亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        PCNT基因SNP位點rs2070426多態(tài)性與食管癌的關(guān)系

        2022-04-18 03:23:32喬佳欣徐瑞華趙學(xué)科魏夢霞韓雪娜陳亞杰馬琳琳謝葉真白合林李愛麗王立東
        食管疾病 2022年1期
        關(guān)鍵詞:研究

        喬佳欣,宋 昕,徐瑞華,趙學(xué)科,魏夢霞,王 苒,韓雪娜,陳亞杰,孫 琳,馬琳琳,謝葉真,白合林,羅 宏,李愛麗,王立東

        食管癌是上消化道常見的惡性腫瘤,每年新發(fā)50萬例食管癌患者中一半以上發(fā)生在中國[1-2],患者的死亡率排在消化系統(tǒng)腫瘤的第一位[3]。食管癌早期無特異性癥狀,確診時大多已達(dá)中晚期,5 a生存率僅約20%[4-7],嚴(yán)重威脅著人們的健康。食管癌病因復(fù)雜,尚未明確。普遍認(rèn)為食管癌的發(fā)生與胃部食物的反流有關(guān)[8-9]。但目前國內(nèi)外的食管癌因主要發(fā)生部位不同而對食管的研究方向也不相同,導(dǎo)致目前對食管癌的診斷沒有明確的判斷標(biāo)準(zhǔn)。最新研究表明,PCNT SNP位點rs2070426多態(tài)性不同方向的突變表達(dá),其對應(yīng)的蛋白表達(dá)量也不同,不同的蛋白表達(dá)量食管癌患者的生存也不同,因此蛋白表達(dá)在腫瘤發(fā)生、進(jìn)展和侵襲中發(fā)揮重要作用??偨Y(jié)得出食管癌中基因的改變與食管癌的預(yù)后有一定的相關(guān)性[10]。

        以上方法的進(jìn)行需要外顯子技術(shù)的參與,外顯子組測序(whole exome sequencing,WES)是利用探針雜交富集外顯子區(qū)域的DNA序列,通過高通量測序,發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)遺傳突變的技術(shù)手段。相比于全基因組測序,外顯子組測序深度更高,更加經(jīng)濟、高效,能直接對蛋白編碼序列進(jìn)行測序,找出影響蛋白結(jié)構(gòu)的變異。同時,WES能高深度測序,可發(fā)現(xiàn)常見變異、低頻變異及罕見變異,是非常有價值的一種方法。

        綜上,本研究提出以下研究目的:探究PCNT SNP位點rs2070426不同基因型患者的生存狀況,探究PCNT SNP位點rs2070426不同基因型患者的蛋白表達(dá)量。

        1 材料與方法

        1.1 樣本來源

        本研究納入的199例患者均來自于鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院省部共建食管癌防治國家重點實驗室50萬例食管癌患者臨床信息數(shù)據(jù)庫,患者來自河南省食管癌高發(fā)區(qū),經(jīng)過確診并行手術(shù)治療的人群,確診時間為2019年11月至2020年1月,其中男132例(66.33%),女67例(33.67%)。

        1.1.1 樣本采集收集199位食管癌患者的癌組織和癌旁組織。均為新鮮的組織樣本,在進(jìn)行手術(shù)切除后30 min內(nèi)進(jìn)行宏觀解剖,保存在-80 ℃下。在樣本采集前病人未接受放化療等其他治療,以半定量的方式對腫瘤細(xì)胞進(jìn)行視覺評分,僅選擇惡性細(xì)胞>70%的腫瘤組織進(jìn)行全基因組外顯子測序。癌旁正常組織為距腫瘤邊緣至少2 cm遠(yuǎn)的鄰近的上皮正常組織(生殖系對照)。本研究所有患者均簽署了獨立的知情同意書,均已獲得相關(guān)機構(gòu)的審查和批準(zhǔn)。

        1.1.2 隨訪本研究通過打電話、家訪或聯(lián)系村醫(yī)等方法與患者或患者家屬直接聯(lián)系,或者通過新合作醫(yī)療數(shù)據(jù)庫、醫(yī)療保障局?jǐn)?shù)據(jù)庫和公民死亡信息登記管理等系統(tǒng)查詢聯(lián)系方式進(jìn)行隨訪,每半年進(jìn)行一次隨訪,記錄死亡時間和主要死因等。本研究隨訪時間從手術(shù)結(jié)束開始,截止時間為全因死亡時間,為期2 a,即從隨訪成功199例開始,全部死亡結(jié)束。

        1.1.3 樣本制備將199例食管癌患者的癌組織和癌旁組織進(jìn)行配對,分裝到準(zhǔn)備好的已經(jīng)標(biāo)記的凍存管內(nèi),樣本編號為001~199號。在樣本類型中,食管癌組織用字母T標(biāo)記(tumor),癌旁正常組織用字母N標(biāo)記(normal)。收集到的樣品在液氮中快速冷凍并保存,同時保證每份樣品有足夠的DNA可供提取。

