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        煙草Nt14-3-3-like C基因的克隆與功能分析

        2021-10-21 01:34:08宋坤鋒郝風(fēng)聲劉衛(wèi)群
        作物雜志 2021年5期
        關(guān)鍵詞:菌液侵染病原

        宋坤鋒 郝風(fēng)聲 姚 欣 王 靜 劉衛(wèi)群

        (1河南農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,450002,河南鄭州;2中國農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護(hù)學(xué)院,100089,北京)

        煙草花葉病毒(tobacco mosaic virus,TMV)屬于正義單鏈RNA病毒,具有非常強(qiáng)的傳染性,葫蘆科、茄科和十字花科等38科268種植物均能被TMV感染[1]。由TMV引起的病害是作物生產(chǎn)主要的病害之一,會使作物的品質(zhì)和產(chǎn)量受到嚴(yán)重影響。對 TMV發(fā)生規(guī)律和防治等方面已有大量的研究。林祥永等[2]研究發(fā)現(xiàn),品種、栽培方式和氣象因素都會影響煙草花葉病的發(fā)病率。從三葉鬼針草中提取的黃酮甙對TMV的抑制效果可達(dá)91.3%,表明外源施加化學(xué)或生物源物質(zhì)能夠有效抑制TMV的侵染[3]。此外,將基因技術(shù)應(yīng)用在抗TMV的外殼基因、運(yùn)動蛋白基因和復(fù)制酶基因等方面進(jìn)行TMV的防治,也取得了較好的效果。如顏培強(qiáng)等[4]用編碼 TMV外殼蛋白的 RNA片段構(gòu)建反義基因,導(dǎo)入植株對TMV呈現(xiàn)免疫級抗性。植物在與病原物共同進(jìn)化的過程中逐漸形成了自身免疫防御系統(tǒng)。利用植物體內(nèi)的抗性基因進(jìn)行病害防治,具有無環(huán)境污染、整個植物生長時期都起防治作用的優(yōu)點(diǎn)。如Stange等[5]研究發(fā)現(xiàn),煙草NH基因通過激活植物過敏反應(yīng)和防御相關(guān)基因的表達(dá),增強(qiáng)煙草對TMV的防御。本課題組前期在2個對TMV侵染具有不同耐受性品種研究[6]中發(fā)現(xiàn),14-3-3蛋白家族中的14-3-3-like C、14-3-3 h1和14-3-3 h2等7個蛋白在不同耐受品種中的表達(dá)量均發(fā)生變化,說明14-3-3蛋白可能在TMV侵染過程中起著重要作用。

        14-3-3蛋白家族是一類廣泛存在于真核細(xì)胞中高度保守的調(diào)控蛋白,通常由多個基因編碼成不同的亞型,不同亞型之間能夠形成同源或異源二聚體。作為具有多亞型的蛋白家族,14-3-3蛋白發(fā)揮功能的方式也多種多樣,其不僅可作為激活因子或抑制因子調(diào)控靶蛋白的結(jié)構(gòu)、活性以及穩(wěn)定性,還參與調(diào)控靶蛋白的核質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)與亞細(xì)胞定位[7],甚至還可以發(fā)揮與分子伴侶相似的功能,協(xié)助蛋白跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)[8]。14-3-3蛋白通過與相應(yīng)的靶蛋白結(jié)合,在植物生長發(fā)育、代謝、物質(zhì)運(yùn)輸和逆境脅迫等過程中發(fā)揮重要作用,如參與植物初級代謝[9]、生長發(fā)育[10]、生物和非生物應(yīng)答[11]、氣孔運(yùn)動[12]、油脂合成[13]等。14-3-3蛋白在植物―病原互作中也具有重要作用。Taylor等[14]發(fā)現(xiàn)番茄14-3-3蛋白基因TFT1是PAMPs引發(fā)的免疫反應(yīng)(PAMP-triggered immunity,PTI)所必需的,從而引起該途徑下游標(biāo)志基因PTI5、GRAS4、WRKY28和LRR22的表達(dá)增加。Konagaya等[15]在煙草與TMV互作研究中發(fā)現(xiàn),14-3-3h與N蛋白的富含亮氨酸重復(fù)結(jié)構(gòu)域和病毒解旋酶結(jié)構(gòu)域結(jié)合,可提高植株的抗病性。為探究14-3-3-like C在 TMV侵染過程中的生物學(xué)功能,本研究克隆了該基因并對其進(jìn)行初步的功能分析。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        煙草材料為本氏煙和K326;所用PMD19-T載體、大腸桿菌感受態(tài)DH5α和農(nóng)桿菌感受態(tài)GV3101均購自上海唯地生物技術(shù)有限公司;植物抑制表達(dá)載體pRNAi-LIC由本實(shí)驗(yàn)室保存。植物RNA提取試劑盒購自北京艾德萊生物科技有限公司;反轉(zhuǎn)錄試劑盒購自北京全式金生物技術(shù)有限公司;熒光定量試劑盒購自O(shè)MEGA公司;限制性內(nèi)切酶購自賽默飛世爾科技有限公司;引物合成與測序均由河南尚亞生物技術(shù)有限公司完成。

