王九龍, 徐文剛, 楊 沛, 楊 婕, 杜榮斌, 劉立明

綠鰭馬面鲀微衛(wèi)星標記開發(fā)及在絲背細鱗鲀中的通用性檢測

王九龍, 徐文剛, 楊 沛, 楊 婕, 杜榮斌, 劉立明

(煙臺大學(xué) 海洋學(xué)院, 山東 煙臺 264005)

為充分挖掘綠鰭馬面鲀()基因組資源, 開發(fā)可用于群體遺傳學(xué)研究的分子標記, 本研究利用NCBI數(shù)據(jù)庫中公布的綠鰭馬面鲀?nèi)蚪M序列篩查微衛(wèi)星位點并在野生群體中驗證, 在85個選取的位點中篩選得到30個新的多態(tài)性較高的微衛(wèi)星標記。每個微衛(wèi)星標記的等位基因數(shù)為4～16, 平均為8.5個; 觀測雜合度范圍為0.207～0.916, 平均值為0.685; 期望雜合度范圍為0.315～0.971, 平均值為0.756; 多態(tài)信息含量范圍為0.301～0.898, 平均值為0.716, 其中屬于高度多態(tài)的位點有26個, 占總位點數(shù)的86.67%; 經(jīng)過Bonferroni校正后, 有7個位點顯著偏離Hardy-Weinberg平衡。將30個綠鰭馬面鲀多態(tài)性微衛(wèi)星標記在絲背細鱗鲀()中進行通用性檢測, 其中13個位點成功擴增, 9個位點具有多態(tài)性。本研究開發(fā)的微衛(wèi)星標記可用于綠鰭馬面鲀及相關(guān)物種的遺傳多樣性分析、QTL定位以及系統(tǒng)進化等研究。

綠鰭馬面鲀(); 絲背細鱗鲀(); 微衛(wèi)星標記; 通用性

綠鰭馬面鲀()俗稱扒皮魚、象皮魚、馬面魚等, 廣泛分布于中國、日本、朝鮮半島沿海, 為外海暖溫性底層魚類, 棲息于水深50～120 m處, 主要以浮游生物和底棲生物為食[1]。綠鰭馬面鲀具有味道鮮美、營養(yǎng)豐富等優(yōu)點, 經(jīng)濟價值較高[2]。綠鰭馬面鲀曾是中國主要的海洋捕撈對象之一, 但由于過度捕撈和產(chǎn)卵場生態(tài)環(huán)境受到破壞, 造成綠鰭馬面鲀的資源量急劇下降[3]。目前, 中國已經(jīng)突破綠鰭馬面鲀苗種規(guī)?；庇夹g(shù)[4-5], 為保護中國綠鰭馬面鲀種質(zhì)資源、促進其養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)發(fā)展提供了重要保障。

綠鰭馬面鲀和絲背細鱗鲀()同為單角鲀科(Monacanthidae), 分別隸屬于馬面鲀屬()和細鱗鲀屬()。絲背細鱗鲀作為具有較高開發(fā)前景的經(jīng)濟魚類, 國內(nèi)僅見有對其外部形態(tài)特征及染色體核型分析的報道, 研究基礎(chǔ)薄弱, 分子遺傳資源嚴重缺乏。目前, 作者所在科研團隊正對該兩種經(jīng)濟魚類開展養(yǎng)殖技術(shù)、繁育生物學(xué)和分子遺傳學(xué)等方面的研究。通過開發(fā)、篩選在絲背細鱗鲀中通用的微衛(wèi)星標記, 可為開展絲背細鱗鲀?nèi)后w遺傳多樣性分析和遺傳改良等工作提供必要的分子標記資源。此外, 通用標記的開發(fā)與驗證也可為闡明兩種魚類之間的系統(tǒng)進化關(guān)系提供新的研究角度。本研究通過對綠鰭馬面鲀?nèi)蚪M序列進行挖掘, 篩選并開發(fā)了30個新的多態(tài)性較高的綠鰭馬面鲀微衛(wèi)星標記, 并將微衛(wèi)星標記在絲背細鱗鲀中進行了通用性檢測。

