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        佛山地區(qū)孕婦線粒體耳聾基因突變分析

        2021-11-29 06:58:42宋春林鄧璐莎陳淑芬
        中國當代醫(yī)藥 2021年30期
        關鍵詞:檢測

        宋春林 鄧璐莎 陳淑芬 周 成

        廣東省佛山市婦幼保健院產(chǎn)前診斷中心,廣東佛山 528000

        聽力損失是最常見的人類健康問題之一,全球約有3.6 億耳聾人口。每700~1000 名新生兒中就有1個受到影響,約50%的病例是由遺傳因素引起的,約70%的遺傳性聽力障礙是非綜合征性聽力損失[1]。間隙連接β2 蛋白(gap junction β2 protein,GJB2)、間隙連接β3 蛋白(gap junction β3 protein,GJB3)、溶質(zhì)載體家族26 成員4(solute carrier family 26 member 4,SLC26A4)和線粒體DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)突變是非綜合征性聽力損失最常見的遺傳原因[2]。遺傳性耳聾可根據(jù)遺傳方式分為常染色體顯性遺傳性耳聾和常染色體隱性遺傳性耳聾,此外還有伴性遺傳性耳聾以及母系遺傳性耳聾。其中,母系遺傳性耳聾由線粒體基因突變引起,是基因和環(huán)境等多方面的因素作用的結(jié)果,特別是在氨基糖甙類藥物相關性耳聾中扮演著重要的角色,其比例占5%左右。然而,其性質(zhì)和頻率的可變性在不同人群中存在遺傳異質(zhì)性[3]。由于不同的遺傳背景,這些基因的突變譜在中國不同地區(qū)常見的致聾基因各不相同。本研究分析佛山地區(qū)人群耳聾基因突變譜,對線粒體常見突變位點進行了擴增并測序,為孕婦耳聾基因篩查的遺傳咨詢提供依據(jù)。

        1 資料與方法

        1.1 一般資料

        選取2020年1月至2021年4月在佛山市婦幼保健院產(chǎn)科門診就診的孕婦作為研究對象,分析其常見耳聾易感基因突變比例并測序研究線粒體突變類型。在接受耳聾知識宣教和遺傳咨詢后,最終納入研究20299 人,年齡19~43 歲。本研究通過醫(yī)院醫(yī)學倫理委員會批準,參與研究的患者經(jīng)過充分地知情自愿選擇并簽署了知情同意書。排除標準:環(huán)境因素導致的耳聾、綜合征性耳聾、外傷導致的耳聾。

        1.2 方法

        1.2.1 DNA 提取 使用ACD 抗凝管真空采血管采集孕婦外周血2 ml,混勻,采用自動核酸提取儀(西安天隆科技有限公司,NP968-c)提取DNA,使用核酸定量儀(賽默飛世爾科技公司,Nanodrop2000)檢測濃度和純度。

        1.2.2 導流雜交 采用耳聾易感基因檢測試劑盒和導流雜交儀(廣東凱普生物科技有限公司,HB-2012A),按試劑盒說明書操作,檢測常見耳聾基因型突變,包括:GJB2 基因的176del16、235delC、299de lAT、155delTCTG、35delG五個位點;SLC26A4 基因的1229C>T、2168A>G、IVS7-2A>G 位點;線粒體DNA中1555A>G、1494C>T、7445A>G、12201T>C 位點;以及GJB3 中的538C>T 位點。

        1.2.3 擴增與純化 采用特異引物對線粒體基因的特定突變區(qū)域進行特異性擴增,并將擴增產(chǎn)物使用瓊脂糖凝膠DNA 純化試劑盒(天根生化科技有限公司,Cat NO.DP209-03)回收純化。引物(上海生工生物工程有限公司)序列為:mtD1555-F(5'-3'):AGAACACT ACGAGCCACAGC;mtD1555-R(5'-3'):CATCTTTCCCTTGCGGTACTA;mtD7445-F(5'-3'):CTAACTTTC TTCCCACAACAC;mtD7445-R(5'-3'):CTATTTCCTGAGCGTCTGAG;mtD12201-F (5'-3'):CTAGTCACA GCCCTATACTCC;mtD12201-R(5'-3'):CTGATAATA AAGGTGGATGCGA。擴增程序為:95℃變性9 min,(95℃30 s、57℃30 s、72℃60 s)×40 循環(huán),72℃延伸5 min,16℃保存。

        1.2.4 Sanger 測序 采用BigDye Terminator 試劑盒進行測序PCR,每管PCR 混合液只加單端引物,96℃1 min,(96℃10 s,50℃5 s,60℃4 min)×25 循環(huán),純化上機在毛細管電泳儀(美國應用生物公司;3500Dx)上測序。

