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        急性髓系白血病67種基因突變檢查及臨床意義

        2022-03-29 02:29:36林麗娥符祥俊
        河北醫(yī)學(xué) 2022年3期
        關(guān)鍵詞:基因突變分析

        黃 莉, 林麗娥, 符祥俊, 郭 麗, 孟 燦

        (海南省人民醫(yī)院/海南醫(yī)學(xué)院附屬海南醫(yī)院血液內(nèi)科, 海南 ???570311)

        急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是來源于髓系造血干祖細胞的惡性克隆性血液系統(tǒng)疾病,臨床以正常造血抑制、組織器官浸潤等為主要癥狀[1]。當(dāng)前,多種強效化療藥物的聯(lián)合應(yīng)用是臨床AML治療的主要手段,但老年AML患者免疫力普遍較低,無法耐受強效化療藥物,在一定程度上影響了治療療效[2]。若能對老年患者進行綜合性的評估,擬定個體化治療方案,將有利于老年患者的預(yù)后。研究發(fā)現(xiàn),AML在細胞遺傳學(xué)和分子水平上具有高度異質(zhì)性,而基因突變在AML的發(fā)生發(fā)展、預(yù)后分層中發(fā)揮重要作用[3]。當(dāng)前,有關(guān)老年AML基因突變的研究多局限于個別基因,包含多種基因突變的基因突變譜與老年AML患者臨床特征、預(yù)后的關(guān)系有待進一步研究。本研究分析了AML患者67種基因突變的發(fā)生情況及其與患者臨床特征、預(yù)后的關(guān)系,旨在加強對AML發(fā)病機制的理解,為老年AML患者臨床治療方案的制定提供新的思路。

        1 資料與方法

        1.1一般資料:選取2018年5月至2019年5月在本院接受治療的AML(非急性早幼粒細胞白血病)患者117例,納入標(biāo)準(zhǔn):①臨床檢查符合AML的診斷標(biāo)準(zhǔn)[4],且均經(jīng)細胞形態(tài)學(xué)、分子生物學(xué)、遺傳學(xué)及免疫學(xué)檢查確診:外周血或骨髓原始細胞≥20%、存在克隆性重現(xiàn)性細胞遺傳學(xué)異常、2個髓系免疫表型陽性且淋系標(biāo)記<2個或髓過氧化物(MPO,+)或非特異性酯酶(+)或丁酸鹽(+);②患者性別不限,年齡≥60歲,均為初診確診患者;③均接受化療治療患者;④患者知情同意,均簽署知情同意書。排除標(biāo)準(zhǔn):①急性早幼粒細胞白血病及其他類型白血病患者;②合并其它惡性腫瘤、血液疾病患者;③接受造血干細胞移植患者;④一般臨床資料不完整,不能定期復(fù)查患者。本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會批準(zhǔn),符合赫爾辛基宣言。

        1.2方 法

        1.2.1一般臨床資料收集:收集患者的性別、年齡、初診時白細胞計數(shù)(whtie blood count,WBC)、血紅蛋白(Hemoglobin,HGB)和骨髓原始細胞水平等一般臨床資料。

        1.2.2AML分類及染色體核型分析:患者就診后行骨髓穿刺術(shù)抽取骨髓血0.2~0.3mL涂片,進行形態(tài)學(xué)及細胞化學(xué)染色檢查;參考法美英(France-America-British,F(xiàn)AB)分類標(biāo)準(zhǔn)將AML患者分為M0~M7型[5]。骨髓細胞經(jīng)過24h~48h培養(yǎng)后,收集細胞常規(guī)制片,采用G顯帶技術(shù)進行核型分析,根據(jù)患者染色體核型結(jié)果進行危險度分層,將AML患者分為低危核型、中危核型和高危核型。

