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        森登-4湯治療骨性關(guān)節(jié)炎的靶點篩選及驗證

        2022-02-17 06:01:54金剛徐艷華郝俊生金英烏云達(dá)來趙巴根那白紅柱吉白格力瑪額希寶力道
        中國骨質(zhì)疏松雜志 2022年1期
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫

        金剛 徐艷華 郝俊生 金英 烏云達(dá)來 趙巴根那 白紅柱 吉白格力瑪 額希寶力道

        1.內(nèi)蒙古民族大學(xué)附屬醫(yī)院,內(nèi)蒙古 通遼 028007 2.蒙古國國立醫(yī)科大學(xué)國際蒙醫(yī)學(xué)院,蒙古國 烏蘭巴托 15160 3.內(nèi)蒙古自治區(qū)通遼市市場檢驗檢測中心,內(nèi)蒙古 通遼 028000 4.內(nèi)蒙古自治區(qū)赤峰市翁牛特旗中蒙醫(yī)院,內(nèi)蒙古 赤峰 024500 5.內(nèi)蒙古自治區(qū)赤峰市翁牛特旗旗醫(yī)院,內(nèi)蒙古 赤峰 024500

        骨性關(guān)節(jié)炎(osteoarthritis,OA)的患病率呈逐年增長的趨勢[1-2],影響患者身心健康及生活質(zhì)量,其預(yù)防和治療更加受到重視。治療具有多樣性,蒙醫(yī)藥學(xué)診療理念以整體觀理論為指導(dǎo),多元化、多成分、多靶點為獨特的優(yōu)勢。OA蒙醫(yī)學(xué)認(rèn)為該病屬于“關(guān)節(jié)協(xié)日烏蘇病”范疇,視發(fā)病原因與體內(nèi)三根七素之相對平衡狀態(tài)失調(diào),希日衰減而巴達(dá)干、赫依增盛,胃火減弱,筋肉骨骼處于逐漸衰弱之狀態(tài)有關(guān)[3-4]。森登-4湯作為蒙藥經(jīng)典良方組方簡潔合理,對關(guān)節(jié)炎、黃水病等癥的治療具有其獨特的藥效,被收載于中華人民共和國衛(wèi)生部藥品標(biāo)準(zhǔn)[5-6]。

        網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)作為一種新型的藥物研究模式,整合各種藥物和生物數(shù)據(jù)庫,利用生物信息學(xué)分析和構(gòu)建藥物-基因靶點蛋白-疾病的網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型,預(yù)測藥物作用靶點[7-8],具有前沿性、系統(tǒng)性、整體性的特點[9]。結(jié)合以上中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法及特點,復(fù)方蒙藥具有與中藥相似的特點,強(qiáng)調(diào)“藥有個性質(zhì)之特長,方有合群之妙用”的組合應(yīng)用形式,重視“君、臣、佐、使”的組合效果,因此借鑒中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測手段應(yīng)用于復(fù)方蒙藥成分及疾病靶點對接研究中,在此網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是中藥及蒙藥與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)嫁接的重要橋梁[10-11]。它適合復(fù)方蒙藥多成分、多靶點作用的特點,本文首先通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)篩選并闡明森登-4湯對OA的作用靶點,為傳統(tǒng)蒙藥尋找新的作用靶點提供理論依據(jù),進(jìn)一步采用免疫印跡法對靶點蛋白進(jìn)行驗證,為網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的篩選方法進(jìn)行考察,也為探討森登-4對OA的作用機(jī)制提供新的研究思路與方向,填補(bǔ)蒙藥結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)進(jìn)行實驗研究的空缺。

        1 材料與方法

        1.1 動物

        6月齡日本大耳白家兔,購自遼寧長生實驗動物中心。合格證號:SCXK(遼)-2015-0001。

        1.2 試劑及儀器

        主要試劑:森登-4湯(內(nèi)蒙古民族大學(xué)附屬醫(yī)院蒙藥制劑室,中國);Matrix metalloproteinases 13、tissue inhibitors of metalloproteinase 9抗體(abcam公司,美國)。主要儀器:DM2500光學(xué)顯微鏡(Leica公司,德國);FUSION FX凝膠成像系統(tǒng)(北京五洲東方科技發(fā)展有限公司,中國);DYCZ-24DN蛋白質(zhì)電泳儀(北京六一儀器廠,中國)。

