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        PCR快速檢測(cè)種子攜帶綠豆暈疫病菌方法的應(yīng)用

        2022-01-12 07:36:10田曉燕賀小勇孔慶全趙存虎陳文晉李志棟賈轉(zhuǎn)青
        關(guān)鍵詞:綠豆懸液病原菌

        田曉燕,賀小勇,孔慶全,趙存虎,陳文晉,李志棟,賈轉(zhuǎn)青

        (1.內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所,內(nèi)蒙古呼和浩特 010031;2.呼和浩特市農(nóng)業(yè)技術(shù)推廣中心,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010030;3.呼和浩特市玉泉區(qū)教育教學(xué)研究中心,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010031)

        綠豆主產(chǎn)區(qū)在亞洲,全球有20 多個(gè)國(guó)家種植[1-3]。綠豆在我國(guó)已有2 000 多年的栽培歷史,年種植面積在1 200 萬(wàn)hm2左右,總產(chǎn)量約100 萬(wàn)t,是世界上最大的出口國(guó)[4]。近年來(lái),隨著產(chǎn)業(yè)的快速發(fā)展,出現(xiàn)了許多新的病蟲(chóng)害,特別是綠豆暈疫病[5-6],在全國(guó)主產(chǎn)區(qū)迅速傳播和蔓延,造成嚴(yán)重的產(chǎn)量損失,成為我國(guó)綠豆生產(chǎn)的主要威脅。暈疫病主要為害葉片,也侵染豆莢和種子[7-8]。帶病種子長(zhǎng)出的幼莖呈環(huán)狀腐爛,表現(xiàn)為萎蔫并導(dǎo)致幼苗死亡[6]。該病菌主要通過(guò)種子傳播,種子可以攜帶大量病原菌,從一個(gè)生長(zhǎng)季傳播到下一個(gè)生長(zhǎng)季,從一個(gè)地方擴(kuò)展到另一個(gè)地方。據(jù)TAYLOR 等[9]報(bào)道,感暈疫病癥狀輕微或無(wú)癥帶病的種子傳播率分別為35%和52%。防止綠豆暈疫病流行唯一實(shí)用和有效的方法是使用無(wú)病健康種子[10]。目前,綠豆暈疫病田間快速診斷技術(shù)尤其是種子帶菌的檢測(cè)技術(shù)報(bào)道較少,傳統(tǒng)的檢測(cè)手段存在鑒定時(shí)間長(zhǎng)、技術(shù)復(fù)雜、漏檢率高等缺點(diǎn),給該病害的早期防治帶來(lái)困難。鑒于近年來(lái)綠豆暈疫病在我國(guó)的發(fā)生逐年加重,無(wú)有效的化學(xué)藥劑和抗病品種防治,本研究為了增加實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)的準(zhǔn)確度,探索建立一套簡(jiǎn)便實(shí)用、快速檢測(cè)綠豆種子攜帶病原菌的技術(shù)——PCR 快速檢測(cè)方法,以期為測(cè)定種子的健康狀況提供信息,為種子生產(chǎn)、調(diào)運(yùn)過(guò)程中病害傳播的防治提供技術(shù)支撐。

        1 材料和方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        1.1.1 供試菌株 已分離鑒定的綠豆暈疫病病原菌(Pseudomonas syringae pv. phaseolicola),保存于內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所。

        1.1.2 供試綠豆種子 易感品種“冀綠7 號(hào)”種子。

        1.1.3 綠豆暈疫病菌特異性引物篩選與合成 經(jīng)過(guò)前期大量的引物篩查試驗(yàn),共篩選出對(duì)檢測(cè)綠豆暈疫病菌靈敏度較高的7 對(duì)引物,分別是P1/P2[11]、HB14F/HB14R[12]、62a/63a[13]、P3.1/P5.1[14]、P3004L/P3004R[15]、B4-1-F/B4-1-R 和B4-2-F/B4-2-R(根據(jù)分離鑒定綠豆暈疫病病原菌的基因序列,交由大連寶生物工程有限公司設(shè)計(jì)并合成)。所有引物PCR 反應(yīng)體系采用20 μL 體系:1 μL 模板(50 ng DNA 或者1 μL 菌懸液,2.5 μL 10×PCR buffer,0.2 mmol/L dNTP,1.5 U Taq 酶,引物各0.1 μL),所有引物序列由大連寶生物工程有限公司合成(表1)。

        表1 引物及其序列

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 特異性引物靈敏度的檢測(cè) 用無(wú)菌水配制濃度依次為1×108、1×107、1×106、1×105、1×104、1×103、1×102、1×101、1×100CFU/mL 9 個(gè)濃度梯度的綠豆暈疫病菌菌懸液,并以其作為PCR 反應(yīng)的模板,檢測(cè)特異性引物的靈敏度,選擇靈敏度較高、專一性較好、穩(wěn)定性較強(qiáng)的引物進(jìn)行下一步試驗(yàn)。

