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        基于網(wǎng)絡藥理學探討鹿角方治療慢性心力衰竭的作用機制

        2022-02-03 06:55:18蘭真真瞿惠燕戎靖楓楊曉利
        關鍵詞:數(shù)據(jù)庫機制

        蘭真真,瞿惠燕,戎靖楓,楊 濤,楊曉利,周 華

        慢性心力衰竭是由于心臟結(jié)構(gòu)或功能異常導致心室充盈或射血能力受損的復雜臨床綜合征,為各種心臟疾病的終末階段,因具有較高的發(fā)生率與死亡率,已成為嚴重的公共衛(wèi)生問題[1]。據(jù)統(tǒng)計,心力衰竭病人平均每日至少需使用5種處方藥物,加重了病人經(jīng)濟負擔,疊加了藥物不良反應[2-3]。中藥復方因多成分、多靶點、多通路等特點,治療慢性心力衰竭等機制復雜的慢性疾病具有獨特優(yōu)勢。由于中藥多成分等復雜性使其主要療效物質(zhì)及機制不明確,導致中藥不能被廣泛接受和應用。

        網(wǎng)絡藥理學是一門以系統(tǒng)生物學、生物信息學和高通量組織學為基礎,集藥理學和信息網(wǎng)絡為一體的綜合學科。通過網(wǎng)絡生物學與多元藥理學結(jié)合,系統(tǒng)分析藥物治療疾病網(wǎng)絡的干預機制[4]。由此可見,網(wǎng)絡藥理學的系統(tǒng)特征與中醫(yī)藥的整體觀念和辨證論治理論一致,使其成為研究中醫(yī)藥機制的最佳工具。

        鹿角方(專利號:ZL 2006 1 0147305.0)是上海中醫(yī)藥大學附屬曙光醫(yī)院心內(nèi)科治療心力衰竭的常用方,因其良好的臨床療效已在臨床應用數(shù)十年。相關研究證實,鹿角方可增強心臟收縮功能,顯著改善心力衰竭病人臨床癥狀[5-6],但作用機制尚未明確。本研究旨在運用網(wǎng)絡藥理學探討鹿角方治療慢性心力衰竭的潛在靶點及作用機制,為鹿角方進一步應用與研究提供科學的理論依據(jù)。

        1 資料與方法

        1.1 鹿角方成分靶點的篩選 中藥成分復雜,一般認為被吸收入血的成分才可發(fā)揮作用。通過液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)技術(shù)鑒定出鹿角方的6種入血成分為補骨脂素、異補骨脂素、馬錢苷、莫諾苷、紅景天苷、寶霍苷Ⅰ[7]。通過PubChem數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)獲取上述6種成分的2D化學結(jié)構(gòu)式,通過化學結(jié)構(gòu)式在SwissTargetPrediction數(shù)據(jù)庫(http://www.swisstargetprediction.ch/)檢索相關靶點。

        1.2 慢性心力衰竭靶點的篩選 以“chronic cardiac failure”“chronic heart failure”為關鍵詞,在GeneCards(https://www.genecards.org/)、OMIM(https://omim.org/)數(shù)據(jù)庫中收集匯總慢性心力衰竭的相關靶點。

        1.3 蛋白-蛋白互作(protein protein interaction,PPI)網(wǎng)絡的構(gòu)建 利用Venn(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)在線作圖平臺對鹿角方作用靶點與慢性心力衰竭相關靶點取交集,并繪制韋恩圖。將交集靶點提交至STRING 11.0數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org),生物種類設定為“Homo sapiens”,最小互作得分(highest confidence)設定為0.9,其余設置均為默認值,構(gòu)建PPI網(wǎng)絡模型。其中節(jié)點(node)表示靶點,邊(edge)表示靶點間的關系。根據(jù)網(wǎng)絡拓撲參數(shù)篩選關鍵靶點。

        1.4 基因本體(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)富集分析 為闡述潛在靶點的生物學效應及在信號通路中的作用,將鹿角方與慢性心力衰竭交集靶點提交至DAVID6.8數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/),設定靶點為“official gene symbol”,生物種類設定為“Homo sapiens”,閾值P<0.05,進行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。其中GO功能富集分析結(jié)果以條形柱狀圖形式呈現(xiàn);KEGG分析結(jié)果以氣泡圖和表格形式呈現(xiàn)。

        1.5 成分-靶點-通路網(wǎng)絡圖的構(gòu)建 運用Cytoscape 3.7.2構(gòu)建成分-靶點-通路網(wǎng)絡圖,利用Network Analysis工具進行網(wǎng)絡拓撲參數(shù)分析,包括連接度(degree)、介度(betweenness)及緊密度(closeness)等,根據(jù)度值篩選鹿角方的主要活性成分。

