邢萍萍,嚴(yán)冠豪,譚寶華,喬佳鑫,王珊珊,洪林君,鄭恩琴,黃思秀,顧 婷
(國家生豬種業(yè)工程技術(shù)研究中心&華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院,廣東廣州 510642)
印記基因(Imprinted Gene)是一類在哺乳動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)的具有特殊表達(dá)模式的基因,其等位基因的表達(dá)依賴于親本來源。目前在各物種中已發(fā)現(xiàn)超200個(gè)印記基因,主要在大腦發(fā)育、胚胎、胎盤和新生兒的生長發(fā)育中有重要作用?;谟H本沖突假說(Parental Conflict Hypothesis),不同親本表達(dá)的印記基因具有不同的生理功能。是從大鼠胎腦cDNA文庫中分離的由父本等位基因表達(dá)的印記基因,有2個(gè)轉(zhuǎn)錄本:編碼81個(gè)氨基酸的和編碼54個(gè)氨基酸的?;蛟诙喾N組織中表達(dá),例如腦、胰腺、垂體、下丘腦,與產(chǎn)前大腦發(fā)育和胎兒生長密切相關(guān)。已有研究表明,在胰腺細(xì)胞處于高濃度葡萄糖狀態(tài)下,基因表達(dá)上升。在敲除的小鼠模型中,胰島素分泌受損,導(dǎo)致營養(yǎng)過剩時(shí)葡萄糖加工能力下降。以上研究表明,的表達(dá)與葡萄糖穩(wěn)態(tài)密切相關(guān),但其分子機(jī)制并不清楚。本實(shí)驗(yàn)旨在探索和在豬胎盤細(xì)胞系中的功能,為進(jìn)一步研究基因轉(zhuǎn)錄本在豬胎盤中的作用機(jī)制奠定基礎(chǔ)。
1.1 實(shí)驗(yàn)材料 質(zhì)粒pcDNA3.1由本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建并保存,pTr2細(xì)胞由中國科學(xué)院印遇龍?jiān)菏繄F(tuán)隊(duì)惠贈(zèng)。
1.2 主要試劑 DH5(貨號(hào):18265017)、DPBS緩沖液(貨號(hào):C14190500BT)、Lipofectamine3000轉(zhuǎn)染試劑盒(貨號(hào):L3000001)、葡萄糖檢測試劑盒(貨號(hào):E1011)、RT-PCR試劑盒(貨號(hào):A25742)購自賽默飛公司;DMEM培養(yǎng)基(貨號(hào):C11995500BT)、Opti-MEM試劑(貨號(hào):31985062)、胰蛋白酶(貨號(hào):25200)、青霉素和鏈霉素(貨號(hào):15140122)購自GIBCO公司;胎牛血清(貨號(hào):SE200-ES)購自Vistech公司;去內(nèi)毒素質(zhì)粒提取試劑盒(貨號(hào):D3396-02)、RNA抽提試劑盒(貨號(hào):R6934-02)購自O(shè)MEGA公司;反轉(zhuǎn)錄試劑盒(貨號(hào):RR037A)、T4 DNA連接酶試劑盒(貨號(hào):2011A)購自TaKaRa公司。
1.3 實(shí)驗(yàn)方法
1.3.1 引物設(shè)計(jì)與合成 根據(jù)豬、、基因的DNA序列以及基因的cDNA序列(AY 550069),用Oligo7軟件設(shè)計(jì)定量PCR引物。所有目的基因的引物均是跨外顯子設(shè)計(jì),引物序列信息見表1,由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
表1 熒光定量RT-PCR引物序列信息
1.3.2 豬和基因真核表達(dá)載體構(gòu)建從杜洛克豬胎盤組織中提取總RNA,反轉(zhuǎn)錄為cDNA后,以胎盤cDNA為模板進(jìn)行溫度梯度PCR,取和的最適退火溫度,以杜洛克cDNA為模板擴(kuò)增這2段序列。通過瓊脂糖凝膠回收擴(kuò)增的目的基因片段,純化產(chǎn)物,使用I、III分別對PCR產(chǎn)物和pcDNA3.1質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切,然后用T4 DNA連接酶進(jìn)行連接,連接產(chǎn)物用DH5感受態(tài)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)化,挑單克隆菌落震蕩培養(yǎng)2 h,取適量菌液送生工生物工程(上海)股份有限公司進(jìn)行測序。
