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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析中醫(yī)藥防治宮腔粘連的作用機(jī)制

        2022-05-14 02:06:36張麗美劉云平鐘曉玲
        中國當(dāng)代醫(yī)藥 2022年12期
        關(guān)鍵詞:靶點(diǎn)通路中藥

        張麗美 劉云平 邱 麗 劉 瑾 鐘曉玲▲

        1.深圳市中醫(yī)院婦科,廣東深圳 518033;2.深圳市中醫(yī)院超聲科,廣東深圳 518033;3.深圳市中醫(yī)院生殖健康科,廣東深圳 518033

        宮腔粘連(intrauterine adhesion,IUA)臨床表現(xiàn)為經(jīng)量過少、閉經(jīng)腹痛、不孕或反復(fù)胚胎丟失等[1]。 宮腔手術(shù)的女性繼發(fā)IUA 的占比為25%~30%[2]。 西醫(yī)治療IUA 通常采用宮腔鏡下IUA 分離術(shù)及口服雌孕激素等方法,但中重度IUA 仍有一定的復(fù)發(fā)率[3]。 近年來, 許多文獻(xiàn)均報(bào)道,IUA 術(shù)后中西醫(yī)結(jié)合治療可明顯降低其IUA 復(fù)發(fā)率,且已有學(xué)者對該類文獻(xiàn)中核心處方進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘[4-5],但對中醫(yī)藥防治IUA 的具體機(jī)制及作用靶點(diǎn)仍不明確。 本研究選取治療IUA 的高頻中藥作為研究對象,通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對其防治IUA 的作用機(jī)制進(jìn)行進(jìn)一步解析, 期望能為臨證配伍和進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)研究提供參考。

        1 資料與方法

        1.1 高頻中藥的統(tǒng)計(jì)

        本研究以“宮腔粘連”“數(shù)據(jù)挖掘”或“組方規(guī)律”或“用藥規(guī)律”或“處方分析”作為檢索詞,收集建庫至2021年6月公開發(fā)表在中國知網(wǎng)、維普網(wǎng)、中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫有關(guān)中醫(yī)藥治療IUA 的數(shù)據(jù)挖掘類文獻(xiàn)。 全文均有明確的藥物累計(jì)頻次信息,統(tǒng)計(jì)文獻(xiàn)中高頻次中藥。

        1.2 高頻中藥化學(xué)成分及靶點(diǎn)預(yù)測

        從文獻(xiàn)研究中獲得治療IUA 的高頻中藥,設(shè)置生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%和類藥性(drug likeness,DL)≥0.18 為篩選條件,運(yùn)用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(tái)(Traditional Chinse Medicine Systerms Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)篩選高頻中藥的全部化學(xué)成分及靶點(diǎn)蛋白,將去重后的藥物靶點(diǎn)蛋白導(dǎo)入通用蛋白數(shù)據(jù)庫Uniprot(https://www.uniprot.org)中,獲得高頻中藥對應(yīng)的人源基因靶點(diǎn)名稱。

        1.3 IUA 疾病靶點(diǎn)篩選及靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)

        以“intrauterine adhesion”作為檢索詞,通過人類基因數(shù)據(jù)庫GeneCards(https://www.genecards.org/)獲得IUA 疾病靶點(diǎn),作為IUA 疾病基因數(shù)據(jù)庫。將藥物、藥物有效成分及疾病基因?qū)隒ytoscape 3.7.2 軟件中將其關(guān)系可視化。

        1.4 藥物-疾病靶點(diǎn)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

        通過Venny2.1 軟件獲得藥物與疾病的交集靶點(diǎn),將其輸入STRING 數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/),來源設(shè)置為“Homo sapiens”,選擇minimum required interaction score 為high confidence 0.9,并勾選hide disconnected nodes in the network,獲取高頻中藥治療IUA 潛在作用靶點(diǎn)的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(protein-protein interaction,PPI),將結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape 中進(jìn)行可視化顯示。同時(shí)在該軟件的CytoNVA 插件中篩選核心靶標(biāo), 網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治龊Y選條件為:degree centrality(DC)、betweenness centrality(BC)、closeness centrality(CC)均大于中位數(shù)。

