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        改進(jìn)的雙水平集心臟MRI圖像左心室分割算法

        2022-06-29 12:36:54趙昊宸苑金輝朱恩嶸胡曉飛
        關(guān)鍵詞:水平模型

        趙昊宸,苑金輝,朱恩嶸,喬 艷,胡曉飛

        (1.南京郵電大學(xué) 通信與信息工程學(xué)院,江蘇 南京 210003;2.南京郵電大學(xué) 地理與生物信息學(xué)院,江蘇 南京 210003)

        0 引 言

        現(xiàn)如今,心血管疾病已經(jīng)被世界衛(wèi)生組織認(rèn)定為影響人類健康的頭號(hào)威脅,也是全球范圍內(nèi)的主要死亡原因。據(jù)國(guó)內(nèi)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì),心血管疾病的死亡人數(shù)中,農(nóng)村約為46.66%,城市約為43.81%。這一數(shù)據(jù)高于腫瘤等其他疾病[1],從而使得研究者們對(duì)心臟左心室分割投入了極大的關(guān)注?,F(xiàn)代醫(yī)學(xué)成像技術(shù)中有許多成熟的技術(shù),其中核磁共振成像技術(shù)(MRI)應(yīng)用較為廣泛。通過心臟核磁共振,可以觀察到較為清晰的心臟結(jié)構(gòu),因此國(guó)內(nèi)外許多研究人員對(duì)這一領(lǐng)域進(jìn)行了研究,并得出了許多研究成果。

        根據(jù)國(guó)內(nèi)外的研究情況,廣泛被使用的分割方法有基于邊緣的圖像分割、基于區(qū)域的圖像分割和結(jié)合特定理論的圖像分割等[2-6]。Marwa等人[6]使用像素分類的方法,通過特征數(shù)量以及KNN分類器的結(jié)合對(duì)心臟左心室進(jìn)行分割,從輸出中可以得到心臟的內(nèi)膜輪廓,再將圖像像素從卡迪爾坐標(biāo)轉(zhuǎn)化為極坐標(biāo)來分割出心臟外膜輪廓。Ngo等人[7]先利用深度學(xué)習(xí)對(duì)心臟左心室進(jìn)行分割,再利用水平集算法對(duì)訓(xùn)練結(jié)果進(jìn)行優(yōu)化,兩者的結(jié)合使得分割結(jié)果更準(zhǔn)確。He等人[8]采用傅里葉分析和圓形霍夫變換(CHT)的方法來指出左心室的大致位置,并使用膠囊網(wǎng)絡(luò)對(duì)左心室進(jìn)行精確的分割。Xie等人[9]提出了一種基于CNN的心肌中線檢測(cè)算法,以此算法來代替?zhèn)鹘y(tǒng)水平集初始化過程,并且提出了一種新的中心線引導(dǎo)水平集方法來描繪心肌區(qū)域。Dong等人[10]提出了一種新的基于全卷積網(wǎng)絡(luò)(FCN)和可變形模型的心臟左心室自動(dòng)分割方法。首先提出了一種新的基于特征融合和遷移學(xué)習(xí)的深度網(wǎng)絡(luò),再結(jié)合殘差模塊實(shí)現(xiàn)心臟左心室的分割,接著利用可變形模型的初始化對(duì)粗分割結(jié)果進(jìn)行優(yōu)化,實(shí)現(xiàn)左心室的精確分割。

        在基于深度網(wǎng)絡(luò)的圖像分割網(wǎng)絡(luò),由于使用簡(jiǎn)單的閾值對(duì)分割網(wǎng)絡(luò)輸出的概率圖進(jìn)行二值化,造成有些分割結(jié)果出現(xiàn)不光滑的邊緣。該文采用改進(jìn)的雙水平集算法作為深度網(wǎng)絡(luò)分割結(jié)果的一種后處理方法,在雙水平集能量函數(shù)中改進(jìn)距離正則項(xiàng)函數(shù),改進(jìn)的距離正則項(xiàng)函數(shù)避免了水平集函數(shù)反復(fù)初始化,解決了水平集函數(shù)不穩(wěn)定的問題。改進(jìn)的雙水平集算法能夠在一定程度上彌補(bǔ)深度網(wǎng)絡(luò)輸出結(jié)果的不足,達(dá)到優(yōu)化分割結(jié)果的目的。

        1 文中方法

        1.1 水平集算法原理

        水平集[11]算法的原理就是將線段輪廓表示為高維函數(shù)的零水平集,并根據(jù)水平集模型的曲線演化來定義輪廓的演化功能。該方法在處理曲線演化問題時(shí),只需在平面坐標(biāo)系中按一定的規(guī)則更新水平集函數(shù)。利用水平集理論,用連續(xù)曲線表示目標(biāo)的邊緣,然后求解能量泛函的最小值,當(dāng)?shù)玫阶钚≈禃r(shí),曲線的演化結(jié)果即分割目標(biāo)的輪廓。傳統(tǒng)的水平集方法存在反復(fù)初始化的問題,為了克服這個(gè)問題,Li等人[12]提出了一種距離規(guī)則化水平集(DRLSE)模型算法,解決了反復(fù)初始化的問題。按照曲線的演化規(guī)律,得到能量泛函為:

