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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測柴胡、石菖蒲配伍治療抑郁癥的有效成分及作用機(jī)制

        2021-06-18 04:23:38何偉偉王豆李濤周瑞閆詠梅
        山東醫(yī)藥 2021年17期
        關(guān)鍵詞:信號

        何偉偉,王豆,李濤,周瑞,閆詠梅

        1陜西中醫(yī)藥大學(xué),陜西咸陽 712046;2陜西中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院;3陜西省中藥資源產(chǎn)業(yè)化省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心秦藥特色資源研究開發(fā)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(培育)陜西省創(chuàng)新藥物研究中心

        抑郁癥以顯著而持續(xù)的心境低落為主要特征,臨床表現(xiàn)包括情緒焦慮、睡眠障礙、運(yùn)動(dòng)及精神遲緩、自責(zé)自罪及有自殺念頭等。WHO統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示,全球抑郁癥和惡劣心境患者發(fā)病率為12.8%,抑郁癥已成為全球性的重大醫(yī)療疾患[1]。目前對于抑郁癥的治療以化學(xué)藥物為主,但其治療效果存在一定局限性,如起效慢、容易反復(fù)發(fā)作等,還有一些患者存在對抗抑郁化學(xué)藥物無反應(yīng)的情況。中醫(yī)學(xué)將抑郁癥歸于郁病范疇,對于郁病的治療早在《黃帝內(nèi)經(jīng)》中已有論述。近年來,中醫(yī)藥在治療抑郁癥方面顯示出了獨(dú)特的優(yōu)勢。其中柴胡能疏肝解郁、和解表里、升舉陽氣,具有解熱、鎮(zhèn)痛、抗抑郁、抗炎、抗腫瘤等作用[2];石菖蒲主風(fēng)寒濕痹、咳逆上氣、開心孔、補(bǔ)五臟、通九竅、明耳目、出音聲,具有抗抑郁、抗癲癇、抗癡呆、改善學(xué)習(xí)記憶、抗驚厥等作用[3]。柴胡、石菖蒲配伍(柴胡—石菖蒲)在抑郁癥的治療與研究中應(yīng)用廣泛,但目前研究多集中于對柴胡、石菖蒲單體作用成分的分析,而對其聯(lián)合后多成分、多靶點(diǎn)作用機(jī)制研究較少。2020年5月17日—10月21日,本研究運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討柴胡—石菖蒲治療抑郁癥的有效成分及潛在作用機(jī)制,以期為中醫(yī)藥治療抑郁癥研究提供一定的參考依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 柴胡—石菖蒲活性成分及作用靶點(diǎn)篩選 通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(TC‐MSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)檢索柴胡、石菖蒲的有效化學(xué)成分,以口服利用度(OB)≥30%、化合物類藥性(DL)≥0.18為條件篩選柴胡—石菖蒲活性成分;從平臺收集其相關(guān)作用靶點(diǎn),并通過Uni‐prot蛋白數(shù)據(jù)庫(http://www.uniprot.org)進(jìn)行蛋白名標(biāo)準(zhǔn)化。采用Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建柴胡—石菖蒲活性成分—作用靶點(diǎn)可視化網(wǎng)絡(luò)圖,使用Net‐work analyzer工具對柴胡—石菖蒲主要活性成分進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)特征分析。網(wǎng)絡(luò)圖中圓形節(jié)點(diǎn)表示活性成分,菱形節(jié)點(diǎn)表示靶點(diǎn),邊表示成分和靶點(diǎn)間的相互關(guān)聯(lián);Degree表示活性成分與靶點(diǎn)的相互關(guān)聯(lián)的數(shù)目,圓形節(jié)點(diǎn)面積越大表示Degree值越大,Degree值越大代表該活性成分生物功能越多,重要性越強(qiáng)。

        1.2 抑郁癥靶點(diǎn)收集和篩選 利用GeneCards數(shù)據(jù)庫(http://www.genecards.org)、OMIM數(shù)據(jù) 庫(http://www.omim.org)收集治療抑郁癥的潛在靶點(diǎn)。靶點(diǎn)Score值越高代表該靶點(diǎn)與疾病聯(lián)系越密切,設(shè)定Score大于中位數(shù)的靶點(diǎn)為在抑郁癥中發(fā)揮相對重要作用的靶點(diǎn)。合并2個(gè)數(shù)據(jù)庫靶點(diǎn),刪去重復(fù)靶點(diǎn)并在Uniprot蛋白數(shù)據(jù)庫進(jìn)行蛋白名標(biāo)準(zhǔn)化,得到抑郁癥靶點(diǎn)。