        1.2.3基因突變檢測:采用二代測序技術(shù)進行基因突變檢測。取患者血液樣本,分離并收集骨髓單個核細胞,采用QIAamp DNA Blood Mini kit試劑盒提取基因組DNA,紫外分光光度儀(UV240型,島津?qū)嶒炂鞑挠邢薰?測定基因組DNA濃度和純度,樣品稀釋至50ng/μL備用。取樣品基因組DNA10~17ng,采用Ion Torrent檢測平臺中的Ion Ampliseq超高多重PCR靶向技術(shù),富集112個基因血液系統(tǒng)疾病相關(guān)基因的外顯子區(qū)、UTR及靠近外顯子的部分內(nèi)含子區(qū)域。測序后數(shù)據(jù)利用dbSNP,1000genome,polyphen2,cosmic等數(shù)據(jù)庫進行篩選和突變驗證。

        1.2.4治療方案:患者接受DA(柔紅霉素+阿糖胞苷)方案、IDA(去甲柔紅霉素+阿糖胞苷)方案或以維甲酸、亞砷酸為主的初始誘導(dǎo)化療方案進行化療。誘導(dǎo)治療后達完全緩解患者接受4個療程的鞏固化療(阿糖胞苷);部分緩解和原始細胞下降大于50%者給予第2次誘導(dǎo)化療,2個療程后再進行療效評價,確定是否進行鞏固化療。

        1.2.5隨訪:對基因檢測結(jié)果顯示基因突變的患者進行隨訪,隨訪形式包括門診定期隨訪、問卷及電話隨訪。隨訪截止為出院后2年,確診之日至死亡或末次隨訪日期為總體生存(OS)時間。

        1.3統(tǒng)計學(xué)處理:采用SPSS20.0統(tǒng)計軟件對數(shù)據(jù)進行分析。非正態(tài)分布的計量資料以中位數(shù)(P25~P75)表示,行Mann-Whitney非參數(shù)檢驗;計數(shù)資料以n(%)表示,行Fisher確切概率檢驗,兩兩比較采用矯正檢驗水準(zhǔn)的Bonferroni法;采用Kaplan-Meier法繪制生存曲線,生存率比較采用log-rank檢驗;預(yù)后影響因素分析采用Cox比例風(fēng)險回歸分析;檢驗水準(zhǔn):α=0.05。

        2 結(jié) 果

        2.1AML患者一般臨床資料分析:117例患者中,男61例,女56例;中位年齡69(60~79)歲;初診時WBC中位數(shù)12.83(2.36~53.48)×109L-1,HGB中位數(shù)78.46(61.47~98.71)g/L,骨髓原始細胞中位數(shù)65.47(10.53~80.24)%;FAB分型及危險度分層見圖1。

        圖1 117例AML患者FAB分型及危險度分層(A)FAB分型;(B)危險度分層

        2.2AML患者基因突變發(fā)生情況分析:117例患者中,108例(92.31%)患者檢查基因突變,其中單基因突變25例(21.37%),2個基因突變共存36例(30.77%),同時攜帶≥3個基因突變的47例(40.17%)。檢測到的基因突變共涉及67種基因,108例患者中突變檢出率≥10%的突變基因依次為NRAS突變25例(23.15%),NPM1突變21例(19.44%),DNMT3A突變17例(15.74%),TET2突變16例(14.81%),WT1突變13例(12.03%),CEBPA突變13例(12.03%),F(xiàn)LT3-ITD+TKD突變12例(11.11%),GATA2突變12例(11.11%),ASXL1突變11例(10.19%),BCORL1突變11例(10.19%)。其他突變檢出率不足10%但大于5%的突變基因包括:IDH1、IDH2、JAK2、PTPN11、RUNX1、SETBF1、SRSF2突變9例(8.33%),KIT、ETNK1、NF1、KRAS、SRP72、STAG2、TP53突變6例(5.56%)。突變檢出率不足5%的突變基因包括:ABL1、AKNRD26、ATM、BCOR、BRAF、CALF、CBL、CSF3R、CSMD1、CUX1、DDX41、EP300、ETV6/TEL、EZH2、GATA1、GNAS、IKZF1、JAK1、JAK3、NFE2、KMT2C/MLL3、KMT2D/MLL2/MLL4、MPL、LNK(SH2B3)、PDGFRA、NOTCH1、PHF6、PIGA、PRPF40B、PRPF8、PTEN、RAD21、ROBO1、ROBO2、SF1、SF3A1、SF3B1、SMC1A、SMC3、SUZ12、TET2、U2AF1/U2AF35、U2AF2、ZRSR2。

