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        傣藥方在治療新型冠狀病毒肺炎中作用的網(wǎng)絡藥理學和分子對接分析

        2021-10-23 07:10:28王晨鈺劉同祥
        中國測試 2021年9期
        關(guān)鍵詞:中藥信號

        王晨鈺,韓 涵,郭 磊,劉同祥,唐 麗

        (1.民族醫(yī)藥教育部重點實驗室(中央民族大學),中央民族大學藥學院,北京 100081;2.軍事科學院軍事醫(yī)學研究院毒物藥物研究所 抗毒藥物與毒理學國家重點實驗室,北京 100850;3.中國人民解放軍總醫(yī)院京中醫(yī)療區(qū)禮士路門診部,北京 100045)

        0 引 言

        新型冠狀病毒肺炎(novel coronavirus pneumonia,COVID-19)是由嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染導致的急性呼吸道傳染病。2019 年12 月首次報道,至2021 年3月3 日15 時,COVID-19 感染已涉及到全球222 個國家和地區(qū),累計確診新型冠狀病毒肺炎患者1.14 億余例,累計死亡已超過254 萬例[1]。自2020年10 月中旬,歐美國家出現(xiàn)第二輪反彈,截至2021 年3 月4 日,美國確診人數(shù)達5082 萬余例。目前,我國多地發(fā)生零星散發(fā)病例和局部聚集性疫情,疫情防控形勢復雜嚴峻。病毒感染可觸發(fā)細胞因子風暴,初期多伴有發(fā)熱、乏力等臨床表現(xiàn),重癥患者可出現(xiàn)呼吸困難與低氧血癥,甚至會伴有急性肺損傷、急性呼吸窘迫綜合征,更嚴重的則會有死亡風險。

        傣族居住區(qū)大多屬于“瘴疬之區(qū)”,在與傳染病長期斗爭的過程中,傣醫(yī)積累了對各類傳染病發(fā)生與防治等方面的認識和經(jīng)驗。據(jù)云南西雙版納傣族自治州衛(wèi)生健康委文件顯示,傣藥方參與治療確診新冠肺炎病例13 例,疑似病例1 例,中傣西醫(yī)結(jié)合治療促進病例癥狀改善,通過綜合施策,治愈率達98.85%。傣醫(yī)根據(jù) COVID-19 感染的臨床特征和易感人群的體質(zhì)特點,將其分為三種類型并針對不同的臨床表現(xiàn),分別采用相應的傣醫(yī)特色藥方進行防治(見表1[2-4])。

        表1 傣醫(yī)藥對 COVID-19 的治療方案

        網(wǎng)絡藥理學[5]通過網(wǎng)絡分析理論從整體角度研究藥物的作用機制,為中藥多成分、多靶點的藥物作用機制闡釋提供了一種新的研究策略。本工作利用網(wǎng)絡藥理學和分子對接的方法[6]首次分析傣藥方治療COVID-19 中發(fā)揮作用的活性成分和作用機制,有助于闡釋傣族醫(yī)藥藥方的作用機制和特點,為發(fā)揮民族醫(yī)藥、中醫(yī)藥在COVID-19 防治中的積極作用奠定基礎。

        1 材料與方法

        1.1 傣藥方主要成分及靶標數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建

        根據(jù)復方所含中藥的名稱,從中藥與化學成分數(shù)據(jù)庫(http://www.organchem.csdb.cn/scdb/main/tcm_introduce.asp)查詢包含的化學成分,對數(shù)據(jù)庫中不包含的中藥,通過文獻搜索查詢對應的化學成分。

        對所有化合物借助中藥系統(tǒng)藥理分析平臺(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php)根據(jù)口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%,類藥性(drug likeness,DL)≥0.18 作為篩選條件,篩選出具有活性成分的化合物。對于TCMSP 數(shù)據(jù)庫不包含的化合物,繪制結(jié)構(gòu)式,保存為“*.sdf”格式文件,利用ADME 篩選,根據(jù)指標(PK 中GI tools 為High;Druglikeness前5個條件Lipinski、Ghose、Veber、Egan、Muegge 至少有兩個為yes)篩選出符合要求的活性成分納入表中。

