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        基于PCR技術(shù)擴(kuò)增序列改造纖維素分解菌的教學(xué)設(shè)計(jì)

        2021-12-02 03:25:58
        生物學(xué)通報(bào) 2021年2期
        關(guān)鍵詞:信號(hào)肽濾紙纖維素

        李 真 沈 璟

        [對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易大學(xué)附屬中學(xué)(北京市第九十四中學(xué)) 北京 100102]

        高中生物學(xué)教學(xué)要求在真實(shí)情境中解決問(wèn)題,培養(yǎng)學(xué)生的科學(xué)思維和科學(xué)探究能力,這要求教師在課程中向?qū)W生提供豐富的素材,包括實(shí)驗(yàn)素材和科研素材,以及生產(chǎn)實(shí)踐中的具體應(yīng)用,使學(xué)生既能運(yùn)用知識(shí)解決問(wèn)題,又能體會(huì)生物學(xué)科的價(jià)值?!镀胀ǜ咧猩飳W(xué)課程標(biāo)準(zhǔn)(2017年版)》,更強(qiáng)調(diào)學(xué)生的獲得,課堂的活動(dòng)要有互動(dòng)性、趣味性,凸顯學(xué)生的主體地位,有效提升課堂質(zhì)量。

        1 教材及學(xué)情分析

        本節(jié)是拓展課程,內(nèi)容涉及選修1 專(zhuān)題3 課題3 及專(zhuān)題5 課題2,具體包括:纖維素酶分解纖維素的原理、纖維素分解菌的初步篩選、PCR 的原理及應(yīng)用。本節(jié)課以課題1 微生物的實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)、課題2微生物的分離與計(jì)數(shù)、PCR 為技術(shù)基礎(chǔ),以必修1的酶的作用和特點(diǎn)及必修2 的DNA 復(fù)制為理解的前提,又與選修3 現(xiàn)代生物科技專(zhuān)題緊密聯(lián)系。

        學(xué)生具備酶的作用及特點(diǎn)的基礎(chǔ)知識(shí),了解纖維素酶分解纖維素和PCR 的原理,但知識(shí)不夠系統(tǒng)化,尚不能前后聯(lián)系;通過(guò)親身的實(shí)驗(yàn)操作,初步掌握PCR 技術(shù),但對(duì)于如何設(shè)計(jì)PCR 引物獲得目的基因仍有一定困難,尤其是如何設(shè)計(jì)引物、改造DNA 片段;觀察到了日常生活中的現(xiàn)象,例如,落葉的分解、植食性動(dòng)物對(duì)植物的消化,但不能將其與所學(xué)知識(shí)相聯(lián)系,并應(yīng)用于生活、生產(chǎn)中。

        2 教學(xué)目標(biāo)

        1)通過(guò)制備臨時(shí)裝片,在顯微鏡下觀察并比較破壁機(jī)、土壤中初步分離鑒定的纖維素分解菌、纖維素酶的破壁效果,從定性的角度明確纖維素酶的破壁效果最好,形成初步的實(shí)驗(yàn)設(shè)想:利用生物技術(shù)對(duì)纖維素分解菌進(jìn)行改造。

        2)通過(guò)資料分析,了解原核生物和真核生物在表達(dá)纖維素酶方面的優(yōu)、缺點(diǎn),討論得出實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),通過(guò)PCR 引物設(shè)計(jì)構(gòu)建重組纖維素酶基因片段在原核生物中表達(dá),培養(yǎng)與他人合作的意識(shí)及運(yùn)用生物學(xué)術(shù)語(yǔ)敘述實(shí)驗(yàn)方案的能力,培養(yǎng)科學(xué)思維。

        3)通過(guò)分析真實(shí)的工業(yè)生產(chǎn)中纖維素酶轉(zhuǎn)化酵母菌的實(shí)例,體會(huì)生物學(xué)研究在生產(chǎn)實(shí)踐中的應(yīng)用,感悟生物科學(xué)研究的價(jià)值。

        3 重、難點(diǎn)及突破方法

        1)重點(diǎn):①明確實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的一般思路和原則,單一變量、設(shè)置對(duì)照組;②描述實(shí)驗(yàn)結(jié)果、概述實(shí)驗(yàn)結(jié)論;③搭橋PCR 的引物設(shè)計(jì)。