1 材料與方法

1.1 材料

綠鰭馬面鲀野生群體捕自山東煙臺近海, 絲背細鱗鲀養(yǎng)殖群體采集于煙臺市萊州順昌水產(chǎn)有限公司。綠鰭馬面鲀和絲背細鱗鲀各取48尾, 剪取尾鰭置于無水乙醇中。采用苯酚-氯仿法提取樣品基因組DNA, 使用分光光度計Nano Drop 2000(Thermo Fisher Scientific, 美國)測定基因組DNA的濃度和純度, 采用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的完整度。提取的基因組DNA使用超純水稀釋至50 ng/μL, 保存在–30 ℃冰箱備用。

1.2 微衛(wèi)星篩查和引物設(shè)計

從美國國家生物信息中心網(wǎng)站(https://www.ncbi. nlm.nih.gov/)下載綠鰭馬面鲀?nèi)蚪M序列(GenBank: GCA_009823395.1)。基因組總長度約為474.3 Mb, 包含20條染色體以及135條scaffolds。采用微衛(wèi)星識別工具MISA(Microsatellite identification tool, http://pgrc. ipk-gatersleben.de/misa/)在參考基因組中搜索微衛(wèi)星位點, 搜索所采用的參數(shù)如下: 單核苷酸重復(fù)次數(shù)≥10次、二、三、四、五、六核苷酸重復(fù)次數(shù)≥5次。

利用Primer3 V2.3.6分別對搜索到的微衛(wèi)星序列兩端設(shè)計引物, 擴增片段長度控制在100～400 bp, 擴增片段位置為重復(fù)序列前1個堿基到重復(fù)序列后5個堿基, 其他參數(shù)默認。因少量不同的微衛(wèi)星序列距離較近, 同一對引物的擴增產(chǎn)物中包含多個微衛(wèi)星序列, 會對后續(xù)條帶判讀造成影響, 故需將這些距離較近的微衛(wèi)星位點剔除, 篩選出擴增片段中只含有一個微衛(wèi)星位點的引物。選取85對引物送至生工生物工程(上海)股份有限公司合成, 所選微衛(wèi)星位點不與已發(fā)表的微衛(wèi)星標記重復(fù)。

1.3 微衛(wèi)星標記的引物篩選及特性分析

隨機選取綠鰭馬面鲀6個野生個體的基因組DNA模板進行初步篩選, 得到能穩(wěn)定擴增且呈多態(tài)性的微衛(wèi)星位點, 再通過溫度梯度PCR進行退火溫度的優(yōu)化。利用綠鰭馬面鲀48個個體, 對初篩中呈多態(tài)性的微衛(wèi)星位點進行特性分析。PCR反應(yīng)在Bio-Rad T100? PCR儀中進行。PCR反應(yīng)體系總體積為10 μL, 包括10×PCR buffer 1 μL, 0.6 μL MgCl2(25 mmol/L), 0.8 μL dNTP mix(2.5 μmol/L), 正反向引物各0.4 μL (10 μmol/L), DNA模板1 μL(50 ng/μL), 0.05 μL rTaq DNA聚合酶(5 U/μL, Takara), 超純水補充總體積至10 μL。PCR反應(yīng)程序為: 95 ℃預(yù)變性5 min, 95 ℃變性30 s, 退火反應(yīng)30 s, 72 ℃延伸1 min, 35個循環(huán), 最后72 ℃延伸10 min。PCR擴增產(chǎn)物首先利用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測, 對能擴增出單一條帶的位點不進行測序驗證, 直接利用6%變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測多態(tài)性, 銀染顯影進行條帶判讀后掃描保存。

1.4 微衛(wèi)星標記通用性檢測

利用在綠鰭馬面鲀中篩選得到的微衛(wèi)星標記, 首先以絲背細鱗鲀6個個體的DNA為模板進行PCR擴增, 經(jīng)1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測篩選可穩(wěn)定擴增的微衛(wèi)星引物; 再對絲背細鱗鲀48個個體進行多態(tài)性分析, 經(jīng)6%變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測, 銀染染色后掃描保存。