        1.2 基因克隆

        從NCBI基因組數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)下載基因序列并設(shè)計(jì)引物Nt1433-C-F(5′-CCATGGCGGTGGCACCGACGGCGCGTG-3′)和Nt1433-C-R(5′-CCATGGAATTTTTGGCTTCATCA GG-3′);以cDNA為模板進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增體系:模板 1μL,正、反引物各 1μL,2× EsTaqMasterMix 10μL,ddH2O 7μL。擴(kuò)增程序:95℃預(yù)變性5min;95℃變性30s,56℃退火45s,72℃延伸1min,32個循環(huán);72℃終延伸5min,12℃保溫;擴(kuò)增產(chǎn)物于1.2%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,用膠回收試劑盒回收目的條帶,將其與 PMD19-T載體連接,然后轉(zhuǎn)入大腸桿菌DH5α,挑取菌斑進(jìn)行PCR檢測,陽性克隆用于測序,測序正確的單克隆菌液于-80℃保存待用。

        1.3 生物信息學(xué)分析

        利用ExPASy網(wǎng)站ProtParam(http://web.expasy.org/protparam)預(yù)測和分析14-3-3-like C蛋白的理化性質(zhì);利用 TMHMM Server V.2.0(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)對14-3-3-like C蛋白進(jìn)行跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測;利用Signal-P4.1(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.1/)對14-3-3-like C蛋白進(jìn)行信號肽預(yù)測;利用NetPhos 3.1 Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/)在線工具分析14-3-3-like C蛋白磷酸化位點(diǎn);利用SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/interactive)預(yù)測蛋白三級結(jié)構(gòu);利用 MEGA 7.0軟件對包括 14-3-3-like C蛋白在內(nèi)的18個煙草14-3-3蛋白氨基酸序列進(jìn)行同源性分析;利用 WoLF PSORT(https://wolfpsort.hgc.jp/)預(yù)測 14-3-3-like C蛋白亞細(xì)胞定位;利用 cNLS Mapper(http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi)預(yù)測核定位序列。

        1.4 14-3-3-like C蛋白的亞細(xì)胞定位

        亞細(xì)胞定位使用的載體為pCAMBIA1302,選擇NcoI和Spe1酶切位點(diǎn),采用雙酶切的方法,構(gòu)建Nt14-3-3-likeC基因與綠色熒光蛋白(green fluorescent protein,GFP)的融合表達(dá)載體35S::14-3-3-likeC-GFP,用凍融法將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)入農(nóng)桿菌感受態(tài)GV3101,28℃震蕩培養(yǎng)(200轉(zhuǎn)/min),當(dāng)OD600為0.6~0.8時,收集50mL菌液并重懸于轉(zhuǎn)染緩沖液,調(diào)節(jié)OD600為1.5,室溫靜置2h,使用注射器將菌液注射到本氏煙葉中,培養(yǎng)3d,取葉片于激光共聚焦熒光顯微鏡下觀察。