        1.3 柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核心靶點(diǎn)分析 通過Venny 2.1.0在線繪圖軟件將柴胡—石菖蒲成分作用靶點(diǎn)與抑郁癥靶點(diǎn)取交集并制作韋恩圖,再將兩者交集靶點(diǎn)上傳到STRING 11.0數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org),生物種類設(shè)定為Homo sapiens,最小相互作用閾值設(shè)為highest confidence(>0.9),獲取蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)。將所得信息導(dǎo)入Cyto‐scape 3.7.2軟件,利用內(nèi)置工具Network analyzer進(jìn)行分析,根據(jù)Degree>10篩選核心靶點(diǎn)并繪制柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核心靶點(diǎn)的可視化PPI網(wǎng)絡(luò)。PPI網(wǎng)絡(luò)中的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)代表靶點(diǎn),邊代表蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系,節(jié)點(diǎn)面積越大、顏色越紅代表該靶點(diǎn)生物學(xué)重要性越強(qiáng)。

        1.4 核心靶點(diǎn)的GO生物過程和KEGG通路富集分析 將獲取的柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核心靶點(diǎn)上傳至生物學(xué)信息注釋數(shù)據(jù)庫DAVID(https://david.ncifcrf.gov)平臺,物種設(shè)定為人,Select Identifier設(shè)定為OFFICIAL GENE SYMBOL,List Type設(shè)定為Gene List,對柴胡—石菖蒲抗抑郁靶點(diǎn)進(jìn)行GO生物過程和KEGG通路富集分析,取P<0.01且Count≥15的結(jié)果對柴胡—石菖蒲治療抑郁癥的作用機(jī)制進(jìn)行預(yù)測。

        1.5 柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核心成分分析 根據(jù)P<0.01篩選KEGG通路富集分析中排名最前的20條通路,采用Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建柴胡—石菖蒲活性成分—抑郁癥靶點(diǎn)—信號通路可視化網(wǎng)絡(luò)圖,通過Cytoscape 3.7.2內(nèi)置工具Network analyzer分析活性成分及靶點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋮?shù),進(jìn)一步明確柴胡—石菖蒲治療抑郁癥的核心成分。網(wǎng)絡(luò)圖中圓形節(jié)點(diǎn)表示藥物活性成分,菱形節(jié)點(diǎn)表示潛在核心靶點(diǎn),倒三角形節(jié)點(diǎn)表示作用通路,邊表示藥物活性成分與潛在靶點(diǎn)以及潛在靶點(diǎn)與作用通路間的相互作用關(guān)系,節(jié)點(diǎn)面積越大表示該節(jié)點(diǎn)生物學(xué)重要性越強(qiáng)。

        2 結(jié)果

        2.1 柴胡—石菖蒲活性成分及作用靶點(diǎn)篩選結(jié)果 TCMSP中共收集柴胡活性成分349種、石菖蒲活性成分105種,符合OB≥30%且DL≥0.18的柴胡活性成分12種、石菖蒲活性成分4種。共收集275個(gè)柴胡成分作用靶點(diǎn)、68個(gè)石菖蒲成分作用靶點(diǎn),刪除柴胡、石菖蒲中重復(fù)的成分靶點(diǎn)后,再將兩種藥物成分靶點(diǎn)取交集,得到172個(gè)作用靶點(diǎn)。柴胡—石菖蒲中的主要活性成分為槲皮素、異鼠李素、山奈酚、豆甾醇、8-異戊烯基山奈酚等,見表1。柴胡—石菖蒲中發(fā)揮相對重要作用的靶點(diǎn)為原癌基因JUN、腫瘤壞死因子(TNF)、絲裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶1(AKT1)、腫瘤蛋白p53(TP-53)等,見OSID碼圖1。

        2.2 抑郁癥靶點(diǎn)篩選結(jié)果 通過GeneCards數(shù)據(jù)庫收集抑郁癥相關(guān)靶點(diǎn)11 479個(gè),經(jīng)Score大于中位數(shù)篩選后獲得靶點(diǎn)1 946個(gè),合并OMIM數(shù)據(jù)庫中抑郁癥相關(guān)靶點(diǎn)并去重復(fù)后,共獲得抑郁癥靶點(diǎn)1 960個(gè)。