        再利用Pubchem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)對活性成分驗證,結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為“*.sdf”格式的文件,設置為“Homo sapiens”后進行靶點預測(Swiss target prediction,http://www.swisstargetprediction.ch/),構(gòu)建活性成分靶點庫。

        1.2 COVID-19 靶基因數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建

        在數(shù)據(jù)庫GenCLiP 3(http://ci.smu.edu.cn/gen clip3/analysis.php)和GeneCard 數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)中以“Novel Coronavirus”,“Corona Virus Disease”作為關(guān)鍵詞檢索以構(gòu)建疾病靶點庫。

        1.3 靶點篩選

        使用R 語言(3.6.3)Venn Diagram 數(shù)據(jù)包,依據(jù)藥物靶點與COVID-19 靶基因數(shù)據(jù)庫,對靶點取交集,得到藥方潛在靶點。

        1.4 蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡構(gòu)建與分析

        使用STRING數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/,version 11.0),輸入潛在靶點,在organism 項設置物種為“Homo sapiens (Human)”,最小相互作用要求得分(minimum required interaction score)設置為0.90,隱藏單獨靶點得到PPI 網(wǎng)絡。將 PPI 數(shù)據(jù)導入Cytoscape 3.7.2 軟件中,利用MCODE 篩選連接最為緊密的功能模塊。

        1.5 中藥調(diào)控網(wǎng)絡的構(gòu)建

        將Drug disease(藥物與疾病的靶基因交集)、mollists(藥物的有效成分)文件導入Cytoscape 3.7.2 軟件構(gòu)建中藥調(diào)控網(wǎng)絡圖。同時通過軟件的Network Analyzer 分析藥方治療COVID-19 拓撲學參數(shù),得到核心成分及關(guān)鍵靶點。

        1.6 基因富集分析和通路注釋研究

        基因本體論(gene ontology,GO)是注釋基因及其表達產(chǎn)物的常用方法,京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)可對藥物作用靶點或差異表達基因進行信號通路分析。將藥物與疾病相關(guān)靶點,使用R 語言,引用Stringi 包,利用cluster Profiler,enrichplot,ggplot 2進行GO 和KEGG 通路富集分析,設定閾值P路富集分析,篩選具有顯著性差異的生物過程和可靠靶點通路,P值越小,富集顯著程度越高。

        1.7 分子對接

        從RSCB PDB數(shù)據(jù)庫(https://www.rcsb.org/)下載SARS-CoV-2 3CL 水解酶(PDB ID:6LU7)[7]和血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2(ACE2)(PDB ID:1R42)[8]的3D 結(jié)構(gòu)PDB 格式文件,使用AutoDock Tools 1.5.6 軟件,以6LU7 和ACE2 作為受體,將復方網(wǎng)絡中藥方中節(jié)點排名前十的化合物作為配體,根據(jù)靶蛋白復合物中配體的坐標確定活性位點,設置活性口袋,運行AutoDockVina 進行對接,用pymol 2.2.0 和ligplot+2.2 進行結(jié)果分析。

        2 結(jié) 果

        2.1 三種傣藥方中各中藥包含的化合物和對應的潛在靶點

        傣藥方中各中藥包含的化合物和潛在靶點統(tǒng)計見表2,依據(jù)中藥與化學成分數(shù)據(jù)庫,得到了馬蓮鞍、羊耳菊、洗碗葉根、藤甘草、圓錐南蛇藤、野柿根、生藤的化合物數(shù);依據(jù)已有文獻[9-21]得到了馬蘭、百樣解、葫蘆茶、山大黃的化合物數(shù)。需要說明的是,藥方2 中的毛翼核果藤、勐臘大解藥兩味中藥,藥方3 中的長柱山丹、人字樹、茴香豆蔻三味中藥,未查詢到活性成分,因此僅在表中給出各自的藥理作用特點[22]。后續(xù)分析中,暫未考慮這五味中藥對于藥方整體的活性靶點及作用通路的影響。