        2 結(jié)果

        2.1 導流雜交結(jié)果

        通過第一輪的導流雜交法檢測4 個耳聾基因13個位點,總陽性率為3.64%(739/20299)。其中GJB2:35delG 雜合突變1 例;GJB2:176del16 雜合突變14例;GJB2:235delC 雜合突變349 例;GJB2:299delAT 雜合突變40 例;GJB2:155delTCTG突變未發(fā)現(xiàn);PDS:2168A>G 雜合突變26 例;PDS:IVS7-2A>G 雜合突變180 例;PDS:1229C>T 雜合突變50 例;mtDNA:1555A>G 均質(zhì)突變36 例,異質(zhì)突變13 例,低比例異質(zhì)突變1例;mtDNA:1494C>T 均質(zhì)突變3 例,異質(zhì)突變2 例,mtDNA:12201T>C 突變未發(fā)現(xiàn);mtDNA:7445A>G 突變未發(fā)現(xiàn);GJB3:538C>T 雜合突變24 例(表1)。

        2.2 線粒體基因測序結(jié)果

        通過對線粒體基因擴增特定位點并進行Sanger法基因測序驗證,檢測出24 種突變位點。根據(jù)測序峰值結(jié)果判斷是均質(zhì)突變或異質(zhì)突變,通過查詢線粒體基因數(shù)據(jù)庫判斷其突變性質(zhì),分為5 種性質(zhì):良性突變、疑似良性突變、致病性未明、疑似致病突變、致病突變。其中良性突變位點6 種,疑似良性突變位點1 種,致病性突變位點3 種,致病性未明突變位點14種。共檢測出線粒體突變陽性130 例(表2)。

        表2 Sanger 測序鑒定結(jié)果(n=130)

        3 討論

        聽力障礙使得患者自幼無法接收語言信號而形成聾啞。在我國,每年出生聽力缺陷兒童約3 萬,2010年末聽力殘疾人口達到了2054 萬,占2010年全部殘疾人口的24%[4]。遺傳性耳聾中超過70%的患者為非綜合征型耳聾,大約5%由線粒體DNA 突變引起,屬于母系遺傳[5]。線粒體的功能損傷除了與耳聾相關,還與遺傳性糖尿病、衰老、腫瘤等多種疾病有關[6]。

        線粒體DNA 包含37 個基因,涉及rRNA、tRNA和多種參與氧化磷酸化的酶復合物。線粒體12SrRNA突變與非綜合征性聽力損失有關。但單獨的mtRNR1突變不足以產(chǎn)生臨床表型。還需要修飾因子、氨基糖苷類抗生素和線粒體單倍型的參與。線粒體基因點突變導致tRNA 的修飾,rRNA 結(jié)構(gòu)的改變從而影響到ATP 的生產(chǎn)。比如A1555G 的突變影響了rRNA 基因氨?;?tRNA 受體位點。突變的12SrRNA 的結(jié)構(gòu)類似于細菌大腸桿菌的16SrRNA,因此中斷了RNA 轉(zhuǎn)錄和蛋白質(zhì)合成。受影響的內(nèi)毛細胞凋亡,導致漸進的感音神經(jīng)聽力損失,從而出現(xiàn)了一針致聾的現(xiàn)象[7]。線粒體DNA 的突變率是核DNA 的10 倍左右。因此線粒體DNA 的突變呈現(xiàn)出更大的異質(zhì)性。如3243 腺嘌呤到鳥嘌呤的突變,根據(jù)異質(zhì)性比例不同,可導致線粒體腦肌病MELAS 或糖尿病伴聽力障礙。由于線粒體DNA 基本來源于卵母細胞,所以患者表現(xiàn)為母系遺傳,mtDNA 拷貝數(shù)變化在不同疾病或疾病發(fā)展的不同階段變化有所不同[8]。因此本研究對來產(chǎn)檢的孕婦進行了充分的遺傳咨詢和耳聾宣教,在知情同意后對孕婦進行了線粒體耳聾基因的篩查。并對于部分篩查可疑的孕婦進行了線粒體特定片段的基因測序。

        本研究采用導流雜交術檢測4 個耳聾基因13 個常見位點突變,共檢出有突變的孕婦739 例,陽性率為3.64%。其中突變頻率最高的是GJB2 的235delC位點突變,共349 例,占所有突變的47.22%,其次是PDS 的IVS7-2A>G 突變,共180 例,占所有突變比例的24.36%。該研究除了線粒體外的三大基因的結(jié)果與文獻報道的中國客家新生兒篩查結(jié)果基本一致[9]。

