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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接的五苓散治療肝硬化腹水作用機制探討△

        2022-02-18 08:23:56韋柳婷胡振斌高松林韋湘紅黃玲珊吳凡
        中國現(xiàn)代中藥 2022年12期
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫

        韋柳婷,胡振斌,高松林,韋湘紅,黃玲珊,吳凡

        1.廣西中醫(yī)藥大學(xué),廣西 南寧 530000;

        2.廣西中醫(yī)藥大學(xué) 第一附屬醫(yī)院,廣西 南寧 530000

        肝硬化腹水是肝硬化患者病程由代償期過渡至失代償期的標志,是門靜脈高壓、腎素-血管緊張素-醛固酮系統(tǒng)失衡和低蛋白血癥等多種因素綜合作用的結(jié)果[1]。腹水是肝硬化自然病程中的典型癥狀,每年會存在于5%~10%的代償期患者中[2]。代償期患者疾病進展過程中如果出現(xiàn)腹水,其5 年生存率將由原來的80%左右降為失代償期的30%左右,總體中位生存期僅約2 年[3]。西醫(yī)的治療方式主要有病因治療、限鈉、利尿、放腹水和補充白蛋白等[4],但是可能會引起低鈉血癥、肝腎綜合征和肝性腦病等嚴重不良反應(yīng)[5-6]。

        肝硬化腹水屬于中醫(yī)“鼓脹”范疇,其主要病機為三焦氣化不利、水液代謝失常[7]。五苓散源自《傷寒論》,由白術(shù)、澤瀉、豬苓、茯苓和桂枝組成。方中豬苓、澤瀉相配利水滲濕,使水濕之邪從小便而去;白術(shù)、茯苓健運中焦,培土以制水;桂枝溫陽化氣,助膀胱氣化功能,加強利水作用;全方共奏溫陽化氣利水之功,恰中其病機。此方有利尿、護腎、止瀉、控制血壓和調(diào)節(jié)代謝等效果[8],同時具有改善肝功能的作用[9]。多篇文獻報道其對肝硬化腹水患者具有改善腹水癥狀、人血清白蛋白(ALB)水平和肝功能的療效,安全性較高,但相關(guān)的分子機制研究尚匱乏[10-13]。本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接方法,探討五苓散治療肝硬化腹水的作用機制,為其后續(xù)深入研究和臨床應(yīng)用提供參考。

        1 資料與方法

        1.1 五苓散成分、靶點收集與整理

        在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php)中以口服生物利用度(OB)≥30%且類藥性(DL)≥0.18 為條件檢索五苓散中所有中藥的活性成分并收集所對應(yīng)的靶點蛋白。通過UniProt 數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/)將靶點蛋白轉(zhuǎn)換為標準基因名。

        1.2 肝硬化腹水靶點收集

        以“Cirrhosis ascites”為關(guān)鍵詞,在GeneCards(https://www.genecards.org/)、OMⅠM(https://omim.org/)、TTD(http://db.idrblab.net/ttd/)和DrugBank(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene)數(shù)據(jù)庫中檢索疾病靶點。

        1.3 交集靶點的篩選

        應(yīng)用R語言獲取五苓散和疾病的交集靶點。

        1.4 中藥-活性成分-靶點網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

        以交集靶點為橋梁,反向篩選得到對應(yīng)活性成分和中藥,制作網(wǎng)絡(luò)關(guān)系表及屬性文件,導(dǎo)入Cytoscape 3.8.0 軟件中構(gòu)建中藥-活性成分-靶點網(wǎng)絡(luò),運用Network analyzer功能進行拓撲分析。

        1.5 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPⅠ)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心靶點篩選

        在STRⅠNG 數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/)中導(dǎo)入交集靶點,限定物種為“Homo sapiens”,其他默認數(shù)值不做調(diào)整,構(gòu)建PPⅠ網(wǎng)絡(luò)。運用Cytoscape 3.8.0軟件中CytoNCA插件對結(jié)果進行可視化分析。

        1.6 基因本體(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)富集分析

        使用R 語言程序和Bioconductor 數(shù)據(jù)庫(https://www.bioconductor.org/)中的“org.Hs.eg.db”人類數(shù)據(jù)庫,“clusterProfiler”“DOSE”“enrichplot”和“stringi”等軟件包對疾病和藥物的交集靶點以P=0.05、Q=0.05進行GO和KEGG功能富集分析。

