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        NAS在色譜—質譜聯(lián)用儀數(shù)據(jù)管理中的應用

        2022-09-01 10:11:16王子元王曉虎聞曉東鄭玲童
        實驗室研究與探索 2022年5期
        關鍵詞:用戶系統(tǒng)

        王子元,王曉虎,聞曉東,,c,鄭玲童

        (中國藥科大學a.實驗室與設備管理處校公共實驗平臺;b.中藥學院;c.天然藥物活性組分與藥效國家重點實驗室,南京 211198)

        0 引言

        近年來,隨著生命科學技術的快速發(fā)展和國家對高校科研投資的重視,公共實驗平臺對科研的支撐作用逐步體現(xiàn),而大型精密儀器作為平臺提供服務的基礎設備,在科學研究和人才培養(yǎng)中發(fā)揮出重要作用。其中,色譜-質譜聯(lián)用儀以其分辨率好,靈敏度高,線性范圍寬等特點,廣泛應用于制藥、食品、化工和環(huán)境等領域,已在很多高校實驗室中深入普及[1-4]。然而,儀器的高度精密意味著其數(shù)據(jù)量的龐大,這就使得數(shù)據(jù)的存儲和備份壓力倍增。公共實驗平臺由于儀器數(shù)量多、測樣量大、測樣用戶多,提高數(shù)據(jù)管理能力也有助于提高儀器使用率和開放率,更利于平臺提供優(yōu)質的科研服務。

        目前,大多實驗室依靠傳統(tǒng)光盤、硬盤等介質進行數(shù)據(jù)存儲,在存儲容量、安全性和傳輸速度等受限。因此,引入一種大容量、安全、快速地管理液質數(shù)據(jù)的介質,顯得尤為必要。網(wǎng)絡附件存儲(Network Attached Storage,NAS)作為一種新型的數(shù)據(jù)存儲模式,基于IP網(wǎng)絡實現(xiàn)服務器與存儲陣列互聯(lián),具有更大的存儲空間,更強的數(shù)據(jù)吞吐量和更快響應速度,易于實現(xiàn)異構平臺間的共享和性能擴展,能夠對存儲的數(shù)據(jù)實施集中管理[5]。

        為此,提出一種基于NAS 的色譜-質譜聯(lián)用儀數(shù)據(jù)管理解決方案,通過詳細案例說明,探討NAS 數(shù)據(jù)管理的優(yōu)勢和不足,以供其他儀器管理者參考。

        1 NAS數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)介紹

        與傳統(tǒng)的直連存儲系統(tǒng)(DAS)相比,NAS 是與網(wǎng)絡連接的一種數(shù)據(jù)存儲系統(tǒng),它強調以數(shù)據(jù)為核心,采用瘦服務器技術,通過網(wǎng)絡進行數(shù)據(jù)的集中存儲和管理,網(wǎng)絡上的任何服務器和客戶端都可以訪問這些數(shù)據(jù)資源[6-8]。NAS的基本原理是通過以太網(wǎng)代替主板中的導線,加載網(wǎng)絡文件到本地目錄,使用戶在訪問網(wǎng)絡數(shù)據(jù)時像訪問本地數(shù)據(jù)一樣快捷方便[9]。NAS 存儲系統(tǒng)由存儲設備和服務器組成,典型的NAS設備看起來與磁盤陣列柜相似,但有實質差別,其在磁盤陣列的基礎上增加了獨立的平臺文件操作系統(tǒng),方便進行文件的傳輸和存儲備份[10]。綜上,NAS 以其訪問快速、存儲環(huán)境靈活、易于管理和硬件成本較低等特點,可提高公共實驗平臺液質數(shù)據(jù)管理效率。

        2 基于NAS的液質數(shù)據(jù)管理應用案例

        2.1 NAS系統(tǒng)架構

        為滿足公共實驗平臺對液質數(shù)據(jù)安全傳輸和存儲的需求,對比不同方案后,平臺選擇群暉DS1821 +搭建了NAS系統(tǒng),該系統(tǒng)性能穩(wěn)定,具備成熟的軟件體系,易上手好操作。群暉DS1821 +是一款強大的8 盤位網(wǎng)絡連接存儲解決方案,搭載AMD RyzenTMV1500B 4 核2.2 GHz處理器,具有高達1 134 584 K的隨機讀取IOPS(每秒讀寫次數(shù))和每秒2 312 MB的連續(xù)寫入速度,最多可創(chuàng)建2 048 個本地用戶帳戶和512 個共享文件夾。磁盤陣列選擇4 塊4TB 的西部數(shù)據(jù)WD4003VRYZ企業(yè)級硬盤,它支持7 200 r/min 高轉速,采用RAID1 存儲模式,2 塊硬盤用來存儲數(shù)據(jù),另外兩塊硬盤用來數(shù)據(jù)備份,數(shù)據(jù)安全性更高,當一個磁盤故障時,系統(tǒng)可自動切到鏡像磁盤上,提高存儲效率。剩余盤位,可根據(jù)后續(xù)存儲空間情況,即時添加硬盤。