        1.5 核心靶標(biāo)基因本體富集分析及基因組百科全書通路分析

        通過網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治霁@得的核心靶標(biāo)導(dǎo)入DAVID數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp),種屬和背景選擇 “Homo sapiens”, 分別進(jìn)行基因本體(gene ontology,GO)功能富集分析及基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG) 通路富集分析,兩者均設(shè)定P<0.01,錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(false discovery rate,F(xiàn)DR)<0.01 作為篩選條件。 其中GO 富集內(nèi)容包括:生物過程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)、細(xì)胞組分(cellular component,CC)三個(gè)內(nèi)容,GO 富集分析結(jié)果采用R4.1.0 軟件輸出直方圖,KEGG 分析以氣泡圖形式體現(xiàn)。

        1.6 分子對接驗(yàn)證

        利用PDB 數(shù)據(jù)庫(https://www.rcsb.org/)下載Degree 值排列前3 位的核心靶點(diǎn)的3D 蛋白結(jié)構(gòu)文件,設(shè)置以下選擇條件:①Homo sapiens 來源;②分辨率≤2.5 A;③小分子配體信息詳細(xì),蛋白結(jié)構(gòu)完整;④pH 值在人體正常生理范圍;⑤通過X-ray 方法解析。 將篩選后的蛋白結(jié)構(gòu)通過PyMol 2.3.0 軟件進(jìn)行預(yù)處理。 通過TCMSP 數(shù)據(jù)庫下載Degree 值排名前3位的化學(xué)成分結(jié)構(gòu)文件。 將處理后核心蛋白結(jié)構(gòu)和小分子結(jié)構(gòu)導(dǎo)入Autodock 1.5.6 軟件進(jìn)行分子對接。

        2 結(jié)果

        2.1 高頻中藥篩選結(jié)果

        檢索得到2 篇中醫(yī)藥治療IUA 的數(shù)據(jù)挖掘類文獻(xiàn)[4-5],分別統(tǒng)計(jì)兩篇文獻(xiàn)中排名靠前的高頻次中藥,結(jié)果見表1。 結(jié)果顯示,兩者的共同高頻中藥是當(dāng)歸、熟地黃、川芎、桃仁、紅花、牛膝,后文將以此作為研究對象。

        表1 治療IUA 中藥復(fù)方中的藥物頻次統(tǒng)計(jì)

        2.2 高頻中藥化學(xué)成分篩選

        將高頻中藥當(dāng)歸、熟地黃、川芎、桃仁、紅花、牛膝分別作為檢索詞,運(yùn)用TCMSP 數(shù)據(jù)庫獲得全部化學(xué)成分, 去重并去除無對應(yīng)靶點(diǎn)成分后共納入50 個(gè)藥物活性化學(xué)成分,結(jié)果見表2。

        表2 高頻中藥化學(xué)成分信息表

        2.3 IUA 相關(guān)基因靶點(diǎn)及與藥物交集靶點(diǎn)

        通過GeneCards 數(shù)據(jù)庫獲取IUA 疾病靶點(diǎn)共3743 個(gè)。將“2.2”項(xiàng)下納入的50 個(gè)藥物化學(xué)活性成分導(dǎo)入U(xiǎn)niprot 數(shù)據(jù)庫中,去重后獲得202 個(gè)人源基因靶點(diǎn)名稱。 運(yùn)用Venny 軟件選取交集,得到147 個(gè)高頻中藥治療IUA 的潛在作用靶點(diǎn),結(jié)果見圖1。

        圖1 藥物-疾病潛在作用靶點(diǎn)

        2.4 藥物-有效成分-疾病靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)

        將數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape 軟件中將其關(guān)系可視化。結(jié)果顯示, 按照Dgree 值排列前3 位的是豆甾醇、山奈酚、槲皮素,三者分別是高頻中藥治療IUA 的主要活性成分(圖2)。

