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        鐵狀態(tài)和前列腺癌因果關(guān)系的孟德爾隨機(jī)化研究*

        2021-05-25 02:51:46侯晨陽王慧豐蒙珊珊梁婷婷魏銀峰黎有成林耀旺胡艷玲
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫血清因素

        謝 興,宋 瓊,侯晨陽,王慧豐,蒙珊珊,梁婷婷,魏銀峰,黎有成,林耀旺,胡艷玲、5△

        (廣西醫(yī)科大學(xué) 1.生命科學(xué)研究院;2.轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中心;3.信息與管理學(xué)院;4.基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院;5.基因組與個性化醫(yī)學(xué)研究中心;7.長壽與老年相關(guān)疾病教育部重點(diǎn)實驗室,南寧 530021;6.廣西貴港市人民醫(yī)院臨床檢驗科,貴港 537138)

        前列腺癌(prostate cancer,PCa)是世界范圍內(nèi)老年男性最常見的上皮性惡性腫瘤之一,也是男性癌癥死亡的第五大原因[1]。在美國每年大約有3 萬男性死于PCa[2],我國隨著老年人口的增加,近年來PCa的發(fā)病率也呈上升趨勢[3]。因此,確定PCa的危險因素是目前PCa的防治的一個主要任務(wù)。鐵是與人類健康密切相關(guān)的微量元素之一,在神經(jīng)遞質(zhì)的復(fù)制、代謝和產(chǎn)生中起著至關(guān)重要的作用[4-5]。在PCa 中,鐵是調(diào)節(jié)雄激素受體轉(zhuǎn)錄功能的重要輔助因子[6-7]。此外,鐵還是控制人類PCa 細(xì)胞生物能量和細(xì)胞增殖的酶的組成部分[8]。幾項早期研究表明,體內(nèi)鐵含量的增加會提高癌癥的患病風(fēng)險[9-10]。然而,在一項基于人群的前瞻性研究中,鐵狀況與PCa 沒有顯著的相關(guān)性[11]。因此,鐵和PCa 的關(guān)系目前一直存在著爭議。

        孟德爾隨機(jī)化法(Mendelian randomization,MR)使用基因變異作為工具變量來評估一個潛在因素是否對疾病結(jié)果有因果影響[12]。與傳統(tǒng)的流行病學(xué)研究相比,本研究選擇單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(nucleotide polymorphisms,SNP)作為工具變量可以避免暴露因素與結(jié)局的關(guān)系受到環(huán)境因素等混淆因素的影響,此外,SNP 作為工具變量是隨著配子隨機(jī)分配到個體,符合類似于隨機(jī)對照試驗的要求,同時是先于疾病的發(fā)生,具有時序性,可避免反向因果關(guān)系帶來的影響。但是,一個有效的工具變量需要符合三個重要的假設(shè)[13]:基本的假設(shè)是工具變量應(yīng)該與暴露因素密切相關(guān)。第二個假設(shè)是工具變量與混雜因素之間不存在聯(lián)系。第三,工具變量應(yīng)僅通過暴露因素而不通過任何其他途徑影響結(jié)果。當(dāng)工具變量滿足這些假設(shè)時,孟德爾隨機(jī)化法將提供一個有效的估計。因此,本研究旨在通過孟德爾隨機(jī)化法探究PCa 與鐵的因果關(guān)系,為PCa預(yù)防和治療提供科學(xué)依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 數(shù)據(jù)來源 本研究獲得與鐵狀態(tài)密切相關(guān)的SNPs數(shù)據(jù)來源于一項全基因組關(guān)聯(lián)分析的meta分析,該數(shù)據(jù)庫基于the Genetics of Iron Status數(shù)據(jù)庫,是目前關(guān)于血清鐵、鐵蛋白、轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度和轉(zhuǎn)鐵蛋白最大的數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫包含了48 972個具有歐洲血統(tǒng)的研究個體,發(fā)現(xiàn)11個與鐵狀態(tài)密切相關(guān)的SNP位點(diǎn)[14]。

        PCa 匯總數(shù)據(jù)來自the Prostate Cancer Association Group to Investigate Cancer-Associated Alterations in the Genome (PRACTICAL) consortium 數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫匯總了來自108 個GWAS 研究的140 254個樣本,其中PCa病例人數(shù)為79 148個,對照人數(shù)為61 106 個,包括超過570 000 個SNP[15-16]。該數(shù)據(jù)庫還從以前的研究中刪除重疊的樣本,并進(jìn)行了嚴(yán)格的質(zhì)量控制。數(shù)據(jù)下載鏈接為:http://practical.icr.ac.uk/blog/?page_id=8164。