1.3.3 質(zhì)粒提取 將鑒定正確的含重組質(zhì)粒的菌液擴(kuò)大培養(yǎng),用LB培養(yǎng)基加入氨芐抗生素于搖床上震蕩培養(yǎng)15 h后,使用OMEGA公司去內(nèi)毒素質(zhì)粒抽提試劑盒Endo-Free Plasmid Mini Kit II進(jìn)行質(zhì)粒抽提。
1.3.4 pTr2細(xì)胞的培養(yǎng)和轉(zhuǎn)染 豬胎盤滋養(yǎng)層細(xì)胞(pTr2)在含10%胎牛血清的DMEM培養(yǎng)液中貼壁生長,培養(yǎng)環(huán)境為5% CO,37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱。
當(dāng)細(xì)胞生長密度達(dá)到80%融合時(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)染,轉(zhuǎn)染方法按照Lipofectamine3000試劑盒說明(每個(gè)實(shí)驗(yàn)組設(shè)計(jì)3個(gè)重復(fù)),將pcDNA3.1-、pcDNA3.1-真核表達(dá)載體和pcDNA3.1空白質(zhì)粒與轉(zhuǎn)染試劑Lipo3000按試劑使用說明混合,加入50 μL無血清和抗生素的opti-DMEM培養(yǎng)基中,混勻后靜置15 min之后進(jìn)行轉(zhuǎn)染。將細(xì)胞在補(bǔ)充有10%FBS和重組人胰島素的不完全培養(yǎng)基中培養(yǎng)6~8 h。
1.3.5 葡萄糖濃度測定 在細(xì)胞轉(zhuǎn)染0、8、12、24、48、72 h后收集細(xì)胞,使用葡萄糖測定試劑盒(E1011,Thermo Fisher)裂解細(xì)胞,按照說明書先加入標(biāo)準(zhǔn)品和待測樣品,后加工作液。將待測樣品進(jìn)行5倍、10倍的稀釋,防止樣品濃度超出線性范圍。37℃ 20 min,反應(yīng)平衡后顏色在60 min內(nèi)穩(wěn)定,使用酶標(biāo)儀(Synergy HI,Biotek)在550 nm的波長下測量pTr2細(xì)胞裂解物的葡萄糖濃度及標(biāo)準(zhǔn)曲線。細(xì)胞內(nèi)葡萄糖含量根據(jù)細(xì)胞數(shù)量標(biāo)準(zhǔn)化。
1.3.6 pTr2細(xì)胞內(nèi)RNA抽提和反轉(zhuǎn)錄 將轉(zhuǎn)染24、48、72 h后的pTr2細(xì)胞用胰酶消化下來,收集到2 mL離心管中,在無菌超凈臺(tái)上按照RNA抽提試劑盒說明書抽提細(xì)胞內(nèi)總RNA。
按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書將抽提的RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA,全程在冰上操作。首先是去除基因組DNA反應(yīng),5×gDNA Eraser Buffer,2 μL;gDNA Eraser,1.0 μL;總RNA 1 μg;補(bǔ)充RNase Free dHO至總體積10 μL,反應(yīng)條件:42℃,2 min;4℃,5 min。其次是反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),Prime Script RT Enzyme Mix 10.0 μL;RT Primer Mix,1.0 μL;5×Prime Script Buffer,4 μL;RNase Free HO,4.0 μL,反應(yīng)條件是:37℃,15 min;85℃,5 s;4℃,5 min。檢測cDNA濃度并保存在-20℃。
