何 穎,雷 梓,李 庚,喻 意,楊 園,劉 慧,潘國慶
研究表明胃癌發(fā)生與幽門螺桿菌(Helicobacterpylori,Hp)感染密切相關(guān)[1]。流調(diào)資料顯示在不同的地域,胃癌發(fā)生率差異顯著,東亞地區(qū)人群胃癌發(fā)生率較高,而在非洲和南亞地區(qū),雖然Hp感染率很高,但胃癌發(fā)生率卻較低,西方人群Hp感染率為30%,Hp相關(guān)性胃炎患者中最終發(fā)生胃癌者僅占0.1%~1%[2-3],提示不同遺傳背景的個體在相同的環(huán)境暴露下其胃癌的易感性不同。這種易感性目前被認(rèn)為是由個體的遺傳因素所決定,其中最常見莫過于單核苷酸多態(tài)性(single nucleotidepolymorphism,SNP),SNP是個體間遺傳差異的主要形式。神經(jīng)軸突導(dǎo)向分子5A(Semaphorin 5A,SEMA5A)在多種病理生理過程中發(fā)揮重要作用[4],我組前期研究已發(fā)現(xiàn)SEMA5A與Hp感染及胃癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)[5-8]。既往研究發(fā)現(xiàn)SEMA5A基因rs7702187位點(diǎn)的多態(tài)性是中國西部人群帕金森病的高風(fēng)險因素(P=0.20,OR=0.87,95%CI=0.79~0.96)[9]。但目前SEMA5A基因SNPs與腫瘤發(fā)生發(fā)展關(guān)系的研究較為有限,未有SEMA5ASNPs與胃癌易感性關(guān)系的報道。故本研究基于臨床病例對照研究方法,探討SEMA5A基因SNP位點(diǎn)在胃癌患者和健康者的分布特點(diǎn),同時研究SEMA5A基因多態(tài)性和Hp感染在胃癌發(fā)生中的交互作用。
1.1 研究對象選取2018年10月至2020年10月在昆明醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院確診為胃癌的230例患者病歷資料和血液,對照組為同期在我院體檢的健康體檢者250例。所有研究對象來自云南地區(qū)漢族人群,年齡 37~89歲,胃癌組平均年齡(60.03±1.52)歲,對照組平均年齡(61.43±0.79)歲,胃癌組Hp陽性134例(58.3%),Hp陰性96例(41.7%);對照組Hp陽性97例(38.8%),Hp陰性153例(61.2%)。所有患者均經(jīng)胃鏡和病理診斷確診為胃癌,病例收集標(biāo)準(zhǔn):為原發(fā)性胃癌,且既往均無腫瘤遺傳病史,均未進(jìn)行過放療和化療,排除繼發(fā)性或復(fù)發(fā)性腫瘤及其他惡性腫瘤;對照組與胃癌組患者的年齡、性別情況相匹配,2組對象無血緣關(guān)系。所有研究對象均了解所有研究內(nèi)容并簽訂知情同意書,并經(jīng)過昆明醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院倫理委員會批準(zhǔn)[批準(zhǔn)號(201809-25)]。
1.2 試劑和儀器ELISA試劑盒(福建三強(qiáng)公司試劑盒);DNA 提取試劑盒(南京諾唯贊生物);9700 型PCR 擴(kuò)增儀(美國ABI公司);3730XL基因測序儀(美國Applied Biosystems公司)。
1.3 采集和保存每位研究對象抽取約4 mL空腹外周靜脈血于EDTA-K2抗凝管中,室溫靜置20 min,400 × g離心5 min分離血清血漿,分裝后置-20 ℃冰箱保存。
1.4 Hp感染檢測應(yīng)用酶聯(lián)免疫吸附實(shí)驗(yàn)(ELISA)檢測血清中Hp-IgG抗體,操作步驟嚴(yán)格按試劑盒說明書方法進(jìn)行。如果Hp-IgG濃度>20 U/mL為陽性,判定為Hp感染。
1.5 樣本基因組 DNA 的提取嚴(yán)格按照DNA提取試劑盒試劑說明書提取基因組 DNA,將DNA產(chǎn)物保存于-20 ℃?zhèn)溆谩?/p>
1.6 SNPs位點(diǎn)的選擇通過查詢HapMap國際人類基因組數(shù)據(jù)庫和dbSNP數(shù)據(jù)庫,以及查詢SEMA5A基因多態(tài)性相關(guān)文獻(xiàn)的基礎(chǔ)上,共獲取了該基因30個多態(tài)性位點(diǎn),通過單核苷酸多態(tài)性選擇的一般原則,篩選了能夠代表SEMA5A基因大部分SNPs的6個標(biāo)簽SNPs(rs693487、rs6896702、rs788469、rs805153、rs1024489、rs2696371)。
1.7 TaqMan探針法進(jìn)行基因分型
1.7.1 TaqMan探針的設(shè)計與合成根據(jù)NCBI網(wǎng)站上的SEMA5A基因相關(guān)信息,使用引物探針設(shè)計軟件Primer Premier v6.0,設(shè)計TaqMan-MGB的探針和引物,引物序列信息見表1。
