亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討平消片治療胃癌的作用機(jī)制*

        2021-11-21 08:17:40郭雪梅馬詩(shī)瑜邱文超陳柯村秦凱健
        中醫(yī)藥導(dǎo)報(bào) 2021年5期
        關(guān)鍵詞:生存期靶點(diǎn)胃癌

        郭雪梅,馬詩(shī)瑜,邱文超,陳柯村,汪 猛,秦凱健

        (1.同濟(jì)大學(xué)附屬上海市第四人民醫(yī)院,上海 200434;2.上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院,上海 200023;3.上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬岳陽(yáng)中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院,上海 200437)

        胃癌是全球最常見(jiàn)的消化道惡性腫瘤之一,近年盡管在診斷和治療方面取得了進(jìn)展,但胃癌患者的預(yù)后仍不理想[1]。中醫(yī)藥防治惡性腫瘤有其獨(dú)特的思路與方法,多項(xiàng)研究表明,中西醫(yī)結(jié)合治療對(duì)于延長(zhǎng)胃癌患者生存時(shí)間、減輕放化療不良反應(yīng)、改善生活質(zhì)量均有一定貢獻(xiàn)[2]。

        平消片由郁金、馬錢(qián)子粉、仙鶴草、五靈脂、白礬、硝石、干漆(制)、枳殼組成,是我國(guó)自主研發(fā)的抗腫瘤中成藥,臨床應(yīng)用廣泛。我國(guó)中醫(yī)腫瘤專(zhuān)家賈堃創(chuàng)制了該組方,并將其用于治療胃癌初起及病情進(jìn)展患者[3]。中醫(yī)腫瘤學(xué)者劉嘉湘[4]、孫桂芝[5]等也指出平消片可作為治療胃癌的中成藥之一。臨床研究表明,該中藥復(fù)方可有效增強(qiáng)放化療療效,降低放化療毒副反應(yīng),提高腫瘤患者生存質(zhì)量[6]。

        網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在數(shù)據(jù)庫(kù)檢索、高通量組學(xué)數(shù)據(jù)分析和計(jì)算機(jī)模擬等手段基礎(chǔ)上,通過(guò)多層次網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析,實(shí)現(xiàn)藥物作用機(jī)制預(yù)測(cè)等研究目的,其研究策略的整體性、系統(tǒng)性特點(diǎn)與中醫(yī)學(xué)基于整體觀(guān)去診治疾病的理論不謀而合[7]。本研究旨在通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討平消片在胃癌治療中的作用機(jī)制,為實(shí)驗(yàn)和臨床研究提供參考。

        1 方 法

        1.1 收集平消片治療胃癌的靶點(diǎn) 使用ETCM數(shù)據(jù)庫(kù)(參數(shù):Tanimoto Scores>0.8)[8]收集平消片的作用靶點(diǎn)。ETCM由中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院開(kāi)發(fā),數(shù)據(jù)庫(kù)提供了方劑、中藥及其成分的預(yù)測(cè)靶基因,可用于挖掘中藥、方劑、成分、基因靶標(biāo)、通路和疾病之間的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。采用Uniport數(shù)據(jù)庫(kù)[9]對(duì)預(yù)測(cè)靶點(diǎn)名稱(chēng)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。利用Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)[10]分析平消片靶點(diǎn)可作用的疾病類(lèi)型。

        使用DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)(參數(shù):Score_gda≥0.3)[11]和Comparative Toxicogenomics Database數(shù)據(jù)庫(kù)(參數(shù):Inference Score≥40)[12]收集胃癌疾病的靶點(diǎn)。匯總、整理上述疾病靶點(diǎn),并使用Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)[9]對(duì)靶點(diǎn)名稱(chēng)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。

        基于Venny2.1在線(xiàn)工具(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)和Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)[10]對(duì)平消片作用靶點(diǎn)和胃癌疾病靶點(diǎn)取交集,獲得平消片治療胃癌的潛在作用靶點(diǎn)。

        1.2 作用靶點(diǎn)富集分析 基于潛在作用靶點(diǎn),使用Metascape[10]進(jìn)行GO和KEGG富集分析(參數(shù):min overlap:3,P value cutoff:0.01,min enrichment:1.5)挖掘平消片治療胃癌的作用機(jī)制。其中GO富集分析根據(jù)生物過(guò)程(biological process,BP)、細(xì)胞成分(cellular component,CC)和分子功能(molecular function,MF)類(lèi)別對(duì)靶點(diǎn)進(jìn)行注釋和分類(lèi)。MCODE(molecular complex detection)算法[13]也被用于識(shí)別密切關(guān)聯(lián)的網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)并對(duì)結(jié)果進(jìn)行富集分析。

