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        犬細(xì)小病毒荊州株的分離鑒定及VP2基因序列分析

        2022-06-09 07:33:10張含露劉詩雨趙夢杉趙懿侔楊豐利萬春云
        現(xiàn)代畜牧獸醫(yī) 2022年4期

        張含露,劉詩雨,趙夢杉,趙懿侔,邱 實(shí),呂 熙,楊豐利,萬春云

        (長江大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院小動(dòng)物疾病研究中心,湖北荊州 434025)

        犬細(xì)小病毒病,又稱犬傳染性腸炎或犬病毒性腸炎,是一種由犬細(xì)小病毒(canine parvovirus,CPV)感染所導(dǎo)致的烈性傳染病,幼犬感染率和病死率較高[1]。該病可根據(jù)臨床表現(xiàn)分為出血性腸炎型和急性心肌炎型[2-3]。CPV基因組包括NS1、NS2、VP1、VP2,其中VP2基因中最易發(fā)生突變,突變速度與RNA病毒相似,速率達(dá)到了2×10-4置換/位點(diǎn)/年[4]。CPV僅有一種抗原型,即CPV-2;但隨著CPV的不斷進(jìn)化,截至2000年已報(bào)道發(fā)現(xiàn)了CPV的3種亞型。目前,已經(jīng)出現(xiàn)的亞型包括CPV-2、CPV-2a、CPV-2b、New CPV-2a、New CPV-2b、CPV-2c、CPV-2c(a)和CPV-2c(b)[5-7]。

        中國的主要流行株包括CPV-2a和CPV-2b,但近幾年因297位氨基酸由Ser突變?yōu)锳la,而將其命名為New CPV-2a和New CPV-2b[8]。有研究者提出猜想,即免疫失敗可能是由于不斷出現(xiàn)的新型變異株,傳統(tǒng)疫苗免疫對不同變異株的中和能力降低,導(dǎo)致臨床上免疫疫苗后的犬感染CPV的情況時(shí)有發(fā)生[9-10]。本研究對1株CPV進(jìn)行病毒滴度測定、病毒VP2基因測序鑒定以及VP2基因序列分析,了解荊州地區(qū)犬細(xì)小病毒的進(jìn)化規(guī)律及當(dāng)前的流行趨勢,為該地區(qū)對犬細(xì)小病毒病的預(yù)防及治療提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 試劑與儀器

        主要試劑:貓腎細(xì)胞(F81)為華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)科動(dòng)醫(yī)學(xué)院曹罡教授饋贈(zèng);DMEM培養(yǎng)基、新生牛血清、0.25%Trypsin-EDTA(賽默飛世爾科技公司);2×PCRTaqMix、2×Pfu Mix(北京佳蘭生物科技有限公司);DL 2000 DNA Buffer(北京聚合美生物科技有限公司);DNA膠回收試劑盒、病毒DNA提取試劑盒(廣州美基生物科技有限公司)。

        主要儀器:臺(tái)式冷凍離心機(jī)(上海耐圣卡蘭實(shí)業(yè)有限公司);CO2培養(yǎng)箱、恒溫培養(yǎng)箱(上海博訊實(shí)業(yè)有限公司);PCR擴(kuò)增儀(BIOMETRA);紫外凝膠成像系統(tǒng)(上海培清科技有限公司)。

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 樣品采集

        于荊州某動(dòng)物醫(yī)院就診的1只因劇烈腹瀉、嘔吐死亡的2月齡博美幼犬,經(jīng)朝云帆干式熒光免疫分析儀檢測CPV為陽性。

        無菌條件下采集患犬腸道組織及內(nèi)容物,研磨后反復(fù)凍融3次,加入適量PBS溶液,4℃10 000 r/min離心10 min,取上清液,過0.22μm微孔濾膜,加入終止?jié)舛葹?0%的100 U/mL的雙抗(青、鏈霉素)溶液,-80℃保存。

        1.2.2 病毒分離與培養(yǎng)

        預(yù)先配制好含10%胎牛血清的DMEM細(xì)胞培養(yǎng)基。將F81細(xì)胞在37℃、5%CO2的條件下進(jìn)行培養(yǎng),待細(xì)胞鋪滿單層后(24~48 h),對其進(jìn)行傳代。

        將處理好的病料樣品按照1∶10細(xì)胞培養(yǎng)液的體積加入剛貼壁的F81細(xì)胞培養(yǎng)瓶中,37℃、5%CO2培養(yǎng)12 h后,換為2%犢牛血清濃度的DMEM培養(yǎng)液中培養(yǎng),并設(shè)置1組不接毒的細(xì)胞作為對照組。細(xì)胞連續(xù)培養(yǎng)3~4 d,每日觀察是否出現(xiàn)細(xì)胞病變(CPE)現(xiàn)象。細(xì)胞出現(xiàn)CPE現(xiàn)象并且程度達(dá)到80%以上時(shí),將其在-20℃以及4℃條件下分別凍融3次,再將病毒進(jìn)行連續(xù)傳代培養(yǎng)。