        2)難點(diǎn):設(shè)計(jì)PCR 的引物獲得重組基因片段(搭橋PCR)。

        3)突破方法:以實(shí)驗(yàn)引入,激發(fā)學(xué)生興趣,通過(guò)展示不同處理后的實(shí)驗(yàn)結(jié)果引起學(xué)生思考,分析實(shí)驗(yàn)采用的單一變量(自變量)是處理的方式不同,因變量是破壁的效果,請(qǐng)學(xué)生描述實(shí)驗(yàn)結(jié)果,說(shuō)出實(shí)驗(yàn)結(jié)論。為了高效獲得纖維素,最佳方法是酶解法,纖維素酶的制備選用什么方式更合理?出示大量的已有研究資料后,學(xué)生能提出采用細(xì)菌生產(chǎn)高效、經(jīng)濟(jì),需要解決的問(wèn)題是要加入一段序列才能使纖維素酶向胞外分泌,從而引出本節(jié)課的難點(diǎn),將2段序列拼接,需要通過(guò)PCR 的引物設(shè)計(jì),人為創(chuàng)造重疊區(qū)域體外擴(kuò)增。通過(guò)小組討論的形式,逐步引導(dǎo)學(xué)生加深思維力度;通過(guò)展示、糾錯(cuò)、改正的過(guò)程,更高效地落實(shí)重點(diǎn)、突破難點(diǎn)。

        4 教學(xué)過(guò)程

        4.1 纖維素的重要性 纖維素 (C6H10O5)n是由葡萄糖組成的大分子多糖,是地球上最豐富的可再生資源。纖維素主要來(lái)源于植物界,包括棉花、木材、種植業(yè)廢棄物和禾草類(lèi)植物,除了植物界,細(xì)菌和動(dòng)物也可制造纖維素。據(jù)報(bào)道,每年全球大概會(huì)產(chǎn)生干重為1.3×1017t 的陸生植物,其中,纖維素占所有植物干重的50%。植物材料的主要成分除了半纖維素和木質(zhì)素以外,就是纖維素,纖維素物質(zhì)占地球總生物量的40%。若能將這些纖維素水解轉(zhuǎn)化為具有經(jīng)濟(jì)潛力的生物多糖,不僅有利于環(huán)境保護(hù),還可解決能源、糧食、環(huán)境等一些列問(wèn)題[1]。提問(wèn):如何獲取植物細(xì)胞壁中的纖維素?

        4.2 纖維素的獲取和結(jié)果分析 在教師引導(dǎo)下,結(jié)合生活經(jīng)驗(yàn)和前期篩選纖維素分解菌的經(jīng)歷,學(xué)生提出可用物理(破壁機(jī))、生物(纖維素分解菌、纖維素酶)方法破除細(xì)胞壁,獲得纖維素或?qū)⑵渌?。隨后,以小組為單位制備臨時(shí)裝片(圖1),觀察實(shí)驗(yàn)結(jié)果,學(xué)生能得出結(jié)論:采用纖維素酶處理,水解最徹底、效果最佳,而用纖維素分解菌處理在相同時(shí)間內(nèi)效果不佳,所以,利用植物中的纖維素需要提純獲得纖維酶。

        圖1 不同處理后植物細(xì)胞情況

        4.3 通過(guò)PCR 改造纖維素基因

        資料1:纖維素是一種復(fù)合酶,包括C1酶、Cx酶和葡萄糖苷酶,Reese 等(1950年)曾提出了C1-Cx 假說(shuō),該假說(shuō)認(rèn)為組成纖維素的不同酶需要協(xié)同作用,才能將纖維素徹底的水解為葡萄糖。一般情況下,C1酶首先進(jìn)攻纖維素的非結(jié)晶區(qū),形成Cx所需的新的游離末端,然后由CX酶從多糖鏈的還原端或非還原端切下纖維二糖單位,最后由β-葡聚糖苷酶將纖維二糖水解成二個(gè)葡萄糖[2]。

        纖維素酶的來(lái)源非常廣泛,植物、昆蟲(chóng)、軟體動(dòng)物、原生動(dòng)物、細(xì)菌、放線菌、真菌等都能產(chǎn)生纖維素酶,但是植物中的纖維素酶含量極低且難以提取,故目前纖維素酶的主要來(lái)源是微生物。

        細(xì)菌培養(yǎng)周期短,抗污染能力強(qiáng),成本相對(duì)低,但其產(chǎn)生纖維素酶的量相對(duì)較低,且大多不能分泌至細(xì)菌細(xì)胞外;主要產(chǎn)生的是C1酶,只有極少數(shù)細(xì)菌能分泌Cx 酶。真菌能產(chǎn)生3 類(lèi)纖維素酶,但是分泌至菌體外的比例也較少,且會(huì)相互發(fā)生強(qiáng)烈的協(xié)同作用,酶的糖基化程度過(guò)高,還會(huì)影響酶的效率[3]。

        任務(wù):列舉細(xì)菌、真菌生產(chǎn)纖維素酶的優(yōu)、缺點(diǎn)(表1)。

        表1 細(xì)菌、真菌生產(chǎn)纖維素酶的優(yōu)、缺點(diǎn)

        為了提高產(chǎn)量、節(jié)約成本,應(yīng)同時(shí)生產(chǎn)出3 種酶使其能協(xié)同發(fā)揮作用,學(xué)生提出設(shè)想將真菌編碼纖維素酶的基因轉(zhuǎn)入細(xì)菌體內(nèi)表達(dá),可提高產(chǎn)量節(jié)約成本、優(yōu)勢(shì)互補(bǔ),但這樣操作仍存在問(wèn)題,即細(xì)菌產(chǎn)生的纖維素酶不向胞外分泌。