1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析

利用Genepop 4.0軟件檢驗微衛(wèi)星位點間的Hardy-Weinberg平衡的偏離情況, 并經(jīng)Bonferroni法校正(<0.05); 利用Cervus 3.0.7軟件計算每個位點的等位基因數(shù)(number of allele,a)、觀測雜合度(observed heterozygosity,o)、期望雜合度(expected heterozygosity,e)以及多態(tài)信息含量(polymorphism information content, PIC)。

2 結(jié)果

2.1 引物篩選及初步多態(tài)性檢測結(jié)果

在綠鰭馬面鲀基因組中共篩選得到566 561個完整型微衛(wèi)星位點, 其中單堿基重復(fù)類型70 087個(12.37%); 二堿基重復(fù)類型數(shù)量最多, 有336 653個(59.42%); 三堿基重復(fù)類型113 998個(20.12%); 四堿基重復(fù)類型39 059個(6.90%); 五堿基重復(fù)類型3 694個(0.65%); 六堿基重復(fù)類型數(shù)量最少, 只有3 070個, 占所有微衛(wèi)星位點的0.54%。

在選取的85對微衛(wèi)星引物中, 18對引物擴增后無條帶, 23對引物擴增后有非特異性擴增, 14對引物擴增后有單一條帶但無多態(tài)性。最終, 共篩選得到30個可擴增出清晰條帶且具多態(tài)性的微衛(wèi)星標記(表1、圖1)。

表1 30對綠鰭馬面鲀微衛(wèi)星引物信息

續(xù)表

圖1 微衛(wèi)星標記的瓊脂糖凝膠電泳圖

M．DNA marker; 1-4. TM-68; 5-8. TM-70; 9-12. TM-74; 13-16. TM-78; 17-20. TM-94; 21-24. TM-115

2.2 微衛(wèi)星標記在綠鰭馬面鲀野生群體中的多態(tài)性分析

30個微衛(wèi)星標記在綠鰭馬面鲀野生群體中共擴增出254個等位基因, 平均等位基因數(shù)為8.5個, 其中位點TM-127等位基因數(shù)最少(4個), 位點TM-74等位基因數(shù)最多(16個)。觀測雜合度平均值為0.685(0.207～0.916), 期望雜合度平均值為0.756 (0.315～0.971)。多態(tài)信息含量平均值為0.716(0.301～ 0.898), 其中高度多態(tài)(PIC>0.5)的位點有26個, 占總位點數(shù)的86.67%, 中度多態(tài)位點(0.25

表2 30個微衛(wèi)星標記在綠鰭馬面鲀野生群體中的遺傳多樣性參數(shù)

注: *差異顯著, Hardy-Weinberg平衡檢驗經(jīng)Bonferroni法校正(<0.05)

2.3 綠鰭馬面鲀微衛(wèi)星標記的通用性檢測

利用篩選出的30個綠鰭馬面鲀微衛(wèi)星標記在絲背細鱗鲀養(yǎng)殖群體中進行擴增, 其中17個位點無擴增產(chǎn)物或產(chǎn)生非特異性擴增, 剩余13個可擴增出清晰目的條帶的位點中, 9個位點具有多態(tài)性, 通用率和多態(tài)率分別為43.33%和30.00%。

2.4 微衛(wèi)星標記在絲背細鱗養(yǎng)殖群體中的多態(tài)性分析

在絲背細鱗養(yǎng)殖群體中, 9個通用的微衛(wèi)星標記共擴增出66個等位基因, 平均等位基因數(shù)為7.3個, 其中位點TM-130等位基因數(shù)最少(4個), 位點TM-74等位基因數(shù)最多(11個)。觀測雜合度平均值為0.525 (0.285～0.753), 期望雜合度平均值為0.608 (0.344～0.792)。多態(tài)信息含量平均值為0.534(0.327～ 0.748), 其中高度多態(tài)的位點有5個, 占總位點數(shù)的55.56%, 中度多態(tài)位點有4個, 占44.44%(表3)。