        1.3 構(gòu)建靶點(diǎn)蛋白互作網(wǎng)絡(luò) 基于STRING數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)平消片抗胃癌靶點(diǎn)進(jìn)行蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建(參數(shù):interaction score≥0.40)[14]。利用Cytoscape 3.7.2軟件(Cytohubba-MCC模塊)獲得核心靶標(biāo)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)[15]。采用Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)(TRRUST模塊)[10,16]挖掘平消片抗胃癌靶點(diǎn)的潛在轉(zhuǎn)錄因子。

        1.4 腫瘤相關(guān)免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析 使用TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)(Gene module模塊)[17],分析核心靶點(diǎn)基因表達(dá)情況和不同免疫細(xì)胞豐度的關(guān)系,評(píng)估免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)情況。

        1.5 作用靶點(diǎn)臨床意義及預(yù)后分析 使用GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)[18],基于胃癌患者臨床樣本獲取腫瘤和正常組織的基因表達(dá)情況,對(duì)平消片抗胃癌靶點(diǎn)進(jìn)行主成分分析。同時(shí),挖掘核心靶點(diǎn)在胃癌不同病理階段的基因表達(dá)情況,及其對(duì)胃癌患者總生存期和無(wú)病生存期的影響,評(píng)估其預(yù)后價(jià)值。

        2 結(jié) 果

        2.1 平消片作用的疾病類(lèi)型及其抗胃癌靶點(diǎn) 經(jīng)篩選整理,共獲取平消片作用靶點(diǎn)167個(gè)、胃癌疾病靶點(diǎn)1 063個(gè)。平消片作用的疾病類(lèi)型依據(jù)P值排序,包括多種腫瘤及心理或情緒障礙等。(見(jiàn)圖1)平消片作用靶點(diǎn)與胃癌疾病靶點(diǎn)的交集圖顯示有38個(gè)共同靶點(diǎn),即平消片抗胃癌作用的潛在靶點(diǎn)。(見(jiàn)圖2A)基于Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)將平消片作用靶點(diǎn)映射于胃癌疾病靶點(diǎn),其中外圈紅色代表胃癌靶點(diǎn),藍(lán)色代表平消片靶點(diǎn);內(nèi)圈深橙色弧及紫色連線(xiàn),提示平消片與胃癌靶點(diǎn)重合情況;藍(lán)色連線(xiàn)提示兩者靶點(diǎn)的功能重合情況。(見(jiàn)圖2B)

        圖1 平消片作用的疾病類(lèi)型

        圖2 平消片與胃癌靶點(diǎn)的交集

        2.2平消片抗胃癌作用靶點(diǎn)富集分析 富集分析表明,平消片的抗胃癌靶點(diǎn)涉及多種作用途徑,分析結(jié)果依據(jù)P值排序。GO富集分析,經(jīng)過(guò)篩選后發(fā)現(xiàn)包括調(diào)節(jié)脂質(zhì)代謝過(guò)程(regulation of lipid metabolic process)、調(diào)節(jié)炎性反應(yīng)(regulation of inflammatory response)、細(xì)胞對(duì)外界刺激的反應(yīng)(cellular response to external stimulus)、氧化還原酶活性(oxidoreductase activity)、絲氨酸/蘇氨酸激酶活性(protein serine/threonine kinase activity)等。(見(jiàn)圖3)KEGG富集分析,經(jīng)過(guò)篩選后發(fā)現(xiàn)包括腫瘤microRNA(microRNAs in cancer)、IL-17通路(IL-17 signaling pathway)、花生四烯酸代謝(arachidonic acid metabolism)、Th17細(xì)胞分化(Th17 cell differentiation)等。(見(jiàn)圖4)基于MCODE算法所識(shí)別靶點(diǎn)的富集分析結(jié)果,包括類(lèi)泛素化修飾(SUMOylation)等,圖中4個(gè)紅點(diǎn)表示密切關(guān)聯(lián)的網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)。(見(jiàn)圖5、表1)

        圖3 平消片治療胃癌靶點(diǎn)的GO富集分析

        圖4 平消片治療胃癌靶點(diǎn)的KEGG富集分析

        表1 基于MCODE算法識(shí)別的平消片抗胃癌靶點(diǎn)的富集分析

        圖5 基于MCODE算法識(shí)別的密切關(guān)聯(lián)的平消片抗胃癌靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)