1.3.7 RT-PCR檢測關(guān)鍵基因的轉(zhuǎn)錄水平 使用RT-PCR檢測過表達(dá)和后細(xì)胞內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄水平的變化,以細(xì)胞內(nèi)cDNA為模板,引物為表1。定量PCR擴(kuò)增總體系為10 μL:SYBR Green I Realtime PCR Master Mix 5 μL,F(xiàn)orword Primer(10 μmol/L)0.4 μL,Reverse primer(10 μmol/L)0.4 μL,cDNA模 板1 μL,ddHO 3.2 μL,反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性60 s,95℃變性15 s,60℃退火15 s,72℃延伸15 s,83℃讀板45 s;循環(huán)40次。
1.3.8 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與分析 本實(shí)驗(yàn)涉及的所有數(shù)據(jù)均以平均值±標(biāo)準(zhǔn)差表示。每種處理具有3次生物學(xué)重復(fù)。使用GraphPad Prism 7進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,用檢驗(yàn)的方法計(jì)算數(shù)據(jù)的顯著差異性。<0.05 被認(rèn)為具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
2.1基因的序列保守性分析 由于基因功能在小鼠上已有報(bào)道研究,為了探究豬基因功能,首先分析了豬與小鼠、人基因的保守性。從Ensemble數(shù)據(jù)庫下載豬(XM_005672916.3)、(XM_021077318.1)、人(NM_005386.4)、(NM_181689.3)、鼠(NM_010923.3)、(NM_180960.3)、大鼠、牛、猴、猩猩、馬和狗的核苷酸序列,利用EBI的多序列比對軟件Clustal Omega(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)進(jìn)行多序列比對分析。圖1為9個(gè)物種核苷酸編碼序列的比對結(jié)果,在豬、鼠、人、牛、猴、猩猩、大鼠、馬和狗中,豬和與鼠的核苷酸同源性為91.53%~95.11%,和牛的核苷酸同源性為90.69%~93.11%,和人、猩猩、大鼠、猴、馬和狗的核苷酸同源性在80.73%~90.96%,比鼠、牛的低,說明豬的基因核苷酸序列與鼠、牛相似度較高。
圖1 不同物種NNAT基因的核苷酸序列比對結(jié)果
2.2基因的進(jìn)化樹 為研究和在不同物種中的進(jìn)化關(guān)系,利用MEG7軟件,以豬、人、小鼠、猴、猩猩、大鼠、馬和狗的基因的核苷酸序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)果發(fā)現(xiàn),人和猩猩聚為一支,小鼠和猴子聚為一支,豬和牛、馬聚為一支,豬和牛在進(jìn)化上更近,這8個(gè)物種與豬聚為一大支,最后與豬的聚為一支(圖2)。結(jié)果表明,豬與牛在進(jìn)化上更近。
圖2 NNAT基因的系統(tǒng)發(fā)育樹
2.3 引物最佳的退火溫度 為找到和引物的最佳退火溫度,設(shè)置引物梯度PCR體系,體系中使用生工生物工程(上海)股份有限公司合成的和引物,并且以杜洛克豬的cDNA為模板,進(jìn)行溫度梯度PCR。溫度梯度分別為 55℃、57.5℃、59℃、60.5℃、62℃、63.5℃、64℃、65℃。將PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,在電泳結(jié)束后,凝膠成像系統(tǒng)下(Tanon 1600)可以看到的引物在60.5℃中基因條帶最亮,的引物在59℃、64℃中基因條帶較亮(圖3),因此引物的最佳退火溫度是60.5℃,引物的最佳退火溫度為59℃、64℃。
圖3 NNAT-α和NNAT-β的最適退火溫度
2.4 菌液PCR檢測篩選陽性菌液結(jié)果 以經(jīng)過酶切、連接、轉(zhuǎn)化后得到的具有抗性基因的菌液為模板進(jìn)行PCR,篩選陽性克隆,將含有亮帶、符合長度和條帶單一的菌液送到測序公司進(jìn)行測序,圖中1、2、5、6各取200 μL進(jìn)行測序(圖4)。
圖4 NNAT-α和NNAT-β菌液PCR結(jié)果
2.5 真核表達(dá)載體結(jié)果檢測 測序結(jié)果與與的CDs序列通過在NCBI網(wǎng)站進(jìn)行BLAST數(shù)據(jù)比對,結(jié)果顯示序列完全正確(圖5),證明和基因片段成功插入pcDNA-3.1表達(dá)載體中。