        表2 3種傣藥方的中藥包含的化合物和對應的潛在靶標個數(shù)

        再根據(jù)OB≥30%,DL≥0.18,得到各藥方活性成分,繪制分子式,經(jīng)過ADME 篩選與PubChem 驗證,藥方1、2、3 分別得到化合物311、243、289 個,活性成分53、43、49 個。將活性成分進行靶點預測后得到藥方1、2、3 靶點數(shù)目分別為600、564、473 個。

        2.2 各傣藥方的主要成分的網(wǎng)絡藥理學分析

        2.2.1 活性成分治療疾病相關(guān)靶點的篩選

        在數(shù)據(jù)庫GenCLiP 3 和GeneCard 數(shù)據(jù)庫中得到COVID-19 相關(guān)的疾病靶點共900 個,再利用Venn 圖(見圖1)得到各藥方治療COVID-19 的作用靶點。

        圖1 傣藥方1(A)、2(B)、3(C)藥物靶點與COVID-19 相關(guān)靶點的Venn 圖

        續(xù)表 23種傣藥方的中藥包含的化合物和對應的潛在靶標個數(shù)

        2.2.2 PPI 網(wǎng)絡分析及關(guān)鍵靶點的篩選

        String 分析結(jié)果表明,藥方1、2、3 分別有91、71、77 個靶蛋白,254、144、206 條互作邊,得到的靶點間互作強度,以PPI 表示,邊越多表示關(guān)聯(lián)度越高,如(圖2)所示。三個藥方中的功能模塊中包括的核心基因有炎癥因子、MAPK1、3、8、14;絲氨酸和蘇氨酸特異性蛋白激酶C(PRKC)系列的PRKCA、非受體型酪氨酸激酶(JAK1)等。

        圖2 傣藥方1(A)、2(B)、3(C)與COVID-19 交集靶點的PPI 網(wǎng)絡圖,網(wǎng)絡節(jié)點代表蛋白質(zhì),邊代表PPI

        2.2.3 靶點的GO 生物功能注釋

        GO 富集分析主要包括3 個方面:細胞組成(cellular component,CC)、生物過程(biological process,BP)和分子功能(molecular function,MF)。將藥方1 與疾病的73 個共有靶點進行GO 富集分析,得到41 項CC 相關(guān),1865 條BP,111 項MF 相關(guān),將最顯著的前10 條進行柱狀圖和氣泡圖展示(圖3)。在CC 中,藥方1 作用靶點富集條目分布于膜筏(membrane raft)、膜上結(jié)構(gòu)域(membrane microdomain),分別各占據(jù)總富集數(shù)目的18.7%與17.6%。BP 包括在生物調(diào)節(jié)、細胞過程、免疫系統(tǒng)過程、細胞定位、多細胞生物過程、應激反應等主要生物過程,主要富集條目為肽段絲氨酸殘基修飾(peptidyl-serine modification),占總富集數(shù)目的24.2%,以及氧化應激反應(response to oxidative stress),占總富集數(shù)目的25.3%。MF 中,條目包括蛋白質(zhì)絲氨酸/蘇氨酸激酶活性(protein serine/threonine kinase activity)等,其富集數(shù)目占總富集數(shù)目的17.6%。藥方2 富集到38 項CC 相關(guān),1709條BP,85 項MF 相關(guān)。部分條目和藥方1 有重合,然而在某一相同條目下的基因數(shù)量存在差異,反映出藥方2 治療COVID-19 參與的BP 與藥方1 的區(qū)別,推測這一區(qū)別可能是兩者對應治療不同癥狀的COVID-19 的原因之一。藥方3 富集到39 項CC相關(guān),1422 條BP,70 項MF 相關(guān)。