        1.5 抑制表達(dá)載體的構(gòu)建

        采用酶切法構(gòu)建抑制載體pRNAi-LIC-14-3-3:使用引物 LIC-1(5′-CGACGACAAGACCCTATGG CGGTGGCACCGACGGCG-3′)與 LIC-2(5′-GAG GAGAAGAGCCCTTCAATTTTTGGCTTCATCAG G-3′)擴(kuò)增目的基因序列,切膠回收得產(chǎn)物1,以其為模板,以 LIC-3(5′-CCAGCACGGAACCCTTGA GGAGAAGAGCCCT-3′)和 LIC-4(5′-AGAGCACA CGACCCTTCGACGACAAGACCCT-3′)為引物進(jìn)行 PCR反應(yīng),回收得到產(chǎn)物 2,用限制性內(nèi)切酶SmaI酶切空載體,T4DNA聚合酶處理產(chǎn)物1、2后和空載體用 T4連接酶連接,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)入大腸桿菌DH5α并涂抗性篩選板。挑取菌斑進(jìn)行菌液PCR驗(yàn)證。用凍融法將驗(yàn)證正確的重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)入農(nóng)桿菌感受態(tài)GV3101,農(nóng)桿菌置于-80℃保存待用。

        1.6 組織培養(yǎng)和轉(zhuǎn)基因苗的鑒定

        轉(zhuǎn)入抑制載體 pRNAi-LIC-14-3-3的農(nóng)桿菌于28℃搖床培養(yǎng)(200轉(zhuǎn)/min),當(dāng)OD600約為0.6~0.8時,收集50mL菌液用于煙草葉盤的侵染,將被侵染的煙草葉盤(1.0cm×1.0cm)在含有IAA、6-BA和卡那霉素的MS固體培養(yǎng)基中進(jìn)行篩選,最終獲得愈傷組織和通過抗性篩選的陽性小芽。

        1.7 轉(zhuǎn)基因煙草基因表達(dá)分析

        按照RNA提取試劑盒說明書提取RNA,保證所得RNA產(chǎn)物OD260/OD280為1.8~2.1,OD260/OD230大于 1.8;使用反轉(zhuǎn)錄試劑盒進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄;使用SYBR Green分析法進(jìn)行熒光定量,所用試劑盒為Fast Super EvaGreen? qPCR Master Mix;儀器為Applied Biosystems ABI 7500實(shí)時定量 PCR儀;PCR 反應(yīng)體系:2× EvaGreen qPCR Master Mix 5.0μL,前、后引物各 0.5μL,cDNA 模板 1.0μL,ROX REFERENCE DYE 0.1μL,ddH2O 2.9μL。PCR 反應(yīng)條件:95℃ 2min;95℃ 5s,60℃ 5s,72℃ 50s,40個循環(huán)。以煙草Actin為內(nèi)參基因,每個樣品3次重復(fù),采用-ΔΔCt法分析數(shù)據(jù)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 煙草Nt14-3-3-like C基因的克隆

        提取 K326葉片的總 RNA,以反轉(zhuǎn)錄合成的cDNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到780bp的特異性條帶(圖1),與預(yù)期的片段大小相符。測序和比對結(jié)果表明,克隆序列與煙草基因組數(shù)據(jù)庫中的Nt14-3-3-likeC基因相似性為98.34%(圖2),說明成功克隆Nt14-3-3-likeC基因。

        圖1 Nt14-3-3-like C PCR產(chǎn)物電泳圖Fig.1 Electrophoretogram of Nt14-3-3-like C PCR products