表1 設(shè)計和合成的TaqMan探針及引物序列
1.7.2 PCR(polymerase chain reaction)檢測分型反應(yīng)體系:DNA模板1.0 μL,PCR Premix Taq(2x)5.0 μL,上、下游引物(上海生工生物工程技術(shù)公司合成)及MGB探針各0.2 μL,最后用雙蒸水補(bǔ)足至總反應(yīng)體積為10.0 μL。反應(yīng)條件:95 ℃ 預(yù)變性5 mim,95 ℃ 變性10 s,60 ℃退火30 s,共40個循環(huán),最后72 ℃延伸5 min。為了質(zhì)量控制,隨機(jī)抽取5%的樣品進(jìn)行檢測,分型符合率達(dá)到100%,以確保檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。
1.8 SNaPshot法進(jìn)行基因分型為了驗(yàn)證TaqMan-MGB探針SNP基因分型方法的準(zhǔn)確性,我們隨機(jī)抽取兩組各100個樣本,使用SNaPshot方法對SEMA5A基因進(jìn)行了基因分型。
1.8.1 引物設(shè)計合成根據(jù)SNaPshot引物設(shè)計原理設(shè)計了用于單堿基延伸的6條緊鄰各個SNP位點(diǎn)的延伸引物。見表2、表3。
表2 PCR擴(kuò)增引物序列
表3 PCR延伸引物序列
1.8.2 PCR檢測分析PCR反應(yīng)總體積為15 μL:模板DNA 1.0 μL,上下游引物各0.15 μL,10×Taq Plus Buffer 2.5 μL,dNTP Mixture 2 μL,Taq Plus DNA聚合酶0.25 μL,加入 ddH2O補(bǔ)足至15 μL。反應(yīng)條件:預(yù)變性94 ℃ 3 min,變性94 ℃ 15 s,退火55 ℃ 30 s,延伸72 ℃ 30 s, 30個循環(huán)后,最后72 ℃延伸3 min,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)電泳提純后放入PCR擴(kuò)增儀,進(jìn)行延伸反應(yīng)。延伸后產(chǎn)物于3730XL基因測序儀測序。
1.9 統(tǒng)計學(xué)分析采用SPSS Statistics軟件進(jìn)行統(tǒng)計分析。用t檢驗(yàn)比較胃癌組和對照組的年齡。采用χ2檢驗(yàn)檢測胃癌組與對照組之間吸煙狀況、飲酒史和Hp感染之間存在的差異。用卡方檢驗(yàn)分析胃癌組和對照組的多態(tài)性分布是否符合Hardy-Weinberg平衡。使用logistic回歸分析計算OR和95% CI,根據(jù)年齡、性別、吸煙狀況、飲酒史和Hp感染進(jìn)行了調(diào)整,對其進(jìn)行分層。以P≤0.05為具有統(tǒng)計學(xué)意義。
2.1 一般資料比較胃癌組及健康對照組的性別、年齡、飲酒、吸煙等方面差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05),胃癌組的Hp感染率與對照組相比明顯偏高(P=0.023),見表4。
表4 胃癌組和對照組間的一般特征
2.2 各基因型在胃癌組及對照組中的分布及與胃癌發(fā)生關(guān)系
2.2.1 Hardy-Weinberg 平衡定律檢驗(yàn)經(jīng)檢驗(yàn)SEMA5A基因的6個SNP位點(diǎn)各組基因型統(tǒng)計結(jié)果均P>0.05,則認(rèn)定6個SNP位點(diǎn)胃癌組和對照組的等位基因頻率分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律,研究對象來自于同一人群。
2.2.2 各位點(diǎn)基因多態(tài)性分布分析rs805153位點(diǎn)的3種基因型在胃癌組與對照組分布有顯著差異,具有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.01)。TT基因型在經(jīng)年齡、性別、Hp感染調(diào)整后OR值為2.74(95%CI:0.35-3.83,P<0.01)。而在隱性模型中,與CC基因型相比,TT+TC基因型也與患癌風(fēng)險有關(guān)(P<0.01,OR=2.40,95% CI:1.28-2.96)。而rs693487、 rs6896702、rs788469、rs1024489、rs2696371這5個SNP位點(diǎn)的基因型在2組間分布均差異無統(tǒng)計意義(P>0.05),見表5。
表5 SEMA5A基因多態(tài)性與胃癌風(fēng)險的關(guān)系[n(%)]