        體重指數(shù)(Ibm)和吸煙的SNPs 數(shù)據(jù)是來自Genetic Investigation of Anthropometric Traits (GIANT)consortium 和the UK BioBank,包含了694 649 名歐洲血統(tǒng)個體[17]。其他混淆因素如:低密度脂蛋白、高密度脂蛋白和甘油三酯的數(shù)據(jù)來自于全基因組關(guān)聯(lián)分析。

        1.2 工具變量的選擇 為了更好的探究鐵狀態(tài)和PCa 的因果關(guān)系,我們選擇與的SNP 需滿足的標(biāo)準(zhǔn)為:(1)SNP與鐵狀態(tài)之間高度關(guān)聯(lián),具有全基因組學(xué)的研究意義,即P<5×10-8。(2)SNP 之間相互獨(dú)立,避免兩者之間由連鎖不平衡(linkage disequilibrium,LD)產(chǎn)生的偏移,當(dāng)LD的R2>0.01時,將其中一個剔除[18]。SNP之間的連鎖不平衡通過在線數(shù)據(jù)庫LDlink(https://ldlink.nci.nih.gov/)計算。本研究包括了四種鐵的生物標(biāo)志物:鐵蛋白、血清鐵、轉(zhuǎn)鐵蛋白和轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度。因為體內(nèi)鐵濃度與鐵蛋白、血清鐵和轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和升高以及轉(zhuǎn)鐵蛋白降低有關(guān)。因此,把與血清鐵、鐵蛋白濃度、轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度增加和轉(zhuǎn)鐵蛋白濃度降低整體有關(guān)的SNP 作為傳統(tǒng)組[19],11個SNPs中有3個SNP滿足傳統(tǒng)組的條件。同時,本研究選擇與四種鐵的生物標(biāo)志物強(qiáng)相關(guān)的SNP作為自由組。

        1.3 工具變量的評估 為了確保工具變量與暴露因素之間是強(qiáng)相關(guān)性,通常用每個SNP 的F值來判斷相關(guān)性強(qiáng)度,避免弱工具變量產(chǎn)生的偏倚[20],當(dāng)F值大于10 時,一般認(rèn)為不存在弱工具變量的偏倚,使用在線工具計算了每個SNP對PCa的MR分析的統(tǒng)計效力[21](http://cnsgenomics.com/shiny/mRnd/)。在孟德爾隨機(jī)化中,要確保工具變量與混雜因素相互獨(dú)立,不能通過混雜因素間接的與結(jié)局變量產(chǎn)生聯(lián)系。為此通過SNPs 是否與混淆因素相關(guān)來排除與混淆因素相關(guān)的SNP。

        1.4 兩樣本孟德爾隨機(jī)化 孟德爾隨機(jī)化通過以下三種MR 方法來估計鐵狀態(tài)與PCa 之間的關(guān)系:逆方差加權(quán)法(inverse-variance weighted,IVW),MR-Egger 回歸和加權(quán)中位數(shù)法(weighted median,WM)。IVW 是常用的方法之一,但是它的前提是所有的工具變量都要是有效的,只要有一個SNP不滿足工具變量的假設(shè),此方法就會產(chǎn)生偏倚。雖然,多個遺傳變異可以增強(qiáng)孟德爾隨機(jī)化分析的統(tǒng)計能力,但由于多效性的存在,當(dāng)一些遺傳變異不滿足工具變量的假設(shè)時,鐵狀態(tài)與PCa 之間的因果關(guān)系就會出現(xiàn)偏差[20],但是當(dāng)50%的SNPs為有效的工具變量時,WM可以得到與最終效應(yīng)相符合的估計[22]。在工具變量獨(dú)立于直接效應(yīng)的內(nèi)部假設(shè)下,即使所有SNP 都是無效的工具變量,MR-Egger 回歸提供了一個有效的效應(yīng)估計[23]。