        1.3 數(shù)據(jù)庫及軟件平臺

        TCMSP數(shù)據(jù)庫、DISgeNET、PharmGkb、OMIM數(shù)據(jù)庫、NCBI等數(shù)據(jù)庫、OmicShare云平臺、Cytoscape3.7.2軟件。

        1.4 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法篩選森登-4治療OA的潛在靶點

        1.4.1森登-4中單味藥相應(yīng)化合物成分及靶點篩選[12]:本研究通過TCMSP數(shù)據(jù)庫、中國知網(wǎng)獲得梔子、訶子、川楝子、文冠木化合物信息,并以ADME條件為OB≥30%,DL≥0.18為條件篩選化合物,利用PubChem數(shù)據(jù)庫,保存化合物標(biāo)準(zhǔn)的Canonical SMILES格式。將SMILES格式文件導(dǎo)入Swiss target predictionn平臺,即為森等-4湯主要成分的靶點,得到藥物-成分-靶點關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)。

        1.4.2OA疾病相關(guān)靶點的檢索及獲取[13-14]:通過DISgeNET、PharmGkb、OMIM數(shù)據(jù)庫、NCBI等數(shù)據(jù)庫,以“Osteoarthritis”為關(guān)鍵詞,獲得與OA疾病相關(guān)的靶點基因,并對靶點進(jìn)行合并,除去重復(fù),最終獲得OA總靶點基因。

        1.4.3森登-4治療OA的潛在靶點篩選:將“1.4.1”化合物靶點與“1.4.2”O(jiān)A相關(guān)靶點輸入OmicShare云平臺,進(jìn)行映射匹配,取重復(fù)靶點,篩選出森登-4湯與OA的共標(biāo)靶點,此為最終獲取的森登-4湯治療OA潛在靶點。

        1.4.4“活性成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建:通過Merge工具將森登-4湯活性成分、潛在靶點、代謝通路數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape3.7.2軟件,構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖。

        1.5 運(yùn)用動物模型驗證森登-4治療OA的相關(guān)靶點蛋白

        1.5.1動物模型制備及給藥干預(yù):采用改良Hulth法建立家兔OA模型[15]。將建立模型家兔分為模型組、實驗組,每組8只,另有假手術(shù)組8只。實驗組灌胃給予森登-4湯水煎液每日0.43 g/kg,假手術(shù)組和模型組給予蒸餾水,持續(xù)用藥治療4周。取關(guān)節(jié)軟骨組織檢測相關(guān)蛋白。

        1.5.2Westernblot法檢測家兔患側(cè)膝關(guān)節(jié)軟骨組織MMP-9、MMP-13蛋白表達(dá)[16]:取家兔患側(cè)膝關(guān)節(jié)軟骨組織,提取總蛋白,進(jìn)行SDS-PAGE凝膠電泳,蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)膜,相應(yīng)一抗孵育,二抗孵育,化學(xué)發(fā)光試劑顯色,以GAPDH為內(nèi)參蛋白,對各樣品蛋白質(zhì)表達(dá)的灰度條帶采用凝膠成像系統(tǒng)進(jìn)行計分統(tǒng)計。

        1.6 統(tǒng)計學(xué)方法

        2 結(jié)果

        2.1 森登-4中單味藥相應(yīng)化合物成分及靶點

        通過TCMSP數(shù)據(jù)庫、中國知網(wǎng)獲得森登-4中單味藥梔子、訶子、川楝子、文冠木相應(yīng)的化合物信息,并以ADME條件為OB≥30%,DL≥0.18為條件篩選化合物得到37個,再利用PubChem數(shù)據(jù)庫保存化合物標(biāo)準(zhǔn)的Canonical SMILES格式。

