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        影像基因組學(xué)在預(yù)測(cè)結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移基因突變中的應(yīng)用進(jìn)展

        2022-10-08 01:29:48馬佳琪肖玲清李曉夫
        磁共振成像 2022年9期
        關(guān)鍵詞:基因組學(xué)組學(xué)基因突變

        馬佳琪,肖玲清,李曉夫*

        1 影像組學(xué)的概念及發(fā)展

        影像組學(xué)一詞最早由荷蘭學(xué)者Lambin[1]在2012 年提出,其通過對(duì)醫(yī)學(xué)圖像中的信息進(jìn)行高通量的定量提取、篩選,進(jìn)而表達(dá)腫瘤特征的異質(zhì)性。2012年11月,Kumar等[2]對(duì)影像組學(xué)的定義進(jìn)行了拓展,他們提出影像組學(xué)是指從電子計(jì)算機(jī)斷層掃描(computed tomography, CT)、正電子發(fā)射計(jì)算機(jī)斷層顯像(positron emission computed tomography, PET)或MRI等醫(yī)學(xué)影像中高通量地提取并分析大量高級(jí)且定量的影像學(xué)特征。這個(gè)理念在隨后的研究中被越來越多的學(xué)者改進(jìn)與完善。2014年,Aerts等[3]進(jìn)一步完善了影像組學(xué)方法,提出影像組學(xué)的工作流程,主要包括四個(gè)部分:圖像獲取、圖像的分割、特征提取和篩選(包括形態(tài)學(xué)特征、一階特征、二階特征、高階特征等)、數(shù)據(jù)的處理與分析并構(gòu)建預(yù)測(cè)和分類模型[4-5]。

        近年來,影像基因組學(xué)技術(shù)發(fā)展較為迅速,其將影像組學(xué)圖像信息與基因突變數(shù)據(jù)進(jìn)行整合,在指導(dǎo)腫瘤患者選擇不同治療方式、評(píng)估對(duì)化療和/或放療治療的敏感性、預(yù)測(cè)患者潛在耐藥性等方面顯示出極大的潛力[6-7],對(duì)不同患者分類治療,提高患者的遠(yuǎn)期生存率[8]。將影像組學(xué)和影像基因組學(xué)應(yīng)用于結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移(colorectal liver metastasis, CRLM)已成為近年來研究的熱點(diǎn)。

        2 影像基因組學(xué)在預(yù)測(cè)CRLM基因突變中的進(jìn)展

        肝臟是結(jié)直腸癌(colorectal cancer, CRC)最常見的轉(zhuǎn)移器官[9]。15%~25%的CRC 患者在就診時(shí)就伴隨同步肝轉(zhuǎn)移[10]。CRC的發(fā)生、發(fā)展是許多因素共同作用的結(jié)果,除了外界因素的影響,CRC 的發(fā)生還與諸多基因突變有關(guān),研究表明:APC、c-myc、RAS(KRAS 和NRAS)、p53、p16、DCC、MCC、DPC4、BRAF等基因均參與大腸黏膜上皮癌變。其中,KRAS基因突變?cè)贑RC患者中的發(fā)生率為35%~45%,BRAF 基因突變發(fā)生率為4.7%~8.7%,而BRAF 基因中的V600E 位點(diǎn)的突變幾乎占BRAF 基因突變的80%[11-13]。RAS和BRAF基因同時(shí)存在突變時(shí)會(huì)產(chǎn)生更為嚴(yán)重的不良預(yù)后,此類患者會(huì)在確診之后的一年內(nèi)死亡[14-15]。因此,準(zhǔn)確識(shí)別此類患者的基因狀態(tài)顯得尤為重要。