        1.7 分子對接

        運用AutoDock Vina 1.1.2 將核心靶點與β-谷甾醇、(+)-兒茶素、花旗松素、表兒茶素和常春藤皂苷元(由于PubChem 數(shù)據(jù)庫未檢索到3β-乙酰氧基蒼術(shù)酮,故不進行分子對接)進行分子對接。首先利用PubChem 數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下載活性成分的2D 結(jié)構(gòu)文件,導(dǎo)入Chem3D軟件轉(zhuǎn)換為最小自由能的3D 空間構(gòu)象的.mol2 格式。在UniProt數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/)中將Status 設(shè)置為Reviewed,Popular organisms 設(shè)置為Human,結(jié)合是否存在小分子配體、構(gòu)象分辨率和中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫文獻綜合分析,尋找核心靶點對應(yīng)蛋白的PDB ⅠD,通過PDB 數(shù)據(jù)庫(http://www.rcsb.org/)下載3D 晶體結(jié)構(gòu)。最后通過PyMOL 軟件和AutoDockTools 1.5.6 軟件對活性成分的3D 空間構(gòu)象和核心靶點對應(yīng)蛋白的3D晶體結(jié)構(gòu)進行預(yù)處理,利用AutoDock Vina 1.1.2 進行分子對接,并用PyMOL軟件展示結(jié)果。

        2 結(jié)果

        2.1 五苓散活性化學(xué)成分和靶點篩選

        通過TCMSP 得到五苓散50 個活性化學(xué)成分,其中茯苓、豬苓和澤瀉分別為15、11、10 個,白術(shù)和桂枝同為7 個,去重后共有46 個活性成分。桂枝和澤瀉中均含有谷甾醇;啤酒甾醇和麥角甾-7,22E-二烯-3β-醇是茯苓和豬苓的共同成分;過氧麥角甾醇是桂枝和豬苓的共同成分。46 個活性成分所對應(yīng)的61 個蛋白靶點,經(jīng)UniProt 數(shù)據(jù)庫校正后共得到47個靶點,涉及27個活性化學(xué)成分(表1)。

        表1 五苓散潛在活性成分信息

        續(xù)表1

        2.2 肝硬化腹水相關(guān)靶點及交集靶點的篩選

        收集GeneCards 數(shù)據(jù)庫(將score 設(shè)置為1)、OMⅠM、TTD 和DrugBank 數(shù)據(jù)庫中的肝硬化腹水相關(guān)靶點,整合去重后共得到1623 個靶點基因。通過R 4.0.4 的VennDiagram 數(shù)據(jù)包得到17 個藥物-疾病交集靶點(圖1),反向推導(dǎo)得到23個活性成分。

        圖1 五苓散治療肝硬化腹水的藥物-疾病共同作用靶點韋恩圖

        2.3 藥物-活性成分-疾病靶點網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和關(guān)鍵活性成分分析

        使用Cytoscape 3.8.0 軟件對17 個交集靶點進行藥物-活性成分-疾病靶點網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建(圖2)。利用Cytoscape 3.8.0 軟件的“Network analyzer”功能,根據(jù)度值篩選排名前6 名的活性成分,分別是β-谷甾醇、(+)-兒茶素、花旗松素、表兒茶素、常春藤皂苷元、3β-乙酰氧基蒼術(shù)酮(表2)。

        表2 五苓散治療肝硬化腹水度值前6位的活性成分

        圖2 五苓散治療肝硬化腹水的藥物-活性成分-核心靶點網(wǎng)絡(luò)

        2.4 PPⅠ網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及核心靶點的篩選

        運用STRⅠNG 數(shù)據(jù)庫對17 個交集靶點構(gòu)建PPⅠ網(wǎng)絡(luò)(圖3),得到17個節(jié)點、55條邊,平均節(jié)點度值為6.47。通過Cytoscape 3.8.0 軟件分析中心性、介度中心性、特征向量中心性、緊密中心性、網(wǎng)絡(luò)中心性和基于局部平均連通性的方法拓撲參數(shù),以6 個數(shù)值均大于其中位數(shù)的節(jié)點為條件進行篩選,得到胱天蛋白酶3(CASP3)、CASP8、熱休克蛋白90α(HSP90AA1)、環(huán)氧合酶2(PTGS2)和過氧化氫酶(CAT)、雌激素受體1(ESR1)等核心靶點(圖4)。

        圖3 五苓散治療肝硬化腹水靶點PPI網(wǎng)絡(luò)

        圖4 五苓散治療肝硬化腹水PPI網(wǎng)絡(luò)核心靶點拓撲分析

        2.5 GO功能富集分析

        GO 分析得到800 個生物過程(BP)條目,30個細胞組成(CC)條目,73 個分子功能(MF)條目,GO 分析分別取前10 條進行展示(圖5)。在BP中主要涉及對類固醇激素的反應(yīng)和生殖結(jié)構(gòu)、生殖系統(tǒng)、女性性腺發(fā)育等方面;在CC中靶點富集在細胞器外膜、細胞外膜、膜筏、質(zhì)膜微區(qū)、膜區(qū)、線粒體外膜、核孔復(fù)合體和髓鞘等;在MF 中核受體活性和配體激活的轉(zhuǎn)錄因子活性富集程度最高。