        資料2:酵母表達(dá)系統(tǒng)具有將纖維素的最終產(chǎn)物——葡萄糖轉(zhuǎn)化為酒精的能力,如果能將纖維素酶的基因克隆至酵母中,可實(shí)現(xiàn)從纖維素到葡萄糖再到酒精的完整發(fā)酵過(guò)程??蒲腥藛T將瑞氏木霉纖維素基因(C1酶和Cx 酶)轉(zhuǎn)入釀酒酵母中表達(dá),離心后取上清液,檢測(cè)重組酵母相對(duì)濾紙的酶活性,結(jié)果如圖2所示[4]。

        圖2 重組酵母的相對(duì)濾紙酶活性

        通過(guò)對(duì)資料2 的分析,學(xué)生能說(shuō)出實(shí)驗(yàn)結(jié)果:2組的相對(duì)濾紙酶活性高于對(duì)照組(1 組),3、4 組的相對(duì)濾紙酶活性顯著低于對(duì)照組,而3 組的相對(duì)濾紙酶活性又高于4 組。歸納實(shí)驗(yàn)結(jié)論:C1酶和Cx 酶共轉(zhuǎn)化能提高相對(duì)濾紙酶活,3 組菌株中表達(dá)的Cx 酶很可能并未分泌至細(xì)胞外。

        資料3:科研人員發(fā)現(xiàn)枯草芽孢桿菌也可產(chǎn)生纖維素C1酶。與大腸桿菌相比,枯草芽孢桿菌具有以下優(yōu)勢(shì):①在培養(yǎng)基中直接分泌蛋白并具有很強(qiáng)的分泌能力;②擁有一套高效分泌的信號(hào)肽系統(tǒng),可高效地分泌目的蛋白;③是非致病性菌,無(wú)內(nèi)毒素,具有臨床和環(huán)境方面的安全性。

        枯草芽孢桿菌的強(qiáng)分泌能力與信號(hào)肽序列相關(guān),位于信號(hào)肽序列下游的基因片段,表達(dá)的蛋白質(zhì)可分泌至細(xì)胞外[3](圖3)。

        圖3 枯草芽孢桿菌信號(hào)肽序列[3]

        任務(wù):①利用PCR 技術(shù)應(yīng)選擇引物________擴(kuò)增枯草芽孢桿菌信號(hào)肽序列(表2)。

        表2 引物名稱(chēng)及序列

        ②根據(jù)資料2 和資料3 提供的信息,請(qǐng)你提出提高原料利用率且降低成本釀酒的方法。

        通過(guò)上述活動(dòng),學(xué)生能選擇正確引物擴(kuò)增目的基因片段,同時(shí)能提出需要將2 個(gè)片段相連接,人為設(shè)計(jì)一段中間重疊的區(qū)域,通過(guò)搭橋PCR 將信號(hào)肽片段和纖維素酶基因片段相連接。選擇2個(gè)小組進(jìn)行展示匯報(bào),將最終結(jié)果(圖4)呈現(xiàn)在黑板上,完善過(guò)程中其他小組提出質(zhì)疑或答疑。

        圖4 引物設(shè)計(jì)及PCR 擴(kuò)增過(guò)程

        4.4 板書(shū)設(shè)計(jì)(圖5)

        圖5 板書(shū)設(shè)計(jì)

        5 教學(xué)反思

        本節(jié)課的設(shè)計(jì)將實(shí)驗(yàn)和教學(xué)掛鉤,引導(dǎo)學(xué)生發(fā)現(xiàn)問(wèn)題、解決思路,形成良好的科學(xué)思維,將前期的纖維素分解菌的分離和鑒定實(shí)驗(yàn)與后續(xù)的PCR 實(shí)驗(yàn)相串聯(lián),巧妙銜接前、后知識(shí)。資料充分,既有學(xué)生的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,也有科研的數(shù)據(jù),提高學(xué)生的參與感,充分落實(shí)了對(duì)學(xué)生生物學(xué)學(xué)科核心素養(yǎng)的培養(yǎng),在基本知識(shí)的基礎(chǔ)上,培養(yǎng)學(xué)生的能力。整個(gè)課堂的呈現(xiàn),學(xué)生參與度較高,教學(xué)設(shè)計(jì)對(duì)學(xué)生的思維訓(xùn)練由淺入深,能滿足高階思維的要求。課堂反饋環(huán)節(jié),教師指出本節(jié)課是針對(duì)現(xiàn)有問(wèn)題提出的設(shè)想,在真實(shí)場(chǎng)景中能否實(shí)現(xiàn)還有待進(jìn)一步的研究和科學(xué)的論證,這些都是學(xué)生在未來(lái)科研中可研究的方面。

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