        ε(φ)=μRp(φ)+εext(φ)

        (1)

        其中,μ是大于零的常數(shù),φ是水平集函數(shù),Rp(φ)是定義的距離正則項(xiàng),它保證水平集函數(shù)能夠約等于符號(hào)距離函數(shù),消除了水平集函數(shù)的反復(fù)初始化的過程。外部能量項(xiàng)εext(φ)由圖像先驗(yàn)信息決定。

        水平集的距離正則項(xiàng)被定義為:

        (2)

        其中,p為勢(shì)函數(shù),p:[0,∞)→R,▽為梯度算子。傳統(tǒng)勢(shì)函數(shù)定義為:

        (3)

        偏微分方程為:

        (4)

        擴(kuò)散率為:

        (5)

        當(dāng)|▽?duì)諀>1時(shí),r1>0,對(duì)應(yīng)的前向擴(kuò)散使|?φ|減小;當(dāng)|?φ|<1時(shí),r1<0,對(duì)應(yīng)的后向擴(kuò)散使|▽?duì)諀增大。因此,擴(kuò)散的最終結(jié)果就是使得|?φ|→1,從而保持了符號(hào)距離函數(shù)的特性。但是,當(dāng)|▽?duì)諀→0時(shí),該方法的擴(kuò)散率r1→-∞,這必將使水平集函數(shù)在演化過程中出現(xiàn)劇烈震蕩,將會(huì)直接影響到水平集函數(shù)的光滑性,進(jìn)而影響到分割結(jié)果的精度。

        1.2 改進(jìn)的距離正則項(xiàng)函數(shù)

        水平集函數(shù)的演化過程可視為圖像域上梯度模的平滑過程,期望平滑效果為:在水平集附近區(qū)域維持符號(hào)距離函數(shù)的特性,即維持|▽?duì)諀=1;而在遠(yuǎn)離水平集區(qū)域保持水平集函數(shù)的平坦性,即使得|▽?duì)諀=0。為此,該文改進(jìn)了距離規(guī)則懲罰項(xiàng),其勢(shì)函數(shù)具體的表達(dá)式如下:

        (6)

        由式(6)可知,當(dāng)|▽?duì)諀=0和|▽?duì)諀=1時(shí),能量泛函取得極小值p2(|▽?duì)諀)=0。

        此時(shí),擴(kuò)散率為:

        r2(|▽?duì)諀)=

        (7)

        偏微分方程為:

        (8)

        且,

        (9)

        由式(9)可知式(7)的擴(kuò)散率是有界的,經(jīng)過擴(kuò)散的水平集函數(shù)大大降低了劇烈震蕩的情況,使水平集函數(shù)具有足夠的穩(wěn)定性。水平集函數(shù)的曲線變化相當(dāng)于梯度流,不僅能夠使能量函數(shù)最小化,而且能夠約束水平集函數(shù)的梯度模,消除傳統(tǒng)水平集函數(shù)的反復(fù)初始化問題。根據(jù)式(7)可知:

        當(dāng)|▽?duì)諀>1,r2>0,曲線正向擴(kuò)散,擴(kuò)散會(huì)使得|▽?duì)諀越來越小,并使其趨近于|▽?duì)諀→1;

        當(dāng)1/2<|▽?duì)諀<1,r2<0,曲線反向擴(kuò)散,擴(kuò)散會(huì)使得|▽?duì)諀越來越大,使其恢復(fù)到|▽?duì)諀→1;

        當(dāng)|▽?duì)諀<1/2,曲線正向擴(kuò)散,擴(kuò)散會(huì)使得|▽?duì)諀越來越小,曲線演化的結(jié)果是|▽?duì)諀=0。

        總之,水平集函數(shù)演化結(jié)果向|?φ|→1或|▽?duì)諀→0進(jìn)行。

        1.3 雙水平集能量函數(shù)

        因?yàn)閱嗡郊P托枰獌纱吻€演化才能分別得出左心室的內(nèi)外膜輪廓,并且因?yàn)閮?nèi)膜和外膜附近像素點(diǎn)的對(duì)比度存在差異,使用一個(gè)水平集模型分割左心室的內(nèi)外膜會(huì)導(dǎo)致內(nèi)外膜發(fā)生邊緣泄漏。通過將改進(jìn)后水平集模型的0水平集和k水平集進(jìn)行融合得到雙水平集[13]模型,能夠同時(shí)分割左心室的內(nèi)外膜。