        此外,為提高儀器使用效率,減小儀器電腦負荷,我們單獨配備了1 臺工作站方便用戶進行數(shù)據(jù)處理,并配備了高性能的千兆網(wǎng)絡交換機、千兆六類網(wǎng)線和千兆路由器,將NAS、工作站、多臺儀器電腦、路由器分別接入交換機,建立起一個高性能的傳輸存儲局域網(wǎng)絡。最后預留出多個交換機網(wǎng)絡接口,方便管理員和用戶自由選擇無線或有線方式連接進局域網(wǎng),進行存儲、拷貝及分析等數(shù)據(jù)管理。其中,無線傳輸速度較慢,但不受設備限制,手機等移動設備也可以方便登入,更適用于管理員進行賬號和文件夾的分配設置和系統(tǒng)管理;有線連接傳輸速度快,適用于用戶將數(shù)據(jù)拷貝至個人電腦。整體的NAS系統(tǒng)硬件架構見圖1。

        圖1 NAS系統(tǒng)硬件架構

        2.2 NAS系統(tǒng)多臺液質設備應用于平臺的方案

        2.2.1 NAS系統(tǒng)訪問方式

        為便于管理,平臺暫不開放廣域網(wǎng)網(wǎng)絡環(huán)境訪問NAS,用戶僅可通過局域網(wǎng)訪問NAS。連接局域網(wǎng)后,訪問方式主要有2 種(見圖2):①將NAS資料庫通過Synology Assistant 在“此電腦”中映射為磁盤,像訪問本地數(shù)據(jù)一樣直接訪問。這種方式連接速度更快,但只能進行數(shù)據(jù)訪問、上傳和下載,不能進行賬號設置。②使用瀏覽器,在地址欄輸入預先設置好的NAS 服務器名稱或IP地址,再接著輸入“:5000”,即可登錄訪問。這種網(wǎng)頁方式不受操作系統(tǒng)的限制,可以進行賬號管理,且界面友好,但因為不能進行批量文件夾上傳,通常不建議用戶在拷貝數(shù)據(jù)時使用。

        圖2 NAS系統(tǒng)訪問方式

        2.2.2 共享文件夾和用戶賬號的分配和權限管理

        因平臺儀器對校內課題組及校外單位開放,為了保證用戶數(shù)據(jù)的保密性和安全性,為每個課題組建立其專用的共享文件夾和用戶賬號,并設定訪問權限。其中,每個共享文件夾具有固定存儲配額,數(shù)據(jù)存滿后需要請管理員清除無用數(shù)據(jù)或者申請管理員增加存儲配額,這有助于進行數(shù)據(jù)的管理和更新,避免大量老舊數(shù)據(jù)占用儲存空間。此外,本課題組賬號只對自己課題組的文件夾有讀寫權限,對于人數(shù)眾多,測樣量大的課題組,可以根據(jù)用戶需求增設多個子文件夾,每位同學個人賬號只有讀寫自己子文件夾權限,而課題組負責人賬號可以訪問整個文件夾。總的來說,用戶權限有禁止訪問、只讀和可讀寫3 種模式,可根據(jù)實際需要進行個性化設置(見圖3)。

        圖3 用戶權限設置界面

        2.2.3 用戶操作及數(shù)據(jù)管理

        平臺所有液質聯(lián)用儀均接入NAS,因此用戶在平臺任何一臺儀器上的測試數(shù)據(jù)均可上傳至自身賬戶對應的共享文件夾中。測樣完成后,用戶可在儀器電腦中按上述方式訪問NAS登錄自身賬號上傳數(shù)據(jù),再用個人電腦連接預留端口進行數(shù)據(jù)下載,也可將數(shù)據(jù)下載到平臺工作站進行數(shù)據(jù)處理,工作站配備基于GC/MS 和LC/MS 系統(tǒng)的MassHunter、LabSolutions等多種色質譜定性、定量分析軟件,可完成不同品牌、型號儀器的數(shù)據(jù)分析工作。以最終實現(xiàn)“多個用戶—不同儀器—多類數(shù)據(jù)”的高效傳輸、存儲及分析。

        2.3 應用成效

        啟用NAS系統(tǒng)進行數(shù)據(jù)管理后,用戶在拷貝數(shù)據(jù)時無需攜帶個人硬盤,測樣完成后直接將數(shù)據(jù)上傳至NAS,傳輸不限制文件大小,傳輸速度快,減少等待時間,提高儀器使用效率,同時也防止個人硬盤中可能存在的病毒對儀器電腦帶來的安全隱患。若在多臺儀器上同時測樣,也可以分別上傳后,統(tǒng)一下載處理,數(shù)據(jù)信息分類明確,一目了然。此外,所有的測樣數(shù)據(jù)都存放在NAS上,不占用本地儀器電腦內存,也方便管理員進行數(shù)據(jù)的管理和過期數(shù)據(jù)的刪除。查驗數(shù)據(jù)時,管理員不再需要對每臺儀器電腦分別核查,登錄NAS即可查看各個課題組在平臺所有儀器上的測樣數(shù)據(jù),極大提高數(shù)據(jù)管理的工作效率。