        2.2 森登-4湯治療OA潛在靶點

        基于Swiss target predictionn平臺剔除重復(fù)項后得到739個基因靶點。通過DISgeNET疾病數(shù)據(jù)庫中骨性關(guān)節(jié)炎的相關(guān)靶點進(jìn)行比對,最終篩選出30個潛在靶點,見圖1和表1。

        圖1 森登-4治療骨性關(guān)節(jié)炎靶點韋恩圖A:森登-4相關(guān)靶點;B:骨性關(guān)節(jié)炎,膝關(guān)節(jié);C:骨性關(guān)節(jié)炎,髖關(guān)節(jié);D:骨性關(guān)節(jié)炎,肘關(guān)節(jié)Fig.1 Venn diagram of Sundon-4 targets in the treatment of osteoarthritisA: Sundon-4 correlation target; B:Osteoarthritis, Knee; C: Osteoarthritis, hip joint; D: Osteoarthritis, elbow joint

        表1 森登-4治療骨性關(guān)節(jié)炎作用靶點Table 1 Therapeutic targets of Sundon-4 in the treatment of osteoarthritis

        2.3 森登-4湯治療OA“活性成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

        將活性成分、作用靶點、KEGG通路信息導(dǎo)入Cytoscape3.7.2軟件中構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖。篩選核心成分和靶點,結(jié)果顯示,基質(zhì)金屬蛋白酶9(MMP9)、基質(zhì)金屬蛋白酶13(MMP13)、環(huán)加氧酶2(PTGS2)、雌激素受體1(ESR1)、雌激素受體2(ESR2)、雄激素受體抗體(androgen receptor,AR)、腫瘤壞死因子(TNF)、血管內(nèi)皮生長因子 A(VEGFA)、基質(zhì)金屬蛋白酶2(MMP2)、核因子KB1(NFKB1)、白細(xì)胞介素-6(IL-6)、過氧化物酶體增殖因子活化受體A(PPARA)等靶點為核心靶點,從而可以看出森登-4湯多成分-多靶點-多通路的作用特點。見圖2。

        圖2 “森登-4單味藥-活性成分-靶點-通路”網(wǎng)絡(luò)Fig.2 “single drug -active ingredient-target -pathway” network注:圓形節(jié)點代表單味藥,六邊節(jié)點代表活性成分,四邊節(jié)點代表作用靶點,長方形節(jié)點代表作用通路

        2.4 Western blot法檢測家兔軟骨組織MMP-9、MMP-13蛋白表達(dá)變化

        與模型組比較,實驗組MMP-9、MMP-13蛋白表達(dá)下調(diào),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.01),見圖3。

        圖3 家兔膝關(guān)節(jié)軟骨組織MMP-9、MMP-13蛋白表達(dá)比較A:假手術(shù)組;B:模型組;C:實驗組Fig.3 Comparison of protein expression between MMP-9 and MMP-13 in the knee joint cartilage of rabbitsA: Sham-operated group; B: Model groups; C: Experimental group

        3 討論

        蒙藥及其復(fù)方具有多成分、多途徑、多靶點協(xié)同作用的獨特之處,起到影響多條通路及靶點的作用[17],本研究在前期研究者提出“多組分、多目標(biāo)”是蒙醫(yī)傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的特點[18],通過本研究闡明森登-4湯核心成分靶點為MMP13、MMP9、MMP1、MMP2、PTGS2、ESR1、ESR2、AR、TNF、VEGFA、NFKB1、IL-6、PPARA等,在此結(jié)論下采用更接近人類關(guān)節(jié)炎的模型,運(yùn)用Western blot法對其中的MMP13、MMP9蛋白進(jìn)行驗證,得到相關(guān)結(jié)論,森登-4湯明顯下調(diào)OA疾病過程中關(guān)節(jié)軟骨組織MMP13、MMP9蛋白。這就驗證了網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)篩選與WB法等分子生物學(xué)有高度一致性,同時闡明了森登-4對OA的作用靶點。本方法為下一步的驗證工作成為方法學(xué)提供參考,課題組將進(jìn)一步進(jìn)行相關(guān)蛋白通路的驗證,為其進(jìn)一步的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)分析和作用機(jī)制研究提供依據(jù)。

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