趙雪瑩, 李夢欣, 盧大儒, 喬守怡, 皮 妍
(復(fù)旦大學(xué) a.生物科學(xué)國家級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心;b.生命科學(xué)學(xué)院,上海 200433)
隨著現(xiàn)代生物技術(shù)的飛速發(fā)展,基因科學(xué)越來越廣泛而深入地影響了人類的生活與健康,帶來了社會對生命科學(xué)人才培養(yǎng)的全新要求。遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)課程是生物專業(yè)本科生的必修課程之一,如何通過課程內(nèi)容的精心設(shè)計,將新技術(shù)、新方法、新思維與經(jīng)典的遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)相結(jié)合,聚焦當(dāng)今社會技術(shù)熱點(diǎn),通過新案例的學(xué)習(xí)拓展學(xué)生的知識面,開啟學(xué)生的創(chuàng)新思維,培養(yǎng)學(xué)生從生活中發(fā)現(xiàn)問題、分析問題、解決問題的能力和理論聯(lián)系實(shí)際的能力,值得每一名教學(xué)工作者深入思考和探究。
傳統(tǒng)的分子遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)課程通常以經(jīng)典的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase chain reaction,PCR)實(shí)驗(yàn)作為典型教學(xué)案例,傳授學(xué)生現(xiàn)代生物技術(shù)的基礎(chǔ)知識及基本原理。近年來基因技術(shù)迅猛發(fā)展,PCR技術(shù)在原有基礎(chǔ)上獲得了極大拓展和延伸。其中,等溫擴(kuò)增技術(shù)因其特異性強(qiáng)、靈敏度高、操作簡便、耗時短、場地及設(shè)備要求低等特點(diǎn)[1,2],較之PCR技術(shù)在實(shí)際應(yīng)用中具有極大的優(yōu)勢。研究人員將其與經(jīng)典的微流控芯片技術(shù)相結(jié)合,開發(fā)出核酸現(xiàn)場快速檢驗(yàn)方法,已廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)基因材料鑒定、病原微生物的快速檢測等方向,成為生物技術(shù)造福于人類生活的經(jīng)典案例[1-4]。
在近年的遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)課程教學(xué)中,筆者選取轉(zhuǎn)基因材料鑒定這一社會熱點(diǎn)問題,設(shè)計以基于環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技術(shù)的微流控芯片核酸檢測技術(shù)快速鑒定轉(zhuǎn)基因材料實(shí)驗(yàn)作為教學(xué)案例,將等溫擴(kuò)增技術(shù)和微流控芯片核酸檢測技術(shù)引入遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué),作為經(jīng)典PCR技術(shù)的教學(xué)延伸,在拓展教學(xué)內(nèi)容的深度與廣度的同時,引導(dǎo)學(xué)生關(guān)注技術(shù)的前沿發(fā)展,激發(fā)學(xué)生探索科學(xué)的興趣,培育學(xué)生的創(chuàng)新能力和科研素質(zhì)。
LAMP技術(shù)是一種新型的核酸擴(kuò)增方法,其基本原理在于,通過對目標(biāo)基因的6個區(qū)域設(shè)計4種特異性引物,利用Bst DNA聚合酶的鏈置換活性,在60~65℃恒溫環(huán)境中進(jìn)行循環(huán)置換合成,可在15~60 min完成109~1010倍核酸擴(kuò)增[2,5-7]。與經(jīng)典的PCR技術(shù)相比,LAMP技術(shù)具有靈敏度高、特異性高、反應(yīng)設(shè)備要求低、速度快等優(yōu)勢,如表1所示[6-7]。
