鄭凱峰，龐林榮，周欣，陳俊

放射治療是惡性腫瘤的治療手段之一，約50%的患者需要接受放療，尤其是盆腔惡性腫瘤患者。盆腔惡性腫瘤放療時(shí)或放療后，易出現(xiàn)放射性直腸炎[1]，它往往伴隨著腹瀉、便血及里急后重等癥狀，嚴(yán)重的可能導(dǎo)致直腸陰道瘺或直腸尿道瘺，需要結(jié)腸改道造瘺[2]。這會(huì)影響患者的生活質(zhì)量，增加患者經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)，而且限制了治療癌癥的放療劑量。如何處理放射性直腸炎成為盆腔放療的關(guān)鍵問(wèn)題。本研究通過(guò)文本挖掘發(fā)現(xiàn)放射性直腸炎及傷口愈合的共有基因，對(duì)這些基因進(jìn)行功能富集分析、構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、藥物-基因互作分析探討放射性直腸炎發(fā)生的分子機(jī)制及治療的靶向藥物，為后續(xù)預(yù)測(cè)和治療放射性直腸炎提供理論依據(jù)。報(bào)道如下。

1 資料與方法

1.1 文本挖掘 基于數(shù)據(jù)庫(kù) pubmed2ensembl 用于文本挖掘（http://pubmed2ensembl.ls.manchester.ac.uk/）[3]。Pubmed2ensembl 系統(tǒng)將PubMed 上的超過(guò)200 萬(wàn)篇文章鏈接到50 個(gè)物種，近15 萬(wàn)個(gè)基因。輸入搜索詞傷口愈合（WH）和放射性直腸炎（RP）進(jìn)行查詢，然后從每個(gè)結(jié)果中提取出所有的基因，將這些基因的交集進(jìn)行后續(xù)分析。

1.2 共有基因篩選 基因本體論（GO分析）反映了目前對(duì)基因的生物學(xué)過(guò)程（BP）、分子功能（MF）和細(xì)胞成分（CC）方面的了解[4]。京都基因和基因組百科全書（KEGG）[5]提供已知生物通路的數(shù)據(jù)資源。為了說(shuō)明基因的功能和所在信號(hào)通路，通過(guò)DAVID 程序進(jìn)行GO 和KEGG 通路富集分析。P ＜0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

1.3 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò) 將上述共有基因?qū)隨TRING[6]，分析這些基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)一步通過(guò)Cytoscape 軟件[7]計(jì)算出網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。

1.4 藥物-基因互作分析 利用DGIdb（http://www.dgidb.org） 探索藥物-基因的相互作用，尋找核心基因?qū)?yīng)的藥物[8]。這些靶向相關(guān)基因的候選藥物可能成為潛在的治療方法。

2 結(jié)果

2.1 文本挖掘結(jié)果 與傷口愈合相關(guān)的基因有1 217 個(gè)，與放射性直腸炎相關(guān)的基因有32 個(gè)，兩個(gè)列表的共有基因有25 個(gè)，包括IRF6、IL1B、NLRP5、ZBTB8OS、MVD、FAS、CALCR、CDH1、CDH3、LTF、PLAU、NODAL、MMP2、EDN1、APC、IL6、IL2、TNF、TF、RPS4X、MMP9、IL8、ALB、PNMA2及APEX1。

2.2 基因本體GO富集分析 共參與了777 個(gè)BP，14 個(gè)MF 和26 個(gè)CC，其中BP涉及細(xì)胞增殖調(diào)節(jié)、代謝過(guò)程的正調(diào)控及凋亡過(guò)程調(diào)控等；MF 包括受體綁定、細(xì)胞因子活性及細(xì)胞因子受體結(jié)合等；CC 包含細(xì)胞外區(qū)域部分、膜綁定囊泡及細(xì)胞外間隙等。見封三彩圖1。