        1.2 WES測序分析

        1.2.1 DNA樣品檢測利用瓊脂糖凝膠電泳分析DNA樣本是否有蛋白,RNA污染及其降解程度,并用Qubit 3.0測出DNA樣品濃度,選擇0.6 μg以上的樣品進(jìn)行后續(xù)建庫。

        1.2.2 建庫捕獲及上機測序用Agilent液相芯片捕獲系統(tǒng)對人全外顯子區(qū)的DNA進(jìn)行富集,Agilent SureSelect Human All Exon V6試劑盒進(jìn)行建庫及捕獲,后在Illumina平臺上進(jìn)行高通量測序。

        1.2.3 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制高通量測序獲得的原始圖像數(shù)據(jù),經(jīng)過轉(zhuǎn)化后形成原始Raw Data測序序列。將原始Raw Data數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾,并且控制平均堿基位置測序錯誤率低于0.1%,樣本的測序reads達(dá)到95%以上的比對率,且堿基覆蓋深度達(dá)到10×以上時該點檢測的SNP(single nucleotide polymorphisms)比較可信。

        1.2.4 SNP檢測和功能注釋對部分家系成員DNA進(jìn)行WES測序(由諾禾致源測序公司進(jìn)行) ,基于WES數(shù)據(jù)中所檢測到的SNP位點,將正常與癌組織中都有的SNP進(jìn)行比對,使用bcftools軟件識別SNP,并利用ANNOVAR軟件對多態(tài)性位點進(jìn)行功能注釋。

        1.3 蛋白質(zhì)組學(xué)分析與鑒定

        采用液相色譜—質(zhì)譜(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)技術(shù)對199例食管癌的癌組織和癌旁組織樣本進(jìn)行分析。

        1.4 SNP與蛋白質(zhì)組作用關(guān)系分析

        采用WES測序,將基因中的突變位點和突變位點對應(yīng)靶點引起的蛋白表達(dá)量之間聯(lián)系起來,進(jìn)行一定的探討。

        2 結(jié)果

        2.1 患者rs2070426位點的SNP型

        基因分析結(jié)果顯示,199例食管癌患者中,rs2070426 GG型51例(25.63%);GC型64例(32.16%);CC型84例(42.21%)。

        2.2 SNP型與生存和蛋白表達(dá)的關(guān)系

        2.2.1 不同突變位點生存結(jié)果收集199例患者的標(biāo)本,并行WES測序探討PCNT基因SNP位點rs2070426多態(tài)性的3種不同基因型(GG、GC、CC)與生存的關(guān)系。在研究中發(fā)現(xiàn)是第21號染色體上的一個位點發(fā)生了突變,即由原來基因位點上的G變?yōu)镃,因此可以得出若為CC型則為純合突變、GC型為雜合突變、而若為GG型則為野生型。通過采用SPSS軟件中的Kaplan-Meier分析畫圖比較,得出在2 a的生存隨訪中,相同的時間點3種(GG、GC、CC)基因型生存率不同,見表1。發(fā)生純合基因突變的食管癌病人的生存人數(shù)最好,雜合突變次之,野生型最差(P=0.033)。但到隨訪的最終都死亡,均為致癌基因,但發(fā)生了純合突變的人群存活率在相同的時間段內(nèi)生存率相對較多。由于PCNT的改變與其它疾病或癌的發(fā)生之間有一定的關(guān)系[11-15],是一個敏感點。但其它文中無對SNP位點rs2070426多態(tài)性與食管癌之間的關(guān)系進(jìn)行探討,因此在本文中對PCNT基因SNP位點rs2070426多態(tài)性與癌癥之間關(guān)系也變得比較有價值。見圖1。

        圖1 不同突變食管癌患者的生存圖

        表1 PCNT種基因型與生存率的比較 199 例(%)

        2.2.2 不同基因型蛋白表達(dá)量的對比SNP位點rs2070426多態(tài)性與腫瘤的發(fā)生密切相關(guān)。由于SNP位點 rs2070426不同基因型的改變,導(dǎo)致了對應(yīng)的基因型的蛋白表達(dá)量也不相同(beta=0.267)。完全突變型CC的蛋白表達(dá)平均水平最高,GC型的蛋白表達(dá)平均水平次之,而GG型的蛋白表達(dá)平均水平最低(P<0.001)。見圖2。

        圖2 rs2070426位點3種基因型食管癌患者的MACO1蛋白表達(dá)

