屠云潔，唐燕飛，蔣華蓮，劉一帆，單艷菊，姬改革，巨曉軍，章 明，鄒劍敏，束婧婷*

（1.江蘇省家禽科學(xué)研究所，江蘇省家禽遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，江蘇揚(yáng)州 225125；2.廣西富鳳農(nóng)牧集團(tuán)有限公司，廣西南寧 530024）

廣西麻雞在馬山縣稱為里當(dāng)雞，在靈山縣稱為靈山香雞，屬兼用型地方品種。里當(dāng)雞是馬山縣東部石山區(qū)8 個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)的優(yōu)質(zhì)特產(chǎn)，其體型適中、皮黃、肉質(zhì)細(xì)嫩、口感香甜，是上等的肉質(zhì)補(bǔ)品。靈山香雞具有悠久的養(yǎng)殖歷史，其祖先為野生紅原雞，又稱北部灣原雞，是中國原始雞種3 個(gè)亞種之一；經(jīng)過多年選育，靈山香雞已成為廣西優(yōu)良的地方優(yōu)質(zhì)肉雞品種，其體軀矮小緊湊、肉嫩滑、雞味香濃、肌內(nèi)脂肪含量高[1-2]。里當(dāng)雞與靈山香雞分別于2004 年和2007 年通過廣西自治區(qū)畜禽品種審定委員會(huì)審定，均被認(rèn)定為廣西地方雞品種；2009年7 月又通過國家畜禽遺傳資源審定委員會(huì)現(xiàn)場測定，并建議2 個(gè)雞種合并，命名為“廣西麻雞”。2010 年1 月，廣西麻雞正式通過國家畜禽遺傳資源委員會(huì)認(rèn)定[3-5]。

作為深受消費(fèi)者喜愛的地方品種，里當(dāng)雞和靈山香雞具有耐粗飼、善飛翔、覓食能力強(qiáng)、肉質(zhì)細(xì)嫩、氣味香濃等特點(diǎn)，但都存在體型較小、生長較慢、產(chǎn)蛋較少、飼料轉(zhuǎn)化率偏低等缺點(diǎn)，制約其產(chǎn)業(yè)化發(fā)展，因此需要開展本品種選育，并導(dǎo)入生產(chǎn)性能更高的品種，以培育出生產(chǎn)性能更高、品質(zhì)更優(yōu)的優(yōu)質(zhì)肉雞配套系，更好地促進(jìn)廣西麻雞的開發(fā)利用。

近年來，廣西富鳳農(nóng)牧集團(tuán)有限公司聯(lián)合江蘇省家禽科學(xué)研究所對廣西麻雞2 個(gè)群體（即里當(dāng)雞和靈山香雞）進(jìn)行了系列選育，以提高其生長速度、繁殖性能等。經(jīng)過幾個(gè)世代的選育，廣西麻雞2 個(gè)群體生產(chǎn)性能明顯提高。為了研究里當(dāng)雞和靈山香雞之間的親緣關(guān)系，更好地培育富鳳麻雞配套系，本實(shí)驗(yàn)利用芯片（55K）技術(shù)開展2 個(gè)群體的親緣關(guān)系分析，為培育市場需求的優(yōu)質(zhì)麻雞配套系提供參考和幫助。

1 材料與方法

1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物 里當(dāng)雞（MA）：來源于廣西馬山縣，廣西富鳳農(nóng)牧集團(tuán)有限公司2003 年從廣西馬山縣里當(dāng)鄉(xiāng)收集里當(dāng)雞9 600 枚種蛋，出雛7 072 只雞苗，經(jīng)過近十年閉鎖繁育，2012 年開始組建家系選育，上籠母雞測定數(shù)1 300 只以上，每個(gè)世代組建家系數(shù)60 個(gè)以上，重點(diǎn)選育繁殖性能、群體均勻度、性成熟。

靈山香雞（MB）：來源于廣西靈山縣，廣西富鳳農(nóng)牧集團(tuán)有限公司2002 年從廣西靈山縣興牧公司購進(jìn)了1 日齡靈山香雞雛雞10 000 只，經(jīng)過十年閉鎖選育，2012 年建成了廣西區(qū)級廣西麻雞保種場。2012 年開始組建家系選育，上籠母雞測定數(shù)1 300 只以上，每個(gè)世代組建家系數(shù)60 個(gè)以上，重點(diǎn)選擇早期增重、均勻度、早熟性、胸腿肌發(fā)育，同時(shí)兼顧羽毛生長速度。

1.2 樣品采集和SNP 基因分型 從MA 和MB 群體中分別隨機(jī)抽取25 只雞（公雞13 只，母雞12 只），翅靜脈采血1 mL，ACD 抗凝，-20℃保存，備用。利用DNA 提取試劑盒（天根生化科技（北京）有限公司）提取DNA。利用京芯一號芯片（55 K，北京康普森生物技術(shù)有限公司）對MA 和MB 群體進(jìn)行遺傳分析，獲得基因分型數(shù)據(jù)。對基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控（Plink（V1.90）軟件），保留分型最好的位點(diǎn)進(jìn)行后續(xù)遺傳分析。本實(shí)驗(yàn)基因型數(shù)據(jù)質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)如下：只使用常染色體上的位點(diǎn)；檢出率大于90%；最小等位基因頻率大于0.05。

1.3 主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）分析群體遺傳結(jié)構(gòu) 利用PCA Plink（V1.90）PCA 分析MA 和MB 2 個(gè)群體的遺傳結(jié)構(gòu)[6]。