3 討論

3.1 綠鰭馬面鲀微衛(wèi)星標記開發(fā)及群體遺傳多樣性分析

Hardy-Weinberg平衡是群體遺傳學(xué)的一個重要基本原理, 它指出“在沒有外界因素干擾的情況下, 群體的基因型頻率在世代間保持恒定”。在水產(chǎn)動物群體遺傳學(xué)研究中, 微衛(wèi)星標記偏離Hardy- Weinberg平衡的現(xiàn)象較為常見[26-27]。突變、自然選擇、非隨機交配、遺傳漂變和基因流等因素都可能導(dǎo)致偏離Hardy-Weinberg平衡。在綠鰭馬面鲀野生群體中, 7個微衛(wèi)星標記偏離Hardy-Weinberg平衡且均表現(xiàn)為雜合子缺失(heterozygote deficiency), 其原因可能是野生群體在這7個位點受到了自然選擇作用, 這些位點可能與適應(yīng)環(huán)境能力有關(guān)。此外, 華倫德效應(yīng)、存在無效等位基因以及近親交配也是導(dǎo)致雜合子缺失的重要原因[28]。為全面、準確地掌握綠鰭馬面鲀?nèi)后w遺傳多樣性水平, 研究者應(yīng)綜合利用微衛(wèi)星標記和線粒體DNA等多種類型的標記開展相關(guān)研究。

圖2 微衛(wèi)星標記TM-70的聚丙烯酰胺凝膠電泳圖(M.DNA marker)

表3 9個通用微衛(wèi)星標記在絲背細鱗鲀養(yǎng)殖群體中的遺傳多樣性參數(shù)

注: *表示差異顯著, Hardy-Weinberg平衡檢驗經(jīng)Bonferroni法校正(<0.05)

分子標記的多態(tài)信息含量、等位基因數(shù)以及雜合度是評價遺傳多樣性最重要的參數(shù)。根據(jù)BOTSTEIN等[29]提出的分類標準, 本研究開發(fā)的30個微衛(wèi)星標記中有26個位點表現(xiàn)為高度多態(tài)性, 這些位點將為綠鰭馬面鲀?nèi)后w遺傳學(xué)研究提供豐富的遺傳信息; 此外, 等位基因數(shù)≥5的位點有29個, 表明這些位點具有較高的多態(tài)性, 實驗所用野生綠鰭馬面鲀?nèi)后w遺傳多樣性較高。在徐亙博[14]和AN等[15-16]的研究中, 也得到野生綠鰭馬面鲀?nèi)后w遺傳多樣性較高的結(jié)果。此外, 本文與徐亙博[14]的研究采用的是聚丙烯酰胺凝膠電泳方法對微衛(wèi)星標記進行基因分型, 兩項研究中的微衛(wèi)星標記在野生群體中檢測到的平均等位基因數(shù)(8.5和4.36)顯著低于AN等[15-16]研究中相應(yīng)的平均值(15.18和13.35), 其原因可能是AN等利用分辨率更高的毛細管電泳技術(shù)對微衛(wèi)星標記進行基因分型, 可以檢測出更多片段長度相近的擴增產(chǎn)物[30]。基因雜合度可反映群體在多個基因上的遺傳變異及群體遺傳多樣性的豐富度, 雜合度越高, 表明該群體的遺傳變異越復(fù)雜[31]。微衛(wèi)星標記的平均觀測雜合度為0.685, 表明該綠鰭馬面鲀野生群體仍處于較高的遺傳變異水平, 這一結(jié)果為未來開展綠鰭馬面鲀?nèi)斯みx育提供了一定理論依據(jù)。