        2.3AML患者基因突變的功能類型分布:將突變檢出率≥5%的突變基因按照功能進行聚類分析,常見突變基因涉及的通路包括:表觀遺傳學(xué)(占57.41%,包括:DNMT3A、TET2、ASXL1、IDH1、IDH2),信號通路(占50.93%,包括:NRAS、JAK2、PTPN11、KIT、KRAS),轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)(占49.07%,包括:WT1、CEBPA、GATA2、RUNX1、STAG2),細胞增殖或凋亡(占25.00%,包括:NPM1、TP53),剪切因子(占8.33%,包括:SRSF2),其他(占35.19%)。

        2.4部分基因突變與AML患者臨床特征之間的關(guān)系:NRAS基因突變患者HGB水平低于無突變患者(P<0.05),NPM1基因突變WBC水平高于無突變患者(P<0.05);DNMT3A基因突變患者WBC、HGB和髓原始細胞水平與無突變患者比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),見表1。

        表1 部分基因突變與AML患者臨床特征之間的關(guān)系[M(P25~P75)]

        2.5部分基因突變與AML患者染色體核型危險度分層之間的關(guān)系:NPM1、DNMT3A基因突變在中?;颊咧械臋z出率高于低、高危患者(P<0.05),NRAS基因突變在低危、中危和高危患者中的檢出率比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),見表2。

        表2 不同染色體核型危險度分層患者的部分基因突變檢出情況n(%)

        2.6基因突變AML患者預(yù)后情況分析:108例AML患者的中位OS為8個月,兩年累計生存率為45.37%。NPM1基因突變患者的兩年累計生存率為66.67%,較無突變患者(40.23%)高(χ2=4.770,P=0.029);DNMT3A基因突變患者的兩年累計生存率為23.53%,較無突變患者(49.45%)低(χ2=3.949,P=0.038);NRAS基因突變患者與無突變患者的兩年累計生存率(36.00%vs.48.19%)比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=1.080,P=0.216)?;蛲蛔償?shù)目≥3個患者的兩年累計生存率為31.91%(15/47),基因突變數(shù)目<3個的患者(55.74%,34/61)低(χ2=5.806,P=0.012),見圖2。

        圖2 AML患者的總生存曲線

        2.7基因突變與患者OS之間的關(guān)系:多因素分析結(jié)果顯示,NPM1基因未突變、DNMT3A基因突變、基因突變數(shù)目≥3個與AML患者較差OS相關(guān)(P<0.05)。見表3。

        表3 基因突變與患者OS之間的關(guān)系

        3 討 論

        既往研究表明,與年輕成人AML患者相比,老年AML患者的具有的細胞遺傳學(xué)和分子生物學(xué)預(yù)后不良因素比例較高,臨床療效明顯較差,了解老年AML患者的基因突變特征可為進一步理解老年AML的生物學(xué)特點及指導(dǎo)臨床治療提供可靠依據(jù)[6]。近年來,基因測序技術(shù)的發(fā)展為臨床分析AML的基因突變提供了便利,越來越多具有臨床意義的基因突變被發(fā)現(xiàn)[7]。本研究應(yīng)用二代測序技術(shù)分析了老年AML患者的基因突變情況,研究結(jié)果顯示,117例AML患者中,基因突變檢出率達92.31%,且以同時攜帶≥3個基因突變的檢出率最高,與既往研究[8]結(jié)果類似,提示AML患者基因突變發(fā)生率較高,大部分患者至少攜帶1個基因突變。