        圖3 傣藥方與COVID-19 交集靶基因的GO 富集分析圖

        2.2.4 KEGG 通路富集分析

        KEGG 通路富集分析表明藥方1、2、3 分別富集到168、170、151 條生物通路,發(fā)現(xiàn)75%左右的通路集中在免疫、炎癥、內(nèi)分泌相關(guān),對上述三種相關(guān)富集條目較多的生物通路進行可視化分析(見圖4),藥方1 中,免疫相關(guān)通路如B 細胞受體信號通路、T 細胞受體信號通路、腫瘤壞死因子(TNF)信號通路、人巨細胞病毒感染通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信號通路最為顯著,其中TNF 信號通路可以激活半胱氨酸蛋白酶、應激活化蛋白激酶(JNK)、NF-κB 三條信號通路,實現(xiàn)抗病毒、細胞凋亡、免疫調(diào)控功能;PI3K-Akt 信號通路可參與增殖、分化、凋亡和葡萄糖轉(zhuǎn)運等多種細胞功能的調(diào)節(jié)。

        圖4 傣藥方富集到的免疫、炎癥、內(nèi)分泌通路的KEGG 通路分析

        藥方2 主要富集于細胞凋亡信號通路、缺氧誘導因子-1(HIF-1)信號通路以及晚期糖基化終末產(chǎn)物—晚期糖基化受體(AGE-RAGE)信號通路等,HIF-1 信號通路是參與調(diào)解人體缺氧的重要通路,調(diào)節(jié)該通路可能有助于改善COVID-19 患者臨床缺氧癥狀。AGE-RAGE 信號通路可促進NF-κB 通路、HIF-1α、JAK-STAT 通路等激活,也可引起大量黏附分子、生長因子、促炎細胞因子如白介素6(IL-6)、IL-8 等的表達和釋放,最終引起慢性細胞活化和組織損傷。例如可以通過HIF-1α 信號通路抑制炎癥因子的釋放,從而發(fā)揮抗炎作用。另外,AGERAGE 通路中,AGEs 的堆積能激活NF-κB 信號通路,AGEs 與受體RAGE 結(jié)合可激活多種細胞內(nèi)信號級聯(lián),如 JAK-STAT,從而使炎癥信號持續(xù)存在,誘導細胞凋亡使出現(xiàn)肺組織損傷等癥狀。

        藥方3 富集于大量的炎癥相關(guān)通路,例如瞬時感受器電位(TRP 通道)的炎癥介質(zhì)調(diào)節(jié)、Toll 樣受體(TLR)通路、MAPK 信號通路、IL-17 信號通路、JAK-STAT 信號通路、NF-κB 信號通路、花生四烯酸代謝通路等,其中對JAK-STAT 信號通路的激活可改善氣體交換功能,從而抑制炎性介質(zhì)的釋放、減輕LPS 誘導的急性肺損傷。

        2.2.5 中藥活性成分調(diào)控網(wǎng)絡圖分析

        構(gòu)建了藥物-成分-靶基因-疾病的中藥調(diào)控網(wǎng)絡,得到各藥方中每個藥物的靶點調(diào)控重要程度,以節(jié)點度來反映節(jié)點的重要程度,節(jié)點度數(shù)值越高,越可能是核心成分或靶點。

        藥方1 網(wǎng)絡圖中總共包含147 個節(jié)點,534 條邊,平均度值為7.27;藥方2 網(wǎng)絡圖中總共包含137 個節(jié)點,425 條邊,平均度值為7.27;藥方3 的網(wǎng)絡圖中總共包含125 個節(jié)點,352 條邊,平均度值為5.63,各個藥方網(wǎng)絡圖中節(jié)點度值排名前十位的化合物分別匯總于表3。選取節(jié)點度前10 位和作用靶點前10 位繪制中藥調(diào)控網(wǎng)絡圖(見圖5)。

        圖5 傣藥方1 (A)、2(B)、3(C)的中藥復方-成分-疾病-靶點調(diào)控網(wǎng)絡圖,圖中菱形為預測的排名前十的靶點,三角形為中藥(簡稱),圓形為藥物活性成分(簡稱)