        3 NAS數(shù)據(jù)管理的優(yōu)點

        經(jīng)實際應用,我們認為相比于傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)存儲方式,基于NAS的數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)具有以下優(yōu)點:

        (1)便捷性。通過網(wǎng)絡進行數(shù)據(jù)傳輸,不損失傳輸速率的前提下,不再需要用戶攜帶硬盤、光盤等移動存儲設備,不受時間和空間的限制,只要在局域網(wǎng)內就能訪問,后續(xù)如果有需要,也可以開放外網(wǎng)訪問,靈活度更高,實現(xiàn)由多端向單端管理轉變,極大提高了管理效率。

        (2)安全性。數(shù)據(jù)存放于NAS中,每個用戶只可訪問自己的空間,并根據(jù)自身需求進行數(shù)據(jù)存取和共享。此外,管理員還可設定連接到特定網(wǎng)絡端口的白名單和黑名單,對網(wǎng)絡中常見的攻擊模式進行預防,若一個IP 地址非法登錄多次,即進入黑名單被禁止登錄,這也保障了NAS中數(shù)據(jù)的安全[11]。

        (3)高效性。NAS系統(tǒng)是專用存儲,不和其他應用競爭資源,減少系統(tǒng)意外故障的可能[12]。它的安裝過程快,系統(tǒng)簡潔好操作,易于推廣,存儲容量也可以根據(jù)用戶需求進行分配和擴增。此外,平臺配備專業(yè)工作站方便用戶進行后期數(shù)據(jù)處理,減小儀器電腦的使用壓力,使在線的數(shù)據(jù)采集和離線的數(shù)據(jù)處理分開進行,提高儀器使用效率。

        (4)低成本。NAS使用低價格的以太網(wǎng)環(huán)境,任何連接到網(wǎng)絡的設備都可以訪問NAS,與其他數(shù)據(jù)管理解決方案相比,NAS 的整體成本較低。而且其設備高度集成,主要由服務器和磁盤陣列組成,對硬件的要求不高[13]。在應用和維護上,管理員和用戶使用同樣的軟件系統(tǒng),對操作人員培訓成本和系統(tǒng)維護成本基本為0。

        (5)擴展性。NAS系統(tǒng)即插即用,調試或關機不影響整個系統(tǒng)中其他設備的正常使用,易于實現(xiàn)擴展[14]。①由于多設備可以同時訪問同一個NAS,因此若儀器數(shù)量增加,只需增加交換機端口數(shù)量即可;②隨著數(shù)據(jù)量的增大,現(xiàn)有內存無法滿足需求時,只需在NAS 上增加硬盤,簡單設置后即可獲得更大存儲空間,節(jié)約預算成本。

        4 NAS數(shù)據(jù)管理的不足

        NAS系統(tǒng)對文件系統(tǒng)的管理進行了優(yōu)化,提供文件級訪問,它使用獨立的平臺文件系統(tǒng)允許不同設備訪問同一存儲資源,這也在一定程度上影響其性能[15]。此外,NAS數(shù)據(jù)管理解決方案通常不適用于傳輸大量、離散的塊級數(shù)據(jù)[16]。在實際應用中,對于用戶來說,從傳統(tǒng)數(shù)據(jù)拷貝方式轉換成NAS數(shù)據(jù)管理系統(tǒng),需要培訓并給予其一定的適應時間,每一次使用結束后需要將自己的賬號退出登錄,否則下一個用戶將無法使用。在文件夾和用戶賬號的數(shù)量上也有一定的上限限制,需要管理員定期進行老舊賬號的清除管理。

        5 結語

        構建、發(fā)展及應用全新的體系架構,用于實驗數(shù)據(jù)的獲取、傳輸、存儲和分析,是科研儀器共享時代,大儀管理的關鍵科學問題。如何在新技術浪潮下更新數(shù)據(jù)管理模式,提高工作效率和服務質量,也成為平臺發(fā)展所需攻克的難關之一。根據(jù)平臺運行管理特點,提出一種基于NAS的色譜質譜實驗數(shù)據(jù)管理解決方案,該方案配置便捷、快速,解決了傳統(tǒng)數(shù)據(jù)管理模式存儲空間不足、安全性差、共享性差、無法集中管理、管理效率低等問題,在可接受的預算范圍內實現(xiàn)了多臺儀器數(shù)據(jù)的數(shù)字化、網(wǎng)絡化統(tǒng)一管理。但NAS 系統(tǒng)功能強大,本方案只利用了其小部分功能,在今后的實踐中,我們期望能探索出NAS更大的應用價值,在現(xiàn)有硬件條件下實現(xiàn)更多功能(如構建多用戶協(xié)作環(huán)境、多層次數(shù)據(jù)保護體系等)。總之,該系統(tǒng)提高了數(shù)據(jù)傳輸和存儲效率,改變了傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)管理模式,對平臺管理發(fā)揮積極作用,具有一定的推廣價值。

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