        近年來,影像組學(xué)在預(yù)測(cè)CRLM 基因突變中得到快速發(fā)展。影像組學(xué)特征聯(lián)合基因突變信息、患者臨床信息,可以更全面、準(zhǔn)確地評(píng)估患者病情,進(jìn)一步提高診斷效能。然而,預(yù)測(cè)驅(qū)動(dòng)基因的突變狀態(tài)需要對(duì)獲取的樣本進(jìn)行分析,傳統(tǒng)的方法是從術(shù)中或者活檢中獲取樣本進(jìn)行病理學(xué)分析,這種方法有創(chuàng),還會(huì)受到多種因素的影響,比如腫瘤異質(zhì)性、基因突變狀態(tài)的不一致性、腫瘤組織的無效性以及樣本量不足等[14]。與傳統(tǒng)的方法相比,基于MRI 的影像組學(xué)預(yù)測(cè)基因突變狀態(tài)并且針對(duì)多中心的不同腫瘤提供了臨床決策和額外的信息,這種方法可以提高M(jìn)RI 在CRC 診斷中的價(jià)值并且可以更好地發(fā)現(xiàn)腫瘤分子表型的潛在差異[16]。利用影像組學(xué)預(yù)測(cè)CRLM基因突變可以避免由腸道蠕動(dòng)導(dǎo)致的CRC 基因突變的偏差和低重復(fù)性,同時(shí)能確?;驙顟B(tài)的高度一致性[4,17-19]。Kawada等[20]研究發(fā)現(xiàn)基于PET/CT 的影像組學(xué)特征可以預(yù)測(cè)CRLM 患者的基因突變狀態(tài),當(dāng)最大標(biāo)準(zhǔn)攝取值(maximum standard uptake value, SUVmax)截止值為13 或14 時(shí),預(yù)測(cè)KRAS/BRAF 基因突變狀態(tài)的敏感度、特異度、準(zhǔn)確率分別為74%、75%、75%。Granata 等[21]研究發(fā)現(xiàn)擴(kuò)散峰度成像(diffusion kurtosis imaging, DKI)-MRI 衍生的參數(shù)平均擴(kuò)散峰度的標(biāo)準(zhǔn)差值(the standard deviation value of mean of diffusional kurtosis, MK STD)可以預(yù)測(cè)CRLM 患者的RAS 基因突變,其敏感度、特異度、準(zhǔn)確性分別為72%、85%、79%。Gültekin等[22]研究發(fā)現(xiàn)與野生型KRAS 基因相比,伴有KRAS 基因突變的CRLM患者有更低的表觀擴(kuò)散系數(shù)(apparent diffusion coefficient,ADC)和ADC 平均值。Granata 等[8]將K-鄰近算法與預(yù)測(cè)因子相結(jié)合去推斷RAS 基因突變,其敏感度、特異度、準(zhǔn)確性分別為90%、67.8%、76.9%。Mao等[23]研究表明,與野生型KRAS相比,伴有KRAS 基因突變的CRLM 有更高的ΔSUVmax和滯留指數(shù)[retention index,RI(%)],SUV值可以預(yù)測(cè)CRLM 患者存在KRAS突變狀態(tài)。Chen 等[24]發(fā)現(xiàn)在CRC 患者中TP53 和KRAS 突變與SUVmax和腫瘤最大攝取寬度的40%升高有關(guān),進(jìn)一步研究表明灰度共生矩陣對(duì)比度的增加與KRAS 突變之間存在相關(guān)性,TP53 突變與灰度運(yùn)行長(zhǎng)度矩陣中的低灰度強(qiáng)度值增加有關(guān),而APC 突變與灰度級(jí)區(qū)域長(zhǎng)度矩陣中的低灰度級(jí)區(qū)域強(qiáng)度值相關(guān)[25]。Oh等[26]發(fā)現(xiàn)與野生組相比,KRAS 突變組梯度濾波值和平均(和標(biāo)準(zhǔn)差)偏度顯著升高,中等質(zhì)地紋理特征的標(biāo)準(zhǔn)偏差較高,能夠區(qū)分突變型KRAS 和野生型KRAS。Shin 等[27]發(fā)現(xiàn),基線直腸MRI 檢查時(shí),腫瘤軸向與縱向長(zhǎng)度之比越大,KRAS 發(fā)生突變的幾率就越高,兩者之間呈顯著正相關(guān)。Xu等[28]研究表明,與KRAS 野生型組相比,KRAS 突變組的六種紋理特征(均值、方差、偏度、熵、灰度不均勻性、游程長(zhǎng)度不均勻性)的平均值顯著高于KRAS 野生型組。來自強(qiáng)度直方圖的特征,包括熵、標(biāo)準(zhǔn)差和偏度,與CRLM患者的KRAS突變和腫瘤分級(jí)相關(guān)[29]。以上研究均表明,影像組學(xué)特征在預(yù)測(cè)CRLM 的基因突變程度方面具有廣闊的研究前景,非侵入性獲取的腫瘤基因表達(dá)信息可以彌補(bǔ)傳統(tǒng)方法的不足,從而幫助臨床醫(yī)師對(duì)不同基因突變患者進(jìn)行分類管理,為精準(zhǔn)治療提供支持與幫助,使患者獲得更好的生存預(yù)后。

        3 影像基因組學(xué)預(yù)測(cè)CRLM患者的預(yù)后

        CRLM患者基因突變狀態(tài)與患者的預(yù)后和遠(yuǎn)期生存密切相關(guān)。Modest等[30]和Souglakos等[31]研究表明,與野生型KRAS相比,伴有KRAS基因突變的CRLM患者有更為不良的無進(jìn)展生存期(progression free survival, PFS)和總體生存率,BRAF和PK3CA基因突變也與更短的PFS和總體生存率相關(guān)。Deng等[32]研究表明伴有KRAS或者BRAF基因突變的晚期CRC患者有更短的無復(fù)發(fā)生存期(recurrence free survival, RFS)、無疾病生存期(disease free survival, DFS)[32]和復(fù)發(fā)后生存期(survival after recurrence, SAR)[33]。Margonis等[34]研究發(fā)現(xiàn)與KRAS 基因突變相比,BRAF V600E 突變與總體生存率和DFS有更強(qiáng)的相關(guān)性。