表1 LAMP技術(shù)和普通PCR技術(shù)特點(diǎn)比較
目前,我國已發(fā)布并實(shí)施了針對出口食品中轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的出入境檢驗(yàn)檢疫行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)——SN/T3767出口食品中轉(zhuǎn)基因成分環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增檢測方法(第3-30部分),規(guī)定了12個轉(zhuǎn)基因玉米品系、5個轉(zhuǎn)基因大豆品系、8個轉(zhuǎn)基因水稻品系、1個轉(zhuǎn)基因小麥品系、1個轉(zhuǎn)基因甜菜品系及1個轉(zhuǎn)基因油菜品系的檢測方法[8-11]。LAMP技術(shù)因其優(yōu)點(diǎn)突出,成為了目前轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品快速檢測的重點(diǎn)發(fā)展方向。
微流控技術(shù)是一種在微納米級別的空間內(nèi)精確操控微尺度流體的新興技術(shù),能夠?qū)⑸锘蚧瘜W(xué)樣品的整個反應(yīng)和分析過程的基本操作集成在一片由微結(jié)構(gòu)和微通道構(gòu)成的芯片上,通過對微流體的精確控制,實(shí)現(xiàn)樣品的自動化檢測和分析[12-13]。與傳統(tǒng)的檢測方法相比,微流控芯片體積小、操作簡便、耗樣量少、檢測成本低、設(shè)計靈活,已經(jīng)發(fā)展成為一個生物、化學(xué)、醫(yī)學(xué)、材料學(xué)、機(jī)械、電子等多學(xué)科交叉的嶄新研究領(lǐng)域[14]。
微流控芯片具有高度集成化的優(yōu)勢,能夠減少檢測反應(yīng)對實(shí)驗(yàn)場地與大型儀器的依賴性,而基于LAMP的核酸檢測技術(shù)僅需簡單控溫裝置即可實(shí)現(xiàn)對目標(biāo)核酸高靈敏度的檢測。微流控芯片與LAMP技術(shù)相結(jié)合,通過開發(fā)小型便攜化的核酸檢測裝置,能夠極大地簡化操作、節(jié)約時間和樣本,且反應(yīng)靈敏、特異性強(qiáng),在食品檢測、病原微生物檢測、轉(zhuǎn)基因檢測等方向均具有較好的應(yīng)用前景[15-16],用于實(shí)驗(yàn)課程教學(xué)案例中,既具有較強(qiáng)的可操作性,也具有很好的現(xiàn)實(shí)意義。
轉(zhuǎn)基因大豆MON89788是由孟山都遠(yuǎn)東有限公司研發(fā)的抗除草劑草甘膦大豆品種,我國農(nóng)業(yè)部于2013年批準(zhǔn)其進(jìn)口用作加工原料。實(shí)驗(yàn)中,將轉(zhuǎn)基因大豆MON89788為實(shí)驗(yàn)對象,利用基于LAMP的微流控芯片核酸檢測技術(shù)對MON89788及對照的非轉(zhuǎn)基因大豆進(jìn)行檢測,建立轉(zhuǎn)基因檢測的實(shí)驗(yàn)課程教學(xué)案例。通過該實(shí)驗(yàn)教學(xué),傳授學(xué)生等溫擴(kuò)增技術(shù)、微流控芯片技術(shù)及轉(zhuǎn)基因檢測技術(shù)等前沿知識,引導(dǎo)學(xué)生了解前沿科技,激發(fā)其探索科學(xué)問題的興趣。
實(shí)驗(yàn)安排在遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)課程的最后一次進(jìn)行。首先,對轉(zhuǎn)基因及非轉(zhuǎn)基因大豆粉末進(jìn)行核酸提取,獲得待測樣本的基因組DNA后,將預(yù)設(shè)好的轉(zhuǎn)基因大豆MON89788品系特異序列引物和通用的大豆內(nèi)源基因引物分別與熒光染料混合,加至微流控芯片的引物孔中,完成引物預(yù)處理;然后,配置LAMP反應(yīng)液,并加入待測樣本DNA,混合后加至微流控芯片的反應(yīng)孔中,將芯片置于等溫擴(kuò)增微流控芯片反應(yīng)儀,實(shí)時收集擴(kuò)增反應(yīng)的熒光值;最后,導(dǎo)出熒光數(shù)據(jù),完成數(shù)據(jù)分析及實(shí)驗(yàn)報告。
