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        基于隨機(jī)森林算法預(yù)測紅景天治療心腦血管類疾病的潛在靶點(diǎn)

        2022-10-19 02:59:38苑婕王紅旗謝麗敏葛曉靜
        海南醫(yī)學(xué) 2022年19期
        關(guān)鍵詞:紅景天心腦血管靶點(diǎn)

        苑婕,王紅旗,謝麗敏,葛曉靜

        1.中國人民解放軍聯(lián)勤保障部隊第九八八醫(yī)院第三派駐門診部,河南 鄭州 450001;2.中國人民解放軍聯(lián)勤保障部隊第九八八醫(yī)院藥劑科,河南 鄭州 450042

        被譽(yù)為“雪山仙草”、“高原人參”、“東方神草”的紅景天藥用歷史悠久,“治血病、赤巴病、瘡癤潰爛”[1]是著名藏醫(yī)經(jīng)典《四部醫(yī)典》對紅景天的記載?!渡褶r(nóng)本草經(jīng)》將其列入上經(jīng)[2]、《本草綱目》將其列為上品[3]。大花紅景天Rhodiola crenulate(Hook.f.et Thoms.)H.Ohba被2015版《中國藥典》(一部)收錄,其干燥根和根莖作為其基源藥材,功效:益氣、活血、通脈、平喘。主治胸痹心痛,氣虛血瘀,倦怠氣喘,中風(fēng)偏癱[4]。現(xiàn)代藥理學(xué)研究表明紅景天具有特殊的“適應(yīng)原”功效,不僅能抗缺氧、抗疲勞、抗輻射,還具有強(qiáng)心、抗心律失常、抗衰老、保護(hù)器官免受自由基損傷等作用[5],在治療呼吸疾病、心腦血管疾病、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、腫瘤疾病、腎臟疾病等方面均有不同功效[6-9]。

        網(wǎng)路藥理學(xué)基于系統(tǒng)生物學(xué)理論,借助計算機(jī)技術(shù),從整體角度通過解析藥物和治療對象之間的分子關(guān)聯(lián)規(guī)律來闡釋藥物作用機(jī)制和疾病機(jī)制,因與中醫(yī)藥學(xué)整體論思想異曲同工,故為發(fā)現(xiàn)中藥有效活性成分、闡釋中藥分子作用機(jī)制和解析方劑配伍規(guī)律等提供了新方法新思路[10]。本文以紅景天為研究對象,將紅景天化學(xué)成分、體內(nèi)作用靶點(diǎn)、心腦血管類相關(guān)疾病通過隨機(jī)森林算法建立了復(fù)雜網(wǎng)絡(luò),從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)角度進(jìn)行拓?fù)浣馕?,闡釋其在心腦血管類疾病治療中的分子作用機(jī)制,為紅景天的臨床應(yīng)用和開發(fā)研究提供參考,為相關(guān)疾病候選藥物研發(fā)提供思路。

        1 材料與方法

        1.1 數(shù)據(jù)集4類陽性樣本集可直接從KEGG數(shù)據(jù)庫下載,拆分再隨機(jī)組合后獲得陰性樣本集,如圖1。陰性樣本集配對原則:不包含陽性樣本集中的配對;數(shù)量為陽性樣本集兩倍。陰性、陽性樣本集合并即為本研究的數(shù)據(jù)集。藥物分子描述符使用PowerMV軟件、靶蛋白分子描述符使用ProFeat軟件分別進(jìn)行計算,得到7202維的原始數(shù)據(jù)集,通過降維、歸一化計算保證后期模型的運(yùn)行速度和精度,降維處理如圖2,歸一化處理參考公式(1)。

