陳 莉，顧曉紅，季文君，潘爾卓

（蘇州市藥品檢驗檢測研究中心，江蘇 蘇州 215104）

人獸共患病是指病原體通過直接或間接的方式在人類和動物之間傳播的疾病。 人獸共患病在全球公共衛(wèi)生事件中一直占據(jù)重要的位置， 據(jù)世界衛(wèi)生組織 （World Health Organization，WHO）的統(tǒng)計數(shù)據(jù)，影響人類健康的傳染性病原體中，約有61%的病原體為人獸共患病原體［1］，對公共衛(wèi)生安全造成嚴重危害。根據(jù)2009 年農(nóng)業(yè)農(nóng)村部和國家衛(wèi)生健康委員會共同發(fā)布的《人獸共患病名錄》，目前人獸共患病有26 種［2］。 受人類活動加劇以及氣候變化等因素的影響， 人類與病原體自然攜帶生物的接觸越來越多，大大增加了人獸共患病發(fā)生發(fā)展形式的復(fù)雜程度和防控難度，因此，有必要加強對過去和現(xiàn)階段人獸共患病及其病原微生物研究的了解。 此外，針對一些未在我國流行和暴發(fā)的人獸共患病，應(yīng)借鑒其他國家和地區(qū)的防控經(jīng)驗和科學研究結(jié)果，應(yīng)對可能的新發(fā)人獸共患病。

該研究采用文獻計量學方法， 采用COOC 12.6 軟件和Citespace 5.8 R1 軟件對2001—2021年P(guān)ubMed 數(shù)據(jù)庫收錄的人獸共患病文獻進行統(tǒng)計分析， 探討人獸共患病及其病原微生物的研究現(xiàn)狀和變化趨勢， 以期借助全球范圍內(nèi)人獸共患病及其病原微生物的研究信息， 為我國人獸共患病的防控提供科研信息儲備。

1 數(shù)據(jù)來源與研究方法

1.1 資料來源

以Pubmed 數(shù)據(jù)庫為數(shù)據(jù)來源，利用“Zoonosis［Title/Abstract］ OR Zoonotic ［Title/Abstract］ OR Zoonoses［Title/Abstract］”作為“Title/Abstract”項的檢索詞進行檢索，檢索結(jié)果以PMID 的格式導出，文獻檢索的時間范圍為2001 年1 月1 日—2021年12 月31 日。

1.2 研究方法

利用COOC 12.6 軟件對文獻的發(fā)表年份和關(guān)鍵詞（作者關(guān)鍵詞及Mesh 關(guān)鍵詞）信息進行提取，首先進行發(fā)文量的統(tǒng)計，隨后進行替換同義詞、刪除國家地區(qū)名稱、 刪除概念性和政策性的關(guān)鍵詞等預(yù)處理，最后轉(zhuǎn)為refwork 格式，導入Citespace 5.8 R1 軟件，參數(shù)均設(shè)置為默認值，分別進行關(guān)鍵詞共現(xiàn)、關(guān)鍵詞聚類、時間線和關(guān)鍵詞突現(xiàn)分析。

2 計量統(tǒng)計結(jié)果

2.1 文獻分布特征

根據(jù)設(shè)定條件，從Pubmed 數(shù)據(jù)庫中共檢索到36 307 篇文獻符合分析條件。經(jīng)統(tǒng)計，2001—2021年每年的發(fā)文量及指數(shù)呈現(xiàn)逐年增加的趨勢 （見圖1）， 增長率較高的年份為2020 年 （增長率為37.9%）和2013 年（增長率為32.4%）。

圖1 2001—2021 年P(guān)ubMed 數(shù)據(jù)庫中人獸共患病研究發(fā)文量

2.2 關(guān)鍵詞頻次

對提取到的關(guān)鍵詞進行統(tǒng)計，得到了近20 年的人獸共患病及其病原微生物的高頻關(guān)鍵詞前20 位，結(jié)果見表1。首先是較為常見的人獸共患病病原微生物，如布魯菌（Brucella）、戊型肝炎病毒（hepatitis E virus）、鏈球菌（Streptococcus）、大腸桿菌（Escherichia coli，E. coli）和沙門菌（Salmonella）等， 提示需要持續(xù)關(guān)注這些病原體的感染和控制情況，防止大規(guī)模疫情的發(fā)生；其次是近些年在國際上被廣泛關(guān)注的人獸共患病病原微生物， 如新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）和甲型流感病毒（influenza A virus）等，針對這些病原引起的人獸共患病， 應(yīng)當密切關(guān)注病原微生物的變異及機制的研究，以尋找預(yù)防和治療的最優(yōu)方案，盡早控制發(fā)展趨勢； 最后是在國外特定地區(qū)曾大規(guī)模出現(xiàn)的人獸共患病， 如Q 熱（Q fever） 和中東呼吸綜合征（middle east respiratory syndrome，MERS）等，應(yīng)當重點關(guān)注輸入性風險，避免這些疾病在我國暴發(fā)。