        1.2.2 模擬種子表面帶菌檢測(cè) 取表面健康無(wú)病的“冀綠7 號(hào)”種子若干,放入三角瓶,蓋上棉塞高壓滅菌,然后用無(wú)菌水反復(fù)沖洗,盡可能地把種子表面殘留的灰塵等雜質(zhì)沖洗下來(lái)。再用1×108CFU/mL 的菌懸液50 mL 浸泡50 粒處理好的種子2 h,在無(wú)菌條件下,把種子晾干。將人工模擬帶菌的種子用50 mL無(wú)菌水浸泡,28 ℃搖動(dòng)30 min,取種子浸泡液并將其依次稀釋為1×107、1×106、1×105、1×104、1×103、1×102、1×101、1×100CFU/mL 濃度的菌懸液,用這9 個(gè)濃度的菌懸液作PCR 模板,檢測(cè)模擬狀態(tài)下特異性引物的靈敏度。

        1.2.3 種子帶菌率檢測(cè) 分別將100、50、20、10、5、2.5、1.25、0.625 粒帶病菌的“冀綠7 號(hào)”種子(用1×108CFU/mL 暈疫病菌菌懸液浸泡處理過(guò))加入健康綠豆種子,使每份總量達(dá)到1 000 粒,得到10%、5%、2%、1%、0.5%、0.25%、0.125%、0.062 5%帶菌率樣品。每份帶菌樣品用500 mL 無(wú)菌水浸泡,于28 ℃振蕩洗滌,每隔1 h 取洗滌液1 μL 作為模板直接進(jìn)行PCR 反應(yīng),以暈疫病菌菌懸液為陽(yáng)性對(duì)照,其他菌作陰性對(duì)照,每個(gè)處理3 次重復(fù)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 特異性引物靈敏度檢測(cè)結(jié)果

        分別以9 個(gè)濃度梯度的綠豆暈疫病菌菌懸液作為PCR 模板,對(duì)篩選出的7 對(duì)特異性引物進(jìn)行靈敏度檢測(cè)。檢測(cè)結(jié)果顯示,引物B4-1-F/B4-1-R和B4-2-F/B4-2-R 檢測(cè)的最小菌懸液濃度都為1×101CFU/mL,引物HB14F/HB14R 檢測(cè)的最小菌懸液濃度為1×103CFU/mL,引物P3.1/P5.1 檢測(cè)的最小菌懸液濃度為1×105CFU/mL,其余3 對(duì)引物檢測(cè)的最小菌懸液濃度均在1×106CFU/mL 以上,靈敏度不高、效果較差、信號(hào)較弱,由此確定用以上4 對(duì)靈敏度較高、信號(hào)較強(qiáng)的引物繼續(xù)進(jìn)行模擬種子帶菌檢測(cè)試驗(yàn),具體PCR 檢測(cè)結(jié)果見(jiàn)圖1。

        圖1 靈敏度高的引物菌懸液濃度梯度PCR 檢測(cè)結(jié)果

        2.2 模擬種子表面帶菌PCR 檢測(cè)結(jié)果

        模擬種子表面帶菌檢測(cè),用種子浸泡液作為PCR 的模板,檢測(cè)結(jié)果顯示,引物B4-1-F/B4-1-R和B4-2-F/B4-2-R 檢測(cè)的最小菌懸液濃度均為1×104CFU/mL,引物HB14F/HB14R 檢測(cè)的最小菌懸液濃度為1×106CFU/mL,引物P3.1/P5.1 在模擬種子帶菌檢測(cè)中靈敏度較差、效果不好、信號(hào)較弱。由此試驗(yàn)結(jié)果確定引物B4-1-F/B4-1-R、B4-2-F/B4-2-R 和HB14F/HB14R 繼續(xù)進(jìn)行種子帶菌率檢測(cè),結(jié)果見(jiàn)圖2。

        圖2 模擬種子表面帶菌PCR 檢測(cè)結(jié)果

        2.3 種子帶菌率檢測(cè)結(jié)果

        據(jù)以上試驗(yàn)結(jié)果總體分析,最終用篩選出的靈敏度高、信號(hào)強(qiáng)的3 對(duì)引物做種子帶菌檢測(cè),其中,引物B4-1-F/B4-1-R 和B4-2-F/B4-2-R 檢測(cè)的靈敏度為振蕩洗滌1 h 即可檢出全部帶菌樣品;引物HB14F/HB14R 檢測(cè)的靈敏度為振蕩洗滌1 h 可檢出帶菌率為10%、5%和2%的樣品,振蕩洗滌4 h 后帶菌率0.125%的樣品出現(xiàn)條帶,并且可檢出的種子最終帶菌率為0.125%。篩選出的這3 對(duì)特異性引物靈敏度高、特異性強(qiáng)、穩(wěn)定性好,即可應(yīng)用于綠豆種子表面帶菌快速檢測(cè),結(jié)果見(jiàn)圖3。