        不同影像學(xué)標(biāo)志物在CRLM 患者中的預(yù)測(cè)作用不同。對(duì)比增強(qiáng)CT(contrast-enhanced CT, CE-CT)影像組學(xué)分析可區(qū)分高級(jí)別和低級(jí)別CRC[35]。Badic等[36]研究表明,CRC中的平坦度、總熵、來自灰度級(jí)共生矩陣的熵(entropy of gray level co-occurrence matrix, GLCME)、灰度不均勻性等放射組學(xué)特征,聯(lián)合ABCC2 mRNA 水平、Ⅲ期腫瘤和淋巴結(jié)狀態(tài),在Cox 單變量分析中與PFS 顯著相關(guān);在多變量分析中,Ⅲ期腫瘤、ABCC2 mRNA 水平和GLCM E 是PFS 的獨(dú)立預(yù)后因素;而3D 表面積/體積比、平面度、逆差力矩、逆差等放射組學(xué)特征聯(lián)合ALDH1A1過表達(dá)可以作為總體生存率的預(yù)測(cè)因素,進(jìn)一步的多變量分析表明,3D 表面積/體積比和ALDH1A1 是CRC 的獨(dú)立預(yù)后因素。Granata等[8]研究表明CE-MRI組學(xué)特征與K-鄰近算法相結(jié)合可以預(yù)測(cè)RAS基因的突變狀態(tài),對(duì)患者進(jìn)行預(yù)后危險(xiǎn)分層。通過影像組學(xué)對(duì)于不同患者的預(yù)后程度進(jìn)行預(yù)測(cè),可以發(fā)現(xiàn)不同患者的組學(xué)特征存在差異,證明了其在預(yù)測(cè)預(yù)后方面具有明顯優(yōu)勢(shì)。由于患者的隨訪調(diào)查過程較長(zhǎng),組學(xué)技術(shù)在此過程中不斷進(jìn)步與完善,組學(xué)特征的提取方法和技術(shù)可能較之前有細(xì)微差別,也會(huì)對(duì)最終的結(jié)果產(chǎn)生難以避免的影響。

        4 影像基因組學(xué)預(yù)測(cè)CRLM治療敏感性

        早期發(fā)現(xiàn)肝臟轉(zhuǎn)移灶并選擇合適的治療方法是改善CRLM遠(yuǎn)期預(yù)后和總體生存率的關(guān)鍵。Starmans 等[37]研究表明,CT影像組學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)特征可以預(yù)測(cè)CRLM 的腫瘤生長(zhǎng)模式。CT影像組學(xué)特征可以表達(dá)CRLM患者肝轉(zhuǎn)移灶的腫瘤異質(zhì)性,可能有助于判斷治療前肝損害的分級(jí)[38],根據(jù)肝損害程度的不同選擇合適的治療方法。CRLM 的治療方式包括化療、靶向治療、免疫治療、外科手術(shù)等。約20%~30%的CRLM 患者可以進(jìn)行R0 期切除,超過80%的CRLM 患者無法行根治性手術(shù)治療,此類患者的5 年存活率接近于零[9]。對(duì)無法手術(shù)切除的CRLM,有必要檢測(cè)患者KRAS基因、NARS基因及BRAF基因狀況。利用影像組學(xué)的方法可以無創(chuàng)地檢測(cè)基因狀態(tài),針對(duì)不同的基因狀態(tài)選擇對(duì)該基因治療敏感的方案,從而改善患者的預(yù)后效果。這就說明了影像組學(xué)在評(píng)價(jià)CRC 基因突變層面具有較廣闊的應(yīng)用前景。