2.2.3 rs805153位點(diǎn)的分層分析rs805153位點(diǎn)進(jìn)一步分層進(jìn)行l(wèi)ogistic回歸分析顯示:TT+TC基因型與CC基因型相比,與男性胃癌的發(fā)病風(fēng)險相關(guān),經(jīng)多因素校正后OR值為1.33(95%CI:0.81-2.23)。而在感染Hp時,TT+TC基因型也與胃癌的風(fēng)險有關(guān),經(jīng)多因素調(diào)整后OR值為1.97(95%CI: 0.28-1.40)。其余因素年齡、吸煙史、飲酒史與胃癌發(fā)生風(fēng)險無關(guān)聯(lián)。見表6。
表6 胃癌組與對照組SEMA5A rs805153多態(tài)性及Logistic回歸分析
SEMA5A屬于神經(jīng)軸突導(dǎo)向分子SEMAs家族成員之一,位于人染色體5p15.2,全長51.8 kb,可作為血管生成,轉(zhuǎn)移過程中細(xì)胞遷移和癌細(xì)胞器官特異性歸巢所必需的分子[10]。多項(xiàng)研究表明,SEMA5A作為一種胃癌相關(guān)基因,在胃癌細(xì)胞中高表達(dá)并且可以上調(diào)癌細(xì)胞的增殖和轉(zhuǎn)移生物學(xué)活性[6]。Hp感染可引起一系列癌前病變,是已知胃癌最大的危險因素。大量國內(nèi)外研究證明,發(fā)生胃癌的風(fēng)險取決于Hp菌株特異性毒力因子、宿主基因型、環(huán)境因素(如飲食)以及免疫反應(yīng)等,這些因素之間相互作用將影響Hp長期定植的結(jié)果[11-12]。我組進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)SEMA5A在Hp陽性的胃癌組織中表達(dá)明顯高于Hp陰性的胃癌組織,且Hp感染后在不同分子水平可以上調(diào)胃癌細(xì)胞株SEMA5A的表達(dá),并且存在劑量-時間依賴性[13],這表明SEMA5A可能參與Hp相關(guān)性胃癌。據(jù)統(tǒng)計,有20%的胃癌患者有胃癌家族史,根據(jù)種族或族裔群體,有胃癌家族史胃癌發(fā)生的風(fēng)險增加了2~3倍[14],這表明有胃癌家族史是一個重要的胃癌危險因素。胃癌病例有家族性聚集現(xiàn)象,這也說明了遺傳多態(tài)性的重要性。
我們通過對SEMA5A基因6個SNP位點(diǎn)的基因型進(jìn)行檢測,分析了Hp感染與SEMA5A基因多態(tài)性在胃癌發(fā)生過程中的交互作用。SEMA5A基因存在較多的多態(tài)性位點(diǎn),多項(xiàng)臨床研究已證實(shí)SEMA5A基因的多態(tài)性位點(diǎn)與多種神經(jīng)疾病有關(guān),如rs7702187與帕金森病、rs194085與自閉癥等[15-17]。全基因組關(guān)聯(lián)分析也發(fā)現(xiàn)人染色體上SEMA5A附近的基因間SNP與自閉癥譜系障礙顯著關(guān)聯(lián)。我們的研究結(jié)果顯示SEMA5A基因的rs693487、rs2696371 SNP位點(diǎn)與胃癌發(fā)生及Hp感染無關(guān)聯(lián);SEMA5A基因的rs6896702、rs788469、rs1024489 SNP位點(diǎn)雖與胃癌發(fā)生及Hp感染無關(guān)系,但在性別方面與胃癌風(fēng)險相關(guān);SEMA5A基因rs805153位點(diǎn)與胃癌發(fā)生風(fēng)險及Hp感染相關(guān),TT基因型明顯增加患胃癌風(fēng)險,且與Hp感染關(guān)聯(lián)。近年來,在對Hp相關(guān)性胃癌分子水平多態(tài)性研究更是熱點(diǎn),Jia等[18]發(fā)現(xiàn)Hp感染與基因多態(tài)性在胃癌發(fā)生中的相互作用,Hp感染增加了遺傳基因易感性,導(dǎo)致DNA損傷和基因異常甲基化促進(jìn)胃癌發(fā)生。Hong等[19]認(rèn)為攜帶IL-1β基因多態(tài)性的人群在Hp感染后更易發(fā)生胃癌。研究報道遺傳基因多態(tài)性與Hp感染發(fā)生交互作用致胃癌的過程中,依據(jù)Hp感染的狀態(tài)不同胃癌易感性有所不同[20-22]。這些研究都表明胃癌發(fā)生過程中存在基因-環(huán)境交互作用模式。然而,關(guān)于SEMA5A基因多態(tài)性與胃癌間關(guān)系的還未見相關(guān)文獻(xiàn)報道。本研究存在一些不足:首先,樣本量相對較小,這可能會限制統(tǒng)計效果,尤其是在多重分層分析;其次,一些潛在的因素,如飲食、體育鍛煉和胃病史,未納入本研究的分析,這可能影響胃癌的發(fā)生風(fēng)險;最后,僅對其在癌癥發(fā)生中的潛在功能作用的進(jìn)行推測,但缺少功能驗(yàn)證。本研究結(jié)論需要大量的實(shí)驗(yàn)研究來驗(yàn)證。
綜上所述,SEMA5Ars805153位點(diǎn)與Hp感染以及胃癌發(fā)生風(fēng)險具有相關(guān)性,且在男性人群較為顯著,這為胃癌高危人群的發(fā)現(xiàn)、胃癌的預(yù)防和早期診斷提供候選分子,為進(jìn)一步研究胃癌發(fā)生機(jī)制提供新的理論依據(jù)。