        1.5 敏感性分析及異質(zhì)性檢驗 為了進(jìn)一步評價異質(zhì)性對因果估計的影響,Cochran's Q檢驗用于評估工具變量的異質(zhì)性檢驗[24],同時,依次剔除一個SNP,剩下的SNP繼續(xù)進(jìn)行孟德爾隨機(jī)化法的分析,即留一法(leave one out,LOO)對結(jié)果進(jìn)行敏感性分析[25]。利用R 軟件(v3.6.1 https://www.r-project.org)中TwoSampleMR包進(jìn)行統(tǒng)計分析,以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 鐵狀態(tài)與PCa 的SNPs 信息 表1 列出了傳統(tǒng)組和自由組中的SNPs 信息,包括了傳統(tǒng)組的3 個SNPs,分別是rs1800562、rs1799945和rs855791。其中在同一染色體上的rs1800562與rs1799945相互獨(dú)立(R2=0.009)。自由組中,有5 個與血清鐵相關(guān)的SNPs、6個與鐵蛋白的相關(guān)SNPs、5個與轉(zhuǎn)鐵蛋白飽相關(guān)的SNPs、9 個與轉(zhuǎn)鐵蛋白相關(guān)的SNPs。rs855791 以及它的代理SNP 在PCa PRACTICAL 數(shù)據(jù)庫中不存在,所以獲取不了該SNP位點(diǎn)在PCa全基因組關(guān)聯(lián)分析的信息。rs651007 在PRACTICAL數(shù)據(jù)庫中不存在,但是其代理SNP rs495828(R2=1.000)卻存在,則用代理SNP 進(jìn)行計算。獲取的所有SNPs都是強(qiáng)工具變量,其F值范圍為31~3 340,不存在弱工具變量帶來的偏倚。

        表1 鐵狀態(tài)相關(guān)的SNP特征及其在PCa中的作用

        2.2 工具變量與PCa 危險因素的關(guān)系 為了確定鐵狀態(tài)與PCa 潛在風(fēng)險因素之間的關(guān)系,調(diào)查了工具變量是否與Ibm 和吸煙有關(guān),表2 顯示出SNP 與Ibm、吸煙無關(guān)(均P>0.05)。

        表2 PCa危險因素與SNP相關(guān)性的P值

        2.3 孟德爾隨機(jī)化法估算結(jié)果 在逆方差加權(quán)的分析中,血清鐵與PCa 存在因果關(guān)系(OR=0.910,95%CI:0.833~0.995,P=0.039)。而鐵蛋白、鐵蛋白飽和度和轉(zhuǎn)鐵蛋白與PCa無因果關(guān)系(鐵蛋白:OR=0.915,95%CI:0.820~1.032,P=0.147;轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度:OR=0.948,95%CI:0.899~1.001,P=0.055;轉(zhuǎn)鐵蛋白:OR=0.986,95%CI:0.931~1.030,P=0.457)。在傳統(tǒng)組中,鐵狀態(tài)與PCa 風(fēng)險之間存在明顯的因果關(guān)系(OR=0.879,95%CI:0.813~0.950,P=0.001)。見圖1。

        2.4 敏感性分析 為了保證本研究的可信度,采用MR-Egger 方法對工具變量進(jìn)行了測試。如圖2 顯示,遺傳多效性不會對結(jié)果造成偏倚(截距分別為0.000、0.005、-0.001 和-0.002;P>0.05)。同時,用IVW 方法觀察到SNP 之間的異質(zhì)性較小(血清鐵:Q=0.88,P=0.64;鐵蛋白:Q=3.10,P=0.375;轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度:Q=5.50,P=0.484;轉(zhuǎn)鐵蛋白:Q=1.48,P=0.476)。此外,還進(jìn)行了文獻(xiàn)檢索,以確定SNP與其他暴露因素之間的聯(lián)系。發(fā)現(xiàn)四個SNP(rs1800562,rs4921915,rs174577,rs651007)與低密度脂蛋白,甘油三酯和膽固醇有關(guān),見表3。當(dāng)去除這四個SNP時,通過逆方差加權(quán)的分析,結(jié)果沒有發(fā)生實質(zhì)性變化(血清鐵OR=0.862,95%CI:0.780~0.951,P=0.003;轉(zhuǎn)鐵蛋白:OR=1.100,95%CI:0.763~1.586,P=0.611;轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度:OR=1.089,95%CI:0.949~1.251,P=0.224;轉(zhuǎn)鐵蛋白:OR=1.010,95%CI:0.950~1.074,P=0.747)。在敏感性的分析中,我們依次剔除一個SNP,把剩下的SNPs 進(jìn)行分析,并沒有存在一個SNP對結(jié)果效應(yīng)產(chǎn)生很大的影響,見圖3。

        圖1 鐵狀態(tài)與PCa的孟德爾隨機(jī)化法結(jié)果

        圖2 IVW、MR-egger回歸和WM散點(diǎn)圖研究鐵狀態(tài)對PCa的影響

        表3 鐵狀態(tài)相關(guān)的SNP在膽固醇中的作用

        圖3 留一法敏感性分析

        3 討論

        本研究通過孟德爾隨機(jī)化法來探討歐洲人群不同鐵狀況與PCa的關(guān)系,結(jié)果表明,血清鐵與PCa存在因果關(guān)系,但鐵蛋白、轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度和轉(zhuǎn)鐵蛋白與PCa沒有相關(guān)性。