        圖5 五苓散治療肝硬化腹水的GO功能富集分析

        2.6 KEGG富集分析

        KEGG分析得到67條通路(P<0.05,圖6),主要涉及晚期糖基化終產(chǎn)物(AGE)-晚期糖基化終產(chǎn)物受體(RAGE)、p53、白細胞介素-17(ⅠL-17)、腫瘤壞死因子(TNF)和雌激素信號通路等。上述通路與五苓散干預(yù)肝硬化腹水的發(fā)生發(fā)展有關(guān)。

        圖6 五苓散治療肝硬化腹水的KEGG通路分析(排名前30)

        2.7 分子對接驗證

        選取PPⅠ網(wǎng)絡(luò)中核心靶點蛋白(HSP90AA1、CASP3、CASP8、PTGS2、ESR1、CAT)與β-谷甾醇、(+)-兒茶素、花旗松素、表兒茶素和常春藤皂苷元進行分子對接。結(jié)果顯示,化合物與靶點最低結(jié)合能為-10.5~-6.8 kcal·mol-1(1 cal≈4.184 J),均具有良好的結(jié)合力(表3)。其中花旗松素與CAT、表兒茶素與CAT、(+)-兒茶素與CAT、表兒茶素與PTGS2、β-谷甾醇與PTGS2、β-谷甾醇與HSP90AA1結(jié)合能分別為-10.5、-10.0、-9.2、-9.2、-9.2、-9.1 kcal·mol-1,結(jié)合能力最好,用PyMOL 可視化后見圖7。

        圖7 五苓散治療肝硬化腹水部分活性成分與核心靶點分子對接

        表3 五苓散治療肝硬化腹水活性成分與核心靶點分子對接結(jié)果

        3 討論

        拓撲分析得出五苓散可能是通過β-谷甾醇、(+)-兒茶素、花旗松素、表兒茶素、常春藤皂苷元和3β-乙酰氧基蒼術(shù)酮等活性成分治療肝硬化腹水。β-谷甾醇在富含脂質(zhì)的素食中含量豐富,具有抗菌抗炎、抗氧化、降血糖、調(diào)血脂和類激素功能等多種藥理作用[14]。β-谷甾醇能降低肝星狀細胞(HSC)中與細胞外基質(zhì)(ECM)合成相關(guān)的蛋白表達水平,減少膠原蛋白的積累量,發(fā)揮減輕活化人肝星狀細胞及二甲基亞硝胺誘導(dǎo)的小鼠肝損傷的作用[15]。兒茶素及其立體異構(gòu)體可以通過調(diào)控絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)、核因子E2相關(guān)因子2(Nrf-2)、Toll 樣受體4(TLR4)/核轉(zhuǎn)錄因子-κB(NF-κB)、兒茶酚-O-甲基轉(zhuǎn)移酶(COMT)和NF-κB 等多條信號通路發(fā)揮抗菌、抗炎、抗癌、護肝、控制血糖和增強記憶力等作用[16]。(+)-兒茶素能夠促進抗氧化酶中超氧化物歧化酶的表達,減少血清中血脂和丙二醛含量,從而修復(fù)小鼠的肝損傷和改善脂質(zhì)代謝[17]。表兒茶素可以通過抑制炎癥反應(yīng)、調(diào)節(jié)抗氧化防御系統(tǒng)和減輕甲氨蝶呤肝毒性誘導(dǎo)的損傷起到護肝效果[18]?;ㄆ焖伤啬芡ㄟ^激活磷脂酰肌醇-3 激酶/蛋白激酶B(PⅠ3K/Akt)信號通路、抑制NF-κB 信號通路和提高抗氧化酶含量 [還原型谷胱甘肽(GSH)和超氧化物歧化酶(SOD)] 發(fā)揮抗凋亡、抗炎、抗氧化作用來逆轉(zhuǎn)小鼠肝損傷[19]。常春藤素皂苷元可以抑制促炎因子表達和阻斷p38 MAPK 活化達到抗炎、抗凋亡的效果,治療乙醇誘導(dǎo)的肝損傷[20]。蒼術(shù)酮可以抑制肝癌HepG2 細胞的遷移,并且能夠通過線粒體途徑促進其凋亡,其作用效果與劑量呈正相關(guān)[21]。