        2.3 平消片抗胃癌靶點(diǎn)蛋白互作網(wǎng)絡(luò) 平消片抗胃癌潛在靶點(diǎn)的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)包含38個(gè)節(jié)點(diǎn)和128個(gè)連線(xiàn)。(見(jiàn)圖6)核心蛋白互作網(wǎng)絡(luò)顯示了平消片抗胃癌的核心靶點(diǎn),包括PTGS2、AKT1、ESR1、NR3C1、AHR等。(見(jiàn)圖7)同時(shí),基于38個(gè)抗胃癌靶點(diǎn)挖掘了20個(gè)關(guān)鍵的轉(zhuǎn)錄因子,包括JUN、SP1、RELA、ESR1、NR3C1等。(見(jiàn)圖8)

        圖6 平消片抗胃癌靶點(diǎn)的蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

        圖7 平消片抗胃癌靶點(diǎn)的核心蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

        圖8 與平消片抗胃癌靶點(diǎn)相關(guān)的20個(gè)關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子

        2.4腫瘤相關(guān)免疫細(xì)胞浸潤(rùn)豐度 核心靶點(diǎn)的基因表達(dá)水平與不同免疫細(xì)胞浸潤(rùn)豐度之間的相關(guān)性分析,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),結(jié)果提示核心靶點(diǎn)PTGS2、ESR1、NR3C1的表達(dá)水平與腫瘤純度相關(guān),核心靶點(diǎn)PTGS2、AKT1、ESR1、NR3C1、AHR的表達(dá)水平均與至少2種免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)豐度相關(guān)。(見(jiàn)圖9、表2)

        圖9 平消片抗胃癌核心靶點(diǎn)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性

        表2 平消片抗胃癌核心靶點(diǎn)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)性的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義

        2.5 平消片抗胃癌靶點(diǎn)的臨床意義及預(yù)后價(jià)值 平消片抗胃癌靶點(diǎn)主成分分析結(jié)果表明,靶點(diǎn)的基因表達(dá)情況在胃癌組織與正常組織之間有區(qū)分。(見(jiàn)圖10)核心靶點(diǎn)在胃癌不同病理階段的基因表達(dá)情況,其中Pr(>F)<0.05差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,結(jié)果提示ESR1、NR3C1、AHR在胃癌不同病理階段表達(dá)有差異。(見(jiàn)圖11)核心靶點(diǎn)的表達(dá)與胃癌患者總生存期、無(wú)病生存期的關(guān)系分析[風(fēng)險(xiǎn)比(hazard ratios,HR),LogrankP<0.05差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義],結(jié)果提示PTGS2的表達(dá)與胃癌患者總生存期有相關(guān)性,ESR1、NR3C1的表達(dá)與胃癌患者總生存期、無(wú)病生存期有相關(guān)性。(見(jiàn)圖12)

        圖10 基于腫瘤和正常組織的基因表達(dá)情況對(duì)平消片抗胃癌靶點(diǎn)進(jìn)行主成分分析

        圖11 平消片抗胃癌核心靶點(diǎn)在不同病理階段的基因表達(dá)情況

        圖12 平消片抗胃癌核心靶點(diǎn)對(duì)患者總生存期和無(wú)病生存期的預(yù)后價(jià)值

        3 討 論

        平消片組方具有攻堅(jiān)破積,解毒止痛、活血養(yǎng)血、健脾理氣之效[3],在腫瘤相關(guān)疾病的臨床治療中應(yīng)用廣泛。研究結(jié)果提示,平消片的靶點(diǎn)涉及多種腫瘤疾病,如乳腺癌、前列腺癌、肝癌、食管癌、子宮內(nèi)膜癌、胃癌等。同時(shí),平消片的作用還涉及心理或情緒障礙,包括自閉癥、躁郁癥和抑郁癥等。腫瘤患者的心理痛苦是一個(gè)值得重視的問(wèn)題,情緒調(diào)節(jié)是患者能夠恢復(fù)健康的重要因素[19]。中醫(yī)學(xué)自古就重視情志因素與疾病的關(guān)系,數(shù)據(jù)分析結(jié)果表明,平消片能發(fā)揮調(diào)節(jié)腫瘤患者心理情緒的作用。此外,平消片組方中含有中藥郁金,具有清心解郁的功效,在精神、神經(jīng)系統(tǒng)疾病等領(lǐng)域也有應(yīng)用[20-21]。

