸為單體組成的生物大分子,而脫氧核糖核苷酸則由脫氧核糖、磷酸和堿基構(gòu)成。其中正常的堿基有4種,分別為腺嘌呤(A)、鳥嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C),4種堿基的結(jié)構(gòu)如圖1所示。在DNA反向平行的雙螺旋結(jié)構(gòu)中,堿基間通過氫鍵進(jìn)行互補(bǔ)配對(duì),位于雙螺旋的內(nèi)側(cè);磷酸和脫氧核糖通過磷酸二酯鍵相連,位于雙螺旋的外側(cè),構(gòu)成了DNA的骨架。DNA嚴(yán)格的堿基互補(bǔ)配對(duì)原則以及精巧的雙螺旋結(jié)構(gòu)保障著遺傳信息的傳遞和表達(dá)。

        圖1 DNA中正常堿基的結(jié)構(gòu)

        但DNA結(jié)構(gòu)的完整性受到外界環(huán)境因素和機(jī)體內(nèi)在因素的影響,在某些不利因素發(fā)生時(shí),DNA結(jié)構(gòu)很容易被破壞。據(jù)統(tǒng)計(jì)每個(gè)細(xì)胞內(nèi)的DNA在24小時(shí)內(nèi)會(huì)發(fā)生10000次損傷[1]。盡管機(jī)體存在著DNA損傷修復(fù)機(jī)制,降低了損傷DNA對(duì)機(jī)體生命活動(dòng)的影響,但如果損傷未被修復(fù),在機(jī)體內(nèi)累積起來,便有可能導(dǎo)致基因突變、細(xì)胞死亡,引發(fā)癌癥、個(gè)體衰老等疾病[2,3]。肝癌即是由乙、丙型肝炎病毒(HBV, HCV)、黃曲霉毒素B1 (AFBl)、亞硝胺等因素誘導(dǎo)肝細(xì)胞DNA發(fā)生損傷并直接或間接影響損傷修復(fù)系統(tǒng)而造成的[4]。

        我們生存在一個(gè)富氧的環(huán)境中,人和動(dòng)物的各種生命活動(dòng)都離不開氧氣的參與。但與此同時(shí),氧活潑的化學(xué)性質(zhì)也常導(dǎo)致生物大分子發(fā)生損傷,DNA也包括在內(nèi)。在眾多的DNA氧化損傷產(chǎn)物中,8-羥基脫氧鳥苷(8-OHdG)因其特殊的化學(xué)性質(zhì),往往被認(rèn)為是DNA氧化損傷的生物標(biāo)志物[5]。DNA小核最近就遭遇了活性氧的攻擊,它的一個(gè)鳥嘌呤堿基被氧化修飾……

        1 不速之客ROS搶奪電子致DNA氧化受損

        小核是一條DNA,有一天,它正在細(xì)胞內(nèi)認(rèn)真地完成自己的工作,但是來了一名不速之客。只見那名不速之客對(duì)小核的一個(gè)鳥嘌呤堿基的第8位碳原子進(jìn)行了猛烈攻擊,隨后以羥基的形式結(jié)合在8位碳原子上[5],整個(gè)過程如圖2所示。小核的這個(gè)鳥嘌呤被修飾成了8-羥基鳥嘌呤,8-羥基脫氧鳥苷也由此生成。由于不速之客的攻擊太過突然,當(dāng)小核反應(yīng)過來時(shí)只覺得自己身體的空間結(jié)構(gòu)發(fā)生了改變[5],它感受到了陣陣的難受和絲絲的恐懼。

        圖2 8-OHdG的形成

        這個(gè)不速之客即是活性氧(reactive oxygen species, ROS),DNA氧化損傷就是由活性氧自由基如羥基自由基(·OH)、超氧陰離子自由基·O2-等對(duì)DNA分子結(jié)構(gòu)的攻擊引起的[1,6]。ROS是生物體各種代謝過程的正常產(chǎn)物,一般情況下,機(jī)體的氧化系統(tǒng)與抗氧化系統(tǒng)之間保持著動(dòng)態(tài)平衡[1,5]。但當(dāng)機(jī)體受到內(nèi)部或外界環(huán)境的刺激(內(nèi)源性因素如氧化劑的過度生成,外源性因素如吸煙、紫外線輻射等),這種平衡被打破,過量產(chǎn)生的ROS就可能直接或在細(xì)胞內(nèi)經(jīng)金屬催化轉(zhuǎn)化后攻擊機(jī)體內(nèi)的脂質(zhì)、蛋白質(zhì)、核酸等生物分子,最終導(dǎo)致生物分子氧化受損[1,5,6]。