圖5 NNAT-α和NNAT-β 的真核表達(dá)載體序列比對結(jié)果
2.6 RT-PCR檢測與轉(zhuǎn)染效率 轉(zhuǎn)染與至pTr2細(xì)胞后的RT-PCR結(jié)果見圖6,與的表達(dá)量極顯著高于pcDNA3.1空質(zhì)粒對照組,結(jié)果表明與真核表達(dá)載體在pTr2細(xì)胞內(nèi)有良好的過表達(dá)效果,可用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)。
圖6 NNAT-α和NNAT-β在pTr2細(xì)胞內(nèi)的過表達(dá)效率
2.7 不同轉(zhuǎn)染時(shí)間和對細(xì)胞內(nèi)葡萄糖濃度的影響 本文通過檢測pTr2細(xì)胞內(nèi)葡萄糖含量的變化來驗(yàn)證和的功能,結(jié)果顯示(圖7),與對照組pcDNA3.1相比,在pTr2細(xì)胞內(nèi)過表達(dá)12 h時(shí),細(xì)胞內(nèi)的葡萄糖含量有明顯增加(<0.05),在48~72 h時(shí),細(xì)胞內(nèi)葡萄糖含量增加并保持穩(wěn)定(<0.001)。在pTr2細(xì)胞內(nèi)過表達(dá)12 h時(shí),細(xì)胞內(nèi)葡萄糖含量增加(<0.05),在24、48、72 h時(shí),細(xì)胞內(nèi)葡萄糖含量穩(wěn)定增加(<0.01)。和在pTr2細(xì)胞內(nèi)過表達(dá)均可增加細(xì)胞內(nèi)葡萄糖濃度,但是對細(xì)胞內(nèi)葡萄糖的作用不完全一致。
圖7 不同轉(zhuǎn)染時(shí)間、不同處理的pTr2細(xì)胞內(nèi)葡萄糖含量的變化
2.8和基因的過表達(dá)影響基因和PI3K-AKT通路基因的表達(dá) RT-PCR檢測和基因在pTr2細(xì)胞內(nèi)過表達(dá)48 h后,細(xì)胞內(nèi)葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和PI3K-AKT信號(hào)通路基因的變化。結(jié)果顯示(圖8),過表達(dá)48 h后,細(xì)胞內(nèi)葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白轉(zhuǎn)錄水平明顯增加(<0.01),轉(zhuǎn)錄水平與對照組相比差異極顯著。過表達(dá)后,葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白轉(zhuǎn)錄水平明顯增加(<0.05),基因轉(zhuǎn)錄水平與對照組相比差異極顯著,但基因表達(dá)水平?jīng)]有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。結(jié)果表明,過表達(dá)和能夠促進(jìn)pTr2細(xì)胞內(nèi)葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和PI3K-AKT信號(hào)通路基因的表達(dá)。
圖8 葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)基因GLUT和PI3K-AKT通路基因的相對表達(dá)量
印記基因影響胎盤的發(fā)育和營養(yǎng)代謝,基因在胎盤營養(yǎng)運(yùn)輸過程中發(fā)揮重要作用,從序列分析看,基因序列在小鼠和人之間的保守性較高,與小鼠有91.53%~95.11%%的相似性,與人有84.62%~86.43%的相似性。從系統(tǒng)發(fā)育樹上看,基因是從豬和牛的祖先基因進(jìn)化而來,并且在不同的物種中發(fā)揮不同的生理作用。本研究將豬的mRNA序列與鼠的mRNA序列進(jìn)行比較發(fā)現(xiàn),核苷酸序列在豬和鼠之間的保守性(95.11%)高于豬和人的保守性(86.43%)。系統(tǒng)發(fā)育樹上顯示豬和牛優(yōu)先聚為一類,然后和鼠聚為一類,最后和人聚在一起,可知基因在物種間的保守性更高。
