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        番鴨細小病毒和鴨3型腺病毒的分離鑒定及其全基因組序列分析

        2021-12-14 08:55:18陳長福劉榮昌程龍飛傅光華施少華陳紅梅萬春和傅秋玲
        動物醫(yī)學進展 2021年12期
        關(guān)鍵詞:分析檢測

        張 瑞,陳長福,劉榮昌,程龍飛,傅光華,施少華,陳紅梅,萬春和,傅秋玲,黃 瑜*

        (1.福建省農(nóng)業(yè)科學院畜牧獸醫(yī)研究所,福建福州 350013;2.福建農(nóng)林大學動物科學學院(蜂學學院),福建福州 350002;3.龍巖市動物疫病預(yù)防控制中心,福建龍巖 364000)

        番鴨細小病毒病是由番鴨細小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)引起的一種傳染性疫病,由我國學者林世棠等[1]首次報道。MDPV主要侵害3周齡以內(nèi)的雛番鴨,患病鴨表現(xiàn)以呼吸困難、厭食、腹瀉等為特征的臨床癥狀[2]。但自2008年以來,在我國安徽、山東、河北、江蘇、湖南等多地的鴨場流行一種新型番鴨細小病毒(new genotype Muscovy duck parvovirus,NMDPV),其宿主范圍更廣,涉及番鴨、半番鴨、中國臺灣白改鴨等多個品種。該病感染鴨后主要可以造成鴨喙萎縮變短和生長不良,發(fā)病率介于10%~100%,致死率為2%~10%,殘?zhí)月士筛哌_80%,給我國養(yǎng)鴨業(yè)造成嚴重經(jīng)濟損失[3-4]。

        禽腺病毒(Fowl adenovirus,FAV)屬于禽腺病毒科(Adenoviridae)禽腺病毒屬(Aviadenovirus),是一類侵害禽類的病毒群。根據(jù)其抗原結(jié)構(gòu)不同分為3個群,即Ⅰ群禽腺病毒(禽腺病毒屬,Aviadenovirus)、Ⅱ群禽腺病毒(唾液腺病毒屬,Siadenovirus)和Ⅲ群腺病毒(腺胸腺病毒屬,Atadenovirus)[5]。鴨3型腺病毒(Duck adenovirus 3,DAdV-3)屬于Ⅰ群腺病毒屬成員,感染鴨后主要以肝臟的腫大、出血和壞死為特征,是近年來鴨群中的新發(fā)疫病[6]。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 病料來源 廣東省湛江市某鴨場飼養(yǎng)的20日齡發(fā)病雛番鴨。

        1.1.3 主要儀器 高速離心機,Gene公司產(chǎn)品;PCR儀、電泳儀和凝膠成像系統(tǒng)(Versa Doc 2000),Bio-Rad公司產(chǎn)品。

        1.2 方法

        1.2.1 細菌分離 無菌采集送診鴨的腦及肝臟組織,將肝臟和腦組織無菌接種于不同培養(yǎng)基平板上,37 ℃恒溫培養(yǎng)24 h~48 h,觀察有無細菌生長。

        1.2.2 RT-PCR檢測 無菌采集病死鴨肝臟、脾臟、胰腺等組織,用于鴨常見病毒RT-PCR檢測,參照文獻[7-8],對處理后臨床樣品進行H9亞型禽流感病毒、新城疫病毒、鴨肝炎病毒、禽坦布蘇病毒、水禽細小病毒、鴨3型腺病毒、禽4型腺病毒等鴨常見病毒進行RT-PCR檢測。

        1.2.3 病毒分離鑒定 將采集的組織剪碎、勻漿,加入PBS制成1∶5組織懸液,反復(fù)凍融3次,6 000 r/min離心10 min,加雙抗作用30 min后,用0.22 μm濾器過濾,過濾后的勻漿液分2份,1份以0.2 mL/枚尿囊腔接種10日齡番鴨胚分離MDPV,連續(xù)觀察7 d,無菌收集死亡鴨胚尿囊液,盲傳4代,收集尿囊液,標記為GD-1。另1份加入NMDPV高免血清后接種番鴨胚成纖維細胞,每日觀察1次,于72 h后收獲細胞,連續(xù)盲傳6代,標記為GD-2;對收獲病毒液按照1.2.2方法,進行鴨常見病原檢測。

