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        宏基因組新一代測序技術快速診斷耶氏肺孢子菌肺炎1例

        2021-12-30 02:23:30向仕釗杜宇
        中國真菌學雜志 2021年6期
        關鍵詞:病原學洗液孢子

        向仕釗 杜宇

        [四川大學華西公共衛(wèi)生學院(華西第四醫(yī)院) 重癥醫(yī)學科,成都 610041]

        1 臨床資料

        患者,男,46歲,因“腎癌術后11個月,皮膚黃染1個月”于2020年11月23日收入泌尿外科。11個月前患者曾行“左腎惡性腫瘤左腎部分切除術”,術后接受“阿昔替尼”靶向治療(具體不詳)。1個月前,不明原因突發(fā)皮膚黃染,伴惡心、干嘔、納差、胸悶、水腫。外院考慮“急性肝功能衰竭”,建議至我院住院治療。發(fā)病以來,納差、失眠、白陶土樣大便、小便色黃、體重增加近5 kg。既往無基礎疾病,個人史及家族史無特殊,無煙酒嗜好及輸血史。入院查體:體溫36.6℃,呼吸20次/分,心率82次/分,血壓 102/76 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa)。肝病面容,皮膚鞏膜重度黃染,淺表淋巴結未觸及,未見肝掌及蜘蛛痣??谇晃绰劶案纬簦p肺聞及濕羅音。心率82次/分,律齊,各瓣膜區(qū)未聞及異常。蛙腹,腹壁靜脈無曲張,肝脾未觸及,腹部臟器叩診未見異常,腸鳴音3~5次/分,移動性濁音陽性。雙下肢Ⅱ°水腫,四肢肌力無異常。生理反射存在,病理征未引出。給予抑酸護胃、保肝、祛痰抗炎等綜合治療。4 d后,患者肝功及感染指標惡化,伴嗜睡、呼吸困難、咳黃痰。經我科會診,考慮并發(fā)“急性呼吸窘迫綜合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)”,遂轉重癥醫(yī)學科治療。入科后,予完善病原學(痰培養(yǎng)、血培養(yǎng)、G試驗、GM試驗及纖維支氣管鏡肺泡灌洗液培養(yǎng))及炎性指標檢查,有創(chuàng)輔助通氣、人工肝聯(lián)合血漿置換、經纖維支氣管鏡肺泡灌洗、經驗性抗感染、營養(yǎng)支持、調節(jié)免疫等綜合治療。胸部CT結果見圖1。治療期間患者反復高熱(最高39℃),多次病原學培養(yǎng)均陰性。為明確致病菌,取患者肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)采用宏基因組新一代測序技術測序,2 d后報告回示為“耶氏肺孢子菌”(見圖2)??紤]患者在藥物性肝衰竭基礎上并發(fā)“耶氏肺孢子菌肺炎”,遂調整治療方案為“復方磺胺甲惡唑(0.96 g口服,3次/日)、卡泊芬凈(50 mg 靜滴,1次/日)”抗真菌治療。10 d后,患者成功脫機拔管,復查胸部CT提示肺部感染明顯改善(見圖1F、1G)。5 d后痊愈出院。

        2 討 論

        肝衰竭(liver failure,LF)多由病毒、酒精、藥物等所致。可導致藥物相關性肝衰竭(drug-induced liver injury,DILI)的藥物有別嘌呤醇、異煙肼、吡嗪酰胺、丙基硫氧嘧啶、托伐普坦、米諾環(huán)素、甲氨喋啶等[1]。LF發(fā)病機制主要是免疫性損傷及失控性炎癥反應。肝臟是一個免疫器官[2],LF時機體免疫功能低下,極易并發(fā)侵襲性肺部真菌感染。肺部真菌感染缺乏特異性臨床表現(xiàn)及影像學改變,早期明確其具體的病原菌極其困難。本病例以呼吸窘迫、反復高熱(熱峰最高達39.5℃),肺部大片實變?yōu)橹饕憩F(xiàn)(見圖1),多次病原學檢測均為陰性結果。臨床上,常規(guī)的病原學檢查方法如痰培養(yǎng)、纖維支氣管鏡肺泡灌洗液培養(yǎng)、血培養(yǎng)等可能無法檢出部分特殊病原菌。此時,可能需要采用更精細的高水平檢測方法,比如宏基因組新一代測序 (metagenomics next generation sequencing, mNGS)技術。近年來,mNGS技術在發(fā)現(xiàn)經常規(guī)檢測方法難以明確病原菌方面具有獨特的優(yōu)勢[3],該方法不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng),而直接對臨床樣本中的核酸進行高通量測序,具有簡便、高效、精確等優(yōu)點,已被多個專家共識推薦用于不明病原體感染的急危重癥病例[4-6]。本病例通過采用患者BALF行mNGS檢測,最終明確致病菌為耶氏肺孢子菌肺炎(pneumocystis pneumonia,PCP)(見圖2)。PCP為子囊真菌耶氏肺孢子菌引起的肺部感染,是AIDS和HIV患者常見機會性感染及死亡原因之一[7]。PCP缺乏特異性臨床表現(xiàn),孫禾等[8]研究發(fā)現(xiàn)免疫功能低下患者并發(fā)PCP,早期多以不明原因高熱、呼吸窘迫為主,本病例與該研究發(fā)現(xiàn)一致。復方磺胺甲惡唑是治療PCP首選藥,本病例通過加用復方磺胺甲惡唑,取得了較好療效。患者脫機拔管5 d后,痊愈出院。

        圖1 胸部CT平掃(提示雙肺彌漫性網狀結節(jié)樣間質浸潤,調整治療方案后肺部病變明顯好轉)Fig.1 Chest computed tomography scan(Reticular nodules are diffused in both lungs.The pulmonary lesions improved obviously after the adjustment of treatment)

        圖2 肺泡灌洗液宏基因組學測序. A. DNA測序; B. RNA測序Fig.2 Detecting DNA and RNA of BALF with mNGS. A. DNA sequenc; B. RNA sequenc

        本研究提示,臨床工作中經常規(guī)方法難以明確致病菌時可考慮盡早采集樣本行mNGS檢測。mNGS技術簡便、高效、精確,在指導急危重癥病例的精準化治療方面具有獨特優(yōu)勢[3]。研究中尚存不足之處:①高通量測序對樣本有較高要求,部分樣本DNA濃度可能達不到擴增要求,致使測序結果可能存在一定的假陽性或者假陰性,本研究中取樣量的把控可能也存在類似問題;②樣本采集時機的把控;③樣本采集部位的確定及樣本保存環(huán)境的要求?,F(xiàn)存的宏基因組學檢測技術也非盡善盡美,仍存在許多問題[9],比如對許多存在但未被發(fā)現(xiàn)的菌種仍存在一定的漏檢率。因此,后續(xù)研究可對上述缺陷進行更加深入的探討。

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