        在預(yù)測(cè)治療敏感性方面,不同的影像組學(xué)特征具有不同的預(yù)測(cè)能力,比如,RAS基因突變可以預(yù)測(cè)患者對(duì)抗表皮生長(zhǎng)因子受體(epidermal growth factor receptor, EGFR)療法的耐藥性,在CRLM患者中高頻微衛(wèi)星不穩(wěn)定性可以指導(dǎo)免疫療法,使高頻微衛(wèi)星不穩(wěn)定型CRLM 患者從中獲益[39-40]。Dercle 等[41]回顧性分析了667例CRLM患者病例,比較了氟尿嘧啶,亞葉酸和伊立替康(5-fluorouracil leucovorin and irinotecan,FOLFIRI)加西妥昔單抗治療組與單獨(dú)FOLFIRI 治療組。使用隨機(jī)森林算法建立的四個(gè)放射組學(xué)特征模型(包括腫瘤的形狀、體積、對(duì)數(shù)熵、灰度差異矩陣對(duì)比度)用于預(yù)測(cè)抗EGFR 療法治療CRLM患者的敏感性,結(jié)果顯示影像組學(xué)特征在檢測(cè)治療敏感性方面優(yōu)于現(xiàn)有的生物標(biāo)志物。腫瘤形狀和邊界銳度特征與總體生存率密切相關(guān),同時(shí)發(fā)現(xiàn)影像組學(xué)特征可以作為總體生存率的過渡替代標(biāo)志物并且被用來指導(dǎo)西妥昔單抗的持續(xù)治療決策。單克隆抗體藥物可以顯著提高CRC患者的預(yù)后,一些研究表明CRLM患者KRAS和NRAS基因突變與抗EGFR療法的耐藥性相關(guān),而BRAF基因突變對(duì)EGFR療法只產(chǎn)生輕微耐藥性[42]。位于右半結(jié)腸的CRC 比左半結(jié)腸更容易發(fā)生BRAF 基因突變,這就導(dǎo)致發(fā)生在右半結(jié)腸的CRC更容易對(duì)抗EGFR療法產(chǎn)生耐藥性,具有不良預(yù)后[43-44]。Giannini等[45]研究發(fā)現(xiàn)差異方差和腫瘤的異質(zhì)性可以評(píng)估CRLM患者對(duì)HER2藥物治療的敏感性。對(duì)CRLM患者的基因突變狀態(tài)進(jìn)行分析、根據(jù)KRAS基因突變狀態(tài)指導(dǎo)治療,同時(shí)也能鑒別出哪些患者可以從肝臟切除術(shù)中獲益更多[46]。影像組學(xué)特征可以預(yù)測(cè)CRLM患者的基因突變狀態(tài),而基因突變狀態(tài)的改變可以預(yù)測(cè)患者對(duì)藥物治療的敏感性,兩者結(jié)合可以為臨床提供幫助。以上研究結(jié)果均表明影像組學(xué)在預(yù)測(cè)藥物治療CRLM的敏感性方面具有廣闊的發(fā)展前景。然而,藥物作用需要一定的時(shí)間和過程,在此過程中基因狀態(tài)的改變是否受其他外在因素的影響尚未可知。

        5 小結(jié)與展望

        影像組學(xué)作為一個(gè)多學(xué)科交叉的新興領(lǐng)域,將影像組學(xué)特征與基因組學(xué)信息結(jié)合指導(dǎo)CRLM 患者臨床精準(zhǔn)治療,具有廣闊的應(yīng)用前景。然而,影像組學(xué)和影像基因組學(xué)目前還處于初級(jí)發(fā)展階段,缺乏標(biāo)準(zhǔn)化定義和有效參考值,仍存在許多局限和不足之處。第一,由于圖像提取技術(shù)、不同機(jī)器掃描參數(shù)和重建參數(shù)等差異導(dǎo)致影像組學(xué)相關(guān)研究的重復(fù)性較低。第二,利用不同的圖像轉(zhuǎn)換技術(shù)或特征選擇方法對(duì)同一組影像組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析時(shí),可能會(huì)產(chǎn)生不同的結(jié)果。第三,對(duì)于感興趣區(qū)的選擇以及勾畫上,大部分研究還是通過人為手動(dòng)完成,這不僅大大增加醫(yī)生的工作量,同時(shí)也存在一定的主觀性,影響后續(xù)的模型建立,從而導(dǎo)致研究結(jié)果的低重復(fù)性和相似性。第四,目前的研究還存在樣本量過小,以及多為單中心研究等問題。第五,對(duì)同一影像圖像進(jìn)行處理時(shí),不同的軟件之間也會(huì)有不同的參數(shù)選擇,這是因?yàn)橛跋窠M學(xué)目前還缺乏標(biāo)準(zhǔn)化定義和有效參考值。

        綜上,影像組學(xué)技術(shù)可以預(yù)測(cè)CRLM 基因突變,結(jié)合基因組學(xué)信息,在CRLM 的診斷、預(yù)測(cè)預(yù)后、預(yù)測(cè)治療敏感性以及指導(dǎo)治療、改善患者的遠(yuǎn)期預(yù)后和總體生存率等方面已經(jīng)顯示出巨大潛力。在未來的研究中,有待進(jìn)行大樣本量、多中心以及多變量的深入研究,將更多的影像組學(xué)研究與腫瘤基因突變信息、臨床信息相結(jié)合,提高影像組學(xué)在臨床上的應(yīng)用率,使影像組學(xué)在CRLM患者的診療方面發(fā)揮出獨(dú)有優(yōu)勢(shì)。

        作者利益沖突聲明:全部作者均聲明無利益沖突。

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