近日，上海海洋大學(xué)水產(chǎn)與生命學(xué)院王成輝教授團(tuán)隊(duì)，聯(lián)合學(xué)院李晨虹教授、德國(guó)波茨坦大學(xué)Michael Hofreiter教授、美國(guó)內(nèi)布拉斯加大學(xué)奧馬哈分校呂國(guó)慶教授等研究人員，利用第三代測(cè)序技術(shù)結(jié)合BioNano光學(xué)圖譜和Hi-C高通量染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)進(jìn)行了長(zhǎng)江水系中華絨螯蟹(Eriocheirsinensis)的全基因組測(cè)序和組裝，獲得了染色體水平的精細(xì)基因組圖譜。組裝的中華絨螯蟹基因組大小為1.67 Gb，覆蓋其基因組大小的94.4%(1.77 Gb)，其中Scaffold N50為16.98 Mb，Contig N50為717.3 kb，共鑒定出20 286個(gè)蛋白編碼基因。

中華絨螯蟹具有獨(dú)特的斷肢再生現(xiàn)象，開(kāi)展其斷肢再生研究具有重要的研究意義和產(chǎn)業(yè)應(yīng)用價(jià)值。該研究進(jìn)行了比較基因組學(xué)分析，鑒別出節(jié)肢動(dòng)物特有的基因和基因家族。斷肢再生不同發(fā)育時(shí)期的比較轉(zhuǎn)錄組和基因共表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)，Innexin基因家族在中華絨螯蟹斷肢再生的早期發(fā)揮重要的分子信號(hào)傳導(dǎo)作用，其中Innexin2基因在斷肢后1 d內(nèi)特異表達(dá)上調(diào)，且通過(guò)調(diào)控mTORC1信號(hào)通路和免疫應(yīng)答反應(yīng)介導(dǎo)中華絨螯蟹的斷肢再生過(guò)程。

該研究還發(fā)現(xiàn)中華絨螯蟹斷肢再生早期受表觀遺傳學(xué)的調(diào)控，其中SMYDA基因家族只存在于節(jié)肢動(dòng)物，在中華絨螯蟹斷肢早期下調(diào)表達(dá)而在肢芽生長(zhǎng)時(shí)期表達(dá)恢復(fù)至未斷肢時(shí)的水平。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),該基因家族還在中華絨螯蟹從大眼幼體到仔蟹的變態(tài)過(guò)程中整體差異表達(dá)，表明節(jié)肢動(dòng)物特異的SMYDA基因家族在中華絨螯蟹涉及明顯形態(tài)發(fā)生如變態(tài)、再生的生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮重要的表觀修飾作用。

該研究為開(kāi)展中華絨螯蟹的分子育種提供了重要的基因組資源和平臺(tái)，為提升養(yǎng)殖生產(chǎn)與管理水平提供了有益指導(dǎo)。相關(guān)成果“Omics data unveil early molecular response underlying limb regeneration in the Chinese mitten crab,Eriocheirsinensis”發(fā)表在ScienceAdvances。