        圖2 測序序列比對結(jié)果Fig.2 Comparison of sequencing and alignment results

        2.2 煙草14-3-3-like C蛋白的生物信息學(xué)分析

        ExPASy ProParam在線軟件分析表明,14-3-3-like C蛋白大小為29.36kDa,編碼260個氨基酸;理論等電點(diǎn)pI為4.78;有49個帶負(fù)電荷的氨基酸殘基(Asp+Glu),32個帶正電荷的氨基酸殘基(Arg+Lys);不穩(wěn)定系數(shù)為43.39,為不穩(wěn)定蛋白;總疏水性平均系數(shù)為-0.543,為疏水蛋白。TMHMM Server V.2.0和Signal-P4.1軟件對14-3-3-like C蛋白的跨膜結(jié)構(gòu)和信號肽預(yù)測結(jié)果(圖3a、b)表明,14-3-3-like C蛋白沒有跨膜螺旋區(qū)和信號肽,推測該蛋白不是跨膜蛋白和分泌蛋白。NetPhos 3.1 Server的磷酸化位點(diǎn)分析結(jié)果(圖3c)表明,該蛋白含有絲氨酸(10個)、蘇氨酸(4個)和酪氨酸(6個)磷酸化位點(diǎn),說明該蛋白能被激酶磷酸化。利用SWISS-MODEL軟件對14-3-3-like C蛋白三級結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測,結(jié)果(圖3d)表明,14-3-3-like C蛋白具有 14-3-3蛋白的典型溝槽結(jié)構(gòu),該結(jié)構(gòu)可能與該蛋白發(fā)揮其功能相關(guān)。

        圖3 14-3-3-like C蛋白的生物信息學(xué)分析Fig.3 Bioinformatics analysis of 14-3-3-like C protein

        2.3 煙草14-3-3-like C蛋白同源性分析

        用MEGA 7.0軟件對包括14-3-3-like C蛋白在內(nèi)的18個煙草14-3-3蛋白氨基酸序列進(jìn)行同源聚類分析(圖4),發(fā)現(xiàn)14-3-3-like C蛋白與煙草14-3-3 c1和14-3-3 c2親緣關(guān)系最近,說明該蛋白可能具有14-3-3 c1和14-3-3 c2蛋白類似的功能。

        圖4 14-3-3-like C同源蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹分析Fig.4 Phylogenetic tree analysis of 14-3-3-like C

        2.4 煙草14-3-3-like C蛋白的亞細(xì)胞定位

        通過WoLF PSORT預(yù)測14-3-3-like C蛋白亞細(xì)胞定位于細(xì)胞膜、細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)和葉綠體,cNLS Mapper預(yù)測 14-3-3-like C具有 1個核定位信號RACNLAKQAFDEAIAELDTLGEESYKDSTLIM,為了確定該蛋白在細(xì)胞中的定位,構(gòu)建14-3-3-like C蛋白與GFP的融合表達(dá)載體35S::14-3-3-likeCGFP。如圖 5所示,檢測重組載體的菌液,通過PCR成功擴(kuò)增出1條約780bp的特異性條帶,表明融合GFP的14-3-3-like C表達(dá)載體構(gòu)建成功,將重組表達(dá)載體轉(zhuǎn)入農(nóng)桿菌GV3101,利用農(nóng)桿菌在本氏煙表皮細(xì)胞中瞬時表達(dá),結(jié)果(圖6)顯示,14-3-3-like C蛋白位于細(xì)胞膜和細(xì)胞核中,表明該蛋白可能在細(xì)胞膜和細(xì)胞核中發(fā)揮一定的作用。

        圖5 融合GFP的35S::14-3-3-like C重組表達(dá)載體菌液PCR產(chǎn)物電泳Fig.5 Electrophoretogram of recombinant expression vector 35S::14-3-3-like C-GFP PCR amplification

        圖6 14-3-3-like C蛋白亞細(xì)胞定位Fig.6 Subcellular localization of 14-3-3-like C

        2.5 Nt14-3-3-like C基因抑制表達(dá)載體的構(gòu)建

        使用引物L(fēng)IC-1與LIC-2對構(gòu)建的pRNAi-LIC-14-3-3載體進(jìn)行菌液PCR驗(yàn)證,結(jié)果(圖7a)顯示,擴(kuò)增的條帶約 480bp,與預(yù)期大小一致。將 2號和3號菌液擴(kuò)大培養(yǎng)后提取質(zhì)粒,使用限制性內(nèi)切酶SalⅠ和BamHⅠ雙酶切,理論上酶切后有 3條帶,分別為:質(zhì)粒片段9.7kb、酶切片段1(622bp+480bp)和酶切片段2(1053bp+480bp),酶切結(jié)果與理論一致(圖7b),表明抑制表達(dá)載體構(gòu)建成功。