        富集分析結(jié)果表明,平消片通過(guò)參與多個(gè)生物途徑發(fā)揮抗胃癌的作用。GO分析結(jié)果提示,平消片可以影響脂質(zhì)代謝過(guò)程(regulation of lipid metabolic process)、炎性反應(yīng)(regulation of inflammatory response)、細(xì)胞對(duì)外界刺激的反應(yīng)(cellular response to external stimulus)、對(duì)脂多糖的反應(yīng)(response to lipopolysaccharide)、透明質(zhì)酸代謝(hyaluronan metabolic process)、細(xì)胞衰老(aging)、淋巴細(xì)胞的活化(lymphocyte activation)、上皮細(xì)胞分化(epithelial cell differentiation)、氧化還原酶活性(oxidoreductase activity)、絲氨酸/蘇氨酸激酶活性(protein serine/threonine kinase activity)等。KEGG分析結(jié)果提示,平消片可以影響腫瘤microRNA(microRNAs in cancer)、IL-17通路(IL-17 signaling pathway)、花生四烯酸代謝(arachidonic acid metabolism)、Th17細(xì)胞分化(Th17 cell differentiation)等。MCODE分析結(jié)果提示平消片可以影響類(lèi)泛素化修飾(SUMO ylation)。上述生物途徑和信號(hào)通路均與腫瘤的發(fā)生與進(jìn)展有密切關(guān)系。如花生四烯酸代謝,在癌變過(guò)程中有重要作用,該途徑中的代謝酶磷脂酶A2s(PLA2s)、環(huán)氧化酶(COXs)和脂氧合酶(LOXs),以及代謝產(chǎn)物如前列腺素和白三烯,已被視作腫瘤防治的新靶點(diǎn)[22]。再如SUMO化修飾是一種可逆的翻譯后修飾,在調(diào)控基因表達(dá)、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和維護(hù)基因組完整性方面起著關(guān)鍵作用,廣泛參與了DNA損傷修復(fù)、腫瘤細(xì)胞的增殖、轉(zhuǎn)移和凋亡等,也是腫瘤治療的潛在靶點(diǎn)[23]。

        蛋白互作和核心靶點(diǎn)分析表明PTGS2、AKT1、ESR1、NR3C1、AHR等是平消片發(fā)揮抗胃癌作用的重要靶點(diǎn)。PTGS2(又稱(chēng)COX-2)是花生四烯酸轉(zhuǎn)化為前列腺素過(guò)程中的一種關(guān)鍵酶,有研究報(bào)道了PTGS2在腫瘤發(fā)生發(fā)展、血管生成和轉(zhuǎn)移中的作用,并與化療耐藥性密切相關(guān)[24]。AKT1是一種絲氨酸/蘇氨酸特異性蛋白激酶,在腫瘤細(xì)胞葡萄糖代謝、細(xì)胞增殖和凋亡、細(xì)胞遷移等多種生物過(guò)程中發(fā)揮作用[25]。ESR1(estrogen receptor 1)編碼雌激素受體α(ERα),該受體可通過(guò)多種途徑與其他信號(hào)分子相互作用,如PI3K/Akt或MAPK信號(hào)通路等。ESR1突變最早報(bào)道于乳腺癌,在胃癌中,其與細(xì)胞增殖、轉(zhuǎn)移和侵襲相關(guān)[26]。NR3C1在胃癌組織中甲基化程度較高,可能在胃癌發(fā)生發(fā)展過(guò)程中起重要作用[27],且有研究報(bào)道了該基因的表達(dá)與胃癌肝轉(zhuǎn)移相關(guān)[28]。AHR表達(dá)芳香烴受體(Aryl hydrocarbon receptor),是一種配體依賴(lài)性激活的核受體,有研究表明其可以促進(jìn)胃癌細(xì)胞增殖與侵襲[29]。此外,本研究基于平消片抗胃癌的靶點(diǎn),挖掘了潛在的20個(gè)轉(zhuǎn)錄因子如JUN、STAT3、HDAC1、TP53、NFKB1、HIF1A等,其中ESR1、NR3C1等預(yù)測(cè)結(jié)果既是核心靶點(diǎn),也是轉(zhuǎn)錄因子。平消片可以通過(guò)影響這些轉(zhuǎn)錄因子發(fā)揮抗胃癌作用。