2.3 KEGG 通路富集分析 共有基因涉及多達(dá)28 條信號(hào)通路，包括TNF 信號(hào)通路、腫瘤相關(guān)信號(hào)通路、細(xì)胞因子搜題相互作用及移植物抗宿主病信號(hào)通路等。見封三彩圖2。

2.4 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析 將共有基因?qū)隨TRING 網(wǎng)站構(gòu)建PPI 網(wǎng)絡(luò)，選擇interaction score≥0.4 的節(jié)點(diǎn)。將這些節(jié)點(diǎn)蛋白導(dǎo)入Cytoscape，獲得ALB、CDH1、IL1B、IL2、IL6、CXCL8、MMP2、MMP9、PLAU 及TNF 10 個(gè)核心基因，見封三彩圖3。

2.5 藥物-基因互作分析 通過(guò)DGIdb網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù)，搜索與核心基因相對(duì)應(yīng)的藥物共有36 種，這些藥物能作用于上述核心基因。見表1。

表1 藥物-基因互作表

3 討論

放射性直腸炎在盆腔放療中比較常見，嚴(yán)重影響患者的預(yù)后和放療效果；因此，探索放射性直腸炎的發(fā)生機(jī)制，實(shí)施合理有效的治療迫在眉睫。本研究通過(guò)文本挖掘，篩選出的25 個(gè)與傷口愈合和放射性直腸炎相關(guān)的基因。

KEGG富集分析發(fā)現(xiàn)這些基因介導(dǎo)了包括移植物抗宿主病信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路、NF- B通路等多個(gè)信號(hào)通路。研究表明，在一定量的放射線作用下，小鼠肺、乳腺等組織中TNF- 、TNF- 表達(dá)上調(diào)，TNF信號(hào)通路激活，導(dǎo)致放射性損傷的發(fā)生[9]。另有研究發(fā)現(xiàn)，中藥灌腸能通過(guò)調(diào)節(jié)NF- B 信號(hào)通路，減輕放射性直腸炎的癥狀[10]。這提示TNF 信號(hào)通路、NF- B 信號(hào)通路在放射性直腸炎中扮演了重要的角色。

本研究通過(guò)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)篩選出了10 個(gè)核心基因，其中IL1B 基因表達(dá)的白介素1（IL1 ），能誘發(fā)炎癥介質(zhì)和趨化因子的釋放，引發(fā)炎癥性疾病[11]。Symon 等[12]研究發(fā)現(xiàn)，IL1 在放射性直腸炎的小鼠直腸黏膜中表達(dá)顯著升高。白細(xì)胞介素6（IL6）能介導(dǎo)包括細(xì)胞凋亡、增殖、侵襲和轉(zhuǎn)移等生物過(guò)程，在免疫反應(yīng)、炎癥反應(yīng)中起重要作用[13]。有研究表明，放射治療增加腫瘤細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞中IL6 的表達(dá)，導(dǎo)致炎癥的發(fā)生[14-15]。因此，抑制IL1 、IL6 也許能夠預(yù)防和治療放射性直腸炎。

本研究檢索DGIdb 數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)36種作用于這些基因的藥物，經(jīng)過(guò)篩選，將目標(biāo)鎖定在靶向IL1 的卡那奴單抗和IL6 的司妥昔單抗?？桥珕慰故前邢騃L1 的全人單克隆抗體，F(xiàn)DA 批準(zhǔn)其用于風(fēng)濕性疾病[16]。司妥昔單抗是嵌合人鼠白介素6 單克隆抗體，F(xiàn)DA 批準(zhǔn)其治療多中心型巨大淋巴結(jié)增生癥。目前尚無(wú)研究證實(shí)這兩種藥物在放射性直腸炎中的應(yīng)用效果，但本研究結(jié)果能提供一定的理論依據(jù)。

本文的不足之處在于，缺乏實(shí)驗(yàn)和臨床研究的支持。下一步擬通過(guò)實(shí)驗(yàn)探究IL1 和IL6 在放射性直腸炎中的作用機(jī)制，驗(yàn)證卡那奴單抗和司妥昔單抗在放射性直腸炎的預(yù)防和治療效果。