亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        基于癌癥基因圖譜數(shù)據(jù)庫分析SNRPEP2在肝細(xì)胞癌中的表達(dá)及其臨床意義

        2022-06-11 09:33:04別蓓蓓周亞明嚴(yán)成俊孫晉
        浙江醫(yī)學(xué) 2022年10期
        關(guān)鍵詞:因素水平分析

        別蓓蓓 周亞明 嚴(yán)成俊 孫晉

        肝細(xì)胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是最常見的原發(fā)性肝臟腫瘤,發(fā)病率位居惡性腫瘤第6位,死亡率更是高居惡性腫瘤第4位[1-2]。盡管近年來在HCC診斷和治療方面取得了一定進(jìn)展,尤其是分子靶向治療和免疫治療[3],但由于病情隱匿且治療后極易復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移,導(dǎo)致患者的預(yù)后較差、死亡率居高不下,因此迫切需要開發(fā)可用于HCC診斷和預(yù)后判斷的生物標(biāo)志物以及新型治療分子靶標(biāo)。假基因是指基因組中與正常蛋白編碼基因序列相似,但缺乏編碼氨基酸能力的DNA拷貝[4]。過去一直認(rèn)為假基因無生物學(xué)功能,但近年來發(fā)現(xiàn)假基因可在RNA水平發(fā)揮調(diào)控作用,參與生物個體發(fā)育和疾病發(fā)生、發(fā)展[5-6]。Han等[7]發(fā)現(xiàn)大量假基因在不同腫瘤亞型之間存在差異表達(dá),可對腫瘤組織學(xué)亞型進(jìn)行準(zhǔn)確分類且與患者生存期顯著相關(guān),提示假基因具有可作為腫瘤診斷和預(yù)后判斷生物標(biāo)志物的潛力。小核糖核蛋白多肽E假基因2(small nuclear ribonucleoprotein polypeptide E pseudogene 2,SNRPEP2)位于人類9號染色體,轉(zhuǎn)錄本長度為279 bp。研究發(fā)現(xiàn)SNRPEP2在結(jié)腸癌和乳腺癌中表達(dá)上調(diào)且與不良預(yù)后相關(guān)[8-9]。目前,SNRPEP2在HCC中表達(dá)是否異常以及是否參與HCC發(fā)生、發(fā)展仍不清楚。本研究基于癌癥基因圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫探討SNRPEP2在HCC組織中的表達(dá)及其臨床意義,以期為SNRPEP2應(yīng)用于HCC診斷和預(yù)后判斷等轉(zhuǎn)化研究提供依據(jù)。

        1 材料和方法

        1.1 數(shù)據(jù)獲取及處理 從TCGA數(shù)據(jù)庫(https://portal.gdc.cancer.gov/)下載374例HCC組織樣本和50例癌旁正常組織樣本的轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-seq)數(shù)據(jù)和相關(guān)臨床資料。將下載的FPKM格式的RNA-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為TPM格式,經(jīng)log2轉(zhuǎn)化處理后即可用于后續(xù)分析。

        1.2 SNRPEP2在HCC組織中的表達(dá)及與臨床特征的關(guān)系分析 采用R語言ggplot2程序包分析HCC組織和癌旁正常組織中SNRPEP2的表達(dá)情況;根據(jù)表達(dá)量中位數(shù)將患者分為高表達(dá)組和低表達(dá)組,采用二分類logistic回歸模型分析SNRPEP2表達(dá)水平與性別、年齡、TNM分期、病理分期、腫瘤狀態(tài)(包括無瘤和荷瘤兩種狀態(tài),無瘤指通過各種手段去除腫瘤組織后使肉眼或影像學(xué)不可見腫瘤組織,荷瘤指有影像學(xué)或肉眼可見的腫瘤組織)、組織學(xué)分級、血清甲胎蛋白(alpha fetal protein,AFP)水平、血管浸潤情況、肝纖維化Ishak評分、鄰近肝組織炎癥情況、Child-Pugh分級等臨床特征的關(guān)系。