        2.2.6 分子對接分析

        針對網(wǎng)絡圖拓撲分析得到的節(jié)點度值排名前十的活性化合物,匯總對接結(jié)果(表3)。一般認為,化合物與受體所形成的構(gòu)象能量越低,結(jié)構(gòu)越穩(wěn)定,結(jié)合活性較高。若結(jié)合能<0,表明配體分子均能和受體蛋白自發(fā)結(jié)合,結(jié)合能<–5.0 kcal/mol 時,表明結(jié)合性好,結(jié)合能越低,對接結(jié)果越佳。

        表3 傣藥方1、2、3 排名前十的化合物分別與COVID-19 的SARS-CoV-2 3CL 水解酶和ACE2 的對接參數(shù)

        進一步選擇結(jié)合能最低的構(gòu)象進行分子對接。對于SARS-CoV-2 3CL 水解酶,選擇β-谷甾醇(與其最低結(jié)合能為–6.7 kcal/mol)、(-)-兒茶素(–6.8 kcal·mol–1)、槲皮素(–7.0 kcal/mol)。由ligplot 分析,β-谷甾醇與Met165 等氨基酸殘基間主要通過疏水作用力、與Cys145 等殘基通過氫鍵作用,作用距離為2.9?;(-)-兒茶素則與Tyr126 等殘基間產(chǎn)生疏水作用;槲皮素與6LU7 的Ile106 等殘基產(chǎn)生氫鍵或者鹽橋作用,另外也與Gly174 殘基發(fā)生疏水作用。在與ACE2 進行對接,選擇β-谷甾醇(與其最低結(jié)合能–7.7 kcal/mol)、(-)-兒茶素(–8.0 kcal/mol)、槲皮素(–7.9 kcal/mol)(見表4)。

        表4 β-谷甾醇、(-)-兒茶素、槲皮素分別與SARS-CoV-2 3CL 水解酶、ACE2 的對接模式圖及l(fā)igplot 分析

        3 討 論

        傣醫(yī)藥因特有的整體合參特點,其針對COVID-19 的治療藥方收錄為《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第六版)》[23]。普遍認為病毒先通過誘發(fā)機體產(chǎn)生失調(diào)、過度的免疫應答,導致患者體內(nèi)炎癥因子過度表達而出現(xiàn)“細胞因子風暴”,從而間接造成肺炎及急性肺損傷[24]。我們在此根據(jù)網(wǎng)絡藥理學與分子對接的結(jié)果,對其主要作用成分、關(guān)鍵靶點、通路分析展開討論。

        3.1 重要成分

        在各傣藥方對應的網(wǎng)絡圖中,共獲得了22 個重要成分,主要以黃酮類(11 個)、萜類(4 個)為主,其他7 個則屬于甾體皂苷類、脂肪酸類、香豆素類、甾醇類、苯丙素類、蒽醌類、酚酸類化合物,其中β-谷甾醇、(-)-兒茶素、槲皮素節(jié)點度值較高,同時在分子對接結(jié)果中相對較好。已有研究表明β-谷甾醇可以顯著減輕脂多糖誘導的肺水腫和炎癥反應;(-)-兒茶素歸屬于兒茶素類,其結(jié)構(gòu)相似化合物表兒茶素已呈現(xiàn)出較好的抗炎活性[24];槲皮素作為一種天然黃酮,具有良好的抗炎作用。例如可以通過[25]降低轉(zhuǎn)化生長因子-β1(TGF-β1)、α-平滑肌動蛋白(α-SMA)和TNF-α 表達,從而抑制大鼠肺泡細胞凋亡,達到降低大鼠肺組織炎癥和纖維化損傷的目的。另外,近期相關(guān)研究表明[26]槲皮素等化合物參與多種階段COVID-19 的治療,可抑制 JAK2-STAT3 信號通路的激活,從而可下調(diào)肺臟炎癥反應的應答,同時還兼有抗病毒、抗氧化、神經(jīng)保護等作用[27],本工作中的GO 富集、KEGG 通路結(jié)果也主要集中在這些通路中。