        線粒體A1555G 基因突變導致的氨基糖甙類藥物性耳聾是迄今為止研究得最深入、最廣泛的mtDNA突變。氨基糖甙類抗生素和線粒體12SrRNA 的基因突變后的堿基結(jié)合,干擾了rRNA 的蛋白合成,導致細胞凋亡,從而發(fā)生耳聾[10]。1494C>T 突變導致了線粒體編碼的12SrRNA 的二級結(jié)構(gòu)發(fā)生了改變,并極容易與氨基糖甙類藥物結(jié)合。同時影響了線粒體的功能,細胞出現(xiàn)ATP 的合成障礙[11]。而線粒體tRNA Ser7445A>G 突變會導致COI 基因的終止密碼子發(fā)生改變和線粒體穩(wěn)定性下降,導致了線粒體的氧化呼吸功能缺陷的發(fā)生。T12201C 突變下調(diào)了tRNA 的表達,從而影響了線粒體蛋白的合成、降低了氧氣消耗,進一步引起了細胞內(nèi)線粒體功能障礙[12]。本研究檢測出mtDNA:1555A>G 均質(zhì)突變36 例,mtDNA:1555A>G 異質(zhì)突變13 例,mtDNA:1555A>G 低比例異質(zhì)突變1 例,mtDNA:1494C>T 均質(zhì)突變3 例,mtDNA:1494C>T 異質(zhì)突變2 例,都與氨基糖甙類藥物性耳聾相關。在異質(zhì)突變的情況下,由于隨著年齡的增長,線粒體突變的改變,以及不同組織中線粒體的異質(zhì)性,臨床仍然建議一般情況下不使用耳毒性藥物。mtDNA:12201T>C 突變和mtDNA:7445A>G 突變在這次研究中都沒有檢測到。比較相關文獻,這可能與本研究的樣本群體有關,提示線粒體基因存在異質(zhì)性,也提示線粒體基因測序的必要性[13]。

        本研究對線粒體特定片段位置進行擴增并采用Sanger 測序檢測突變,結(jié)果顯示發(fā)生130 例線粒體陽性突變,其中包括24 種突變位點,6 種為良性突變,但是其中的m.7444G>A 以前認為有風險。研究[14]表明,tRNASer7444 位點的鳥嘌呤到腺嘌呤的突變會引起線粒體COI 基因翻譯后的多肽鏈在C 端增加了3 個氨基酸(賴氨酸-谷酰胺-賴氨酸),從而導致折疊后的蛋白結(jié)構(gòu)出現(xiàn)異常,進而影響復合物的功能。研究還發(fā)現(xiàn)了線粒體DNA7444 位點的G>A 突變也會加重1555A>G 突變引起的線粒體氧化呼吸功能的缺陷從而加重了臨床表型[14]。但,后來基于數(shù)據(jù)庫的更新,根據(jù)ACMG 指南分級,該突變被判定為致病性存在爭議。該位點所在密碼子為終止密碼子,突變后變?yōu)榫幋a亮氨酸,提醒可能存在風險,是否一定出現(xiàn)臨床癥狀則無法準確預測。檢測出致病性未明的突變14 種。m.12196C>T 之前也是致病性未明,基于更新后的CMG 指南,該突變被判定為一個疑似良性突變[15]。因此線粒體基因測序可以豐富突變譜,隨著數(shù)據(jù)的增加,對于突變位點的致病性的認識也可能改變。本研究檢測出3 種致病性位點。m.12192G>A 在Leber 視神經(jīng)病有見報道,且提到與心肌病相關;m.7443A>G與非綜合征型耳聾相關,患者聽力損失程度從正常到嚴重均有可能;m.7445A>T 與非綜合征型耳聾相關,患者聽力損失程度從正常到嚴重均有可能。其作用機制可能與mtDNA:7445A>G 突變相似[16]。隨著基因測序更多數(shù)據(jù)的更新,線粒體基因的遺傳咨詢也會隨著改變。這也提示了線粒體基因測序具有重要價值。

        綜上所述,單一的導流雜交術只能檢測常見耳聾基因位點,由于線粒體基因突變的異質(zhì)性,孕婦線粒體的篩查和測序可以豐富線粒體基因突變的數(shù)據(jù)庫。孕婦若檢測出突變,則會遺傳給下一代,且母系家族成員應為同樣突變,臨床應建議提示風險。因此,導流雜交術結(jié)合Sanger 測序法在孕婦耳聾篩查的應用,能夠更好地為孕婦提供遺傳咨詢,在耳聾防控中有重要的價值。

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