        圖3 種子帶菌率PCR 檢測(cè)結(jié)果

        3 結(jié)論與討論

        綠豆暈疫病是一種細(xì)菌性病害,該病在我國(guó)綠豆各大主產(chǎn)區(qū)的危害日益加重。目前,生產(chǎn)上尚無(wú)有效的防治方法。種子帶菌在病害傳播過(guò)程中充當(dāng)重要傳播媒介,綠豆暈疫病最重要的初侵染來(lái)源就是種子帶菌,種子帶菌的快速檢測(cè)是防止該病害流行蔓延的重要環(huán)節(jié)。種子帶菌檢測(cè)的目的是測(cè)定種子樣品的健康狀況,檢測(cè)種子是否攜帶特定病原菌,為種子質(zhì)量提供信息。種子帶菌檢測(cè)不但要求準(zhǔn)確,而且要求快速、便捷,這樣才能為種子健康檢驗(yàn)行業(yè)服務(wù)。

        目前對(duì)該病原菌的分子檢測(cè)報(bào)道較多,但大多是針對(duì)純菌株的研究,未見(jiàn)有針對(duì)種子樣品檢測(cè)的報(bào)道。因此,加快對(duì)綠豆暈疫病菌的快速檢測(cè)技術(shù)研究,已成為當(dāng)前越來(lái)越迫切需要解決的問(wèn)題。國(guó)內(nèi)外現(xiàn)行對(duì)暈疫病菌的PCR 檢測(cè)方法大多是基于菜豆毒素相關(guān)基因序列實(shí)現(xiàn)的[16-17],具有較高的特異性,但幾乎所有的PCR 檢測(cè)方法都是針對(duì)大豆種子或者是菜豆種子,鑒于近年來(lái)綠豆暈疫病在我國(guó)發(fā)生危害較重,本研究通過(guò)對(duì)綠豆暈疫病菌不同濃度菌懸液進(jìn)行一系列的PCR 反應(yīng),系統(tǒng)比較不同引物對(duì)不同濃度菌懸液的靈敏度,篩選出3 對(duì)引物的靈敏度較高、專一性較強(qiáng)、穩(wěn)定性較好。引物B4-1-F/B4-1-R和B4-2-F/B4-2-R 檢測(cè)的最小菌懸液濃度均為1×104CFU/mL,且振蕩洗滌1 h 即可檢出帶菌率為0.062 5%的種子樣品;引物HB14F/HB14R 檢測(cè)的最小菌懸液濃度為1×106CFU/mL,且振蕩洗滌4 h 后可檢出帶菌率為0.125%的種子樣品。經(jīng)驗(yàn)證,這3 對(duì)引物均可以用于種子帶綠豆暈疫病菌檢測(cè),PCR 檢測(cè)技術(shù)既節(jié)省了分離病原菌消耗的大量時(shí)間,結(jié)果又快速準(zhǔn)確,靈敏度較高,對(duì)于綠豆種子帶菌檢測(cè)是十分方便快捷的。

        綠豆暈疫病菌已構(gòu)建的傳統(tǒng)檢測(cè)方法主要有分離培養(yǎng)法[18]、試種法[19]和生理生化法[20],但靈敏度較低,特異性不高,檢測(cè)周期較長(zhǎng)。隨著現(xiàn)代生物技術(shù)的發(fā)展,多種方法可用于檢測(cè)病原菌,主要包括酶聯(lián)免疫法、傳統(tǒng)PCR 法、BIO-PCR 法[21-23]等,但容易受抑制因子影響造成假陰性等問(wèn)題,對(duì)結(jié)果判斷產(chǎn)生困擾。以上檢測(cè)方法主要靠分離培養(yǎng)病原菌,通過(guò)生理生化、致病性測(cè)試等試驗(yàn)進(jìn)行鑒定。與之相比PCR 快速檢測(cè)方法方便快捷許多,直接用種子浸泡液作PCR 反應(yīng)的模板,3 對(duì)特異性引物PCR 檢測(cè)時(shí)間較短、特異性強(qiáng)、靈敏度高。此方法能進(jìn)一步增加檢測(cè)綠豆暈疫病菌的專一性,為生產(chǎn)中種子攜帶極少量綠豆暈疫病病菌即可侵染流行發(fā)病提供更好的解決辦法,提高了檢測(cè)方法在生產(chǎn)應(yīng)用中的可行性,可為綠豆暈疫病菌的檢測(cè)工作提供技術(shù)支持。

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