        從3種成分與靶蛋白的分子對接相互作用圖和3D 空間構(gòu)象可以看出,β-谷甾醇、(-)-兒茶素、槲皮素等和SARS-CoV-2 3CL 水解酶、ACE2 結(jié)合活性均較高,通過疏水作用力、離子鍵、氫鍵等多種相互作用力促使復合物的形成(表4),有利于抑制病毒與核心蛋白的結(jié)合。其他主要活性成分則主要作用于與機體免疫功能相關(guān)、炎癥相關(guān)的信號通路,以促進機體提高免疫力,阻斷病毒入侵。

        3.2 關(guān)鍵靶點及通路分析

        3.2.1 關(guān)鍵靶點

        從PPI 網(wǎng)絡圖可以看出,靶點之間存在多種相互作用,其中度值排名前20 的靶點主要包括炎癥因子、絲裂原活化蛋白激酶、蛋白激酶C 等,其中炎癥因子的相關(guān)靶點包括IL-1β、IL-2、IL-6、JAK1、STAT3 等,目前研究表明IL-1β[28]可上調(diào)IL-1RI來增強肺部炎癥;IL-2[29]主要由CD4+Th1 分泌,通過結(jié)合對應受體發(fā)揮炎癥反應的調(diào)節(jié)功能;IL-6[30]可通過趨化炎癥細胞聚集和促進炎癥細胞浸潤,加速肺纖維化早期的肺泡炎癥反應,從而介導特發(fā)性肺纖維化的發(fā)生,造成肺損傷,已有研究確證了IL-6 等相關(guān)靶點的重要作用,例如 Xu[31]等使用先前用于治療各種類型的關(guān)節(jié)炎(包括類風濕性關(guān)節(jié)炎和細胞因子釋放綜合征)的IL-6 的受體特異性抗體Tocilizumab,通過減輕肺纖維化損傷給出對重度COVID-19 的治療效果??紤]到SARS-CoV-2觸發(fā)強烈的免疫反應[32],可能引起細胞因子風暴綜合癥(CSS),其相關(guān)臨床特征[33]可以通過炎癥因子相關(guān)作用來解釋,所以用于抑制過度炎癥反應的免疫調(diào)節(jié)劑可能是治療COVID-19 的潛在藥物。另外,JAK1[34]可以參與細胞凋亡、免疫調(diào)節(jié)、細胞因子信號轉(zhuǎn)導等過程。STAT3[35]目前也已被證明在調(diào)節(jié)免疫和炎癥反應中起著重要作用。

        3.2.2 共性通路分析

        SARS-CoV-2 病毒感染會引起劇烈的免疫及炎癥反應,并激活大量細胞因子。2020 年以來對中藥成分與COVID-19 網(wǎng)絡藥理學分析的相關(guān)文獻亦表明[36-43],黃酮類可通過調(diào)控IL-17、TNF、T 細胞受體、Th1 細胞分化、血管內(nèi)皮生長因子(VEGF)等信號通路來減少IL-6、IL-1β、TNF-α 等炎性因子的分泌,上調(diào)IL-10 等抗炎因子來抑制炎癥反應、促進細胞生長分化和肺血管生成,減輕肺損傷進而發(fā)揮防治COVID-19 的作用。萜類活性成分則可通過調(diào)節(jié)T 細胞受體、IL-17、VEGF 等信號通路,發(fā)揮抗病毒、免疫、抗炎的作用。

        和以往研究相比,本工作中的三個藥方大多涉及免疫系統(tǒng)、炎癥系統(tǒng)、內(nèi)分泌相關(guān)的通路,更側(cè)重于免疫與炎癥相關(guān)通路,例如黃酮類活性成分可共同通過促使煙霧誘導的TGF-β 減少釋放[44],抑制“上皮-間質(zhì)”轉(zhuǎn)化來減輕肺纖維化;也可通過阻斷促分裂原活化蛋白激酶通路,該通路的關(guān)鍵靶點主要包 括MAPK1、MAPK3 等,MAPK1可通過調(diào)控VEGF和MAPK 信號通路,促進修復損傷肺組織達到抗COVID-19 的目的[45-47],MAPK3[48]也廣泛參與肺部炎癥疾病的發(fā)生發(fā)展。