表達(dá)載體構(gòu)建是一項(xiàng)較為成熟的基因工程技術(shù),選擇適合的質(zhì)粒作為載體,將獲得的目的基因片段與載體相連,并轉(zhuǎn)化入細(xì)胞以達(dá)到目的基因過表達(dá)的目的。本實(shí)驗(yàn)成功構(gòu)建了豬2個(gè)轉(zhuǎn)錄本的真核表達(dá)載體,為進(jìn)一步研究和在豬胎盤發(fā)育過程中的作用及機(jī)制提供技術(shù)支持。
已有研究表明,在豬胎盤中有2個(gè)轉(zhuǎn)錄本,有3個(gè)外顯子,而缺乏第二個(gè)外顯子,由81個(gè)堿基對組成。但2個(gè)轉(zhuǎn)錄本在很多細(xì)胞都可以合成和分泌,揭示其具有多種功能。同時(shí),根據(jù)不同物種間的同源性比對數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)豬和基因與鼠、人的同源性都很高,因此在小鼠模型上研究和的功能具有重要參考價(jià)值。在3T3-L1細(xì)胞的研究中,通過增加細(xì)胞內(nèi)的成脂轉(zhuǎn)錄因子,ZDF大鼠的脂肪細(xì)胞中顯著增加,并且增強(qiáng)的脂肪細(xì)胞異位表達(dá)。在慢性高血糖條件下,鼠胰腺細(xì)胞中與的比例增加,這通過抑制蛋白酶體功能而增加了高血糖誘導(dǎo)的細(xì)胞凋亡。此外,降低了對正常胰腺細(xì)胞功能重要基因的表達(dá),例如胰島素和葡萄糖激酶(GCK)?;谝陨涎芯?,2個(gè)轉(zhuǎn)錄本在調(diào)節(jié)葡萄糖運(yùn)輸中的可能作用令人感興趣。本研究表明,到的過表達(dá)在pTr2細(xì)胞中促進(jìn)了細(xì)胞的葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn),并且可能通過PI3K-AKT途徑調(diào)節(jié)葡萄糖的轉(zhuǎn)運(yùn)。
印記基因大部分調(diào)控胎兒和胎盤的發(fā)育,胎兒生長發(fā)育的主要能量來源是葡萄糖,占胎兒發(fā)育所需能量底物的35%~40%。胎兒葡萄糖的吸收和利用取決于胎盤的葡萄糖轉(zhuǎn)化效率,因此胎盤上表達(dá)的基因在胎兒的生長發(fā)育過程中具有重要作用。研究表明,在豬卵母細(xì)胞中注入抗抗體,的表達(dá)受到抑制,干擾了細(xì)胞葡萄糖的轉(zhuǎn)運(yùn),進(jìn)而影響卵母細(xì)胞的質(zhì)量。此外,通過激活PI3K-AKT2信號(hào)通路來調(diào)節(jié)GLUT1的表達(dá),這與本文的研究結(jié)果一致,pTr2細(xì)胞的RT-PCR結(jié)果表明,當(dāng)與在pTr2細(xì)胞中過表達(dá)時(shí),PI3K-AKT途徑中的基因和葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因()均被上調(diào),表明和可以通過PI3K-AKT通路調(diào)節(jié)葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)。
在畜牧業(yè)中,母豬產(chǎn)仔數(shù)、仔豬初生重是豬場生產(chǎn)效益的重要指標(biāo),印記基因在胎盤發(fā)育和營養(yǎng)轉(zhuǎn)運(yùn)中起著關(guān)鍵的調(diào)控作用,保證胎兒的正常生長與發(fā)育。因此,研究分析基因?qū)τ谔ケP發(fā)育過程中的作用機(jī)制對于提高母豬繁殖力和生產(chǎn)效益有一定意義。但是,目前對于豬的研究較少,需要對此基因進(jìn)行更深的挖掘和功能驗(yàn)證。
本實(shí)驗(yàn)利用真核表達(dá)系統(tǒng)成功表達(dá)了豬源的和,在pTr2細(xì) 胞中轉(zhuǎn) 染與真核表達(dá)載體后,細(xì)胞內(nèi)可成功過表達(dá),并顯示和調(diào)控葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)的功能,提高了葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)基因和PI3K-AKT基因的mRNA表達(dá)量。了解和的調(diào)控機(jī)制為下一步探索基因在豬胎盤上葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)功能以及該基因在人妊娠過程母嬰間葡萄糖運(yùn)輸中的作用機(jī)制提供理論參考。