        1.3 SNRPEP2與HCC患者預(yù)后的關(guān)系 通過R語言survival程序包分析SNRPEP2表達(dá)與總生存期(overall survival,OS)、疾病特異性生存期(disease specific survival,DSS)和無進(jìn)展間隔期(progress free interval,PFI)的關(guān)系,并運(yùn)用Cox比例風(fēng)險回歸模型分析影響預(yù)后的危險因素,其中單因素分析結(jié)果P值<0.1的臨床指標(biāo)進(jìn)一步納入多因素分析。根據(jù)影響預(yù)后的危險因素采用R語言rms程序包進(jìn)一步構(gòu)建Nomogram預(yù)測模型,用于預(yù)測HCC患者1、3和5年生存率。

        1.4 SNRPEP2對HCC的診斷效能分析 利用R語言pROC程序包制作ROC曲線,通過AUC評估SNRPEP2在HCC診斷中的效能。

        1.5 統(tǒng)計學(xué)處理 采用SPSS 20.0統(tǒng)計軟件。SNRPEP2在非配對和配對組織中的表達(dá)差異分別采用兩獨(dú)立樣本t檢驗和配對樣本t檢驗。繪制Kaplan-Meier生存曲線并通過log-rank檢驗分析SNRPEP2表達(dá)與患者預(yù)后的關(guān)系。通過建立二分類logistic回歸模型分析SNRPEP表達(dá)與臨床病理特征的關(guān)系。通過單因素和多因素Cox回歸分析臨床病理特征與患者OS的關(guān)系。P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 SNRPEP2在HCC組織中的表達(dá)情況 通過比較374例HCC組織和50例癌旁正常組織中SNRPEP2的表達(dá)水平,發(fā)現(xiàn)HCC組織中SNRPEP2表達(dá)水平明顯高于癌旁正常組織(P<0.01,見圖1a;進(jìn)一步比較50例HCC組織和癌旁配對組織中SNRPEP2表達(dá)水平,結(jié)果顯示HCC組織中SNRPEP2表達(dá)水平明顯高于癌旁配對組織(P<0.01),見圖1b。以上結(jié)果提示,SNRPEP2在HCC組織中表達(dá)上調(diào)。

        圖1 基于TCGA數(shù)據(jù)庫分析SNRPEP2在HCC組織中的表達(dá)情況(a:HCC組織與癌旁正常組織中SNRPEP2表達(dá)情況比較;b:HCC組織和癌旁配對組織中SNRPEP2表達(dá)情況比較)

        2.2 SNRPEP2表達(dá)水平與HCC患者臨床病理特征的關(guān)系 通過構(gòu)建二分類logistic回歸模型對374例HCC患者的SNRPEP2表達(dá)水平與臨床病理特征的關(guān)系進(jìn)行分析,結(jié)果顯示SNRPEP2高表達(dá)與腫瘤的組織學(xué)分級(OR=2.539,P<0.01)、血清 AFP水平(OR=2.966,P<0.01)、血管浸潤(OR=1.658,P<0.05)和鄰近肝組織炎癥(OR=1.703,P<0.05)均有關(guān),而與性別、年齡、T分期、N分期、M分期、病理分期、腫瘤狀態(tài)、肝纖維化Ishak評分和Child-Pugh分級均無關(guān)(均P>0.05),見表 1。

        表1 SNRPEP2表達(dá)水平與HCC患者臨床病理特征的關(guān)系(例)

        2.3 SNRPEP2表達(dá)水平與HCC患者預(yù)后的關(guān)系SNRPEP2高表達(dá)患者OS、DSS和PFI均低于低表達(dá)患者(均P<0.05),提示SNRPEP2高表達(dá)與HCC的不良預(yù)后有關(guān),見圖2。

        圖2 SNRPEP2高表達(dá)與低表達(dá)HCC患者生存曲線的比較

        單因素Cox回歸分析結(jié)果提示,T分期(HR=2.598,P<0.01)、M 分期(HR=4.077,P<0.05)、病理分期(HR=2.504,P<0.01)、腫瘤狀態(tài)(HR=2.317,P<0.01)和SNRPEP2表達(dá)水平(HR=2.024,P<0.01)均是影響HCC患者OS的危險因素;進(jìn)一步多因素Cox回歸分析顯示,腫瘤狀態(tài)(HR=1.816,P<0.05)和 SNRPEP2表達(dá)水平(HR=1.970,P<0.01)均是影響 HCC患者 OS的獨(dú)立危險因素,見表2。