        2 結(jié) 果

        2.1 鹿角方相關作用靶點 經(jīng)SwissTargetPrediction數(shù)據(jù)庫篩選,其中,補骨脂素有效靶點20個、異補骨脂素有效靶點20個、馬錢苷有效靶點39個、莫諾苷有效靶點21個、紅景天苷有效靶點23個、寶霍苷Ⅰ有效靶點23個,合并后刪除重復值共得到有效靶點71個。

        2.2 慢性心力衰竭相關靶點 從GeneCards數(shù)據(jù)庫獲得慢性心力衰竭靶點9 300個。根據(jù)經(jīng)驗,疾病靶點過多時,設定Score大于中位數(shù)為疾病的潛在靶點。9 300個靶點中Score最大為108.43,最小為0.13,計算中位數(shù)為3.67,故設定Score≥3.67的靶點為慢性心力衰竭的主要潛在靶點。結(jié)合OMIM數(shù)據(jù)庫補充相關靶點,合并后刪除重復值共得到慢性心力衰竭相關靶點4 655個。

        2.3 PPI網(wǎng)絡構(gòu)建 通過Venn平臺繪制鹿角方與慢性心力衰竭作用靶點韋恩圖,得到交集靶點47個,詳見圖1。將藥物與疾病交集靶點提交至STRING 11.0平臺,得到藥物與疾病交集靶點的PPI網(wǎng)絡,詳見圖2。去除游離節(jié)點后,網(wǎng)絡中節(jié)點39個、邊113條,平均節(jié)點度值4.81,平均局部聚類系數(shù)0.389,其中蛋白激酶C(PRKCA)、腎上腺素能受體2A(ADRA2A)、腎上腺素能受體2C(ADRA2C)、糖原合酶激酶3β(GSK3B)、細胞色素P450 1B1(CYP1B1)、蛋白激酶Cε(PRKCE)、B細胞κ輕肽基因增強子核因子1(NFKB1)、腺苷酸激酶(ADK)、嘌呤核苷磷酸化酶(PNP)度值和聚類系數(shù)均大于均值,為鹿角方治療慢性心力衰竭的關鍵靶點,詳見表1。

        圖1 鹿角方-慢性心力衰竭韋恩圖

        圖2 藥物與疾病交集靶點的PPI網(wǎng)絡圖

        表1 關鍵靶點網(wǎng)絡節(jié)點參數(shù)

        2.4 GO功能富集分析 應用DAVID數(shù)據(jù)庫對交集靶點進行GO功能富集分析。結(jié)果顯示,47個靶點富集于102個生物學過程(GO-BP)。其中,與慢性心力衰竭發(fā)生發(fā)展密切相關的有氧化還原反應(oxidation-reduction process)、對缺氧的反應(response to hypoxia)和MAP激酶活性的正調(diào)控(positive regulation of MAP kinase activity)等。細胞成分(GO-CC)主要涉及細胞質(zhì)(cytoplasm)、質(zhì)膜(plasma membrane)、外泌體(extracellular exosome)、線粒體(mitochondrion)等。分子功能(GO-MF)主要富集于ATP結(jié)合(ATP binding)、蛋白質(zhì)均二聚活性(protein homodimerization activity)、酶結(jié)合(enzyme binding)、蛋白激酶活性(protein kinase activity)、蛋白絲氨酸/蘇氨酸激酶活性(protein serine/threonine kinase activity)等,詳見圖3。

        圖3 GO富集分析條形柱狀圖

        2.5 KEGG通路富集分析 KEGG通路富集分析顯示,47個靶點富集于50條通路。其中,與慢性心力衰竭密切相關的有胰島素抵抗通路(insulin resistance pathway)、甲狀腺激素信號通路(thyroid hormone signaling pathway)、血管平滑肌收縮通路(vascular smooth muscle contraction pathway)、VEGF信號通路(VEGF signaling pathway)等。排名居前10位的通路見表2。通過通路氣泡圖對通路中的相關參數(shù)進行可視化分析,氣泡大小代表靶點數(shù)量,氣泡顏色由綠色至紅色代表P值由大到小,詳見圖4。

        表2 KEGG富集分析居前10位的通路

        圖4 KEGG通路氣泡圖

        2.6 成分-靶點-通路分析 將成分、靶點及作用通路導入Cytoscape 3.7.2,構(gòu)建成分-靶點-通路網(wǎng)絡,詳見圖5。其中圓形代表入血成分,正方形代表交集靶點,三角形代表通路。形狀的大小根據(jù)度值大小進行排列,度值越大,形狀越大。利用Network Analyzer工具對網(wǎng)絡拓撲參數(shù)進行分析。結(jié)果顯示,馬錢苷連接度為21,介度為0.264 570,緊密度為0.465 839,為鹿角方治療慢性心力衰竭的主要有效成分,其次為寶霍苷Ⅰ、紅景天苷、補骨脂素、異補骨脂素、莫諾苷,詳見表3。

        圖5 成分-靶點-通路網(wǎng)絡圖

        表3 鹿角方主要成分網(wǎng)絡節(jié)點參數(shù)