        圖2 藥物-有效成分-疾病靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖

        2.5 藥物-疾病靶點(diǎn)PPI 網(wǎng)絡(luò)圖

        將交集基因輸入STRING 數(shù)據(jù)庫, 得到藥物-疾病的PPI 網(wǎng)絡(luò),結(jié)果見圖3,包括138 個(gè)節(jié)點(diǎn)、492 條相互作用線,平均節(jié)點(diǎn)度為7.13,平均局部聚類系數(shù)為0.423。

        圖3 高頻中藥治療IUA 的PPI 網(wǎng)絡(luò)圖

        采用CytoNCA 插件篩選核心靶標(biāo), 其中各項(xiàng)中位數(shù)為:DC=5、BC=61.968、CC=0.174,共獲得64 個(gè)核心靶點(diǎn)。 按DC 排名前3 位的基因靶點(diǎn)是:TP53、STAT3、MAPK1, 提示這些靶點(diǎn)在高頻中藥治療IUA中尤為重要。 排名前5 位核心靶點(diǎn)結(jié)果見表3。

        表3 按DC 排名前5 位的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治鼋Y(jié)果

        2.6 GO 富集分析

        將核心靶點(diǎn)導(dǎo)入DAVID 數(shù)據(jù)庫,結(jié)果顯示:BP92條,MF 22 條,CC 12 條,主要涉及凋亡過程、細(xì)胞增殖調(diào)控、藥物反應(yīng)等生物過程,胞質(zhì)、核漿、細(xì)胞外區(qū)域等細(xì)胞結(jié)構(gòu)以及蛋白結(jié)合、酶結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合等分子功能, 篩選排名前10 位的GO 富集進(jìn)行可視化處理,結(jié)果見圖4。

        圖4 排名前10 位GO 富集分析直方圖

        2.7 KEGG 信號通路分析

        核心靶點(diǎn)導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫共獲得117 條富集通路,篩選后有83 條信號通路符合條件。 分析提示核心靶點(diǎn)與T 細(xì)胞受體信號通路、PI3K-Akt 信號通路、Toll 樣受體信號通路等有關(guān), 運(yùn)用微生信網(wǎng)站(http://www.bioinformatics.com.cn)對篩選后的前30 條KEGG 通路結(jié)果進(jìn)行可視化處理,見圖5。

        圖5 核心靶點(diǎn)的KEGG 信號通路分析(前30 位)

        2.8 分子對接結(jié)果

        利用Autodock 軟件將主要成分豆甾醇、山奈酚、槲皮素與排名前3 位的核心靶點(diǎn)TP53、STAT3、MAPK1 進(jìn)行分子對接,結(jié)果見表4,結(jié)果顯示,相互間的結(jié)合能均<-5.0 kcal/mol,提示核心靶點(diǎn)與化學(xué)成分間的對接均有較好的結(jié)合能力。并將結(jié)合活性強(qiáng)烈的豆甾醇與MAPK1 組輸入PyMol 軟件進(jìn)行可視化,結(jié)果見圖6。

        圖6 豆甾醇與MAPK1 分子對接結(jié)果

        表4 不同核心靶點(diǎn)與化學(xué)成分分子對接的結(jié)合能(kcal/mol)

        3 討論

        腎虛血瘀為IUA 最主要病機(jī)[6],數(shù)據(jù)挖掘類文獻(xiàn)統(tǒng)計(jì)出中醫(yī)學(xué)者治療IUA 時(shí)選取當(dāng)歸、 熟地黃、川芎、桃仁、紅花、牛膝等藥物的用藥頻次高,與腎虛血瘀病機(jī)相呼應(yīng)。 其中,位居首位的當(dāng)歸為補(bǔ)血要藥,同時(shí)具有行血之效,熟地黃為“至陰之藥”,善于滋補(bǔ)肝腎陰血;兩者互用補(bǔ)而不滯。 川芎、桃仁、紅花、牛膝為血府逐瘀湯的重要組成部分, 該方為治療血瘀證的經(jīng)典名方,除心腦血管疾病外,婦科疾病的應(yīng)用亦頗多[7],且活血類中藥具有促進(jìn)血管新生、改善血液流變學(xué)、促進(jìn)內(nèi)膜局部血液循環(huán)、阻止粘連再次發(fā)生的效果[8-9]。 現(xiàn)代中醫(yī)學(xué)者選取此類中藥防治IUA,臨床療效十分滿意[10]。