        ROS導(dǎo)致的DNA氧化損傷類型有很多種,包括DNA鏈斷裂、堿基修飾、堿性位點(diǎn)和DNA蛋白質(zhì)交聯(lián)等[7]。在眾多的活性氧自由基中,羥基自由基(·OH)是造成生物分子氧化受損最活潑的自由基,其在細(xì)胞有氧代謝過程中通過Fenton反應(yīng)生成[8],其化學(xué)反應(yīng)式為Fe2++ H2O2→ Fe3++ ·OH + OH-。由于鳥嘌呤的氧化電位最低,分子軌道能級(jí)較高,很容易受到·OH的攻擊而形成加合物[5]。小核所遭遇的這次損傷即是·OH攻擊鳥嘌呤的第8位碳原子生成C8-OH加合物自由基,而后自由基的一個(gè)電子被氧化生成的。除了生成8-羥基鳥嘌呤,C8-OH加合物自由基的電子也可能被還原生成甲酰氨基嘧啶[8,9],其反應(yīng)機(jī)制如圖3所示。

        圖3 鳥嘌呤與·OH的反應(yīng)機(jī)理[8,9]

        2 酶醫(yī)生各司其職全力搶救

        DNA Damage Hospital的酶醫(yī)生感受到了事故的發(fā)生,連忙對(duì)小核進(jìn)行治療。它們各司其職,有條不紊。首先上手術(shù)臺(tái)的醫(yī)生是DNA糖基化酶(OGG1),它準(zhǔn)確地識(shí)別了被修飾的鳥嘌呤在小核身體中的位置。隨后,它將N-糖苷鍵水解,使得損傷堿基8-羥基鳥嘌呤從小核身體中移除,在損傷處產(chǎn)生無堿基位點(diǎn)(AP位點(diǎn))。就此,DNA糖基化酶的工作完成,醫(yī)生AP核酸內(nèi)切酶(APE1)開始工作。它負(fù)責(zé)剪切AP位點(diǎn)處的磷酸二酯鍵,為堿基的進(jìn)一步修復(fù)做準(zhǔn)備。之后,醫(yī)生DNA聚合酶(DNA pol)和DNA連接酶(DNA ligase)合作在DNA鏈空缺處補(bǔ)上正常的鳥嘌呤[6,10,11]。手術(shù)順利完成,小核的損傷被修復(fù),手術(shù)過程如圖4所示。

        圖4 堿基切除修復(fù)過程

        生物體存在著DNA損傷修復(fù)機(jī)制,可以對(duì)DNA的各類損傷進(jìn)行修復(fù)。修復(fù)過程中的酶就好比是醫(yī)生,不同的酶可以對(duì)DNA不同的損傷進(jìn)行診斷和治療。在DNA損傷應(yīng)答中,酶醫(yī)生主要通過堿基切除修復(fù)(BER)途徑對(duì)堿基修飾損傷進(jìn)行診斷和治療,即小核被醫(yī)治的過程。

        該途徑所涉及酶的種類是多樣且復(fù)雜的。DNA糖基化酶就有很多種類型,在不同的生物當(dāng)中也有所差異,原核生物中針對(duì)8-OHdG的糖基化酶主要為甲酰胺嘧啶DNA糖基化酶(Fpg,也稱MutM),真核生物中主要為8-羥基鳥嘌呤-DNA糖基酶(OGG1)。一些糖基化酶還具有AP裂解酶活性,可以使DNA鏈斷裂。DNA聚合酶和DNA連接酶的不同種類會(huì)導(dǎo)致BER途徑所經(jīng)歷步驟的多少有所差異[10,12,13]。

        3 分析方法各顯神通檢測(cè)8-羥基脫氧鳥苷

        DNA小核在酶醫(yī)生的救治下恢復(fù)了健康。醫(yī)生對(duì)小核說,現(xiàn)實(shí)狀況下,由于我們生存環(huán)境的復(fù)雜性以及酶醫(yī)生工作效率的有限性,并不是所有的DNA損傷都能夠得到修復(fù)。你所受到的損傷是很典型的,8-羥基鳥嘌呤無法特異性與胞嘧啶配對(duì),而同時(shí)具有與A、T、C配對(duì)的能力[5]。假如我們沒有及時(shí)發(fā)現(xiàn)你的病情并開展有效的治療,8-OHdG在DNA復(fù)制過程中與其他堿基錯(cuò)配,便可能導(dǎo)致突變的發(fā)生。我們DNA Damage Hospital的醫(yī)生曾經(jīng)遇到過8-羥基鳥嘌呤與腺嘌呤A錯(cuò)配而導(dǎo)致G : C →T : A突變的病例,但這種突變被治愈的過程很漫長(zhǎng),甚至無法被治愈[5]。8-OHdG的不斷積累還會(huì)促進(jìn)DNA氧化損傷的發(fā)生,使得某些基因發(fā)生突變,從而導(dǎo)致我們賴以生存的細(xì)胞家園衰老死亡,甚至引發(fā)我們身體主人患上癌癥等嚴(yán)重的疾病[1]。小核在聽完酶醫(yī)生的話后,感覺自己十分幸運(yùn),但也開始擔(dān)憂起自己身體的未來……