3.2 綠鰭馬面鲀微衛(wèi)星標記的通用性分析

由于微衛(wèi)星側(cè)翼序列在種間或?qū)匍g具有一定保守性, 因此開發(fā)通用性標記應(yīng)用于近緣物種成為可能。目前, 研究者已在多個水產(chǎn)動物中開展了微衛(wèi)星標記通用性研究。如: 吳仁協(xié)等[23]利用SLAF-seq技術(shù)從黑棘鯛()中開發(fā)了49個高多態(tài)性的微衛(wèi)星標記, 其中43個微衛(wèi)星標記可在其他9種鯛科(Sparidae)魚類中成功擴增; 張廣明等[32]對蝦夷扇貝()EST-SSR標記在櫛孔扇貝()中的通用性進行了研究, 結(jié)果顯示, 60個位點中有21個可在櫛孔扇貝中擴增出特異性條帶, 通用性比例為35.00%。本研究中, 來源于綠鰭馬面鲀的微衛(wèi)星標記在絲背細鱗鲀中的多態(tài)率為30.00%; 而在AN等[16]的研究中, 來源于綠鰭馬面鲀的微衛(wèi)星標記在絲背細鱗鲀中的多態(tài)率為60.00%(12/20)。不同研究中來源于綠鰭馬面鲀的微衛(wèi)星標記在絲背細鱗鲀中通用性差異較大, 其原因可能是用于檢測的標記數(shù)量較少所致。分子標記的跨物種擴增通用性反映了檢測物種間的遺傳分化程度, 親緣關(guān)系越遠的物種, 種間分子標記的通用性越差、擴增成功率越低。如利用蘭州鲇()的微衛(wèi)星標記在鲇形目(Siluriformes)和鯉形目(Cypriniformes)的12種魚類中進行跨物種通用性分析, 結(jié)果表明蘭州鲇微衛(wèi)星標記在近緣種中都表現(xiàn)出一定的通用性, 但隨著親緣關(guān)系變遠, 其通用性降低[33]; 在巨蠣屬牡蠣()中, 從長牡蠣()中開發(fā)的EST-SNP標記在葡萄牙牡蠣()、熊本牡蠣()、香港巨牡蠣()和有明巨牡蠣()的通用率分別為93.6%、82.5%、67.4%和67.1%, 這一結(jié)果與巨蠣屬牡蠣之間遺傳距離的遠近相一致[34]。除相關(guān)物種間的親緣關(guān)系遠近外, 微衛(wèi)星標記的來源也會影響通用率的高低。相比于從基因組中開發(fā)的微衛(wèi)星標記(genomic SSR), 從基因轉(zhuǎn)錄區(qū)開發(fā)的EST- SSR標記側(cè)翼序列更加保守, 引物在跨物種間擴增的成功率更高[31]。

4 結(jié)論

本研究開發(fā)的30個微衛(wèi)星標記可用于相關(guān)物種的遺傳多樣性評價、系統(tǒng)進化分析和比較基因組作圖等研究。雖然本研究中綠鰭馬面鲀的遺傳多樣性相對較高, 但考慮到未來市場對野生種群的需求和海洋生態(tài)環(huán)境變化對綠鰭馬面鲀資源和種群結(jié)構(gòu)的影響, 保護綠鰭馬面鲀野生資源仍任重道遠。下一步, 我們將結(jié)合簡化基因組測序等技術(shù)對中國沿海多個地理群體的綠鰭馬面鲀開展群體遺傳學(xué)分析, 以期為制定科學(xué)的資源保護方案提供理論基礎(chǔ)。

[1] 蘇錦祥, 李春生. 中國動物志: 硬骨魚綱-鲀形目、海蛾魚目、喉盤魚目、鮟鱇目[M]. 北京: 科學(xué)出版社, 2002: 125-132.

SU Jinxiang, LI Chunsheng. Fauna Sinica: Osteichthyes-Tetraodontiformes, Pegasiformes, Gobiesociformes, Lophiiformes[M]. Beijing: Science Press, 2002: 125-132.

[2] 徐大鳳, 劉琨, 王鵬飛, 等. 綠鰭馬面鲀肌肉營養(yǎng)成分分析和營養(yǎng)評價[J]. 海洋科學(xué), 2018, 42(5): 122-129.

XU Dafeng, LIU Kun, WANG Pengfei, et al. Analysis of nutritional composition in the muscle of[J]. Marine Sciences, 2018, 42(5): 122-129.

[3] 鄭元甲. 東海區(qū)馬面鲀資源變動及其原因的初步研究[J]. 中國水產(chǎn)科學(xué), 1997, 4(4): 19-25.

ZHENG Yuanjia. A preliminary study on the stook variations and their causes of filefishesspp. in the East China Sea[J]. Journal of Fishery Sciences of China, 1997, 4(4): 19-25.