實(shí)驗(yàn)中每位學(xué)生獨(dú)立完成1份轉(zhuǎn)基因大豆樣品的檢測;每2人為1小組,小組內(nèi)共享實(shí)驗(yàn)設(shè)備及耗材,并在實(shí)驗(yàn)過程中交流討論,互幫互助;每12人為一大組,使用一張微流控芯片完成檢測。每一大組完成一次非轉(zhuǎn)基因大豆檢測對照實(shí)驗(yàn)及以水為檢測對象的陰性對照實(shí)驗(yàn)。
本次實(shí)驗(yàn)課程將等溫擴(kuò)增技術(shù)和微流控芯片技術(shù)作為一種全新的基因檢測方法引入了遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué),課程內(nèi)容包括技術(shù)原理講解、實(shí)驗(yàn)操作指導(dǎo)、學(xué)生獨(dú)立完成檢測實(shí)驗(yàn)、數(shù)據(jù)分析與處理、問題討論與反思等環(huán)節(jié),鼓勵學(xué)生發(fā)現(xiàn)問題,培養(yǎng)學(xué)生科學(xué)探索和科學(xué)應(yīng)用的能力,提高學(xué)生的創(chuàng)新意識。
轉(zhuǎn)基因大豆樣本的檢測結(jié)果如圖1所示。采用大豆通用引物分別對轉(zhuǎn)基因及非轉(zhuǎn)基因大豆樣本進(jìn)行檢測,均取得了較好的擴(kuò)增結(jié)果,熒光強(qiáng)度值在反應(yīng)7.15 min左右時出現(xiàn)了指數(shù)級上升,提示其檢測結(jié)果為陽性;采用轉(zhuǎn)基因大豆特異性引物分別對轉(zhuǎn)基因及非轉(zhuǎn)基因大豆進(jìn)行檢測,轉(zhuǎn)基因大豆樣本在反應(yīng)15 min左右時即出現(xiàn)了指數(shù)級上升,獲得陽性檢測結(jié)果,而非轉(zhuǎn)基因大豆樣本未出現(xiàn)熒光信號的指數(shù)級增強(qiáng),提示檢測結(jié)果為陰性。
圖1 微流控?zé)晒饧夹g(shù)快速鑒定轉(zhuǎn)基因大豆實(shí)驗(yàn)檢測結(jié)果
在連續(xù)兩年課堂教學(xué)的實(shí)踐之后,通過問卷的形式,針對學(xué)生對課堂教學(xué)的滿意度及知識掌握程度、實(shí)驗(yàn)開設(shè)的必要性等問題進(jìn)行了調(diào)查與評估,同時收集了學(xué)生對實(shí)驗(yàn)設(shè)計和課堂教學(xué)模式的意見與建議。調(diào)查結(jié)果如圖2~3所示。
圖2 對教學(xué)效果調(diào)查結(jié)果
圖3 對實(shí)驗(yàn)的學(xué)習(xí)意義調(diào)查結(jié)果
問卷調(diào)查結(jié)果顯示,針對等溫擴(kuò)增技術(shù),41.38%的學(xué)生表示之前從未接觸過該技術(shù),48.28%的學(xué)生反映僅接觸過一點(diǎn)相關(guān)知識;針對微流控技術(shù),91.38%的學(xué)生表示之前從未接觸過相關(guān)知識。通過課堂上技術(shù)原理的講解和實(shí)際動手實(shí)驗(yàn)操作,實(shí)驗(yàn)教學(xué)達(dá)到了較好的效果,其中79.04%的學(xué)生對微流控技術(shù)快速鑒定轉(zhuǎn)基因材料的方法和原理有了較好的理解,而對于更深層次的LAMP技術(shù),62.38%的學(xué)生能夠有較好的理解。對于該實(shí)驗(yàn)課程的設(shè)置,82.85%的學(xué)生認(rèn)為該實(shí)驗(yàn)選題新穎,能夠?qū)W習(xí)到生命科學(xué)最前沿的知識和技術(shù),且與日常生活密切相關(guān),應(yīng)用性很強(qiáng),實(shí)驗(yàn)的開展很有意義。學(xué)生也對該實(shí)驗(yàn)課程的學(xué)習(xí)意義進(jìn)行了肯定,認(rèn)為在該實(shí)驗(yàn)中能夠同時學(xué)習(xí)到微流控技術(shù)、等溫擴(kuò)增技術(shù)和轉(zhuǎn)基因材料鑒定技術(shù),使課堂知識與實(shí)踐生活得到了很好的結(jié)合。