        2.3 柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核心靶點(diǎn)分析結(jié)果 將172個(gè)藥物成分靶點(diǎn)與1 960個(gè)抑郁癥相關(guān)靶點(diǎn)合并、取交集,得到98個(gè)柴胡—石菖蒲治療抑郁癥靶點(diǎn)。進(jìn)一步篩選出柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核 心 靶 點(diǎn)21個(gè),包 括AKT1、JUN、TNF、TP-53、MAPK1、白細(xì)胞介素6(IL-6)、MAPK8、表皮生長因子 受 體(EGFR)、MAPK14、c-fos原 癌 基 因 蛋 白(FOS)、血管內(nèi)皮生長因子A(VEGFA)、趨化因子8(CXCL8)、雌激素受體1(ESR1)、白細(xì)胞介素1B(IL-1B)、視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤蛋白1(RB1)、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)與轉(zhuǎn)錄激活因子1(STAT1)、半胱天冬酶8(CASP8)、IL-2、表皮生長因子(EGF)、CCL2、蛋白激酶Cβ(PRKCB)。見OSID碼圖2。

        表1 柴胡—石菖蒲的主要活性成分

        2.3 核心靶點(diǎn)的GO生物過程和KEGG通路富集分析結(jié)果 GO生物過程分析共得到生物過程470條,其中P<0.01且Count≥15的生物過程共12條,分別為RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、對藥物的應(yīng)答、DNA模板轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、凋亡過程、凋亡過程的負(fù)調(diào)控、細(xì)胞增殖的負(fù)調(diào)控、細(xì)胞增殖的正調(diào)控、炎癥應(yīng)答、衰老、血管再生、氧化還原過程。KEGG信號通路分析共獲得信號通路123條,其中P<0.01且Count≥15的信號通路共16條,包括腫瘤途徑、乙型肝炎、TNF信號通路、恰加斯病、弓形體病、甲型流感、肺結(jié)核、缺氧誘導(dǎo)因子1信號通路、Toll樣受體信號通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)信號通路、MAPK信號通路、癌癥蛋白多糖、丙型肝炎、黏著斑、人類T淋巴細(xì)胞白血病病毒Ⅰ型感染、癌癥微小RNAs。

        2.4 柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核心成分分析結(jié)果 柴胡—石菖蒲活性成分—抑郁癥靶點(diǎn)—信號通路網(wǎng)絡(luò)中共包括133個(gè)節(jié)點(diǎn)、528條邊,見OSID碼圖3。柴胡—石菖蒲治療抑郁癥的核心成分Degree值從高到低依次為槲皮素、8-異戊烯基山奈酚、山奈酚、豆甾醇、異鼠李素。見表2。

        表2 柴胡—石菖蒲治療抑郁癥核心成分網(wǎng)絡(luò)參數(shù)分析結(jié)果

        3 討論

        柴胡具有疏肝解郁之功,是治療郁病的要藥,在四逆散、逍遙散、柴胡疏肝散等許多理氣劑中均有重要作用。石菖蒲豁痰開竅、醒神益智,對中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病具有治療作用[4]。柴胡—石菖蒲在臨床治療抑郁癥中應(yīng)用廣泛。研究發(fā)現(xiàn),將柴胡皂苷與石菖蒲提取液聯(lián)合運(yùn)用,可顯著增強(qiáng)石菖蒲水提液和醇沉液治療抑郁癥的效果[5]。本研究通過分析柴胡—石菖蒲的活性成分及作用靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn),兩種藥物共有16種活性成分,172個(gè)作用靶點(diǎn),槲皮素、8-異戊烯基山奈酚、山奈酚、豆甾醇、異鼠李素為柴胡—石菖蒲治療抑郁癥的核心成分,其中山奈酚為柴胡—石菖蒲所共有的活性成分。研究顯示,槲皮素可改善促腎上腺皮質(zhì)激素釋放因子(CRF)誘導(dǎo)的大鼠焦慮、抑郁樣行為[6]。炎癥反應(yīng)與抑郁癥的發(fā)生密切相關(guān),當(dāng)核轉(zhuǎn)錄因子κB(NF-κB)通路過度激活時(shí),可引起炎癥反應(yīng)并進(jìn)一步影響情緒中樞,可能會(huì)導(dǎo)致抑郁樣行為[7]。而8-異戊烯基山奈酚作為NF-κB通路的抑制劑,對由NF-κB調(diào)節(jié)的典型炎癥基因表達(dá)具有負(fù)向調(diào)控作用[8]。研究發(fā)現(xiàn),山奈酚能改善抑郁模型大鼠海馬的損傷,并能減少海馬神經(jīng)元凋亡[9]。另有研究顯示,在抑郁癥的發(fā)病機(jī)制中,細(xì)胞外信號調(diào)節(jié)蛋白激酶(ERK)和環(huán)磷腺苷反應(yīng)元件結(jié)合蛋白(CREB)發(fā)揮重要作用[10];而豆甾醇能顯著提高海馬ERK和CREB的表達(dá)水平,從而改善抑郁癥狀[11]。研究表明,異鼠李素可以降低前額葉皮質(zhì)、海馬膽堿酯酶及腦源性神經(jīng)營養(yǎng)因子的活性,增強(qiáng)膽堿信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和突觸可塑性,通過改善神經(jīng)功能、增強(qiáng)認(rèn)知和記憶從而預(yù)防和治療神經(jīng)退行性疾?。?2]。