[4] 張立寧, 邵鑫斌, 單樂州, 等. 綠鰭馬面鲀規(guī)?；斯し庇夹g(shù)[J]. 水產(chǎn)科技情報, 2020, 47(5): 258-260.

ZHANG Lining, SHAO Xinbin, SHAN Lezhou, et al. Large-scale artificial breeding technology of[J]. Fisheries Science & Technology Information, 2020, 47(5): 258-260.

[5] 姜良龍, 張哲, 王臻, 等. 綠鰭馬面鲀工廠化早繁苗種培育關(guān)鍵技術(shù)[J]. 水產(chǎn)科學(xué), 2021, 40(6): 801-809.

JIANG Lianglong, ZHANG Zhe, WANG Zhen, et al. Key techniques of industrial seedling production forin earlier breeding season[J]. Fisheries Science, 2021, 40(6): 801-809.

[6] 關(guān)健, 陳志信, 張家男, 等. 人工培育條件下綠鰭馬面鲀胚胎發(fā)育的研究[J]. 海洋科學(xué)進展, 2011, 29(4): 498-505.

GUAN Jian, CHEN Zhixin, ZHANG Jianan, et al. Investigation of embryonic development ofin artificial breeding condition[J]. Advances in Marine Science, 2011, 29(4): 498-505.

[7] 張哲, 姜良龍, 王臻, 等. 綠鰭馬面鲀早期生長發(fā)育與攝食特性的研究[J]. 海洋科學(xué), 2021, 45(1): 1-13.

ZHANG Zhe, JIANG Lianglong, WANG Zhen, et al. Growth, development, and feeding characteristics ofduring early stages[J]. Marine Sciences, 2021, 45(1): 1-13.

[8] 邊力, 王鵬飛, 陳四清, 等. 基于線粒體Cyt基因序列的綠鰭馬面鲀6個野生群體的遺傳結(jié)構(gòu)分析[J]. 中國水產(chǎn)科學(xué), 2018, 25(4): 827-836.

BIAN Li, WANG Pengfei, CHEN Siqing, et al. Population genetic structure ofin China’s coastal waters based on mitochondrial Cytsequences[J]. Journal of Fishery Sciences of China, 2018, 25(4): 827-836.

[9] YANG T, WANG Z, LIU Y, et al. Population genetics and molecular phylogeography of(Tetraodontiformes, Monachanthidae) in Northwestern Pacific inferred from variation of the mtDNA control region[J]. Aquatic Living Resources, 2019, 32: 18.

[10] GWAK W S, ROY A. Genetic diversity and population genetic structure of Korean black scraperin Korea and Japan based on the mtDNA marker[J]. Ocean Science Journal, 2021: 1-9.

[11] LIU F, QU Y K, GENG C, et al. Analysis of the population structure and genetic diversity of the red swamp crayfish () in China using SSR markers[J]. Electronic Journal of Biotechnology, 2020, 47: 59-71.

[12] GUO X, LI Q, WANG Q Z, et al. Genetic mapping and QTL analysis of growth-related traits in the Pacific oyster[J]. Marine Biotechnology, 2012, 14(2): 218-226.

[13] LIU T, LI Q, SONG J, et al. Development of genomic microsatellite multiplex PCR using dye-labeled universal primer and its validation in pedigree analysis of Pacific oyster ()[J]. Journal of Ocean University of China, 2017, 16(1): 151-160.

[14] 徐亙博. 半滑舌鰨等九種海水魚微衛(wèi)星分子標記的開發(fā)和應(yīng)用[D]. 青島: 中國海洋大學(xué), 2010: 37-50.

XU Genbo. Development and application of microsatellite markers inand other eight crucial marine fish species[D]. Qingdao: Ocean University of China, 2010: 37-50.

[15] AN H S, LEE J W, DONG C M, et al. Development and characterization of microsatellite markers for genetic analysis of the Korean black scraper,[J]. Genes & Genomics, 2011, 33(5): 499-504.

[16] AN H S, KIM M, LEE W, et al. Novel polymorphic mi-crosatellite loci for the Korean black scraper (), and their application to the genetic characterization of wild and farmed populations[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2011, 12(6): 4104-4119.

