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        纖維素降解菌的分離、鑒定與產(chǎn)酶條件探究

        2022-03-14 01:30:18佀勝利鄒莎莎吳書云王成湘
        南方農(nóng)業(yè) 2022年2期

        佀勝利,鄒莎莎,吳書云,王成湘

        (凱里學(xué)院,貴州凱里 556011)

        纖維素是植物細胞壁的主要成分之一,是自然界中現(xiàn)有數(shù)量最多且最低廉的資源,目前尚未得到充分合理的利用[1]。在自然狀態(tài)下,纖維素的生物降解主要通過微生物分泌的纖維素酶來完成,降解過程無污染、成本低,因而纖維素降解微生物的篩選一直受到研究者的關(guān)注[2-3]。自然界存在的產(chǎn)纖維素酶的微生物種類較多,對纖維素的降解能力差異較大,通過對其培養(yǎng)條件的優(yōu)化可以有效提高產(chǎn)纖維素酶的效率和對纖維素的降解能力[4-6]。

        1 材料與方法

        1.1 土壤樣品

        多年自然生長松樹林下充分腐熟的松針土,采集于貴州省鎮(zhèn)遠縣。

        1.2 培養(yǎng)基

        富集培養(yǎng)基:K2HPO41.00 g·L-1、NaCl 0.10 g·L-1、MgSO4·7H2O 0.30 g·L-1、NaNO32.50 g·L-1、FeCl30.001 g·L-1、CaCl20.10 g·L-1。培養(yǎng)基按照每瓶50 mL 進行分裝,每個三角瓶中放入約0.50 g 濾紙條,121 ℃滅菌20 min。

        篩選培養(yǎng)基:(NH4)2SO42.00 g·L-1、MgSO4·7H2O 0.50 g·L-1、K2HPO41.00 g·L-1、NaCl 0.50 g·L-1、羧甲基纖維素鈉(CMC-Na)2.00 g·L-1、瓊脂20.00 g·L-1,121 ℃滅菌20 min。

        含剛果紅的篩選培養(yǎng)基:在篩選培養(yǎng)基中加入2.00 g·L-1剛果紅。

        發(fā)酵培養(yǎng)基:蛋白胨3.00 g·L-1、酵母粉0.50 g·L-1、(NH4)2SO42.00 g·L-1、KH2PO44.00 g·L-1、CaCl20.30 g·L-1、MgSO4·7H2O 0.30 g·L-1,121 ℃滅菌20 min。

        1.3 纖維素降解菌株的篩選

        稱量1.00 g 土壤樣品,在30 ℃ 150 r·min-1富集培養(yǎng)基中振蕩培養(yǎng)至濾紙條完全裂解。用無菌水連續(xù)稀釋培養(yǎng)后的富集培養(yǎng)基,得到10-7稀釋液,取稀釋液200 μL 均勻涂布到含剛果紅的篩選培養(yǎng)基上,30℃恒溫培養(yǎng),待菌落長出后,挑選培養(yǎng)特征不同且具有明顯透明圈的單菌落轉(zhuǎn)接到篩選培養(yǎng)基,純化后冷凍保存。將純化后的菌株轉(zhuǎn)接篩選培養(yǎng)平板,30 ℃恒溫培養(yǎng)24 h。用0.5%的剛果紅溶液染色60 min,再用1 mol·L-1NaCl 溶液褪色60 min,觀察染色后的透明圈大小。選擇透明圈直徑(D)/菌落直徑(d)比值較大的菌株,接入發(fā)酵培養(yǎng)基,30 ℃ 150 r·min-1培養(yǎng)72 h,測定培養(yǎng)液的羧甲基纖維素酶活性(CMCA),選擇CMCA 最高的菌株,進行下一步試驗。

        1.4 纖維素降解菌株的鑒定

        1)形態(tài)學(xué)鑒定。接種菌株到篩選培養(yǎng)基培養(yǎng)24 h,觀察菌落培養(yǎng)特征,進行革蘭氏染色。

        2)分子生物學(xué)鑒定。將培養(yǎng)24 h 的純化菌液送至生工生物工程(上海)股份有限公司進行鑒定,利用細菌16S rDNA 通用引物27F(5'-AGAGTTTGATCATGGC TCAG-3')、1492R(5'-TAGGGTTACCTT GTTACGACTT-3')