        圖1(a)為左心室短軸圖像,由于分割目標(biāo)是找到左心室內(nèi)膜和外膜,定位內(nèi)膜和外膜的曲線,定義水平集函數(shù)φ:Ω→R。圖1(b)為雙水平集表示,內(nèi)部黑色橢圓曲線表示0水平集曲線C0={x:φ(x)=0},外部黑色橢圓曲線表示k水平集曲線Ck={x:φ(x)=k},分別代表左心室內(nèi)膜和外膜。圖1(b)所示兩條曲線將圖像劃分為三個(gè)子區(qū)域:Ω1={x:φ(x)<0},Ω2={x:0<φ(x)k}。分別對(duì)應(yīng)左心室心腔、心肌和室外組織。

        圖1 左心室短軸圖像和雙水平集表示

        定義能量函數(shù)為[14]:

        εε(φ)=μR(φ)+λL(φ)+αA(φ)

        (10)

        其中,R(φ)是模型距離正則項(xiàng),L(φ)是模型邊緣約束項(xiàng),A(φ)是模型演化速度控制項(xiàng)。R(φ)穩(wěn)定模型進(jìn)行分割時(shí)曲線的正則性;L(φ)引入各向異性梯度矢量流控制0水平集函數(shù)曲線和k水平集函數(shù)曲線向內(nèi)外膜輪廓凹陷處演化;A(φ)控制水平集函數(shù)曲線向目標(biāo)邊緣演化的速率。R(φ),L(φ),A(φ)如下:

        (11)

        k)|?φ|dx

        (12)

        (13)

        且δ和H分別為狄拉克函數(shù)和赫維賽德函數(shù):

        (14)

        (15)

        邊緣指定符為:

        (16)

        其中,Gσ表示標(biāo)準(zhǔn)差σ的高斯核函數(shù),I表示圖像的所有區(qū)域。

        2 實(shí)驗(yàn)及分析

        2.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)

        本次實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)來自于多倫多兒童病醫(yī)院影像科[15],在該數(shù)據(jù)集中,包含33名受試者的短軸心臟MR圖像序列,其中每位受試者都有8到15個(gè)序列,每個(gè)序列都有一個(gè)20幀的心動(dòng)周期,并且含有手動(dòng)分割標(biāo)簽5 011張圖像。原始圖像大小為256×256,通過ROI提取128×128的大小以在保存左心室輪廓的情況下減少無用信息。如圖2所示。

        圖2 Cardiac MRI dataset數(shù)據(jù)集的圖像

        2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果

        因?yàn)閭鹘y(tǒng)水平集模型需要人為設(shè)置分割初始位置,導(dǎo)致分割流程復(fù)雜且低效,而且容易受到人為因素的影響,所以該文使用U-net網(wǎng)絡(luò)的分割結(jié)果作為水平集算法的初始輪廓來解決這一問題。

        圖3所示為左心室MR圖像及分割結(jié)果。圖中所示D、J和S分別表示分割的評(píng)價(jià)指標(biāo)Dice系數(shù)、Jaccard系數(shù)和Sensitivity系數(shù)。

        為了驗(yàn)證該文采用的水平集算法在左心室分割上的表現(xiàn),選取了幾個(gè)近些年提出的左心室分割算法作為比較對(duì)象,這些算法也采用相同的左心室分割數(shù)據(jù)集。

        表1記錄了不同算法之間的Dice系數(shù)、Jaccard系數(shù)和Sensitivity系數(shù)。從表1可以看出,文中算法得到的分割結(jié)果明顯優(yōu)于U-net網(wǎng)絡(luò);與其他兩種算法相比,在Dice系數(shù)上取得了最優(yōu)的結(jié)果。

        圖3 心臟MR圖像及分割結(jié)果

        表1 文中算法實(shí)驗(yàn)結(jié)果與其他算法對(duì)比

        3 結(jié)束語

        提出了一種改進(jìn)的雙水平集模型用于分割左心室內(nèi)外膜,利用新的距離正則化項(xiàng)加快模型曲線演化速度,避免曲線演化過程中出現(xiàn)震蕩,影響分割結(jié)果;并使用0水平集和k水平集的雙水平集能量函數(shù)對(duì)左心室內(nèi)外膜進(jìn)行自動(dòng)分割。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該方法作為深度網(wǎng)絡(luò)分割結(jié)果的后處理算法,在左心室MRI圖像分割中,分割精度獲得了較大的提升。但是在使用雙水平集模型進(jìn)行分割時(shí),由于影像灰度的不均勻性,兩條演化曲線劃分的三個(gè)子區(qū)域內(nèi)的灰度分布可能存在重疊,應(yīng)充分利用局部信息優(yōu)化灰度不均勻性,如何解決這個(gè)問題將是下一步的研究方向。

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