[17] 王娟娟, 趙明, 韓雨威, 等. 微衛(wèi)星DNA標記開發(fā)技術(shù)進展及其在經(jīng)濟植物研究中的應(yīng)用[J]. 生命科學(xué)研究, 2016, 20(3): 260-266.

WANG Juanjuan, ZHAO Ming, HAN Yuwei, et al. Advances in development of microsatellite DNA markers and their applications in economic plant research[J]. Life Science Research, 2016, 20(3): 260-266.

TANG Rongye, SU Mengyuan, YANG Wenshan, et al. Analysis of microsatellite distribution characteristics in the Channel catfish () Genome[J]. Progress in Fishery Sciences, 2022, 43(2): 89-97.

[19] 梁霞, 王慧琪, 馬宇璇, 等. 鯉魚()全基因組微衛(wèi)星分布特征研究[J]. 南京師大學(xué)報(自然科學(xué)版), 2021, 44(3): 103-111.

LIANG Xia, WANG Huiqi, MA Yuxuan, et al. Distribution characteristics of microsatellites in the whole genome of, Linnaeus[J]. Journal of Nanjing Normal University (Natural Science Edition), 2021, 44(3): 103-111.

[20] 倪守勝, 楊鈺, 柳淑芳, 等. 基于高通量測序的蝦夷扇貝基因組微衛(wèi)星特征分析[J]. 漁業(yè)科學(xué)進展, 2018, 39(1): 107-113.

NI Shousheng, YANG Yu, LIU Shufang et al. Microsatellite analysis ofusing next- generation sequencing method[J]. Progress in Fishery Sciences, 2018, 39(1): 107-113.

[21] DONG W, HE F, WEI S, et al. Identification and characterization of SSR markers in taro [(L.) Schott] by RAD sequencing[J]. Genetic Resources and Crop Evolution, 2021, 68(7): 2897-2905.

[22] LI X, TANG Y, ZHANG R, et al. Characterization and development of SSR markers of schizothoracine fish (Cypriniformes: Cyprinidae) based on SLAF-seq technique[J]. Journal of Applied Ichthyology, 2020, 36(4): 519-527.

[23] 吳仁協(xié), 肖瑤, 牛素芳, 等. 基于SLAF-seq技術(shù)的黑棘鯛微衛(wèi)星標記開發(fā)及其在鯛科魚類中的通用性研究[J]. 海洋與湖沼, 2019, 50(2): 365-377.

WU Renxie, XIAO Yao, NIU Sufang, et al. Development of microsatellite markers forbased on SLAF-seq technology and generality in the family Sparidae[J]. Oceanologia et Limnologia Sinica, 2019, 50(2): 365-377.

[24] 張浩冉, 梁鎮(zhèn)邦, 吳仁協(xié), 等. 基于SLAF-seq技術(shù)的沙帶魚()微衛(wèi)星標記開發(fā)以及在近緣種中的通用性[J]. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué), 2018, 37(8): 3331-3338.

ZHANG Haoran, LIANG Zhenbang, WU Renxie, et al. Microsatellite loci isolation in the Savalai hairtail () based on SLAF-seq technology and generality in the related species[J]. Genomics and Applied Biology, 2018, 37(8): 3331-3338.

[25] BIAN L, LI F, GE J, et al. Chromosome‐level genome assembly of the greenfin horse‐faced filefish () using Oxford Nanopore PromethION sequencing and Hi‐C technology[J]. Molecular Ecology Resources, 2020, 20(4): 1069-1079.

[26] 任建功, 王青林, 孫朝徽, 等. 許氏平鲉6個地理群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J]. 水產(chǎn)科學(xué), 2021, 40(3): 301-309.

REN Jiangong, WANG Qinglin, SUN Zhaohui, et al. Genetic diversity among six geographical populations of Schlegel’s Black Rockfishby microsatellite marker[J]. Fisheries Science, 2021, 40(3): 301-309.

[27] 梁業(yè)松, 張維煒, 宋飛彪, 等. 虎龍雜交斑養(yǎng)殖群體遺傳多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)的微衛(wèi)星分析[J]. 水產(chǎn)學(xué)報, 2022, 46(1): 31-40.

