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        基于網(wǎng)絡藥理學方法研究大黃牡丹湯治療闌尾炎的作用機制及分子基礎

        2022-04-07 06:35:44朱遠貴朱志成馮波夏雨
        關鍵詞:分析

        朱遠貴 朱志成 馮波 夏雨

        (江西省中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院普外一科 南昌 330003)

        闌尾是盲腸的一部分,它的根部連接于盲腸的后內(nèi)側(cè)壁,闌尾炎會表現(xiàn)為右下腹疼痛及壓痛。急性腹痛最常見的病因就是急性闌尾炎,急性闌尾炎需手術治療[1]。闌尾炎終生患病風險為6%~7%。闌尾炎好發(fā)于青少年人群,發(fā)病率在20~30 歲達到高峰[2]。闌尾炎常用治療方式雖然為手術治療,但是中藥復方輔助治療仍舊起到了不可忽略的作用[3]。大黃牡丹湯為瀉下復方,具有瀉熱破瘀、散結(jié)消腫之功效,主治腸癰初起,濕熱瘀滯證[4],臨床常用于治療急性單純性闌尾炎、急性膽道感染等濕熱瘀結(jié)證[5]。網(wǎng)絡藥理學方法為現(xiàn)代研究的先進成果,它不僅符合中藥復方整體、系統(tǒng)之理念,且深入于微觀分子層面,可從現(xiàn)代化角度解釋中藥復方作用機制,為中醫(yī)藥現(xiàn)代化發(fā)展做出了不可忽略的貢獻[6]。本研究運用網(wǎng)絡藥理學探討大黃牡丹湯治療闌尾炎的分子機制,以期為中藥復方治療闌尾炎研究提供有效參考。現(xiàn)報道如下:

        1 工具與方法

        1.1 大黃牡丹湯化學成分篩選及活性靶點構(gòu)建在中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫及分析平臺(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)中,檢索大黃牡丹湯中“大黃、牡丹皮、桃仁、冬瓜子、芒硝”每味中藥化學成分,設置口服利用度(Oral Availability, OB)≥30%,類藥性(Drug-likeness,DL)≥0.18 作為篩選條件[7]。

        1.2 大黃牡丹湯作用靶點、 闌尾炎疾病靶點Venn分析及中藥活性成分-靶點-疾病網(wǎng)絡構(gòu)建 通過TCMSP 數(shù)據(jù)庫搜索大黃牡丹湯活性成分對應的作用靶點,并校正相應靶點,以關鍵詞“appendicitis”檢索Genecards 數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/),搜集闌尾炎相關疾病靶點,采用Excel 2019 分析并繪制Venn 圖,運用Cytoscape 3.6.0 構(gòu)建大黃牡丹湯活性成分-潛在靶點-闌尾炎疾病網(wǎng)絡圖。

        1.3 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作關系(PPI)網(wǎng)絡拓撲分析、核心靶點的篩選、 富集分析 運用String 平臺對交集靶點進行分析,限定種屬為“Home sapiens”人源,分析模式選擇“Multiple proteins”,置信度設置為0.4,構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡。將網(wǎng)絡導入Cytoscape 運用CytoNCA 插件進行網(wǎng)絡拓撲分析[8]。將核心靶點導入David 平臺,對大黃牡丹湯治療闌尾炎的核心靶點進行基因本體(GO)分子功能和基因組百科全書(KEGG) 信號通路富集分析,物種選為“Home sapiens”,以錯誤發(fā)現(xiàn)率(False Discovery Rate,F(xiàn)DR)<0.05 作為顯著功能和通路的臨界值,獲取相應的數(shù)據(jù),繪制相應圖形[9]。

        2 結(jié)果

        2.1 大黃牡丹湯有效成分 最終獲得大黃牡丹湯有效活性成分11 種,其中大黃6 種、牡丹皮2 種、桃仁2 種、冬瓜子1 種。有效化合物信息見表1。

        表1 大黃牡丹湯活性化合物成分信息

        2.2 大黃牡丹湯作用靶點、 闌尾炎疾病靶點Venn分析及中藥活性成分-靶點-疾病網(wǎng)絡 通過TCMSP 檢索化合物對應靶點得化合物靶點526 個,經(jīng)過刪除重復值、Uniprot 數(shù)據(jù)庫校正后得到166 個有效靶點;搜索Genecards 數(shù)據(jù)庫獲得闌尾炎疾病靶點709 個。對兩者靶點進行Venn 分析得交集靶點62 個。見圖1。將62 個核心靶點對應的活性化合物及闌尾炎疾病靶點通過Cytoscape 構(gòu)建大黃牡丹湯活性成分-潛在靶點-闌尾炎疾病網(wǎng)絡圖。見圖2。