        PPⅠ網(wǎng)絡(luò)預(yù)測的關(guān)鍵靶點包含CASP3、HSP90 AA1、CASP8、PTGS2、ESR1 和CAT。CASP3 和CASP8 均屬 于凋亡Caspases 家族蛋白,CASP3 在細胞凋亡方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用[22]。CASP3 活化與肝星狀細胞(HSC)活化、膠原蛋白沉積和小鼠肝細胞損傷有關(guān),能促進肝纖維化進程和肝細胞死亡[23]。CASP8 能夠減輕肝臟脂質(zhì)堆積和炎癥,在非酒精性脂肪肝炎(NASH)疾病進展中起負調(diào)控作用[24]。PTGS2 的表達產(chǎn)物環(huán)氧合酶2(COX-2)可以通過激活NF-κB 通路引起炎癥反應(yīng)和增加線粒體活性氧的產(chǎn)生導(dǎo)致氧化應(yīng)激損傷肝臟[25],其過度表達常與腫瘤密切相關(guān)[26]。塞來昔布(COX-2 抑制劑)可作用于脾肝軸,通過減少脾源性促炎性細胞因子表達和淋巴組織增殖,抑制氧化應(yīng)激刺激,對肝硬化有明確的治療效果[27]。HSP90AA1 是HSP90 基因家族中的1 種癌蛋白,能夠提高c-核蛋白類基因(c-MYC)的表達,促進肝細胞癌的產(chǎn)生和發(fā)展[28],也是肝細胞癌的潛在診斷生物標志物,其表達的程度高低與肝細胞癌、胃癌等多種癌預(yù)后有緊密的聯(lián)系[29]。對酒精性肝病患者使用HSP90AA1 抑制劑能夠降低NLRP3 炎性體活性和下游促炎趨化因子(ⅠL-1β和ⅠL-18)的表達[30]。ESR1 是多種細胞色素P450酶(CYP3A4、CYP2C9、CYP2C19)的調(diào)節(jié)劑,對肝臟的代謝過程有重要的影響作用[31],其介導(dǎo)的環(huán)狀RNA-4018(circ_0004018)能夠抑制肝腫瘤細胞中血管的生成[32]。CAT 是一種抗氧化酶,能夠減輕氧化應(yīng)激損傷,抑制肝硬化的發(fā)展[33]。

        對篩選出來的17 個交集靶點進行KEGG 通路富集分析,發(fā)現(xiàn)五苓散主要通過AGE-RAGE、p53、ⅠL-17、TNF 和雌激素信號通路等治療肝硬化腹水。AGE與RAGE結(jié)合后能作用于MAPK、JAK2/STAT1等多條通路激活NF-κB 引起TGF-β、TNF-α和ⅠL-1等細胞因子的產(chǎn)生,促進肝星狀細胞活化、促纖維化因子形成和膠原蛋白合成及沉積,進而導(dǎo)致肝纖維化,逐步發(fā)展為肝硬化[34]。鐵死亡與肝纖維化相關(guān),而p53 通路在細胞鐵死亡中具有關(guān)鍵作用[35]。p53 可以通過誘導(dǎo)鐵死亡抑制肝星狀細胞活化,減輕四氯化碳誘導(dǎo)的小鼠的肝纖維化程度[36]。ⅠL-17 是Th17 的主要效應(yīng)分子,Th17/ⅠL-17 信號通路能夠引起持續(xù)炎癥反應(yīng)和纖維化,推動著乙型病毒性肝炎(HBV)和丙型病毒性肝炎(HCV)向肝硬化的方向發(fā)展[37]。Th17/ⅠL-17 軸既可以誘導(dǎo)HSC 活化、促纖維化因子表達和促進上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT),促進膠原蛋白的合成和沉積,導(dǎo)致肝纖維化,又可以促進炎癥細胞的募集并增加促炎因子表達[38-42]。TNF-α是一種涉及細胞增殖、分化和凋亡,以及炎癥反應(yīng)、免疫反應(yīng)等多方面的多功能促炎性細胞因子[43]。由TNF-α形成的TNF-α誘導(dǎo)蛋白8 樣分子1(TⅠPE1)可以與凋亡信號調(diào)節(jié)激酶1(ASK1)直接結(jié)合,抑制TNF 受體相關(guān)因子6(TRAF6)的泛素化活性,產(chǎn)生預(yù)防肝脂肪變性、炎癥反應(yīng)和肝纖維化的作用[44]。雌激素信號通路在調(diào)節(jié)脂肪生成方面很重要,可以維持肝脂質(zhì)穩(wěn)態(tài)[45]。

        綜上所述,本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接方法從理論上初步論證了五苓散可以通過多成分、多靶點、多通路治療肝硬化腹水,主要起到抗炎、抗纖維化、抗氧化等多種作用。

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