        1.2.4 動物回歸試驗 3日齡番鴨42只,隨機分成3組,每組14只。第1組為GD-1感染組,每只腿部肌肉注射0.5 mL GD-1病毒液;第2組為GD-2感染組,每只腿部肌肉注射0.5 mL GD-2病毒液;對照組腿部肌肉注射0.5 mL無菌生理鹽水。相同飼養(yǎng)管理條件隔離飼養(yǎng)14 d,每日觀察,對病死鴨進行剖檢,采集病死鴨病變組織,按1.2.2方法進行鴨常見病原檢測。

        1.2.5 病毒全基因組擴增 按照Easy Pure Viral DNA/RNA提取試劑盒說明,提取樣品中病毒核酸。參照文獻說明,利用兩組特異性引物分別擴增MDPV和DAdV-3的全基因組[9-10]。獲得的DNA樣品用Easy Script One-Step PCR Super Mix試劑盒按說明書進行PCR擴增,2株病毒的PCR反應(yīng)均按50 μL體系進行擴增:2×EasyTaqPCR Super Mix 25μL,ddH2O 17.5 μL,上、下游引物各1.25 μL,DNA模板5 μL。MDPV PCR反應(yīng)程序為:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃ 30 s,57 ℃ 60 s,72 ℃ 1 min,共35個循環(huán);72 ℃ 10 min。DAdV PCR反應(yīng)程序為:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃ 30 s,59 ℃ 90 s,72 ℃ 1 min,共35個循環(huán);72 ℃ 10 min。擴增產(chǎn)物送福州鉑尚生物技術(shù)(上海)有限公司進行測序,利用SeqMan軟件組裝DAdV-3和MDPV分離株的基因組,獲得了2株病毒的全基因組序列,將DAdV-3分離株命名為GDZJ201901,MDPV分離株命名為GDZJ1901,將獲得的全基因組序列上傳至NCBI數(shù)據(jù)庫,獲得的GenBank數(shù)據(jù)庫登錄號分別為MN923205(GDZJ201901)和MN824419(GDZJ1901)。

        1.2.6 遺傳進化樹構(gòu)建和MDPV分離株重組分析 利用MegAlign軟件分別對GDZJ1901株和GDZJ201901株進行同源性比對分析。采用MEGA5.05程序構(gòu)建遺傳進化樹。重組分析軟件SimPlot version 3.5.1和RDP4 v.4.43用于檢測GDZJ1901株可能發(fā)生的重組事件。本研究所選取的參考毒株信息見表1和表2。

        表1 本研究選取的腺病毒參考株

        表2 本研究選取的細小病毒參考株

        2 結(jié)果

        2.1 發(fā)病情況、臨床癥狀和剖檢病變

        2019年9月,廣東省湛江市某鴨場飼養(yǎng)的雛番鴨群于15日齡左右開始發(fā)病,發(fā)病鴨起初表現(xiàn)為精神沉郁,采食量下降,張口呼吸;感染后期可見腹瀉,拉黃白色稀便,部分鴨呈急性死亡。發(fā)病率約為50%,至20日齡,病死率高達40%,期間使用多種抗生素治療無效。對病鴨進行剖檢主要可見:肝臟出血,部分鴨肝臟表面可見大量彌漫性白色壞死點,呈現(xiàn)肝黃化或者白化;脾臟腫大出血;肺淤血;腎臟腫大、出血;胰腺出血、表面可見白色針尖狀壞死點;膽囊腫大、膽汁充盈。

        2.2 細菌分離結(jié)果

        所接種平板均未見菌落生長,因此可排除細菌感染。

        2.3 RT-PCR檢測結(jié)果

        對臨床樣品進行H9亞型禽流感病毒、新城疫病毒、鴨肝炎病毒、禽坦布蘇病毒、水禽細小病毒、鴨3型腺病毒、禽4型腺病毒等鴨常見病原檢測,結(jié)果僅水禽細小病毒(圖1)和DAdV-3為陽性(圖2),其余病原檢測均為陰性。初步判斷該病例為DAdV-3與MDPV共感染。

        M.DNA 標準DL 2 000;1.番鴨細小病毒陽性對照;2~5.臨床樣品;6.陰性對照

        M.DNA 標準DL 2 000;1.鴨3型腺病毒陽性對照;2~5.臨床樣品;6.陰性對照

        2.4 病毒分離結(jié)果

        收集接種后死亡鴨胚尿囊液,對收集尿囊液和胚體進行RT-PCR檢測,結(jié)果均為MDPV陽性;接種的細胞于第3天出現(xiàn)病變,RT-PCR檢測顯示其僅為DAdV-3陽性。