        圖7 Nt14-3-3-like C抑制表達(dá)載體的鑒定Fig.7 Identification of Nt14-3-3-like C expression vector

        2.6 組織培養(yǎng)和轉(zhuǎn)基因植株鑒定

        構(gòu)建成功的抑制表達(dá)載體轉(zhuǎn)入農(nóng)桿菌,利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)的葉盤轉(zhuǎn)化法進(jìn)行煙草組織培養(yǎng),最終獲得了具有卡那霉素抗性的T0代轉(zhuǎn)化陽性苗(圖8)。提取陽性煙苗葉片基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,以檢測外源插入DNA片段,電泳結(jié)果(圖9)表明,擴(kuò)增的目的片段大小為500bp,與引物設(shè)計(jì)擴(kuò)增序列的大小一致,初步表明Nt14-3-3-likeC抑制載體已成功轉(zhuǎn)入煙草植株中。qPCR從轉(zhuǎn)錄水平檢測陽性植株中Nt14-3-3-likeC基因表達(dá)水平的抑制程度。結(jié)果(圖10)表明,陽性植株中Nt14-3-3-likeC基因表達(dá)成功受到抑制。

        圖8 農(nóng)桿菌介導(dǎo)的遺傳轉(zhuǎn)化Fig.8 Agrobacterium-mediated genetic transformation

        圖9 轉(zhuǎn)基因植株P(guān)CR檢測結(jié)果Fig.9 Detection results of transgenic plants

        圖10 轉(zhuǎn)錄水平上基因表達(dá)抑制的檢測Fig.10 Detection of gene expression inhibition at transcription level

        2.7 轉(zhuǎn)基因煙草基因表達(dá)分析

        TMV侵染植物時會誘導(dǎo)病原防衛(wèi)途徑中的基因表達(dá),侵入植物體內(nèi)后,TMV會破壞植物的光合途徑,因此以野生型K326為對照(CK),通過qPCR分別檢測了CK和Nt14-3-3-likeC基因抑制煙草植株葉片中與病原防衛(wèi)和光合途徑相關(guān)的基因表達(dá)水平。結(jié)果(圖11)顯示,病原防衛(wèi)途徑中的NtN基因(煙草抗病標(biāo)志基因)與NtPR1-a基因(反映植物抗病能力)和光合途徑中的NtPsaA、NtPsbA、NtPetD、NtTIC32、NtGDR、NtOEEp基因表達(dá)量均極顯著下調(diào),表明Nt14-3-3-likeC基因抑制影響病原防衛(wèi)和光合途徑中的基因表達(dá)。

        3 討論

        植物在與病原物共同進(jìn)化的過程中逐漸形成了自身的免疫防御系統(tǒng),利用該系統(tǒng)進(jìn)行病菌的防治,不僅為抗病基因在結(jié)構(gòu)、功能和進(jìn)化等方面的基礎(chǔ)研究提供了重要理論基礎(chǔ),也為植物病害的防治提供了新思路,因此,植物病原互作越來越受到關(guān)注。植物―TMV病原互作是一種典型的植物―病原互作模式,其互作機(jī)制復(fù)雜,具體機(jī)制仍不清楚。本課題組前期在2個對TMV侵染具有不同耐受性的煙草品種中發(fā)現(xiàn),14-3-3蛋白家族中的14-3-3-like C、14-3-3 h1、14-3-3 h2等7個蛋白在不同耐受品種的表達(dá)量均發(fā)生變化[6],說明14-3-3蛋白在植物響應(yīng)TMV侵染的過程中起著重要作用。越來越多的證據(jù)表明,14-3-3蛋白在植物―病原互作中具有重要作用,但具體的機(jī)制并不清楚。本研究以Nt14-3-3-likeC為候選基因,克隆出Nt14-3-3-likeC基因并對其進(jìn)行初步的功能分析,為進(jìn)一步探究14-3-3-like C蛋白在TMV侵染中的功能奠定了基礎(chǔ)。