        我們不難發(fā)現(xiàn),各藥方的某些活性成分之間存在共同的關(guān)鍵靶點,例如藥方1 的β-谷甾醇與藥方2 和3 的活性成分豆甾醇具有共同的靶點IL-17、TNF-α 和IL-6 等;藥方1 的活性成分苦參素與藥方2 的(-)-兒茶素具有共同的靶點JAK1、STAT3等;藥方2 的活性成分綠原酸與藥方3 的槲皮素具有共同的靶點IL-6、MAPK1 等,繼而調(diào)控炎癥相關(guān)通路如TNF 信號通路、MAPK 信號通路以及JAKSTAT 信號通路等。

        3.2.3 差異通路分析

        整體上來講,從靶點的功能注釋以及通路富集上的差別可以推測傣醫(yī)對于這三種癥狀對癥下藥的科學依據(jù)。藥方1 主要富集于抗炎通路、病毒感染通路,與其相對應的各靶點則是參與炎癥反應或者病毒感染細胞過程中的各個重要因子,例如MAPK1、MAPK3、MAPK8、JAK1、EGFR、STAT3 等,在抗炎反應與細胞的生長、增殖、凋亡信號通路中發(fā)揮著重要作用,也反映出在風毒初起、水傷火盛型的癥狀對應下,藥方1 治療的重點放在抗炎、病毒感染細胞的通路上,從而提高機體的免疫能力。

        對于風毒壅肺、火盛土傷型的癥狀,藥方2 主要集中于病原菌、病毒感染通路、抗炎信號通路等,PTGS2、PTGS1、NOS2、PRKCA、PRKCB、PRKCE、IL-6 靶點在整個調(diào)控過程中發(fā)揮著重要作用,這些通路對臨床上患者所出現(xiàn)的發(fā)熱不退、咳嗽氣喘、痰多黃稠、心悸胸悶、腹脹便秘等癥狀有著協(xié)同調(diào)控的作用。

        藥方3 以清火解毒、疏風調(diào)水、補水培土為治則,對應可治療的臨床癥狀為高熱不退、全身乏力、氣促胸悶、呼吸困難、神志不清等,比前兩種癥狀都更為嚴重,核心靶點主要有PIK3CA、PIK3CB、MAPK1、IL-6、IL-1β,其對應的通路重點集中在炎癥相關(guān)信號通路、細胞增殖凋亡通路,富集結(jié)果顯示對細胞增殖凋亡作用較大,然而是否存在全身效應還需要進一步結(jié)合動物實驗、以及相應的指標方可得出準確判斷。

        就抗炎通路而言,從富集作用較為顯著的通路來看,藥方1 與其他藥方的抗炎通路區(qū)別在于多出了花生四烯酸信號通路,花生四烯酸的代謝產(chǎn)物如前列腺素、白三烯和脂毒素等作為體內(nèi)重要的炎癥物質(zhì)參與機體免疫及炎癥反應過程。MAPK 等其他的抗炎通路在藥方3 中的富集條目數(shù)占比約23%,同等情況下抗炎通路的富集條目數(shù)高于藥方1 和2。說明抗炎通路貫穿整個藥方的治療過程,且隨著癥狀不同,對應的抗炎通路在治療過程中發(fā)揮的作用也存在局部差異。

        4 結(jié)束語

        本工作通過網(wǎng)絡藥理學和分子對接技術(shù),初步探索了傣藥藥方防治COVID-19 的生物學作用機制,從分子水平闡述了傣藥方的多成分、多靶點對機體的整體調(diào)控,為民族醫(yī)藥基于傣藥方治療 COVID-19 提供了進一步的科學依據(jù),其確切機制仍需后續(xù)的實驗研究驗證。例如構(gòu)建新型冠狀病毒肺炎動物模型,根據(jù)本工作揭示出的藥方3 可能通過細胞凋亡、炎癥相關(guān)信號通路干預新型冠狀病毒肺炎的特點,通過監(jiān)測動物模型中的炎癥因子MAPK1、IL-6及凋亡相關(guān)蛋白Caspase-3、Bcl-2 等指標的表達水平,從而對藥方3 的調(diào)控作用進行驗證。

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