        3 討 論

        慢性心力衰竭歸屬于中醫(yī)學“喘癥”“痰飲”“水腫”等范疇,病位在心,屬本虛標實之證。心為陽中陽臟,血脈運行全賴心中陽氣的推動。心陽的充足需腎陽不斷化生資助,心陽虛可損及腎陽,腎陽虛亦可損及心陽。因此,心腎陽虛貫穿慢性心力衰竭發(fā)展的始終。鹿角方是基于心力衰竭發(fā)病機制及心腎相關理論創(chuàng)制,由鹿角、補骨脂、淫羊藿、山茱萸、女貞子、沉香組方而成。方中鹿角、補骨脂、淫羊藿、山茱萸皆為溫補腎陽之品,以助心陽生發(fā);女貞子滋補肝腎,寓以陰中求陽之意,加強本方的溫陽功效;沉香行氣止痛,為行氣理氣之佳品,使本方補而不滯,滋而不膩。諸藥合用,共奏補心腎之功效,從根本治療慢性心力衰竭的發(fā)生發(fā)展。

        相關研究表明,各種原因產(chǎn)生的能量減少與心力衰竭的發(fā)生密切相關[8]。胰島素抵抗通路與甲狀腺激素信號通路可調(diào)節(jié)心肌能量代謝,參與心力衰竭的發(fā)生發(fā)展。甲狀腺素是一種必需激素,與生長、凋亡和能量代謝有關。有研究顯示,30歲以上的女性甲狀腺功能減退可增加10年心血管疾病風險[9]。動物實驗表明,甲狀腺素可激活AMP依賴的蛋白激酶(AMPK)通路,促進線粒體復合體Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ激活,逆轉(zhuǎn)能量衰竭和線粒體腫脹,改善心臟功能障礙[10]。胰島素作為一種代謝激素,與心肌能量、結(jié)構(gòu)、功能和機體存活密切有關。胰島素抵抗病人因代謝途徑改變、能量代謝失衡、心肌收縮力受損等多種機制促進心力衰竭發(fā)生[11]。有研究表明,胰島素抵抗通路失調(diào)通過下游蛋白激酶B(AKT)和叉頭盒蛋白(FoxO)等信號通路,影響線粒體功能、心臟能量代謝和腎素-血管緊張素系統(tǒng),促進心力衰竭發(fā)生,血管平滑肌收縮通路與VEGF通路是調(diào)節(jié)血管舒張的重要通路[12]。有研究表明,血管張力和擴張是外周血容量的重要決定因素,可對心室前負荷和后負荷產(chǎn)生影響[13]。血管阻力增加、順應性降低是慢性心力衰竭病人的重要特征。因此,調(diào)節(jié)血管舒張在慢性心力衰竭治療中發(fā)揮著重要作用。除調(diào)節(jié)血管舒縮功能外,VEGF通路通過促進血管新生、抑制心肌細胞凋亡等,延緩心室重構(gòu),抑制心力衰竭進展[14-15]。相關研究顯示,VEGF缺失的小鼠因循環(huán)系統(tǒng)紊亂進展為心力衰竭[16]。本研究結(jié)果顯示,鹿角方通過多靶點干預多條通路,協(xié)同干預慢性心力衰竭發(fā)生發(fā)展的機制,延緩疾病進程。

        目前,臨床藥物開發(fā)的主導模式是針對某一靶點設計最具選擇性的配體[17]。然而,單一靶點藥物常低于預期臨床療效,一方面由于人體是一個微妙的動態(tài)平衡體,另一方面基于任何一種疾病都不是單一靶點作用的結(jié)果。網(wǎng)絡生物學分析表明,疾病網(wǎng)絡一般不受單個節(jié)點的影響。針對復雜疾病,需要生物網(wǎng)絡中具有協(xié)同效應的組合節(jié)點,才能產(chǎn)生期望的治療效果[18]。慢性心力衰竭是一個多種病理機制的復雜疾病,目前臨床中常用藥物均是針對其中某一環(huán)節(jié)或靶點發(fā)揮作用,導致慢性心力衰竭只能在某一個指標得以改善,從而難以真正抑制心力衰竭的發(fā)生發(fā)展。

        本研究基于網(wǎng)絡藥理學結(jié)果顯示,鹿角方通過多靶點、多通路、協(xié)同作用慢性心力衰竭發(fā)生發(fā)展的多個機制,進而發(fā)揮協(xié)同治療作用。通過PPI網(wǎng)絡分析及富集分析明確了鹿角方治療慢性心力衰竭的可能機制,即通過胰島素抵抗、甲狀腺激素信號、血管平滑肌收縮、VEGF信號等通路,優(yōu)化能量代謝,調(diào)節(jié)血管舒張,提高心肌細胞的抗缺氧能力,保護受損心肌,進而抑制心力衰竭進程。本研究為鹿角方作用機制的研究提供方向。

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