        圖1 大黃牡丹湯與闌尾炎交集靶點Venn 圖

        圖2 大黃牡丹湯活性成分- 潛在靶點- 闌尾炎疾病網(wǎng)絡圖

        2.3 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作關系網(wǎng)絡拓撲分析、 核心靶點篩選、富集分析 將62 個潛在靶點導入String平臺進行PPI 網(wǎng)絡拓撲分析。見圖3。再將String 平臺生成的tsv 格式文件導入Cytoscape 使用CytoNCA 插件進行網(wǎng)絡拓撲分析,計算各個網(wǎng)絡節(jié)點的DC、BC、CC,取DC、BC、CC 值前6 位節(jié)點進行網(wǎng)絡拓撲分析,最終得到白細胞介素-6(Interleukin6,IL-6)、腫瘤壞死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、蛋白激酶B1(AKT1)、腫瘤蛋白P53(TP53)、VEGFA、JUN 6 個核心靶點。見圖4。其靶點拓撲分析信息見表2。將6 個核心靶點導入David平臺進行GO、KEGG 富集分析,設置閾值為:生物過程(Biological Processes, BP)、細胞組分(Cellular Component, CC)、分子功能(Molecular Function,MF)count≥5,ease≥0.1,按照P值升序取排列前10條GO 富集信息[10]。見圖5。KEGG 富集分析設置閾count≥5,ease≥0.1,按照P值升序取排列前20 條KEGG 富集信息。見圖6。GO 富集分析顯示靶點基因主要涉及RNA 聚合酶Ⅱ啟動子的轉(zhuǎn)錄正調(diào)控、一氧化氮生物合成過程的正調(diào)控、平滑肌細胞增殖正調(diào)控、蛋白磷酸化正調(diào)控等;KEGG 富集結(jié)果顯示大黃牡丹湯可能具有調(diào)控FoxO 信號通路、鞘脂類信號通路、Toll 樣受體信號通路等功效。

        表2 靶點及分子拓撲信息

        圖3 大黃牡丹湯潛在靶點的PPI 網(wǎng)絡圖

        圖4 大黃牡丹湯核心靶點PPI 網(wǎng)絡關系圖

        圖5 大黃牡丹湯核心靶點的GO 富集分析

        圖6 大黃牡丹湯核心靶點的KEGG 富集分析

        3 討論

        大黃牡丹湯的網(wǎng)絡藥理學研究顯示,大黃牡丹湯主要作用于AKT1,蛋白激酶AKT1 是細胞內(nèi)生長因子信號傳導的主要效應因子之一,引發(fā)炎癥反應的關鍵基因[11]。大黃牡丹湯可能通過調(diào)控AKT1基因表達抑制炎癥反應從而達到治療闌尾炎的療效。臨床研究顯示,闌尾炎患者IL-6、TNF、TP53 基因表達均高于正常組,這表明IL-6、TNF、TP53 基因的異常表達為引發(fā)闌尾炎的關鍵基因,調(diào)控這些基因的表達可能會對闌尾炎達到治療作用[12]。富集分析結(jié)果表明,大黃牡丹湯主要參與FoxO 信號通路、鞘脂類信號通路、癌癥通路、腫瘤壞死因子信號通路、Toll 樣受體信號通路。此外,核心靶點相關疾病包含恰加斯?。乐掊F蟲病)、前列腺癌、黑素瘤、胰腺癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、癌癥的中樞碳代謝、非小細胞肺癌、子宮內(nèi)膜癌。這表明大黃牡丹湯可能有這些疾病的治療優(yōu)勢。

        大黃牡丹湯重要活性化合物為大黃酸、蘆薈大黃素、山柰酚、槲皮素、谷甾醇、豆甾醇等。其中大黃酸、蘆薈大黃素為中藥大黃中可提取的蒽醌類化合物,藥理活性多樣,包括具有保護心血管、抗腫瘤、抗炎、抗癌、抗菌、免疫調(diào)節(jié)等廣泛的藥理活性[13]。槲皮素是一種天然的生物活性類黃酮,存在于多種蔬菜和水果中,在多種人類癌細胞中顯示出良好的抗轉(zhuǎn)移特性,經(jīng)槲皮素作為對照條件下的細胞傷口愈合時間延遲,這表明經(jīng)槲皮素處理的細胞中AKT1 基因表達明顯下調(diào)[14]。研究發(fā)現(xiàn)山柰酚能顯著抑制MAPK 通路的表達,干擾素誘導的IL-6 炎癥因子的產(chǎn)生,從而有效抑制炎癥的發(fā)生[15]。

        大黃牡丹湯有效成分多樣,作用網(wǎng)絡復雜,本研究選取的核心有效成分為直接作用于闌尾炎癥狀治療的成分,并未系統(tǒng)體現(xiàn)該復方瀉熱破結(jié)、散結(jié)消腫之中醫(yī)理論,其他成分也可能通過間接作用發(fā)揮治療闌尾炎效果,這有待后續(xù)研究進一步考證。

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