        3.1AML患者基因突變發(fā)生情況分析:本研究中,檢測到的基因突變共涉及67種基因,其中突變檢出率≥10%的突變基因依次為NRAS、NPM1、DNMT3A、TET2、WT1、CEBPA,F(xiàn)LT3-ITD+TKD、GATA2、ASXL1和BCORL1。Prassek等[9]分析了75歲以上老年AML患者的基因突變譜,發(fā)現(xiàn)患者基因突變個數(shù)的中位數(shù)是4個,且以TET2、DNMT3A、NPM1、SRSF2和ASXL1基因為最常見的突變基因,與本研究結(jié)果存在差異,考慮與納入對象年齡不同、不同人種基因突變頻率不同有關(guān)。呂曉東等[10]在有關(guān)AML患者克隆異質(zhì)性的研究中指出,AML患者檢出的突變基因主要以信號傳導(dǎo)相關(guān)基因、表觀遺傳相關(guān)基因和轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)相關(guān)基因為主,認(rèn)為疾病早期出現(xiàn)異?;蛞讓?dǎo)致基因表觀遺傳修飾和轉(zhuǎn)錄調(diào)控等遺傳信息的不穩(wěn)定性,易造成克隆異質(zhì)性,影響疾病進展及預(yù)后。本研究也發(fā)現(xiàn),AML相關(guān)基因突變主要涉及的通路有表觀遺傳學(xué)、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、細胞增殖或凋亡和剪切因子等,與既往研究結(jié)果類似。

        3.2部分基因突變對AML患者臨床特征及預(yù)后的影響:為明確基因突變與AML患者臨床特征及預(yù)后的關(guān)系,本研究選擇性分析了NRAS、NPM1和DNMT3A基因與患者臨床特征及預(yù)后的關(guān)系。研究結(jié)果顯示,NRAS基因突變患者HGB水平低于無突變者,NPM1基因突變患者WBC水平高于無突變者;NPM1、DNMT3A基因突變在中?;颊咧械臋z出率高于低、高危患者,提示NRAS、NPM1和DNMT3A基因突變與AML患者的臨床特征存在相關(guān)性。NRAS基因可編碼膜蛋白,是一種可將細胞外信號轉(zhuǎn)至細胞核以調(diào)節(jié)細胞增殖、分化和凋亡的“分子開關(guān)”,其外顯子及密碼子的錯義突變參與了AML的發(fā)生發(fā)展,而在AML發(fā)展過程中,患者骨髓造血功能出現(xiàn)障礙,使機體不能造血,最終影響WBC、HGB等水平。李甜甜等[11]分析了NRAS基因突變在成人AML患者中的表達,也發(fā)現(xiàn)合并NRAS基因突變的患者其HGB水平較無突變者低。NPM1基因位于人類染色體5q35上,可以伴侶蛋白的形式促使核糖體合成,并經(jīng)由抑癌基因p53等調(diào)控細胞增殖及調(diào)控。肖蓉等[12]報道在老年急性非早幼粒細胞白血病患者中,NPM1基因突變陽性患者的WBC水平顯著高于NPM1基因突變陰性患者,認(rèn)為NPM1基因突變與CD34、CD117低表達相關(guān),患者免疫功能下降,進而影響WBC的水平。也有研究發(fā)現(xiàn),NPM1、DNMT3A基因突變與患者染色體核型危險度分層之間無相關(guān)性,可能與患者年齡組成、遺傳學(xué)危險分組及構(gòu)成不同有關(guān)[13]。進一步分析不同基因突變患者的預(yù)后情況可知,NPM1基因未突變、DNMT3A基因突變、基因突變數(shù)目≥3個與AML患者較差OS相關(guān),提示基因突變數(shù)目和類型與AML患者OS存在明顯相關(guān)性,因此推測NPM1、DNMT3A等基因突變與基因突變數(shù)目可增加AML患者預(yù)后不良的危險度,而NPM1基因突變可能與良好預(yù)后有關(guān)。

        綜上所述,AML患者基因突變率較高,基因突變數(shù)目和類型與患者臨床特征、預(yù)后相關(guān),評估患者基因突變特征可為AML的疾病診斷、治療選擇及風(fēng)險分層提供有效的參考信息。

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