        表2 影響HCC患者總生存期的單因素和多因素回歸分析

        續(xù)表2

        此外,綜合T分期、M分期、病理分期、腫瘤狀態(tài)和SNRPEP2表達(dá)水平等影響預(yù)后的危險因素進(jìn)一步構(gòu)建Nomogram預(yù)測模型,用于預(yù)測HCC患者1、3和5年生存率,從Nomogram圖可以看出,病理分期、腫瘤狀態(tài)和SNRPEP2表達(dá)水平對HCC患者的生存貢獻(xiàn)較大,見圖3。

        圖3 預(yù)測HCC患者1、3和5年總生存率的Nomogram圖

        2.4 SNRPEP2表達(dá)水平對HCC的診斷效能 ROC曲線分析顯示,SNRPEP2表達(dá)水平對于診斷HCC(AUC=0.925)、T1期(AUC=0.913)、M0期(AUC=0.936)、病理分期I期(AUC=0.911)均具有良好的效能。此外,SNRPEP2表達(dá)水平對于評估1、3和5年OS(AUC分別為0.659、0.649 和 0.635)、DSS(AUC 分別為 0.672、0.643 和0.604)和 PFI(AUC 分別為 0.615、0.515 和 0.610)同樣具有較好的效能,見圖4。

        圖4 SNRPEP2表達(dá)水平診斷HCC及評估預(yù)后的ROC曲線

        3 討論

        越來越多的研究證明,假基因是基因組進(jìn)化過程中形成的“分子化石”,其可以通過在DNA、RNA及蛋白等層面行使調(diào)控作用,進(jìn)而在各種生理和病理過程中發(fā)揮生物學(xué)功能,特別是在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展中扮演著重要角色[10-11]。

        近年來,假基因在HCC發(fā)生、發(fā)展中的作用及其調(diào)控機(jī)制也得到了證實(shí),研究發(fā)現(xiàn)一些假基因在HCC中表達(dá)異常且與患者的不良預(yù)后相關(guān),其可通過調(diào)控HCC增殖、遷移、侵襲、血管生成等生物學(xué)過程進(jìn)而發(fā)揮促癌或抑癌作用。例如,重組人膜聯(lián)蛋白A2(ANXA2)的假基因ANXA2P1在HCC中表達(dá)上調(diào),與患者的不良預(yù)后呈正相關(guān),其可通過miR-376a-3p/ANXA2調(diào)控軸促進(jìn)HCC的增殖、遷移和侵襲[12]。假基因泛素結(jié)合酶E2C假基因3(UBE2CP3)被發(fā)現(xiàn)其在HCC中高表達(dá)且與不良預(yù)后呈正相關(guān),其可通過激活ERK1/2/HIF-1α/血管內(nèi)皮生長因子A(VEGFA)信號增強(qiáng)HCC細(xì)胞VEGFA的分泌進(jìn)而促進(jìn)血管生成[13]。此外,研究發(fā)現(xiàn)磷酸酶與張力蛋白同源物(PTEN)的假基因PTENP1在HCC中發(fā)揮抑癌作用,其在HCC中呈現(xiàn)低表達(dá),其過表達(dá)可通過失活PI3K/Akt信號通路進(jìn)而抑制HCC的增殖、遷移和侵襲,誘導(dǎo)細(xì)胞發(fā)生凋亡和自噬[14]。

        位于人類9號染色體p24.1區(qū)域的SNRPEP2,為SNRPE基因的加工型假基因。研究發(fā)現(xiàn)SNRPEP2在結(jié)腸癌和乳腺癌中表達(dá)上調(diào)且與不良預(yù)后相關(guān)[8-9],但在HCC中的表達(dá)情況及臨床相關(guān)性目前仍不清楚。本研究利用TCGA數(shù)據(jù)庫HCC臨床樣本組織的RNA-seq數(shù)據(jù)及其臨床信息進(jìn)行生物信息學(xué)分析,重點(diǎn)圍繞SNRPEP2在HCC中的表達(dá)情況及臨床意義進(jìn)行探討。