        DNA損傷的產(chǎn)生和積累可能會(huì)引發(fā)各種疾病的產(chǎn)生,準(zhǔn)確測(cè)量DNA損傷的含量對(duì)于發(fā)現(xiàn)潛在的疾病、早期臨床診斷和治療監(jiān)測(cè)至關(guān)重要。8-OHdG在生物體內(nèi)具有較為穩(wěn)定的化學(xué)性質(zhì),不會(huì)被進(jìn)一步代謝,可以作為DNA氧化損傷的生物標(biāo)志物,對(duì)其進(jìn)行定量檢測(cè)可以反映DNA氧化損傷程度以及細(xì)胞對(duì)DNA氧化損傷的修復(fù)能力[1,5,6]。

        8-OHdG的定量分析方法有很多種,其中利用色譜和檢測(cè)器串聯(lián)的檢測(cè)方法被報(bào)道的較多,如高效液相色譜-電化學(xué)法(HPLC-ECD)、氣質(zhì)聯(lián)用分析法(GC-MS)、超高效液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜法等。其檢測(cè)原理如圖5所示,將待測(cè)樣品用DNA酶水解或其他方式預(yù)處理后,利用色譜將8-OHdG與其他干擾物質(zhì)分離,再利用檢測(cè)器對(duì)8-OHdG進(jìn)行定量檢測(cè)[14,15]。

        圖5 色譜與檢測(cè)器串聯(lián)定量分析原理

        此外,應(yīng)用較多的還有酶聯(lián)免疫吸附法(ELISA法)、32P后標(biāo)記法和PY共振光散射法等。ELISA是利用抗體與酶復(fù)合物結(jié)合,通過顯色來檢測(cè)抗體或抗原的方法。其基本原理如圖6所示,8-OHdG固相抗原與樣品中的8-OHdG競(jìng)爭(zhēng)一定量的8-OHdG特異性單克隆抗體,再用特異性酶聯(lián)抗體標(biāo)記與固相抗原結(jié)合的特異性單克隆抗體,加入底物顯色后,測(cè)定光密度值,通過計(jì)算與固相抗原結(jié)合的特異性單克隆抗體含量來間接計(jì)算樣品中8-OHdG的含量[16]。32P后標(biāo)記法將DNA鏈降解為3’單核苷酸后去磷酸化,被羥基加合的單磷酸核苷可以抵抗去磷酸化作用,使得[γ-32P]ATP的磷酸基團(tuán)可以在酶的作用下轉(zhuǎn)移到加合物核苷酸上,對(duì)[γ-32P]ATP進(jìn)行檢測(cè)可以間接獲得加和物的含量[14,17]。PY共振光散射法利用吡啰紅Y陽(yáng)離子染料與8-OHdG陰離子形成離子締合物,導(dǎo)致體系的共振光散射增強(qiáng)實(shí)現(xiàn)定量檢測(cè)[18]。

        圖6 ELISA法檢測(cè)原理[19]

        不同的檢測(cè)方法各有特點(diǎn),在實(shí)際應(yīng)用中應(yīng)根據(jù)所需選擇合適的檢測(cè)方案,表1總結(jié)了常見8-OHdG檢測(cè)方法的相關(guān)參數(shù)。

        表1 常見8-OHdG檢測(cè)方法的相關(guān)參數(shù)

        4 結(jié)語(yǔ)

        小核的這次遭遇給它留下了深刻的印象,它忘不了活性氧加合在鳥嘌呤上時(shí)給它帶來的痛苦,也忘不了機(jī)智的酶醫(yī)生對(duì)它精心的照顧和治療,但也擔(dān)心自己可能隨時(shí)受到內(nèi)外界的攻擊。它在心里默默許愿:希望身體主人能夠愛護(hù)好身體,比如按時(shí)休息、不抽煙、減少接觸紫外線輻射或電離輻射等,也希望有更準(zhǔn)確、更快速、更便捷的DNA損傷檢測(cè)方法被研發(fā)出來。

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