        2.5 動物回歸試驗結(jié)果

        對上述分離病毒肌肉注射3日齡番鴨,結(jié)果顯示,GD-1感染組于攻毒后第3天開始出現(xiàn)癥狀,共死亡4只,死亡率為28.6%;GD-2感染組于攻毒后第4天開始出現(xiàn)癥狀,共死亡3只,死亡率為21.4%;對照組無異?,F(xiàn)象。分別采集2個組病死鴨肝臟等組織進行PCR檢測,結(jié)果GD-1感染組為MDPV陽性,GD-2感染組為DAdV-3陽性。

        2.6 全基因組序列分析

        2.6.1 DAdV分離株全基因組序列分析 DAdV分離株全基因組長度為43 860 bp,含27個開放閱讀框(ORF),與其他腺病毒相似。同源性分析表明,GDZJ201901株與4株DAdV-3分離株(AHAQ13、GDMM10、CH-GD-12-2014、ZJJH07)有近100%(99.89%~99.91%)的核苷酸同源性,與上述4株DAdV-3分離株在Hexon、fiber1和fiber2基因分別有著99.3%~100%、98.9%~99.04%和99.93%的核苷酸同源性,然而與DAdV-2代表株GR株的Hexon基因的核苷酸同源性僅為77.12%。GDZJ201901株的hexon、fiber基因與GR株的序列同源性分析表明,新分離株與GR株的最大差異是新分離的DAdV含有fiber1和fiber2基因,而GR株只有1個fiber基因,這是區(qū)分DAdV-3和DAdV-2的重要依據(jù)。對分離到的DAdV繪制了全基因進化樹(圖3),分析表明其與4株DAdV-3屬同一進化分支。這些數(shù)據(jù)進一步表明了新分離的腺病毒是DAdV-3。

        圖3 DAdV分離株全基因組遺傳進化分析

        2.6.2 MDPV分離株全基因組序列分析 MDPV分離株命名為GDZJ1901,全基因組長度為5 067 bp,G+C含量為45.69%。GDZJ1901株末端重復(fù)倒置序列長度為382 bp,序列對比發(fā)現(xiàn)ITR區(qū)有個別堿基對的缺失,但均處在互補位置,不影響其他堿基互補配對形成發(fā)卡結(jié)構(gòu)。GDZJ1901包含2個大的開放閱讀框(ORF),左側(cè)的ORF編碼NS1、NS2蛋白,包含627個氨基酸;右側(cè)的ORF編碼VP1、VP2、VP3蛋白,包含732個氨基酸,對表面蛋白潛在糖基化位點分析后發(fā)現(xiàn),在NS1中有4個潛在的N-糖基化位點,分別位于150-153 aa、225-228 aa、360-363 aa、433-463 aa,在VP1中也有4個潛在的N-糖基化位點,分別位于219-222 aa、331-334 aa、582-585 aa、703-705 aa。將本分離株和GenBank登錄的MDPV和GPV代表株進行核苷酸同源性比較,結(jié)果表明,GDZJ1901與數(shù)據(jù)庫中的MDPV分離株的同源性高達98.1%~99.51%,其中與福建的MDPV分離株M8株的核苷酸同源性最高,為99.51%,與鵝源GPV分離株的核苷酸同源性在84.3%~85.6%之間。將本分離株與MDPV和GPV代表株利用MEGA5.0繪制遺傳進化樹(圖4)。結(jié)果顯示,GDZJ1901株與5株MDPV分離株處于同一進化分支,其余番鴨源和鵝源細小病毒處于另一分支。綜合以上數(shù)據(jù),可判斷新分離株GDZJ1901為MDPV。