        1.2.3 病毒DNA提取

        將培養(yǎng)的第3代病毒液作為模板提取病毒DNA,提取步驟參照病毒DNA提取試劑盒說明書。

        1.2.4 引物設(shè)計(jì)

        采用卜賓等[11]設(shè)計(jì)的CPV檢測引物P1進(jìn)行PCR檢測。參照GenBank中上傳的CPV的VP2蛋白基因的序列設(shè)計(jì)了一對用于擴(kuò)增VP2基因全長的引物P2,添加BamHⅠ、HindⅢ酶切位點(diǎn)。引物由生工生物工程(武漢)股份有限公司合成,引物序列見表1。

        表1 引物序列Tab.1 Primer sequence

        1.2.5 PCR鑒定

        以1.2.3中獲得的病毒DNA作為模板,引物P1進(jìn)行PCR鑒定。

        PCR反應(yīng)體系(25μL):模板DNA 4μL、上游引物1μL、下游引物1μL、2×PCR Taq Mix 12.5μL、ddH2O 6.5μL。

        PCR反應(yīng)程序:94℃預(yù)變性5 min;98℃變性10 s,45℃退火30 s,72℃延伸40 s,35個(gè)循環(huán);72℃延伸10 min,4℃保存。PCR反應(yīng)結(jié)束后,取5μL PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳鑒定。

        1.2.6 病毒滴度(TCID50)的測定

        使用DMEM培養(yǎng)液作為稀釋液對待測病毒液進(jìn)行10倍系列稀釋,按順序轉(zhuǎn)移至96孔細(xì)胞培養(yǎng)板中,每孔接種100μL,取等量DMEM培養(yǎng)液作為空白對照。每孔加入100μL的3×105個(gè)/mL細(xì)胞懸液。37℃5%CO2的條件下培養(yǎng)3~6 d,每日觀察細(xì)胞CPE情況,按Reed-Muench兩氏法計(jì)算待檢病毒的TCID50值。

        1.2.7 目的基因的PCR擴(kuò)增

        以1.2.3中獲得的病毒DNA作為模板,引物P2進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

        PCR反應(yīng)體系(25μL):模板DNA 1μL、上游引物1μL、下游引物1μL、2×PCR Taq Mix 12.5μL、ddH2O 9.5μL。

        PCR反應(yīng)程序:95℃預(yù)變性3 min;95℃變性30 s,58℃退火60 s,72℃延伸90 s,35個(gè)循環(huán);72℃延伸10 min,4℃保存。PCR反應(yīng)結(jié)束后,取5μL PCR產(chǎn)物經(jīng)0.8%瓊脂糖凝膠電泳鑒定。

        1.2.8 PCR產(chǎn)物的回收

        參考DNA小量凝膠回收試劑盒說明書的方法,對上述反應(yīng)產(chǎn)物進(jìn)行純化回收。回收后的DNA-20℃保存。

        1.2.9 序列分析

        將1.2.7中回收的PCR產(chǎn)物送往生工生物工程(武漢)股份有限公司測序。使用DNAMAN軟件對獲得的測序結(jié)果進(jìn)行拼接和分析,將得到的序列與GenBank中已收錄的30株國內(nèi)外的CPVVP2基因序列進(jìn)行同源性比對,使用Mega 5.0軟件構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,分析氨基酸變異情況,確立新病毒株的分型。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 病毒分離結(jié)果(見圖1)

        由圖1可知,將處理好的病毒上清同步接種F81細(xì)胞后,細(xì)胞出現(xiàn)拉網(wǎng)、皺縮(CPE)現(xiàn)象。

        2.2 病毒的PCR鑒定結(jié)果(見圖2)

        由圖2可知,以第3代犬細(xì)小病毒液的DNA為模板,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,1%瓊脂糖凝膠電泳觀察到1條大約682 bp的目的條帶,符合預(yù)期的犬細(xì)小病毒的結(jié)果。

        2.3 病毒滴度測定結(jié)果

        按照Reed-Muench法計(jì)算,第5代的病毒TCID50滴度為105.0/mL。

        2.4 VP2基因的PCR擴(kuò)增(見圖3)

        由圖3可知,PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)0.8%瓊脂糖凝膠電泳鑒定,可觀察到一條大約為1 755 bp的目的條帶,符合預(yù)期的結(jié)果。