        中藥配伍后防治IUA 的具體作用機(jī)制不明,本研究利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)發(fā)現(xiàn)高頻中藥治療IUA 的有效成分主要是豆甾醇、山柰酚、槲皮素等,三者主要涉及炎癥-免疫反應(yīng)、細(xì)胞周期調(diào)控。豆甾醇可明顯抑制白介素(interleukin,IL)-1、IL-6 等以達(dá)到抗炎作用,且可下調(diào)相關(guān)信號通路起到抑制腫瘤的作用[11]。 山柰酚可抑制蛋白激酶活性,影響細(xì)胞增殖周期[12]。 槲皮素是最有效的抗氧化劑,可穿過細(xì)胞膜發(fā)揮抗炎及抑制細(xì)胞周期的作用[13]。 主要化學(xué)成分與TP53、STAT3、MAPK1 等靶點(diǎn)基因的關(guān)系尤為密切, 且通過分子對接驗(yàn)證主要化學(xué)成分與前三者均有較好的結(jié)合能力。 其中TP53 可促進(jìn)DNA 修復(fù)、使細(xì)胞周期停頓或凋亡[14],STAT3 可促進(jìn)促血管生成的關(guān)鍵調(diào)節(jié)信號的生成,介導(dǎo)細(xì)胞的生長、凋亡等過程[15]。激活MAPK 家族可促進(jìn)子宮內(nèi)膜上皮細(xì)胞增殖,改善子宮內(nèi)膜容受性[16-17]。 核心靶點(diǎn)基因亦涉及炎癥反應(yīng)、細(xì)胞周期調(diào)控,與高頻中藥的主要化學(xué)成分藥效不謀而合。 而目前IUA 的治療方法中, 除了物理隔離外, 包括干細(xì)胞、透明質(zhì)酸鈉的宮腔注射及血管擴(kuò)張劑、雌激素的口服應(yīng)用等均可促進(jìn)內(nèi)膜細(xì)胞增殖分化、 抑制內(nèi)膜局部炎癥的作用[18]。 通過GO 富集分析可預(yù)測,這些核心靶標(biāo)主要在胞質(zhì)、核漿、細(xì)胞外區(qū)域等位置發(fā)揮作用,并通過藥物反應(yīng)、凋亡過程、細(xì)胞增殖調(diào)控等生物過程發(fā)揮蛋白結(jié)合、酶結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合等分子功能。

        KEGG 富集分析發(fā)現(xiàn),高頻中藥治療IUA 可能通過上述核心靶標(biāo)誘導(dǎo)下游轉(zhuǎn)錄因子,激活T 細(xì)胞受體信號通路、PI3K-Akt 信號通路、Toll 樣受體信號通路等發(fā)揮作用。 其中T 細(xì)胞受體信號通路、Toll 樣受體信號通路均為炎癥-免疫反應(yīng)通路,Toll 樣受體信號通路不僅參與炎癥反應(yīng),對內(nèi)源性損傷模式分子亦有識別作用,參與非特異性免疫[19]。 PI3K-Akt 信號通路生理狀態(tài)下表達(dá)低下,當(dāng)細(xì)胞損傷后,會(huì)迅速激活促進(jìn)細(xì)胞增殖[20]。

        綜上所述, 現(xiàn)代中醫(yī)學(xué)者防治IUA 選取的高頻中藥可能通過調(diào)控內(nèi)膜細(xì)胞周期、 局部炎癥-免疫調(diào)節(jié)等生物環(huán)節(jié)起到預(yù)防IUA 復(fù)發(fā)的作用。 本研究為中醫(yī)藥治療IUA 臨證選藥及實(shí)驗(yàn)提供數(shù)據(jù)支持,但本研究同時(shí)存在一定不足, 如未對文獻(xiàn)質(zhì)量進(jìn)行評價(jià)、文獻(xiàn)中臨床藥方有限,研究樣本量少,尚處于理論層面, 對高頻中藥治療IUA 的作用機(jī)制仍需開展實(shí)驗(yàn)研究加以證實(shí)。

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