        首先,基于TCGA數(shù)據(jù)庫HCC組織的RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行表達(dá)分析,發(fā)現(xiàn)SNRPEP2在配對和非配對HCC組織中的表達(dá)水平均高于癌旁正常組織,提示SNRPEP2具有作為HCC診斷分子標(biāo)志物的潛力。其次,通過對HCC患者的臨床信息數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘分析,探討了SNRPEP2表達(dá)水平與臨床病理特征及患者預(yù)后的關(guān)系,SNRPEP2的表達(dá)水平與腫瘤的組織學(xué)分級、血清AFP水平、血管浸潤及鄰近肝組織炎癥均有關(guān),且SNRPEP2高表達(dá)患者OS、DSS和PFI均低于低表達(dá)患者,是影響HCC患者OS的獨(dú)立危險因素,提示SNRPEP2有望成為HCC診斷和預(yù)后判斷的新型分子標(biāo)志物。此外,通過ROC曲線分析發(fā)現(xiàn)SNRPEP2表達(dá)水平對HCC的診斷具有良好的效能,并對患者的OS、DSS和PFI均具有良好的判斷效果,進(jìn)一步表明SNRPEP2可作為HCC診斷、患者預(yù)后判斷和療效評估的新型分子標(biāo)志物的潛力。

        綜上所述,本研究基于TCGA數(shù)據(jù)庫,通過生物信息學(xué)手段揭示了假基因SNRPEP2在HCC中異常高表達(dá)及其具有作為HCC診斷和預(yù)后判斷生物標(biāo)志物的潛在應(yīng)用價值,同時為后續(xù)圍繞SNRPEP2開展HCC生物標(biāo)志物相關(guān)研究提供了依據(jù)。由于本研究的SNRPEP2表達(dá)數(shù)據(jù)僅局限于HCC組織,后續(xù)可進(jìn)一步對HCC患者血清/血漿游離或外泌體來源SNRPEP2的表達(dá)及其臨床相關(guān)性和臨床意義進(jìn)行研究。

        猜你喜歡
        因素水平分析
        腹部脹氣的飲食因素
        中老年保健(2022年5期)2022-08-24 02:36:04
        張水平作品
        群眾路線是百年大黨成功之內(nèi)核性制度因素的外在表達(dá)
        隱蔽失效適航要求符合性驗證分析
        加強(qiáng)上下聯(lián)動 提升人大履職水平
        電力系統(tǒng)不平衡分析
        電子制作(2018年18期)2018-11-14 01:48:24
        電力系統(tǒng)及其自動化發(fā)展趨勢分析
        短道速滑運(yùn)動員非智力因素的培養(yǎng)
        《流星花園》的流行性因素
        做到三到位 提升新水平
        中國火炬(2010年8期)2010-07-25 11:34:30
        国产精品免费av片在线观看| 成人短篇在线视频夫妻刺激自拍| 成人男性视频在线观看| 国产精品美女一区二区视频 | 国产高潮精品久久AV无码| 亚洲欧美国产双大乳头| 91精品国产91热久久p| 国产一区二区不卡av| 内射人妻无套中出无码| 亚洲av无码av日韩av网站| 欧美极品少妇性运交| 日韩毛片久久91| 99青青草视频在线观看| 国产精品99无码一区二区| 最新四色米奇影视777在线看| 国产男女乱婬真视频免费| 精品久久中文字幕系列| 麻豆╳╳╳乱女另类| 正在播放亚洲一区| 国产一品二品三品精品久久| 国产精品毛片无遮挡高清| 午夜免费啪视频| 亚洲最大天堂无码精品区| 国产小视频一区二区三区| 亚洲人成精品久久熟女| 中国精品18videosex性中国| 无码aⅴ在线观看| 日韩美女av二区三区四区| 一本之道久久一区二区三区| 激情综合色综合啪啪五月丁香| 在线人妻无码一区二区| 免费黄网站一区二区三区| 加勒比东京热中文字幕| 中文成人无码精品久久久不卡| 欧美一区二区午夜福利在线yw| 久久国产精品精品国产色| 观看在线人视频| 国产成人无码aⅴ片在线观看| 二区三区视频在线观看| 偷拍偷窥女厕一区二区视频| 中日韩精品视频在线观看|