        3 討論

        食管癌是常見的一種消化道惡性腫瘤。因其發(fā)生率高存活率低,目前提高病人的存活率非常重要,但這一問題至今沒有精準(zhǔn)的解決方法。

        已有研究發(fā)現(xiàn),食管癌的預(yù)后生存率,除了與飲食有關(guān)系以外,還與內(nèi)部的基因的改變存在著非常大的關(guān)系。因此作者對內(nèi)部基因方面進(jìn)行了一定的探討。本文采用同一批手術(shù)相同的時間段內(nèi)的食管癌患者的SNP位點rs2070426的不同突變基因型存活率多少進(jìn)行研究。采用WES技術(shù)能直接對蛋白編碼序列進(jìn)行測序,找出影響蛋白結(jié)構(gòu)的變異。為下一步的研究提供了幫助。在基因突變探討的過程中,發(fā)現(xiàn)PCNT基因SNP rs2070426位點發(fā)生了改變。通過圖1探討中了解到食管癌患者2 a生存率CC型高于GC型與GG型患者,突變等位基因越多,2 a時間段的分析中存活率反而越高。從圖2中了解到純合突變型CC的蛋白表達(dá)平均水平最高,GC型的蛋白表達(dá)平均水平次之,而GG基因型的蛋白表達(dá)平均水平最低(P<0.001)。從兩個圖中了解到PCNT基因位點的突變是一個好的突變,但其他文章中并未對PCNT SNP rs2070426位點與食管癌生存之間關(guān)系進(jìn)行研究,只探討了PCNT與其它病的關(guān)系[16],是一個敏感點。

        因此本文這一研究是非常有意義的。這一基因位點突變引起的蛋白表達(dá)改變進(jìn)而影響生存是通過影響對應(yīng)的MACO1靶點引起的,雖然其他文章也研究了MACO1與腫瘤的發(fā)生有關(guān)[17]。本研究對闡明PCNT基因SNP位點rs2070426多態(tài)性對應(yīng)靶點MACO1與蛋白表達(dá)量的關(guān)系非常有意義。本文針對SNP位點rs2070426,探討基因位點的改變與食管癌預(yù)后生存差異的關(guān)系,進(jìn)而了解其可能治療靶點,對以后食管癌的研究具有一定意義。是否可以通過此基因的改變延長病人的生命,還需要進(jìn)一步的研究跟進(jìn)。

        綜上所述,食管癌預(yù)后的存活率與位點突變數(shù)有關(guān)。PCNT基因突變的3種位點與蛋白表達(dá)量呈現(xiàn)正相關(guān)性。從本文中可知這是一個正向突變生存位點。作者將在下一步的研究中深入了解PCNT基因SNP位點rs2070426多態(tài)性與食管癌預(yù)后的存活關(guān)系,為以后的個體化治療提供一個新的線索,進(jìn)而開啟食管癌研究的新途徑,延長食管癌患者的生存時間,這將是一個有價值的研究思路。

        猜你喜歡
        研究
        FMS與YBT相關(guān)性的實證研究
        2020年國內(nèi)翻譯研究述評
        遼代千人邑研究述論
        視錯覺在平面設(shè)計中的應(yīng)用與研究
        科技傳播(2019年22期)2020-01-14 03:06:54
        關(guān)于遼朝“一國兩制”研究的回顧與思考
        EMA伺服控制系統(tǒng)研究
        基于聲、光、磁、觸摸多功能控制的研究
        電子制作(2018年11期)2018-08-04 03:26:04
        新版C-NCAP側(cè)面碰撞假人損傷研究
        關(guān)于反傾銷會計研究的思考
        焊接膜層脫落的攻關(guān)研究
        電子制作(2017年23期)2017-02-02 07:17:19
        国产91在线精品观看| 成人性生交大片免费看r| 综合精品欧美日韩国产在线 | 中文字幕人妻少妇久久| 国产女主播一区二区久久| 欧美人妻aⅴ中文字幕| 无码粉嫩虎白一线天在线观看| 亚洲成av人片无码不卡播放器| 亚洲天堂一区二区精品| 精品亚洲麻豆1区2区3区| 无码人妻av一二区二区三区| 精品国产18禁久久久久久久| 亚洲全国最大的人成网站| 久久精品中文字幕女同免费| 国产精品无码久久久久久久久久 | 91在线无码精品秘 入口九色十| 日本少妇熟女一区二区| 久久亚洲精品成人无码| 日韩a∨精品日韩在线观看| 国产在线一区二区视频免费观看| 国产性虐视频在线观看| 免费人成视频x8x8入口| 黑人性受xxxx黑人xyx性爽| 毛片av中文字幕一区二区| 91精品国产色综合久久| 国产av综合影院| 91华人在线| av毛片亚洲高清一区二区| 久久无码人妻一区二区三区午夜| 精品一区二区三区在线观看| 久青青草视频手机在线免费观看| 国产免费在线观看不卡| 精精国产xxxx视频在线播放| 日韩五十路| 精品国产中文久久久免费| 又粗又黄又猛又爽大片app| 亚洲av无码专区亚洲av桃| 国产女人高潮的av毛片| 精品欧美一区二区三区久久久| 久久精品无码专区免费青青| 在线你懂|