        柴胡—石菖蒲治療抑郁癥靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)顯示,JUN、AKT1、TNF、TP53、MAPK1、IL-6等核心靶點(diǎn)在柴胡—石菖蒲對于抑郁癥的治療中具有相對重要的作用。相關(guān)文獻(xiàn)顯示,AKT1、MAPK1靶點(diǎn)可能是抗抑郁治療的關(guān)鍵靶點(diǎn)[13-15]。研究發(fā)現(xiàn),JUN與抑郁癥關(guān)系密切,其可能是抗抑郁藥物發(fā)揮作用的傳導(dǎo)物質(zhì);此外,還發(fā)現(xiàn)其與抑郁癥主要發(fā)病機(jī)制之一的神經(jīng)再生有關(guān)[16]。遺傳學(xué)研究發(fā)現(xiàn),IL-6基因是抑郁障礙的重要易感基因,單相與雙相抑郁發(fā)作患者的血清IL-6水平顯著升高,并與其病情的嚴(yán)重程度一致[17-18]。

        GO生物學(xué)過程富集分析顯示,柴胡—石菖蒲治療抑郁癥主要涉及RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、DNA模板轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、凋亡過程等生物學(xué)過程。KEGG信號通路富集分析顯示,PI3K-AKT、MAPK、Toll樣受體信號通路等信號通路可能為柴胡—石菖蒲治療抑郁癥的關(guān)鍵通路。PI3K-AKT信號通路在抑郁癥的發(fā)病過程中具有重要作用,突觸可塑性是抑郁癥發(fā)病機(jī)制之一,PI3KAKT信號通路可通過影響突觸可塑性緩解抑郁癥狀[19]。此外,抑郁患者海馬損傷與海馬神經(jīng)細(xì)胞凋亡增加有關(guān),而PI3K-AKT可通過抑制NF-κB信號通路抑制細(xì)胞凋亡,從而起到抗抑郁作用[20]。研究顯示,MAPK信號通路可通過調(diào)控細(xì)胞增殖、分化及凋亡影響抑郁癥的發(fā)生并參與抗抑郁藥物的治療機(jī)制[21]。目前已經(jīng)證明的MAPK信號通路共有5條,其中與抑郁癥關(guān)系最為密切的是ERK1/2信號通路,該信號通路為抗抑郁藥物首要作用目標(biāo),也是參與細(xì)胞可塑性的重要途徑[22]。神經(jīng)發(fā)生是抑郁癥發(fā)病機(jī)制之一。研究表明,通過調(diào)控細(xì)胞增殖、分化以及凋亡,Toll樣受體信號通路可影響神經(jīng)發(fā)生、軸突生長和結(jié)構(gòu)重塑,從而起到抗抑郁作用[23]。

        綜上所述,本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對柴胡—石菖蒲治療抑郁癥的作用機(jī)制進(jìn)行了初步探索,其中涉及了多種成分、靶點(diǎn)、生物過程及信號通路。柴胡—石菖蒲的活性成分可通過JUN、AKT1、TNF等核心靶點(diǎn)作用于RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)過程及PI3K-AKT、MAPK等信號通路,協(xié)同發(fā)揮治療抑郁癥的作用。

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