LIANG Yesong, ZHANG Weiwei, SONG Feibiao, et al. Genetic diversity and genetic structure analysis of aquaculture groups ofhybrid grouper [(♀)(♂)] using microsatellite markers[J]. Journal of Fisheries of China, 2022, 46(1): 31-40.

[28] RICO C, CUESTA J A, DRAKE P, et al. Null alleles are ubiquitous at microsatellite loci in the wedge clam ()[J]. Peer J, 2017, 5: e3188.

[29] BOTSTEIN D, WHITE R L, SKOLNICK M, et al. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms[J]. American Journal of Human Genetics, 1980, 32(3): 314-331.

[30] VOETEN R L C, VENTOURI I K, HASELBERG R, et al. Capillary electrophoresis: trends and recent advan-ces[J]. Analytical Chemistry, 2018, 90(3): 1464-1481.

[31] NEI M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals[J]. Genetics, 1978, 89(3): 583-590.

[32] 張廣明, 孫秀俊, 吳彪, 等. 蝦夷扇貝EST-SSR標記在櫛孔扇貝中的通用性研究[J]. 漁業(yè)科學(xué)進展, 2018, 39(4): 139-146.

ZHANG Guangming, SUN Xiujun, WU Biao, et al. Transferability of EST-SSR frominto[J]. Progress in Fishery Sciences, 2018, 39(4): 139-146.

[33] 楊忠禮. 蘭州鲇EST-SSR分子標記的開發(fā)及其在鲇形目和鯉形目魚類中的通用性研究[D]. 蘭州: 甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué), 2016: 42-46.

YANG Zhongli. Development ofEST-SSR markers and their transferability analysis in Siluriformes and Cypriniformes fishs[D]. Lanzhou: Gansu Agricultural University, 2016: 42-46.

[34] ZHONG X, LI Q, YU H, et al. SNP mining inEST data: transferability to four otherspecies, phylogenetic inferences and outlier SNPs under selection[J]. PLoS ONE, 2014, 9(9): e108256.

Development of microsatellite markers forand their transferability in

WANG Jiu-long, XU Wen-gang, YANG Pei, YANG Jie, DU Rong-bin, LIU Li-ming

(College of Ocean, Yantai University, Yantai 264005, China)

In this study, microsatellite loci in the complete genome sequence of.(published in NCBI) were screened and verified in a wild population. The aim is to develop molecular markers for population genetics research and fully exploit the genomic resources of.Thirty highly polymorphic, novel microsatellite markers were identified in 85 selected loci. The number of alleles ranged from 4 to 16, with an average of 8.5. The observed heterozygosity ranged from 0.207 to 0.916, with an average of 0.685. The expected heterozygosity ranged from 0.315 to 0.971, with an average of 0.756. The polymorphic information content ranged from 0.301 to 0.898, with an average of 0.716. Of the 30 microsatellite loci identified, 26 (86.67%) were highly polymorphic, and 7 significantly deviated from the Hardy–Weinberg equilibrium after Bonferroni correction. The transferability of these polymorphic microsatellite markers was assessed in the closely related species, in which 13 loci were successfully amplified, and 9 were found to be polymorphic. The microsatellite markers developed in this study can be used in genetic diversity analysis, QTL mapping, and phylogenic studies ofand related species.

;; microsatellite markers; transferability

Jan. 20, 2022

[Rescarch Start-up Fund for Young Doctor of Yantai University, No. HX19B18; Science and Technology Innovation Development Plan of Yantai, No. 2022XDRH022]

S917.4

A

1000-3096(2022)06-0099-10

10.11759/hykx20220120003

2022-01-20;

2022-04-01

煙臺大學(xué)青年博士科研啟動基金項目(HX19B18); 煙臺市科技創(chuàng)新發(fā)展計劃(2022XDRH022)

王九龍(1989—), 男, 山東聊城人, 博士, 講師, 主要從事水產(chǎn)動物遺傳育種研究, E-mail: Wangjiulong_work@163.com; 劉立明(1971—),通信作者, E-mail: liu_liming71@163.com

(本文編輯: 譚雪靜)