在課堂教學(xué)過程中,學(xué)生對該實(shí)驗(yàn)表現(xiàn)出了濃厚的興趣,課堂氣氛活躍,討論熱烈,在完成實(shí)驗(yàn)任務(wù)的同時,也為該實(shí)驗(yàn)的課堂教學(xué)設(shè)計提出一些很好的意見和建議,如希望教師在講解過程中多增加一些對等溫擴(kuò)增技術(shù)基礎(chǔ)原理的講述,以及進(jìn)一步提高實(shí)驗(yàn)參與度,并希望在等溫擴(kuò)增引物設(shè)計、微流控芯片工作原理等方面有更多的了解,學(xué)生的積極反饋也為教師后期進(jìn)一步優(yōu)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計、提高教學(xué)效果提供了很大助力。
微流控芯片核酸檢測技術(shù)快速鑒定轉(zhuǎn)基因材料實(shí)驗(yàn)課程實(shí)施兩年來,取得了較為理想的教學(xué)效果。本實(shí)驗(yàn)的設(shè)計聚焦社會技術(shù)熱點(diǎn),選取轉(zhuǎn)基因材料為實(shí)驗(yàn)對象,吸引學(xué)生濃厚的興趣,具有較強(qiáng)的應(yīng)用性;選取等溫擴(kuò)增技術(shù)和微流控芯片技術(shù)相結(jié)合的微流控芯片核酸檢測技術(shù)為檢測方法,操作簡便,反應(yīng)迅速、有利于課堂教學(xué)的順利實(shí)施;等溫擴(kuò)增技術(shù)作為經(jīng)典的PCR擴(kuò)增技術(shù)的拓展和延伸,在實(shí)際應(yīng)用中具有特殊的優(yōu)勢,是技術(shù)創(chuàng)新的典型案例,是遺傳學(xué)教學(xué)內(nèi)容很好的補(bǔ)充,能夠幫助學(xué)生拓展思路、培育創(chuàng)新精神;微流控芯片核酸檢測技術(shù)作為生物學(xué)與化學(xué)、材料學(xué)等學(xué)科交叉融合的創(chuàng)新成果,同時也是生命科學(xué)應(yīng)用于實(shí)際生活的最前沿技術(shù),能夠開闊學(xué)生的視野,培養(yǎng)學(xué)生從實(shí)踐中發(fā)現(xiàn)問題、解決問題的能力。課程實(shí)踐的初步結(jié)果顯示,學(xué)生對該實(shí)驗(yàn)的認(rèn)可度很高,這有利于后期的進(jìn)一步實(shí)踐和推廣。
遺傳學(xué)是一門歷史悠遠(yuǎn)的學(xué)科,近年來的發(fā)展十分迅猛。在經(jīng)典的遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)課程基礎(chǔ)上引入新技術(shù)、新方法、新案例,對于提高實(shí)驗(yàn)課程的趣味性,充分調(diào)動學(xué)生學(xué)習(xí)的積極性,激發(fā)學(xué)生主動學(xué)習(xí)的熱情,具有極大的意義。在近兩年的教學(xué)實(shí)踐中嘗試引入微流控芯片核酸檢測技術(shù)快速鑒定轉(zhuǎn)基因材料實(shí)驗(yàn)的案例,獲得了學(xué)生的高度認(rèn)可,取得了較好的教學(xué)效果。未來將進(jìn)一步探索新技術(shù)與經(jīng)典遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)相融合的教學(xué)模式,在傳授學(xué)科基礎(chǔ)知識和基本原理的同時,幫助學(xué)生開闊視野,緊跟前沿科技的發(fā)展,提升學(xué)生的創(chuàng)新意識和科學(xué)素養(yǎng),培育出更多適應(yīng)于當(dāng)代生物科技發(fā)展需求的創(chuàng)新型人才。