        圖1 獲取樣本集

        圖2 數(shù)據(jù)集降維

        1.2 模型隨機(jī)森林(random forest,RF)模型隨機(jī)森林算法穩(wěn)定性好、對異常值和噪聲容忍度高、不容易過擬合,利用集成學(xué)習(xí)思想,通過自助法(bootstrap)重采樣技術(shù),隨機(jī)生成訓(xùn)練樣本和測試樣本,一個訓(xùn)練樣本生成一棵決策樹即一個分類器,多個訓(xùn)練樣本生成多個決策樹組成隨機(jī)森林,測試樣本的分類結(jié)果按決策樹投票分?jǐn)?shù)判定[11],構(gòu)建隨機(jī)森林模型如圖3。本文采用K折交叉驗證檢驗隨機(jī)森林的分類能力和預(yù)測精度。假設(shè)可選的模型為M={M1,M2,M3,…Md},K=10,即采用10折交叉驗證,測試集為訓(xùn)練集的1/10,每個模型均進(jìn)行10次訓(xùn)練,10次測試,10次錯誤率計算平均值,最終選擇平均率最小的模型Mi。

        圖3 隨機(jī)森林模型

        2 結(jié)果

        2.1 模型優(yōu)化決策樹的個數(shù)(rtree)和節(jié)點(diǎn)分裂過程中抽取的特征個數(shù)(mtry)是隨機(jī)森林算法構(gòu)建過程中兩個重要參數(shù),需進(jìn)行優(yōu)化。本文采用網(wǎng)格搜索法優(yōu)化參數(shù)獲得最高模型交叉驗證正確率(Ac)[12],結(jié)果見表1。

        表1 本文模型的參數(shù)優(yōu)化

        2.2 紅景天作用靶點(diǎn)預(yù)測紅景天9個化學(xué)成分可從化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)(http://www.organchem.csdb.cn/scdb/)下載,與上文四種已知的靶點(diǎn)進(jìn)行組合并構(gòu)建預(yù)測集。預(yù)測集進(jìn)行同樣的降維和歸一化處理后,投入RF建立的分類預(yù)測模型。表2列出了11個與紅景天化學(xué)成分作用的體內(nèi)潛在作用靶點(diǎn),這些靶點(diǎn)出現(xiàn)頻次較高且有代表性;應(yīng)用Cytoscape_v3.8.2軟件構(gòu)建紅景天化學(xué)成分-體內(nèi)作用靶點(diǎn)-相關(guān)疾病網(wǎng)絡(luò)模型,見圖4;紅景天所含4號化合物(紅景天苷)-體內(nèi)作用靶點(diǎn)-相關(guān)疾病網(wǎng)絡(luò)模型見圖5。兩個網(wǎng)絡(luò)模型中圓形節(jié)點(diǎn)代表紅景天化學(xué)成分、正方形節(jié)點(diǎn)代表潛在作用靶點(diǎn)、矩形節(jié)點(diǎn)代表相關(guān)疾?。荒郴衔锱c潛在作用靶點(diǎn)間的鏈接關(guān)系、靶點(diǎn)與相關(guān)疾病相互關(guān)系均以邊相連代表。從圖4紅景天化學(xué)成分與靶點(diǎn)間的鏈接關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖可見,成分、靶點(diǎn)和疾病間存在復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)潢P(guān)系,分析統(tǒng)計見表3,紅景天每個成分的平均靶點(diǎn)數(shù)為19。藥物成分節(jié)點(diǎn)與作用靶點(diǎn)節(jié)點(diǎn)進(jìn)行連接,連接邊數(shù)總和即為連接度。4號成分紅景天苷是紅景天的主要有效成分,研究廣泛。本文以紅景天苷的網(wǎng)絡(luò)可視圖(圖5)舉例說明,4號成分作用于體內(nèi)17個與圖中21種疾病相關(guān)聯(lián)的靶點(diǎn)。以上網(wǎng)絡(luò)分析反應(yīng)了中藥化學(xué)成分、體內(nèi)作用靶點(diǎn)及相關(guān)疾病間的復(fù)雜作用機(jī)制。

        表2 本文預(yù)測的紅景天11個潛在作用靶點(diǎn)