        序列比對和進(jìn)化樹分析表明,14-3-3-like C與14-3-3 c1和14-3-3 c2同源性最高,說明三者可能具有相似的功能。Malgorzata等[16]研究表明,14-3-3 c1與植物質(zhì)膜H+-ATP酶結(jié)合,參與細(xì)胞內(nèi)外物質(zhì)運(yùn)輸調(diào)控。14-3-3-like C蛋白亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示,14-3-3-like C蛋白位于細(xì)胞膜和細(xì)胞核,而生物信息學(xué)分析表明,14-3-3-like C蛋白不具有跨膜結(jié)構(gòu)域,說明14-3-3-like C蛋白不位于細(xì)胞膜上,而是可能與膜蛋白結(jié)合,在細(xì)胞物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)或信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等方面行使一定功能,另外,14-3-3-like C也定位于細(xì)胞核,暗示14-3-3還可能通過與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合,參與基因的表達(dá)調(diào)控。Viso等[17]研究表明,14-3-3蛋白和脫落酸調(diào)控相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子 ABl3共同結(jié)合于擬南芥后胚胎發(fā)生基因AfEm7和AfEm6的啟動子上,對其轉(zhuǎn)錄表達(dá)進(jìn)行調(diào)控,在結(jié)合Em基因啟動子的轉(zhuǎn)錄復(fù)合物中,14-3-3蛋白可能作為接頭蛋白發(fā)揮功能。另有研究[18]表明,TMV侵染會破壞光合系統(tǒng),也會激活植物的病原防衛(wèi)機(jī)制。因此,本研究通過qPCR對轉(zhuǎn)基因材料相關(guān)基因的表達(dá)進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)在Nt14-3-3-likeC基因抑制材料中,病原防衛(wèi)相關(guān)基因NtN、NtPR-1a和光合途徑相關(guān)基因NtPetD、NtPsbA、NtPsaA、NtTIC32、NtGDR、NtOEEp的表達(dá)水平都顯著下調(diào),說明Nt14-3-3-likeC基因可能通過抑制植物病原防衛(wèi)和光合途徑相關(guān)基因的表達(dá)參與對 TMV侵染的響應(yīng)。今后我們將通過對T1代植株接種TMV,展開后續(xù)研究,來進(jìn)一步明確14-3-3-like C蛋白在TMV侵染中的功能。本研究為14-3-3蛋白在TMV侵染過程中的生物學(xué)功能和植物―TMV病原互作機(jī)制奠定基礎(chǔ),對TMV的防治具有重要意義。

        4 結(jié)論

        從煙草K326中成功克隆出Nt14-3-3-likeC基因。生物信息學(xué)分析結(jié)果表明,14-3-3-like C是一個典型的14-3-3蛋白家族成員,與14-3-3 c1和14-3-3 c2同源關(guān)系最近。亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示,14-3-3-like C蛋白位于細(xì)胞膜和細(xì)胞核中,說明該蛋白可能在細(xì)胞膜和細(xì)胞核發(fā)揮一定的作用。通過qPCR對轉(zhuǎn)基因材料中相關(guān)基因的表達(dá)進(jìn)行了分析,結(jié)果表明,在Nt14-3-3-likeC基因抑制材料中,病原防衛(wèi)相關(guān)基因NtN、NtPR-1a和光合途徑相關(guān)基因NtPetD、NtPsbA、NtPsaA、NtTIC32、NtGDR、NtOEEp表達(dá)水平均極顯著下調(diào),說明該基因可能通過抑制植物的病原防衛(wèi)和光合途徑的相關(guān)基因表達(dá)參與對TMV侵染的響應(yīng)。

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