        2.5 VP2基因序列分析

        將得到的VP2基因命名為VP2-JZ1。經(jīng)過分析發(fā)現(xiàn),VP2-JZ1一共含有1 755個(gè)核苷酸,AT值所占有的比例是64.30%,而CG值所占有的比例是35.70%。其中A為616個(gè),T為512個(gè),C為278個(gè),G為349個(gè)。通過VP2基因推導(dǎo)出的VP2蛋白包含584個(gè)氨基酸。申請GenBank登錄號為MW495851。

        使用DNAMAN軟件預(yù)測了VP2-JZ1蛋白的抗原肽段。結(jié)果顯示,在247~256、145~156、479~493、495~505、135~143、267~276、531~542、453~466、103~114、66~72、170~178、285~296、80~86、421~434、335~346、569~581、558~565、398~403、126~131、217~222、4~9、195~202、207~213等23個(gè)位置可能存在抗原表位。

        2.6 VP2基因的同源性分析(見表2、圖4、圖5)

        使用MEGA5.2軟件對VP2-JZ1和GenBank中收錄的VP2基因(見表2)進(jìn)行比較顯示。

        表2 30株參考株VP2信息Tab.2 VP2 gene information of 30 reference strains

        由圖4可知,VP2-JZ1株與30株來自不同國家的VP2基因的核苷酸同源性高達(dá)98.39%~99.83%;由圖5可知,氨基酸同源性為97.56%~100.00%。

        2.7 VP2基因的遺傳進(jìn)化分析(見圖6)

        由圖6可知,VP2-JZ1株與CPV-2c型的病毒株親緣性最近,屬于同一分支;結(jié)果表明,VP2-JZ1株屬于CPV-2c型;VP2-JZ1株與三大疫苗株遺傳關(guān)系較遠(yuǎn),而且與VP2-JZ1株同源性高的參考株也與疫苗株遺傳關(guān) 系較遠(yuǎn)。

        3 討論

        CPV可在多種動(dòng)物細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行感染增殖。近年來,犬腎細(xì)胞(MDCK)和貓腎細(xì)胞(F81)細(xì)胞是最常用于分離培養(yǎng)CPV的兩種細(xì)胞。有報(bào)道表明,F(xiàn)81細(xì)胞接種CPV后的CPE較MDCK細(xì)胞更明顯。因此,本試驗(yàn)采用F81細(xì)胞分離培養(yǎng)病毒。

        犬糞便中成分較雜,有毒成分較多,可能會(huì)對接種的細(xì)胞產(chǎn)生毒性作用,進(jìn)而嚴(yán)重影響細(xì)胞貼壁生長。在接種細(xì)胞前,要將病料經(jīng)氯仿處理和微孔濾膜過濾除菌,去除病料中的細(xì)菌和有毒物質(zhì)。本研究所采集的病料為CPV確診死亡病犬的腸管及腸道內(nèi)容物,病料經(jīng)過處理后通過F81細(xì)胞分離培養(yǎng)病毒,在37℃5%CO2的培養(yǎng)條件下,接毒細(xì)胞在24~72 h出現(xiàn)了拉網(wǎng)、聚集、脫落等細(xì)胞病變現(xiàn)象,收取病毒液盲傳5代后CPE現(xiàn)象仍明顯。收集病毒液提取DNA對其進(jìn)行PCR鑒定,結(jié)果顯示,凝膠電泳鑒定有1條明顯的條帶,通過DNA測序最終確定該分離株為犬細(xì)小病毒,命名為CPV-JZ2020,第5代的病毒TCID50滴度為105.0/mL。

        在臨床使用疫苗的過程中免疫失敗的現(xiàn)象時(shí)有發(fā)生,是由于使用的疫苗仍舊是基于最開始發(fā)現(xiàn)的分離株制備而成[12-13]。X射線晶體學(xué)解析發(fā)現(xiàn),CPV病毒衣殼由約由60個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白組成,其中最主要的衣殼蛋白為VP2蛋白,其形成的衣殼上的纖突是決定病毒的抗原特性和宿主范圍的關(guān)鍵區(qū)域[14],一旦VP2蛋白上的關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)發(fā)生改變,病毒的抗原性和致病性也會(huì)隨之改變,進(jìn)而出現(xiàn)新的變異型,部分變化甚至?xí)?dǎo)致病毒的感染對象增加[15]。CPV-2可能是由貓細(xì)小病毒(FPV)變異而來,隨后由貂和狐貍等野生犬科動(dòng)物逐漸傳播至犬;經(jīng)過幾年的歷程,CPV的抗原出現(xiàn)了變化,包括抗原性、血凝性以及感染的宿主種類等,其遺傳變異性甚至與RNA病毒相似。隨后,VP2蛋白的5個(gè)氨基酸發(fā)生了變化,出現(xiàn)了新的基因型CPV-2a。1984年,其主要抗原位點(diǎn)426位發(fā)生了突變(Asn→Asp),將其命名為CPV-2b,此種基因型一般會(huì)與CPV-2a發(fā)生混合感染。隨后,426位氨基酸又出現(xiàn)了新的突變(Asn/Asp→Glu),命名為CPV-2c。