表1 2001—2021 年P(guān)ubmed 數(shù)據(jù)庫中人獸共患病及其病原微生物高頻關(guān)鍵詞（排名前20 位） 單位：次

2.3 關(guān)鍵詞共現(xiàn)分析

關(guān)鍵詞出現(xiàn)的頻次是判斷研究焦點的重要依據(jù)［3］。 借助人獸共患病及其病原體關(guān)鍵詞的共現(xiàn)分析， 可以提示目前人獸共患病病原微生物研究的關(guān)注點或熱點， 以開展防控研究。 筆者對2001—2022 年P(guān)ubMed 數(shù)據(jù)庫中檢索到的 “人獸共患”文獻的關(guān)鍵詞進行共現(xiàn)分析，共發(fā)現(xiàn)關(guān)鍵詞359 個，形成397 條連線。 文獻的熱點關(guān)鍵詞共現(xiàn)圖譜見圖2， 圖中文字大小代表關(guān)鍵詞出現(xiàn)的頻次，節(jié)點間的連線表示節(jié)點之間的聯(lián)系，連線的粗細表示關(guān)鍵詞共現(xiàn)的強度。結(jié)果顯示，節(jié)點較大即出現(xiàn)頻率較高的關(guān)鍵詞排名前10 位的有系統(tǒng)發(fā)育（phylogeny）、聚合酶鏈式反應(yīng)（PCR）、基因型（genotype）、序列分析（sequence analysis）、鉤端螺旋體（Leptospira）、布魯菌病（brucellosis）、酶聯(lián)免疫吸附試驗（ELISA）、新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）、包蟲?。╡chinococosis）、利什曼?。╨eishmaniasis）等。

圖2 2001—2021 年P(guān)ubmed 數(shù)據(jù)庫中人獸共患病及其病原體相關(guān)關(guān)鍵詞共現(xiàn)分析結(jié)果

2.4 關(guān)鍵詞的聚類分析

采用Citespace 5.8 R1 軟件進行人獸共患病關(guān)鍵詞的聚類分析， 以直觀反映研究熱點的類別［4］。呈現(xiàn)的關(guān)鍵詞聚類如圖3 和表2 所示。 聚類的平均輪廓值S 為0.971 2， 且所有類別的S 值大于0.9，說明聚類的同質(zhì)性較高［5］，結(jié)果具有較高的可信度。

圖3 和表2 的聚類結(jié)果顯示， 在人獸共患病研究方面， 研究者目前關(guān)注較多的有10 個大類，分別為#1 甲型流感病毒（influenza A virus）相關(guān)，#2 戊型肝炎（hepatitis E）相關(guān)，#3、#4、#6、#7 四個聚類的蜱媒傳染?。╰ick-borne diseases）相關(guān)，#5基因分型（genotype）等分子診斷技術(shù)相關(guān)，#8 包蟲?。╡chinococcosis）相關(guān)，#9 新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）相關(guān)，以及#10 弓形蟲?。╰oxoplasmosis）相關(guān)。 除新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）和包蟲?。╡chinococcosis）相關(guān)這兩類較為熟悉的人獸共患病外， 值得關(guān)注的還有蜱媒傳染?。╰ickborne diseases）和分子診斷相關(guān)的聚類。 聚類中的萊姆?。↙yme disease）、無形體?。╝naplasmosis）、埃立克體?。╡hrlichiosis）、巴貝西蟲?。╞abesiosis）等均為蜱媒傳染?。?-7］。 雖然隨著衛(wèi)生條件的改善，蜱蟲在日常生活中已經(jīng)逐漸消失，但作為人獸共患病的傳播媒介， 它目前還是僅次于蚊的第二大病媒生物，可以攜帶和傳播細菌、病毒、立克次體、螺旋體和寄生蟲等上百種病原體［8］，在人獸共患病的防控中還是應(yīng)該加以關(guān)注。

表2 2001—2021 年P(guān)ubmed 數(shù)據(jù)庫中人獸共患病相關(guān)關(guān)鍵詞及聚類結(jié)果

圖3 2001—2021 年P(guān)ubmed 數(shù)據(jù)庫中人獸共患病相關(guān)關(guān)鍵詞聚類分析結(jié)果

此外，除了疾病和病原微生物，病原微生物的分子檢測方法也是研究聚焦的重要大類之一。 除了傳統(tǒng)的PCR 檢測方法，熱點的檢測方法還出現(xiàn)了基因分型（genotype）、系統(tǒng)發(fā)育（phylogeny）、序列分析（sequence analysis）、多態(tài)性（polymorphism）等與基因組學相關(guān)的新興檢測技術(shù)， 提示了病原微生物的檢測技術(shù)與人獸共患病的診斷、 流行和防控的密切聯(lián)系。