        圖4 MDPV分離株全基因組遺傳進化分析

        2.6.3 MDPV分離株重組分析 經(jīng)Simplot 3.5.1和RDP4軟件對GDZJ1901株基因組進行重組分析,結(jié)果顯示在其基因組的2個位置檢測到明顯的重組信號(圖5)。GDZJ1901株以經(jīng)典MDPV YY株為骨架,第1個重組信號產(chǎn)生在P9啟動子區(qū)(421-613),由MDPV YY株與GPV鵝胚化活疫苗株SYG61v之間發(fā)生重組;第2個重組信號產(chǎn)生在VP3區(qū)域(3 119-4 249),由MDPV YY株與經(jīng)典GPV毒株(包括SYG61v、匈牙利GPV強毒株B、國內(nèi)GPV強毒株LH)之間發(fā)生重組,以上結(jié)果表明GDZJ1901株是重組型MDPV。結(jié)構(gòu)蛋白基因的重組可以使重組毒株的抗原性發(fā)生改變,可能導(dǎo)致以經(jīng)典MDPV所制的弱毒苗難以產(chǎn)生有效的保護力。

        圖5 MDPV分離株重組分析

        3 討論

        近年來,有關(guān)水禽細小病毒基因組間的自然重組和致病性改變的現(xiàn)象被陸續(xù)報道。最早有學者在美國的番鴨群中發(fā)現(xiàn)1株新型MDPV,經(jīng)遺傳進化分析發(fā)現(xiàn),其雖屬于MDPV亞群,但又與傳統(tǒng)的MDPV毒株處于不同分支[11]。在國內(nèi),黃瑜等[12]發(fā)現(xiàn)并報道了在基因組和致病性上與經(jīng)典MDPV均有較大差異,可致患鴨發(fā)生“短喙侏儒”的MDPV毒株。Zhu Y等[13]從我國上海某發(fā)病雛番鴨群中首次分離鑒定了重組型MDPV,之后福建等地陸續(xù)報道了MDPV與GPV發(fā)生重組現(xiàn)象[14-15]。本研究對分離到的細小病毒株在全基因水平上進行了遺傳進化分析,發(fā)現(xiàn)其屬于MDPV,且與新型番鴨細小病毒M8株有較高的同源性,重組分析發(fā)現(xiàn),GDZJ1901株P(guān)9啟動子和編碼結(jié)構(gòu)蛋白的VP3區(qū)域結(jié)合了GPV毒株的相應(yīng)序列,結(jié)合動物試驗結(jié)果,最終確定其本質(zhì)上是一種基因重組型的新型番鴨細小病毒。

        家禽中DAdV的感染最早要追溯到1976年的荷蘭,其主要是引起蛋雞的產(chǎn)蛋下降綜合征(ESDV)。1977年,DAdV-2的代表株GR株由Bouquet J F等[16]于法國的患病番鴨群中分離到,但受限于當時的科研條件,其全基因組直到2014年才通過高通量測序獲取。2014年,周鎮(zhèn)海[17]從廣東地區(qū)20日齡~30日齡番鴨表現(xiàn)為精神沉郁,剖檢肝臟黃化和出血的番鴨組織中分離鑒定1株病毒,經(jīng)血凝試驗、理化試驗、透射電鏡觀察及基因組序列測定及分析,確定該病病原為DAdV-3,命名為CH-GD-12-2014株。該研究同時發(fā)現(xiàn),CH-GD-12-2014株與GR株同源性高達92.3%,但與GR株不同的是CH-GD-12-2014含有2個fiber基因,而GR株只有1個,這是DAdV-2和DAdV-3基因組結(jié)構(gòu)上最大的不同。本次分離到的DAdV與CH-GD-12-2014株相似,與GR株有較高的同源性(93.33%),且含有2個fiber基因,結(jié)合遺傳進化關(guān)系分析及動物回歸試驗結(jié)果,確定分離株為DAdV-3。

        本研究中動物試驗的病死率均低于此次的臨床病例,臨床上的高病死率是否與兩種疫病的共感染有關(guān)還需進一步研究。隨著養(yǎng)禽業(yè)不斷發(fā)展,個體散養(yǎng)逐步轉(zhuǎn)變?yōu)榇笠?guī)模、集約化飼養(yǎng),飼養(yǎng)密度也不斷上升,經(jīng)濟效益增長的同時也加大了疫病流行的風險,且多種疾病共感染的現(xiàn)象時有發(fā)生,給臨床診斷和防治帶來諸多困難。新型MDPV和DAdV-3感染均為近年來我國鴨群中的新發(fā)疫病,本文首次對兩者共感染病例的研究進行系統(tǒng)報道,提示臨床上存在重組型的新型MDPV和DAdV-3共感染現(xiàn)象,相關(guān)從業(yè)者需重視對該病的診斷、防控和研究。

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