        對菌株16S rDNA 序列進行擴增,對PCR 產(chǎn)物純化回收后測序,利用BLAST 軟件將測序結(jié)果與GenBank中已有序列進行比對,使用MEGA-X 軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,確定菌株的種屬。

        1.5 發(fā)酵條件對纖維素降解菌株產(chǎn)纖維素酶的影響

        1.5.1 單因素試驗

        選取發(fā)酵時間、發(fā)酵初始pH 值和發(fā)酵溫度進行單因素試驗,研究各因素對篩選出的菌株產(chǎn)纖維素酶的影響。將篩選出的菌株接種到一定初始pH 值的發(fā)酵培養(yǎng)基中,在指定溫度下150 r·min-1振蕩培養(yǎng)一定時間,將發(fā)酵液3 000 r·min-1離心10 min,得粗酶液。測定單因素條件下粗酶液的CMCA 確定合適的正交設(shè)計參數(shù)。每個處理設(shè)3 個重復(fù)組。

        1.5.2 正交優(yōu)化

        依據(jù)單因素試驗結(jié)果,選擇發(fā)酵時間、初始pH值和發(fā)酵溫度,設(shè)計3 因素3 水平正交試驗,采用L9(33)正交表。

        1.6 纖維素酶活性的測定

        纖維素酶活性用DNS 法進行測定[6]。在特定條件下,1 mL 粗酶液1 min 轉(zhuǎn)化產(chǎn)生1μg 還原糖所需的酶量規(guī)定為1 個酶活力單位(U)。取0.50 mL 粗纖維素酶溶液、1.00 mL 檸檬酸緩沖液(pH=4.8)和1.50 mL CMC-Na 溶液充分混勻,50 ℃ 150 r·min-1酶解180 min,之后加入3.00 mL DNS 溶液,充分混勻后沸水浴5 min,冷卻后加入3.00 mL 蒸餾水,充分混勻后在540 nm 處測定吸光值。同時,設(shè)置底物空白和酶空白。

        1.7 葡萄糖標準曲線的制作

        向干燥試管中分別加入1.00 mg·mL-1標準葡萄糖溶液0.00 mL、0.30 mL、0.60 mL、0.90 mL、1.20 mL、1.50 mL,再分別加蒸餾水至體積為1.50 mL,加入DNS試劑3.00 mL,混勻,沸水浴5 min 后冷卻,最后用蒸餾水定容至10 mL,充分混勻后測定在540 nm 的吸光值。以葡萄糖濃度為縱坐標,吸光值為橫坐標,得到葡萄糖標準曲線方程為y=1.290 8x+0.059 4(R2=0.999 1)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 纖維素降解菌株的篩選

        將富集液稀釋后涂平板,共分離純化得到12 個產(chǎn)生明顯降解圈的纖維素降解菌株。對轉(zhuǎn)接后的菌株進行剛果紅染色,如圖1 所示。通過測定透明圈直徑(D)和菌落直徑(d),菌株DT10、DT13、DT14 的透明圈直徑比值(D/d)較大。測定3 個菌株發(fā)酵所得粗酶液的CMCA,如表1 所示,DT13 的酶活最高,作為進一步研究的菌株。

        表1 纖維素降解菌株D/d 值與羧甲基纖維素酶活性

        2.2 纖維素降解菌株的鑒定

        DT13 菌株在篩選培養(yǎng)基上生長24 h 的菌落呈白色、圓形、濕潤無皺褶,如圖1(a)所示。經(jīng)革蘭氏染色后顯微觀察,菌體為細桿狀,呈紫紅色,為革蘭氏陽性菌,如圖1(b)所示。該菌株經(jīng)DNA 提取、PCR 擴增獲得長度為1 434 bp 的16S rDNA 片段,通過BLAST 序列比對,菌株DT13 與枯草芽孢桿菌(B.subtillis)相似度在99.7%以上;選擇相似度較高的代表菌株構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,見圖2,DT13 與枯草芽孢桿菌的進化關(guān)系較近,可靠性較高,確定菌株DT13為枯草芽孢桿菌(B.subtillis)。