1.4 基于G 矩陣（二維樹狀數(shù)組）分析基因組親緣關(guān)系G 矩陣是使用全基因組標(biāo)記構(gòu)建的基因組關(guān)系矩陣[7]。利用Gmatrix（V2）+R 軟件，通過G 矩陣分析2 個(gè)群體的親緣關(guān)系。

1.5 基于狀態(tài)同源（Idengtical by state,IBS）的距離矩陣分析 使用Plink（V1.90）+R 軟件，通過IBS 的距離矩陣分析廣西麻雞2 個(gè)群體個(gè)體間的親緣關(guān)系。

1.6 聚類分析 實(shí)驗(yàn)基于SNP 基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，使用Mega X（V10.0）+R 軟件，通過鄰接法（Neighbor-Joining,NJ），基于IBS 遺傳距離分析結(jié)果對樣本進(jìn)行聚類[8]。

1.7 近交系數(shù)分析 利用Plink（V1.90）計(jì)算個(gè)體中基于長純合片段（Runs Of Homozygosity，ROH）的總長度占常染色體基因組總長的比例，得到基于ROH 的近交系數(shù)。

2 結(jié)果與分析

2.1 PCA 分析 通過PCA 結(jié)果可以初步了解群體的遺傳結(jié)構(gòu)。通常2 個(gè)群體的個(gè)體空間直線距離越近，遺傳關(guān)系越近；個(gè)體空間直線距離越遠(yuǎn)，遺傳關(guān)系就越遠(yuǎn)。從圖1 可以看出，來自MA 和MB 的個(gè)體隨機(jī)聚在一起，沒有出現(xiàn)明顯分別聚類的現(xiàn)象，說明這2 個(gè)群體的遺傳背景相似。

圖1 MA 和MB 的PCA 結(jié)果

2.2 親緣關(guān)系分析 由圖2 和圖3 可知，MA 與MB 群體中大多數(shù)樣本親緣關(guān)系較遠(yuǎn)，只有少數(shù)個(gè)體親緣關(guān)系較近。

圖2 G 矩陣分析結(jié)果

圖3 IBS 矩陣分析結(jié)果

2.3 聚類分析 由圖4、圖5 可知，MA 和MB 的公雞群體分別被聚為一大類，MA 和MB 公母混合的群體也分別被聚為一類，說明MA 和MB 群體間親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

圖4 MA 和MB 公雞NJ 聚類分析結(jié)果

圖5 MA 和MB 群體50 個(gè)個(gè)體NJ 聚類分析結(jié)果

2.4 基于ROH 的近交系數(shù)分析 實(shí)驗(yàn)通過對MA 和MB 個(gè)體的ROH 長度與數(shù)量進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，計(jì)算出群體平均基于ROH 的近交系數(shù)。廣西麻雞群體平均近交系數(shù)為0.022 5，MA 和MB 群體近交系數(shù)分別為0.018 9 和0.026 2，說明廣西麻雞個(gè)體間近交程度低。

3 討 論

本研究基于芯片基因型數(shù)據(jù)，通過PCA、G 矩陣、NJ 聚類和近交系數(shù)對廣西麻雞2 個(gè)群體親緣關(guān)系進(jìn)行了遺傳分析。通過PCA 分析發(fā)現(xiàn)，2 個(gè)群體來自于共同的祖先，遺傳背景相似。相對于根據(jù)系譜信息進(jìn)行的親緣關(guān)系分析結(jié)果來看，在標(biāo)記密度合適的情況下，G矩陣[5]能更真實(shí)的反應(yīng)個(gè)體間的親緣關(guān)系。本研究基于55K 芯片開展的G 矩陣分析結(jié)果表明，這2 個(gè)群體親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

NJ 聚類分析表明，MA 和MB 個(gè)體分別聚為一類。里當(dāng)雞和靈山香雞是經(jīng)過人們長期選育而成的2 個(gè)不同的雞群，分別來自于廣西馬山縣里當(dāng)鄉(xiāng)和廣西靈山縣，兩地相距超過200 km，均山高坡陡，交通不便。由于靈山香雞和里當(dāng)雞生長速度不同，經(jīng)過富鳳公司多年的閉鎖繁育，靈山香雞的生長速度較快，經(jīng)過多年選育，群體出現(xiàn)遺傳分化，聚類分析表明，MA 和MB 分別聚為一大類，說明2 個(gè)群體經(jīng)過多年的閉鎖繁育，親緣關(guān)系相對較遠(yuǎn)，在利用這2 個(gè)群體進(jìn)行雜交配套利用時(shí)能夠產(chǎn)生較好的雜種優(yōu)勢，為培育市場需求的優(yōu)質(zhì)麻雞配套系提供參考和幫助。

已有研究表明，ROH 的長度和頻率可以反映個(gè)體近交情況，推測群體近交歷史[9-10]。ROH 的總長越長或數(shù)量越多，說明該個(gè)體的近交系數(shù)就越高，長的ROH片段越多，家系內(nèi)近交的可能性越高[11]?；赗OH 計(jì)算的基因組近交系數(shù)比其他多種方法計(jì)算的近交系數(shù)更能反映群體真實(shí)的近交水平[12]。MA 和MB 群體近交系數(shù)都很低，說明廣西麻雞2 個(gè)群體個(gè)體間避免近親交配，近交程度較低，個(gè)體間親緣關(guān)系相對較遠(yuǎn)。

4 結(jié) 論

本研究基于55K 芯片基因型數(shù)據(jù)，PCA 分析表明廣西麻雞2 個(gè)群體的個(gè)體隨機(jī)聚在一起，沒有出現(xiàn)明顯分別聚類的現(xiàn)象；G 矩陣和NJ 分析結(jié)果均表明2 個(gè)群體間親緣關(guān)系相對較遠(yuǎn)，近交系數(shù)較低。