        富集分析結(jié)果提示平消片可以干預(yù)免疫細(xì)胞及炎性反應(yīng),因此進(jìn)一步分析了腫瘤相關(guān)免疫細(xì)胞浸潤(rùn)情況,結(jié)果表明核心靶點(diǎn)的差異表達(dá)水平分別與多種免疫細(xì)胞(B細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞)的豐度及腫瘤純度相關(guān),這也佐證了富集分析的結(jié)果。免疫細(xì)胞在腫瘤微環(huán)境中扮演著重要角色,其與腫瘤細(xì)胞相互影響,參與了腫瘤的發(fā)生、發(fā)展及轉(zhuǎn)移。例如,腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞可極化為M1型或M2型,其中M1型巨噬細(xì)胞具有較好的抗腫瘤能力,而腫瘤細(xì)胞分泌的多種因子可以促進(jìn)巨噬細(xì)胞向M2型轉(zhuǎn)化,同時(shí),M2型巨噬細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子也可以促進(jìn)腫瘤進(jìn)展[30]。因此,調(diào)控巨噬細(xì)胞M2型向M1型轉(zhuǎn)化,是抑制腫瘤進(jìn)展的一個(gè)有效策略。

        基于臨床樣本數(shù)據(jù)庫(kù),靶點(diǎn)主成分分析的結(jié)果表明,平消片可以通過(guò)調(diào)控?cái)?shù)據(jù)挖掘所得潛在靶點(diǎn)發(fā)揮治療胃癌的作用。核心靶點(diǎn)ESR1、NR3C1、AHR在胃癌不同病理階段基因表達(dá)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,且PTGS2、ESR1、NR3C1的差異表達(dá)與胃癌患者的臨床預(yù)后有相關(guān)性,因此,平消片也可以作用于這些核心靶點(diǎn)影響胃癌患者臨床預(yù)后。

        綜上所述,本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,獲得了平消片治療胃癌的潛在靶點(diǎn),富集分析結(jié)果表明平消片可以通過(guò)影響脂質(zhì)代謝、炎性反應(yīng)、免疫、花生四烯酸代謝、SUMO化修飾等多種生物途徑發(fā)揮抗胃癌功能,也可作用于PTGS2、AKT1、ESR1、NR3C1、AHR等核心靶點(diǎn)影響胃癌患者預(yù)后。平消片通過(guò)多途徑、多靶點(diǎn)發(fā)揮抗胃癌作用的預(yù)測(cè)分析結(jié)果,為進(jìn)一步研究提供了理論依據(jù)和線(xiàn)索。

        猜你喜歡
        生存期靶點(diǎn)胃癌
        維生素D受體或是糖尿病治療的新靶點(diǎn)
        中老年保健(2021年3期)2021-12-03 02:32:25
        腫瘤免疫治療發(fā)現(xiàn)新潛在靶點(diǎn)
        鼻咽癌患者長(zhǎng)期生存期的危險(xiǎn)因素分析
        胃癌術(shù)后患者營(yíng)養(yǎng)狀況及生存期對(duì)生存質(zhì)量的影響
        P53及Ki67在胃癌中的表達(dá)及其臨床意義
        術(shù)中淋巴結(jié)清掃個(gè)數(shù)對(duì)胃癌3年總生存期的影響
        胃癌組織中LKB1和VEGF-C的表達(dá)及其意義
        心力衰竭的分子重構(gòu)機(jī)制及其潛在的治療靶點(diǎn)
        胃癌組織中VEGF和ILK的表達(dá)及意義
        氯胺酮依賴(lài)腦內(nèi)作用靶點(diǎn)的可視化研究
        同位素(2014年2期)2014-04-16 04:57:16
        一区二区三区午夜视频在线 | 欧美深夜福利网站在线观看| 亚洲免费无毛av一区二区三区| 日韩av水蜜桃一区二区三区| 久久精品国产亚洲av麻豆长发| 俺来也俺去啦最新在线| 在线观看日本一区二区| 青青草久久久亚洲一区| 国产亚洲精品综合一区| 黄色a级国产免费大片| 国产精品毛片久久久久久l| 午夜婷婷国产麻豆精品| 国产精品国产三级第一集 | 亚洲精品国产第一综合色吧| 超碰97资源站| 久久精品国产亚洲AⅤ无码| 青青青视频手机在线观看| 精品一区三区视频在线观看| 国产sm调教视频在线观看| 国产99页| 青青操视频手机在线免费观看| 国产精品乱码人妻一区二区三区| 国产精品视频二区不卡| 天天中文字幕av天天爽| 中文字幕亚洲高清视频| 亚洲乱码日产精品一二三| 国产精品福利影院| 国产一品二品三品精品久久| 国产激情视频免费在线观看| 桃花色综合影院| 免费一级欧美大片久久网| 激情亚洲不卡一区二区| 久久精品夜色国产亚洲av| 日韩专区欧美专区| 免费人成网在线观看品观网| 亚洲日韩精品a∨片无码加勒比| 免费观看又色又爽又黄的韩国| 亚洲成AV人久久| 亚洲精品久久区二区三区蜜桃臀| 久久国产精品久久久久久| 性做久久久久久久|