        表3 9種化合物的連接度

        圖4 紅景天9個化學(xué)成分-體內(nèi)作用靶點(diǎn)-相關(guān)疾病網(wǎng)絡(luò)模型

        圖5 4號化合物(紅景天苷)-體內(nèi)作用靶點(diǎn)-相關(guān)疾病網(wǎng)絡(luò)模型

        3 討論

        3.1 文獻(xiàn)驗證本文對紅景天9種化學(xué)成分進(jìn)行了心腦血管相關(guān)疾病體內(nèi)潛在作用靶點(diǎn)的預(yù)測,接下來將對文獻(xiàn)驗證進(jìn)行報道。王小博等[1]研究發(fā)現(xiàn),紅景天及紅景天苷可改善缺氧所致腦損傷,兩者的作用機(jī)制均是通過抑制腦細(xì)胞線粒體膜轉(zhuǎn)運(yùn)孔的開放、降低細(xì)胞內(nèi)鈣離子濃度、上調(diào)Bcl-2表達(dá)以及下調(diào)胱天蛋白酶3表達(dá)等。鈉通道電流對維持腦缺血損傷后神經(jīng)元細(xì)胞膜電位起著非常重要的作用,通過實驗研究,黃媛恒等[13]發(fā)現(xiàn):使用紅景天苷進(jìn)行體外灌流,大鼠心肌細(xì)胞膜鈉通道電流的電流-電壓曲線將下移,同時電流幅值增加。黃媛恒等[13]得出結(jié)論:該作用可能與紅景天苷增加鈉通道失活電位、抑制電流失活有關(guān)。CAO等[14]發(fā)現(xiàn)紅景天苷可恢復(fù)缺氧/復(fù)氧損傷心肌細(xì)胞內(nèi)的鈉通道電流和瞬時外向鉀通道電流,并呈一定的劑量依賴性。深入研究紅景天苷具體作用的鈉通道亞型、紅景天對腦缺血后神經(jīng)元鈉通道電流的影響機(jī)制,并以此為基礎(chǔ),新的離子通道亞型抑制劑將有望被開發(fā),非選擇性鈉通道抑制劑的不良反應(yīng)將被減少。張慶光等[15]在綜述中指出,紅景天苷能通過多靶點(diǎn)、多通路有效防治心腦、肝等組織的缺血再灌注損傷。梁子亮等[16]在紅景天化學(xué)成分的潛在靶標(biāo)研究中,將紅景天活性成分與調(diào)節(jié)心肌細(xì)胞的缺氧誘導(dǎo)因子-1穩(wěn)定性相關(guān)的靶標(biāo)ARD1、PHD2、GSK3β、Hdm2、pVHL等進(jìn)行分子對接,結(jié)果為陽性,認(rèn)為其能夠結(jié)合。趙小輝[17]研究表明,紅景天苷對心臟具有保護(hù)作用,且有效改善心肌舒縮功能,有效降低心力哀竭所致的心臟損傷,是通過調(diào)節(jié)腎上腺素及去甲腎上腺素水平而發(fā)揮作用的。本文預(yù)測出的靶點(diǎn),只有鈉離子通道、鉀離子通道、腎上腺素受體在以往文獻(xiàn)中有涉及,其他靶點(diǎn)尚未得到文獻(xiàn)驗證。

        3.2 總結(jié)紅景天作為一類珍貴的天然植物藥材,藥理作用得到廣泛研究,但多集中在動物的體外與體內(nèi)作用機(jī)制的探索,分子作用機(jī)制研究尚可進(jìn)一步開展,同時研究大多為其主要成分紅景天苷,其他有效成分的作用通路還需進(jìn)一步挖掘。本文運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)思想,采用隨機(jī)森林算法建立了具有較高精度預(yù)測紅景天治療心腦血管類疾病關(guān)鍵靶標(biāo)的模型,并將紅景天9種化學(xué)成分、體內(nèi)潛在作用靶點(diǎn)及相關(guān)疾病進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)可視化,進(jìn)一步研究分析網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),同時結(jié)合文獻(xiàn)驗證關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)、潛在靶標(biāo)、相關(guān)疾病,為紅景天治療心腦血管等疾病的分子作用機(jī)制及物質(zhì)基礎(chǔ)、為紅景天活性成分及制劑的臨床應(yīng)用提供指導(dǎo)和理論依據(jù)。同時為從天然活性成分基礎(chǔ)上研發(fā)出源于中藥的創(chuàng)新藥物提供參考,為進(jìn)一步開發(fā)和利用中藥提供研究思路。

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