        圖1 菌株DT13 的形態(tài)特征與革蘭氏染色圖

        圖2 菌株DT13 系統(tǒng)發(fā)育樹圖

        2.3 發(fā)酵條件對菌株DT13 產(chǎn)纖維素酶的影響

        2.3.1 發(fā)酵條件對纖維素酶產(chǎn)量影響的單因素試驗

        將菌株DT13 在30 ℃ 150 r·min-1條件下進行纖維素酶發(fā)酵144 h,自發(fā)酵開始每隔24 h 取出一次樣品測定其纖維素酶粗酶液的CMCA。結(jié)果如圖3(a)所示,CMCA 隨著發(fā)酵時間的增加呈增加趨勢,在96 h 時達到最高,為4.86 U·mL-1;菌株DT13 接種在不同初始pH 值的發(fā)酵培養(yǎng)基中,在30 ℃ 150 r·min-1條件下發(fā)酵96 h,發(fā)酵后粗纖維素酶液的CMCA 如圖3(b)所示,CMCA 隨著pH 值的增加而增大,至pH 值7.5 時達到最大,為5.31 U·mL-1;菌株DT13接種在初始pH值為7.5 的發(fā)酵培養(yǎng)基中,在不同溫度150 r·min-1條件下發(fā)酵96 h,發(fā)酵后粗纖維素酶液的CMCA 如圖3(c)所示,CMCA隨著溫度的增加而增大,至40 ℃時達到最高值,為6.56 U·mL-1,溫度繼續(xù)增加CMCA 呈下降的趨勢。綜合試驗結(jié)果,菌株DT13 發(fā)酵產(chǎn)纖維素酶的較合適的單因素條件分別為發(fā)酵時間96 h、初始pH 值7.5、發(fā)酵溫度40 ℃。

        圖3 菌株DT13 發(fā)酵試驗單因素對纖維素酶CMCA 的影響圖

        2.3.2 正交試驗設(shè)計結(jié)果

        根據(jù)單因素試驗結(jié)果,選擇A發(fā)酵時間(84 h、96 h、108 h)、B初始pH值(7.0、7.5、8.0)、C發(fā)酵溫度(37 ℃、40 ℃、43 ℃)設(shè)計3 因素3 水平正交試驗。發(fā)酵結(jié)束后,測定各組合得到的粗酶液的CMCA,試驗結(jié)果如表2 所示。影響發(fā)酵產(chǎn)纖維素酶CMCA 的3 個因素排序為初始pH 值(B)>發(fā)酵溫度(C)>發(fā)酵時間(A),產(chǎn)酶的最佳組合為A2B1C2。

        表2 菌株DT13 產(chǎn)纖維素酶CMCA 正交試驗結(jié)果分析表

        2.3.3 驗證試驗

        正交極差分析表中,A3B1C2培養(yǎng)組合所產(chǎn)的CMCA值最高,選取A2B1C2、A3B1C2發(fā)酵組合進行驗證試驗,結(jié)果如表3 所示,組合A2B1C2所產(chǎn)生的粗酶液的CMCA 約為6.69 U·mL-1,顯著高于組合A3B1C2。因此,確定菌株DT13 的最佳培養(yǎng)組合為A2B1C2,即初始pH值7.0、發(fā)酵溫度40 ℃,發(fā)酵時間96 h。

        表3 正交設(shè)計組合驗證試驗結(jié)果表

        3 結(jié)論

        本研究從森林腐熟土壤中篩選出一株產(chǎn)纖維素降解菌DT13,經(jīng)形態(tài)學(xué)、革蘭氏染色和分子生物學(xué)鑒定確定DT13 為枯草芽孢桿菌(B.subtillis)。通過單因素試驗和正交試驗設(shè)計,對菌株DT13 發(fā)酵產(chǎn)纖維素酶的條件進行研究,確定菌株DT13 的最佳發(fā)酵條件為初始pH 值7.0、發(fā)酵溫度40 ℃、發(fā)酵時間96 h。

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