        通過測序結(jié)果可知,本研究所獲得的CPV-JZ2020的VP2基因(VP2-JZ1)一共含有1 755個(gè)核苷酸,584個(gè)氨基酸,并申請了GenBank登錄號,為MW495851。通過遺傳進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),VP2-JZ1與CPV-2c型的病毒毒株親緣性最近,屬于同一分支,說明VP2-JZ1屬于CPV-2c型。VP2-JZ1與30株來自不同國家的不同VP2基因的核苷酸同源性高達(dá)98.39%~99.83%,氨基酸同源性為97.56%~100.00%。

        通過基因比對發(fā)現(xiàn),本研究分離的CPV-JZ2020株的VP2蛋白同所選取的國內(nèi)外的CPV-2c型均發(fā)生了F267Y、S297A、Y324I、Q370R、N426E的突變,但CPVJZ2020未出現(xiàn)部分病毒毒株發(fā)生的A5G的突變。VP2蛋白由4個(gè)無規(guī)則卷曲的Loop構(gòu)成,病毒的抗原性質(zhì)由該結(jié)構(gòu)決定。第267位氨基酸不在任何Loop中,而本分離株的VP2蛋白發(fā)生突變的第297、300以及324位氨基酸均位于Loop3中,其頂部突起部位由第300~303位氨基酸組成。Loop4頂部突起部位則由第421~428位以及第433~443位氨基酸組成。

        有研究發(fā)現(xiàn),VP2蛋白的GH環(huán)變異率最高,即氨基酸267~498位[16],其中,親水性和抗原指數(shù)較高的350~400位于B細(xì)胞抗原表位區(qū),此為蛋白的潛在跨膜區(qū)[17],VP2-JZ1的突變位點(diǎn)存在于此活躍區(qū)域中。雖然267位發(fā)生了變異,但由于該位點(diǎn)并未暴露于VP2蛋白表面,所以可能并不會(huì)對CPV的抗原性產(chǎn)生影響。但近年來有關(guān)F267Y的突變的報(bào)道逐漸增多,在本分離株中也出現(xiàn)了該突變,其影響有待進(jìn)一步研究。297位點(diǎn)位于B細(xì)胞抗原表位附近,此位點(diǎn)的突變可能會(huì)引起CPV抗原性的變化,S297A的改變使CPV在CPV-2a與CPV-2b亞型的基礎(chǔ)上被新命名為New CPV-2a與New CPV-2b亞型[18]。

        2004年,我國首次報(bào)道了Y324I的突變,且日、韓等其他亞洲地區(qū)也發(fā)現(xiàn)了該突變[19]。323位保守氨基酸已被證明是影響CPV感染宿主范圍的關(guān)鍵點(diǎn)之一[20],324位與其相鄰,其突變可能會(huì)對323位點(diǎn)造成影響,故Y324I也有影響CPV感染宿主范圍的可能[21]。324位突變位點(diǎn)與323位氨基酸相鄰,這種突變可能導(dǎo)致其與犬轉(zhuǎn)鐵蛋白受體結(jié)合的能力發(fā)生改變。本研究所分離的CPV-2c中出現(xiàn)了Q370R突變,該突變?yōu)镃PV-2c型的特有突變。該突變可能引起蛋白構(gòu)象變化,導(dǎo)致CPV致病性出現(xiàn)不同程度的變化,Q370R突變也在CPV-2a的報(bào)道中出現(xiàn)過,而目前主要見于CPV-2c。N426E是CPV-2c的標(biāo)志性變異。

        通過繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹可知,國內(nèi)外CPV-2c亞型呈現(xiàn)1個(gè)獨(dú)立的分支,且目前國內(nèi)外分離的CPV病毒毒株與市面上常見的疫苗株距離均較遠(yuǎn),此原因可能造成了CPV疫苗的免疫失敗。

        4 結(jié)論

        本研究成功分離犬細(xì)小病毒CPV-JZ2020株,第5代的病毒TCID50滴度為105.0/mL,并成功克隆出1 755 bp的CPV-JZ2020 VP2基因片段(VP2-JZ1);同源性和遺傳進(jìn)化分析的結(jié)果顯示,VP2-JZ1屬于CPV-2c型;VP2-JZ1與30株不同國家的不同VP2基因的核苷酸同源性高達(dá)98.39%~99.83%,氨基酸同源性為97.56%~100.00%。本研究為進(jìn)一步研究犬細(xì)小病毒的變異提供參考。

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