        如前所述,當(dāng)MR 模型中的三個假設(shè)得到滿足時,因果估計的有效性是最有效的。首先,選擇了11個顯著相關(guān)且相互獨(dú)立的SNP位點(diǎn),它們與鐵狀態(tài)密切相關(guān),同時,每個SNP的F值的范圍為31~3 340,均大于10,為強(qiáng)工具變量。此外,該研究的SNP的數(shù)據(jù)信息均來自歐洲人群,一定程度上避免了人群不同帶來的偏倚。第二,為了更好地處理孟德爾隨機(jī)化法的研究中多效性帶來的偏倚,我們通過文獻(xiàn)查詢來確認(rèn)與其他混淆因素相關(guān)的SNP。其中四個SNP(rs1800562、rs4921915、rs6486121 和rs174577)與低密度脂蛋白膽固醇,甘油三酯和膽固醇有關(guān)。由于血脂是在一定程度上是引起PCa的危險因素。因此,當(dāng)去除這四個SNP后,MR估計的結(jié)果并沒有發(fā)生變化。此外,在本研究中,MR-Egger方法的截距分別接近0(P>0.05),表明沒有由未知因素引起的多效性。最后,在Genetic Investigation of Anthropometric Traits (GIANT) consortium 和the UK BioBank 兩個數(shù)據(jù)庫中也沒有發(fā)現(xiàn)所選的SNP與吸煙和飲酒相關(guān)。因此,所選的SNPs 以及研究結(jié)果都是可靠的。

        鐵是人體必需的微量元素之一,維持人體正常的生理功能,在富含鐵的狀態(tài)下有助于癌細(xì)胞生長[26-27]。Bystrom等人發(fā)現(xiàn)腫瘤患者由于代謝異常,血清鐵濃度通常會下降。此外,Chua等[28]發(fā)現(xiàn)較高的血清鐵濃度與降低男性非皮膚癌的風(fēng)險有關(guān)。同時,降低血清鐵濃度可以上調(diào)PCa 細(xì)胞轉(zhuǎn)鐵蛋白受體的表達(dá),促進(jìn)鐵進(jìn)入細(xì)胞,加速PCa 的惡化[29-30]。這些論點(diǎn)進(jìn)一步支持了鐵狀態(tài)與PCa具有因果關(guān)系的結(jié)論。進(jìn)一步了解鐵在PCa 中的作用,通過調(diào)節(jié)鐵代謝,有望成為抗腫瘤治療的新方向[31].

        目前Kazmi等[32]使用孟德爾隨機(jī)化法來研究飲食、營養(yǎng)和體力活動與PCa 的因果關(guān)系。該研究從飲食和營養(yǎng)的角度來看,血清鐵可能與整個PCa 呈因果關(guān)系。由于鐵以不同的形式存在于體內(nèi),探索四種鐵生物標(biāo)志物與PCa的關(guān)系將是確定鐵是否是PCa 危險因素的更好方法。Yuan 用英國生物庫的數(shù)據(jù)研究了鐵狀況與癌癥的因果關(guān)系。結(jié)果表明,血清鐵與PCa 之間沒有因果關(guān)系,Yuan 等[33]的研究中,PCa患者的病例數(shù)為7 872個體,因此,當(dāng)本研究使用目前最大的PCa 全基因組分析的數(shù)據(jù)庫時,其研究人群的數(shù)量增加到了79 148個,同時結(jié)合傳統(tǒng)和自由兩組工具變量,使孟德爾隨機(jī)化法在鐵與PCa的因果推斷中更有效。

        這項研究的依然存在著局限性,雖然本研究確實尋找了鐵與整體PCa 之間的因果關(guān)系,但是公開的GWAS數(shù)據(jù)庫有限,獲取不到年齡或其他類別的分層信息;不能估算鐵狀態(tài)與侵襲性PCa 之間的關(guān)系。

        綜上所述,本研究表明,在傳統(tǒng)組中,鐵狀態(tài)與PCa 存在因果關(guān)系。同時,在自由組中,血清鐵與PCa存在因果關(guān)系,但鐵蛋白、轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度和轉(zhuǎn)鐵蛋白與PCa 沒有相關(guān)性。因此,后續(xù)的研究可從此入手探究鐵在PCa中的作用機(jī)制。

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