在聚類結(jié)果中， 還有一些不相關(guān)的疾病也被歸為同一類別，如Q 熱（Q fever）與戊型肝炎（hepatitis E），可能的原因為這兩種疾病都會出現(xiàn)肝炎等并發(fā)癥［9-10］，另外也可能與多發(fā)的地域有關(guān)，可在后續(xù)研究中加以關(guān)注。

2.5 突現(xiàn)詞分析

對關(guān)鍵詞隨文章發(fā)表的時間進行突現(xiàn)詞分析， 可以直觀地體現(xiàn)人獸共患病研究熱點隨時間的變化［11-12］。在突現(xiàn)詞分析結(jié)果（見圖4）中可以看到， 近3 年人獸共患病的研究熱點為以新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）為代表的冠狀病毒相關(guān)疾病以及病原及其受體，包括病毒性肺炎（viral pneumonia）、乙型冠狀病毒（betacoronavirus）、冠狀病毒（coronavirus）、呼吸道感染（respiratory infections）、刺突糖蛋白（spike glycoprotein）、嚴重急性呼吸綜合征（severe acute respiratory syndrome，SARS）和血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2 （angiotensin-converting enzyme 2，ACE2），可見新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）相關(guān)研究確實為近年來的研究熱點［13-15］。

圖4 2001—2021 年P(guān)ubmed 數(shù)據(jù)庫中人獸共患病相關(guān)關(guān)鍵詞突現(xiàn)分析結(jié)果

從突變詞的變化中， 還可以發(fā)現(xiàn)病原微生物檢測方法隨著時間的推移發(fā)生了更替， 早期使用的檢測方法主要有PCR、氨基酸測序（amino acid sequence）、血清分型（serotyping）；在2010 年前后，隨著測序技術(shù)的進步， 基于基因片段序列的檢測方法，如序列比對（sequence alignment）、寡核苷類排列序列分析（oligonucleotide array sequence analysis）、 脈 沖 場 凝 膠 電 泳 （pulsed field gel electrophoresis，PFGE）逐漸開始普及；近年來隨著基因測序技術(shù)的更新?lián)Q代， 測序的通量和速度都有了大幅提升［16］，因此，在突現(xiàn)詞分析結(jié)果中全基因組測 序（whole genome sequencing，WGS）從2018 年開始在文獻中突現(xiàn)。

3 討論

該研究借助COOC 12.6 和Citespace 5.8 R1軟件對Pubmed 數(shù)據(jù)庫中2001—2021 年收錄的文獻進行檢索和分析， 獲得了全球范圍內(nèi)人獸共患病及其病原體相關(guān)的熱點關(guān)鍵詞名稱、 關(guān)鍵詞間的關(guān)系、關(guān)鍵詞隨時間變化的趨勢等信息。

通過對Pubmed 數(shù)據(jù)庫中2001—2021 年發(fā)表的文獻數(shù)量進行分析，發(fā)現(xiàn)人獸共患病相關(guān)的文章數(shù)量每年都在增長，說明研究者對該領(lǐng)域的關(guān)注度一直都在增加，且近兩年的增長率還突然出現(xiàn)大幅增加，可能的原因為以新型冠狀病毒肺炎為代表的人獸共患病在全球廣泛傳播，帶動該病相關(guān)文獻在短時間內(nèi)大幅增加。 在人獸共患病病原體相關(guān)的高頻關(guān)鍵詞中也可以發(fā)現(xiàn)類似結(jié)果，新型冠狀病毒肺炎雖出現(xiàn)僅約3 年（2019 年暴發(fā)）， 但其頻次已超越了大多數(shù)人獸共患病近20 年的總和，說明該病目前是全球研究者關(guān)注的熱點。

病原微生物的檢測方法在全球人獸共患病防控中一直是一個重要環(huán)節(jié)， 在聚類分析結(jié)果中分子診斷方法也被單獨歸為一類， 說明檢測技術(shù)在人獸共患病的診斷和防控中發(fā)揮了重要作用。 此外， 檢測方法隨著科學技術(shù)的不斷進步也在更新和優(yōu)化， 早期主要為通過特定基因片段進行檢測的PCR 方法，后來出現(xiàn)了基因片段測序、序列比對等檢測方法， 近幾年則多采用全基因組測序技術(shù)。 因此，在我國的人獸共患病防控中，也應(yīng)關(guān)注新興檢測技術(shù)的應(yīng)用。

4 結(jié)論

獲得了基于Pubmed 數(shù)據(jù)庫的全球人獸共患病及其病原微生物相關(guān)的研究進展和熱點領(lǐng)域信息， 提示人獸共患病病原微生物檢測技術(shù)正在發(fā)生更新和迭代，蜱媒傳染病等依舊不能忽視。我國應(yīng)重點關(guān)注甲型流感以及新型冠狀病毒肺炎等疾病的防控，加強全基因組學檢測技術(shù)的應(yīng)用，提出控制人獸共患病病原微生物耐藥性的解決方案，并適當關(guān)注蜱媒傳染病。